Direct assessment of interresidue forces in Watson-Crick base pairs using theoretical compliance constants

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 50, 2004, Pages 16310-16311

  Grunenberg, Jörg ^a  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF BRAUNSCHWEIG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CALCULATION; CHEMICAL BOND; CHEMICAL STRUCTURE; ENERGY; FORCE; GEOMETRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR INTERACTION; THEORETICAL MODEL;

ADENINE; BASE PAIRING; CYTOSINE; DNA; GUANINE; MODELS, MOLECULAR; THERMODYNAMICS; THYMINE;

EID: 11444265455     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja046282a     Document Type: Article

References (20)

1. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Bioligical Structures; Springer-Verlag: Berlin, Heidelberg, New York, 1991.
2. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Chem. Eur. J. 1999, 5, 3581-3595.
3. Asensio, A.; Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6441-6443.
4. Houk, K. N.; Menzer, S.; Newton, S. P.; Raymo, F. M.; Stoddart, J. F.; Williams, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1479-1487.
5. Gilli, G.; Bellucci, P.; Ferretti, V.; Bertolasi, V. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 1023-1028.
6. See, for example, the following reviews: (a) Auffinger, P.; Westhoff, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 227-236.
7. (b) Reddy, S. Y.; Leclerc, F.; Karplus, M. Biophys. J. 2003, 84, 1421-1449.
8. Taylor, W. T.; Pitzer, K. S. J. Res. Natl. Bur. Stand. 1947, 38, 1.
9. Grunenberg, J.; Goldberg, N. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6046-6047.
10. Grunenberg, J.; Streubel, R.; v. Frantzius, G.; Marten, W. J. Chem. Phys. 2003, 119, 165-169.
11. Xie, Y.; Schaefer, H. F. I. Z. Phys. Chem. 2003, 217, 189-203.
12. Moeller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
13. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; and Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.02; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
14. Pulay, P.; Fogarasi, G.; Pang, F.; Boggs, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 2550-2560.
15. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
16. Asensio, A.; Kobko, N.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6441-6443.
17. Pervushin, K.; Fernandez, C.; Riek, R.; Ono, A.; Kainosho, M.; Wüthrich, K. J. Biomol. NMR 2000, 16, 39-46.
18. A recent experimental measurement of hydrogen bonds in a lipid bilayer comes to similar conclusions: Arbely, E.; Arkin, I. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5362-5363.
19. Lankas, F.; Sponer, J.; Langowski, J.; Cheatham, T. E. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4124-4125.
20. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.