Estimation on the individual hydrogen-bond strength in molecules with multiple hydrogen bonds

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 15, 2007, Pages 2941-2945

  Dong, Hao ^a   Hua, Weijie ^a   Li, Shuhua ^a  

^a NANJING UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; BINDING ENERGY; DIMERS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEIC ACIDS;

FORMYLFORMAMIDES; HYDROGEN BONDED DIMERS; INTERMOLECULAR HYDROGEN BOND;

HYDROGEN BONDS;

ADENINE; CYTOSINE; FORMAMIDE DERIVATIVE; GUANINE; HYDROGEN; THYMINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; DIMERIZATION; HYDROGEN BOND; METHODOLOGY; PHYSICAL CHEMISTRY;

ADENINE; BASE PAIRING; CHEMISTRY, PHYSICAL; CYTOSINE; DIMERIZATION; FORMAMIDES; GUANINE; HYDROGEN; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; MOLECULAR STRUCTURE; THYMINE;

EID: 34247631609     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0709860     Document Type: Article

References (40)

1. Robertson, A. D.; Murphy, K. P. Chem. Rev. 1997, 97, 1251.
2. Steiner, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 48.
3. Fu, Y. W.; Gao, J. M.; Bieschke, J.; Dendle, M. A.; Kelly, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15948.
4. Corbin, P. S.; Lawless, L. J.; Li, Z. T.; Ma, Y. G.; Witmer, M. J.; Zimmerman, S. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5099.
5. Schmuck, C.; Wienand, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 4363.
6. For example, see: (a) Zhao, X.; Wang, X. Z.; Jiang, X. K.; Chen, Y. Q.; Li, Z. T.; Chen, G. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15128.
7. (b) Hou, J. L.; Shao, X. B.; Chen, G. J.; Zhou, Y. X.; Jiang, X. K.; Li, Z. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 12386.
8. (c) Li, C.; Ren, S. F.; Hou, J. L.; Yi, H. P.; Zhu, S. Z.; Jiang, X. K.; Li, Z. T. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 5725.
9. (d) Corbin, P. S.; Zimmerman, S. C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9710.
10. (e) Park, T.; Todd, E. M.; Nakashima, S.; Zimmerman, S. C. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 18133.
11. (f) Park, T.; Zimmerman, S. C. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 14236.
12. (g) Beijer, F. H.; Sijbesma, R. P.; Kooijman, H.; Spek, A. L.; Meijer, E. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6761.
13. (h) Ligthart, G. B. W. L.; Ohkawa, H.; Sijbesma, R. P.; Meijer, E. W. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 810.
14. (i) Scherman, O. A.; Ligthart, G. B. W. L.; Sijbesma, R. P.; Meijer, E. W. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2072.
15. (a) Dessent, C. E. H.; Muller-Dethlefs, K. Chem. Rev. 2000, 100, 3999.
16. (b) Brown, S. P.; Pérez-Torralba, M.; Sanz, D.; Claramunt, R. M.; Emsley, L. Chem. Commun. 2002, 1852.
17. (c) Arbely, E.; Arkin, I. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5362.
18. (a) Hobza, P.; Sponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
19. (b) Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
20. (c) Lukin, O.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6775.
21. (d) Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolymer 2001, 61, 3.
22. (e) Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119.
23. (f) Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
24. (g) Scheiner, S.; Kar, T.; Pattanayak, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13257.
25. (h) Kar, T.; Scheiner, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9161.
26. (i) Dannenberg, J. J.; Tomasz, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2062.
27. (j) Moisan, S.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 12842.
28. (k) Viswanathan, R.; Asensio, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9205.
29. (l) Chen, Y.-f.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 8100.
30. Asensio, A.; Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6441.
31. Grunenberg, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 16310.
32. Baker, J.; Pulay, P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11324.
33. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18670.
34. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
35. (a) Schneider, H.-J.; Juneja, R. K.; Simova, S. Chem. Ber. 1989, 122, 1211.
36. (b) Jorgensen, W. L.; Pranata, J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 2008.
37. (c) Pranata, J.; Wierschke, S. G.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810.
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; T. V.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
39. Vargas, R.; Garza, J.; Dixon, D. A.; Hay, B. P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4750.
40. Kawahara, S.; Kobori, A.; Sekine, M.; Taira, K.; Uchimaru, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10596.