Interactions of protein antigens with antibodies

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 93, Issue 1, 1996, Pages 7-12

  Davies, David R ^a   Cohen, Gerson H ^a  

^a NATIONAL INSTITUTE OF DIABETES AND DIGESTIVE AND KIDNEY DISEASES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIGEN; EPITOPE; IMMUNOGLOBULIN F(AB) FRAGMENT; LYSOZYME; VIRUS SIALIDASE; WATER;

AMINO ACID COMPOSITION; ANTIGEN ANTIBODY REACTION; CONFORMATIONAL TRANSITION; CRYSTAL STRUCTURE; EPITOPE MAPPING; IMMUNE RESPONSE; INFLUENZA VIRUS; MOLECULAR RECOGNITION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REVIEW;

ANIMALS; ANTIBODIES, ANTI-IDIOTYPIC; ANTIBODIES, MONOCLONAL; ANTIGEN-ANTIBODY REACTIONS; ANTIGENS, VIRAL; BACTERIAL PROTEINS; BINDING SITES, ANTIBODY; CHICKENS; EPITOPE MAPPING; EPITOPES; IMMUNOGLOBULIN FAB FRAGMENTS; MICE; MODELS, MOLECULAR; MURAMIDASE; NEURAMINIDASE; ORTHOMYXOVIRIDAE INFECTIONS; PHOSPHOENOLPYRUVATE SUGAR PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP; X-RAY DIFFRACTION;

INFLUENZA VIRUS;

EID: 0030040277     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.93.1.7     Document Type: Review

References (69)

1. Davies, D. R., Padlan, E. A. & Sheriff, S. (1990) Annu. Rev. Biochem. 59, 439-473.
2. Janin, J. & Chothia, C. (1990) J. Biol. Chem 265, 16027-16030.
3. Colman P. M. (1991) Curr. Opin. Struct. Biol. 1, 232-236.
4. Davies, D. R. & Chacko, S. (1993) Acc. Chem. Res. 26, 421-427.
5. Sheriff, S. (1993) ImmunoMethods 3, 222-227.
6. Wilson, I. A. & Stanfield, R. L. (1993) Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 113-118.
7. Padlan, E. A. (1994) Mol. Immunol. 31, 169-217.
8. Webster, D. M., Henry, A. H. & Rees, A. R. (1994) Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 123-129.
9. Padlan, E. A. (1994) Antibody-Antigen Complexes (Landes, Austin, TX).
10. Wilson, I. A. & Stanfield, R. L. (1994) Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 857-867.
11. Braden, B. C. & Poljak, R. J. (1995) FASEB J. 9, 9-16.
12. Amit, A. G., Mariuzza, R. A., Phillips, S. E. V. & Poljak, R. J. (1986) Science 233, 747-753.
13. Fischmann, T. O., Bentley, G. A., Bhat, T. N., Boulot, G., Mariuzza, R. A., Phillips, S. E. V., Tello, D. & Poljak, R. J. (1991) J. Biol. Chem. 266, 12915-12920.
14. Bhat, T. N., Bentley, G. A., Fischmann, T. O., Boulot, G. & Poljak, R. J. (1990) Nature (London) 347, 483-485.
15. Bhat, T. N., Bentley, G. A., Boulot, G., Greene, M. I., Tello, D., Dall'Acqua, W., Souchon, H., Schwartz, F. P., Mariuzza, R. A. & Poljak, R. J. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 1089-1093.
16. Sheriff, S., Silverton, E. W., Padlan, E. A., Cohen, G. H., Smith-Gill, S. J., Finzel, B. C. & Davies, D. R. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 8075-8079.
17. Padlan, E. A., Silverton, E. W., Sheriff, S., Cohen, G. H., Smith-Gill, S. J. & Davies, D. R. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 5938-5942.
18. Chitarra, V, Alzari, P. M., Bentley, G. A., Bhat, T. N., Eiselé, J.-L., Houdusse, A., Lescar, J., Souchon, H. & Poljak, R. J. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7711-7715.
19. Braden, B. C., Souchon, H., Eiselé, J.-L., Bentley, G. A., Bhat, T. N., Navaza, J. & Poljak, R. J. (1994) J. Mol. Biol. 243, 767-781.
20. Bentley, G. A., Boulot, G., Riottot, M. M. & Poljak, R. J. (1990) Nature (London) 348, 254-257.
21. Carson, M. (1991) J. Appl. Crystallogr. 24, 958-961.
22. Connolly, M. L. (1983) J. Appl. Crystallogr. 16, 548-558.
23. Benjamin, D. C., Williams, D. C., Jr., Smith-Gill, S. J. & Rule, G. S. (1992) Biochemistry 31, 9539-9545.
24. Hibbits, K. A., Gill, D. S. & Willson, R. C. (1994) Biochemistry 33, 3584-3590.
25. Tello, D., Goldbaum, F. A., Mariuzza, R. A., Ysern, X., Schwarz, F. P. & Poljak, R. J. (1993) Biochem. Soc. Trans. 21, 943-946.
26. Newman, M. A., Mainhart, C. R., Mallett, C. P., Lavoie, T. B. & Smith-Gill, S. J. (1992) J. Immunol. 149, 3260-3272.
27. Varghese, J. N., Laver, W. G. & Colman, P. M. (1983) Nature (London) 303, 35-40.
28. Varghese, J. N. & Colman, P. M. (1991) J. Mol. Biol. 221, 473-486.
29. Colman, P. M., Laver, W. G., Varghese, J. N., Baker, A. T., Tulloch, P. A., Air, G. M. & Webster, R. G. (1987) Nature (London) 326, 358-363.
30. Tulip, W. R., Varghese, J. N., Webster, R. G., Air, G M., Laver, W. G. & Colman, P. M. (1989) Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 54, 257-263.
31. Tulip, W. R., Varghese, J. N., Laver, W. G., Webster, R. G. & Colman, P. M. (1992) J. Mol. Biol. 227, 122-148.
32. Sheriff, S., Hendrickson, W. A. & Smith, J. L. (1987) J. Mol. Biol. 197, 273-296.
33. Malby, R. L., Tulip, W. R., Harley, V. R., McKim-Breschkin, J. L., Laver, W. G., Webster, R. G. & Colman, P. M. (1994) Structure 2, 733-746.
34. Colman, P. M. (1994) Protein Sci. 3, 1687-1696.
35. Prasad, L., Sharma, S., Vandonselaar, M., Quail, J. W., Lee, J. S., Waygood, E. B., Wilson, K. S., Dauter, Z. & Delbaere, L. T. J. (1993) J. Biol. Chem. 268, 10705-10708.
36. Jerne, N. K. (1974) Ann. Immunol. C 125, 373-389.
37. Gaulton, G. N. & Greene, M. I. (1986) Annu. Rev. Immunol. 4, 253-280.
38. Pan, Y., Yuhasz, S. C. & Amzel, L. M. (1995) FASEB J. 9, 43-49.
39. Garcia, K. C., Ronco, P. M., Verroust, P. J., Brünger, A. T. & Amzel, L. M. (1992) Science 257, 502-507.
40. Tello, D., Einstein, E., Schwarz, F. P., Goldbaum, F. A., Fields, B. A., Mariuzza, R. A. & Poljak, R. J. (1994) J. Mol. Recognit. 7, 57-62.
41. Ross, P. D. & Subramanian, S. (1981) Biochemistry 20, 3096-3102.
42. Ban, N., Escobar, C., Garcia, R., Hasel, K., Day, J., Greenwood, A., McPherson, A. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 1604-1608.
43. Evans, S. V., Rose, D. R., To, R., Young, N. M. & Bundle, D. R. (1994) J. Mol. Biol. 241, 691-705.
44. Kabat, E. A., Wu, T. T. & Bilofsky, H. (1977) J. Biol. Chem. 252, 6609-6616.
45. Padlan, E. A. (1990) Proteins Struct. Funct. Genet. 7, 112-124.
46. Janin, J. & Chothia, C. (1990) J. Biol. Chem. 265, 16027-16030.
47. Mian, I. S., Bradwell, A. R. & Olson, A. J. (1991) J. Mol. Biol. 217, 133-151.
48. Lea, S. & Stuart, D. (1995) FASEB J. 9, 87-93.
49. Grivel, J.-C. & Smith-Gill, S. J. (1995) in Structure of Antigens, ed. Van Regenmotel, M. H. (CRC, Boca Raton, FL), Vol. 3, p. 91.
50. Smith-Gill, S. J., Wilson, A. C., Potter, M., Prager, E. M., Feldmann, R. J. & Mainhart, C. R. (1982) J. Immunol. 128, 314-322.
51. Cunningham, B. C. & Wells, J. A. (1993) J. Mol. Biol. 234, 554-563.
52. Wells, J. A. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 1-6.
53. Sharma, S., Georges, F., Klevit, R. E., Delbaere, L. T. J., Lee, J. S. & Waygood, E. B. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 4877-4881.
54. Klevit, R. E. & Waygood, E. B. (1986) Biochemistry 25, 7774-7781.
55. El-Kabbani, O. A., Waygood, E. B. & Delbaere, L. T. (1987) J. Biol. Chem. 262, 12926-12929.
56. Paterson, Y., Englander, S W. & Roder, H. (1990) Science 249, 755-759.
57. Mylvaganam, S. E., Paterson, Y., Kaiser, K., Bowdish, K. & Getzoff, E. D. (1991) J. Mol. Biol. 221, 455-462.
58. Davies, D. R. & Padlan, E. A. (1992) Curr. Biol. 2, 254-256.
59. Stanfield, R. L., Takimoto-Kamimura, M., Rini, J. M., Profy, A. T. & Wilson, I. A. (1993) Structure 1, 83-93.
60. Kurinov, I. V. & Harrison, R. W. (1995) Acta Crystallogr. D 51, 98-109.
61. Harata, K. (1994) Acta Crystallogr. D 50, 250-257.
62. Ramanadham, M., Sieker, L. C. & Jensen, L. H. (1990) Acta Crystallogr. B 46, 63-69.
63. Clackson, T. & Wells, J. A. (1995) Science 267, 383-386.
64. Chacko, S., Silverton, E., Kam-Morgan, L., Smith-Gill, S., Cohen, G & Davies, D. (1995) J. Mol. Biol. 245, 261-274.
65. Lavoie, T. B., Kam-Morgan, L. N. W., Mallet, C. P., Schilling, J. W., Prager, E. M., Wilson, A. C. & Smith-Gill, S. J. (1990) in Use of X-ray Crystallography in the Design of Antiviral Agents, eds. Laver, W. & Air, G. M. (Academic, San Diego), p. 213.
66. Tulip, W. R., Varghese, J. N., Webster, R. G., Laver, W. G. & Colman, P. M. (1992) J. Mol. Biol. 227, 149-159.
67. Ysern, X., Fields, B. A., Bhat, T. N., Goldbaum, F. A., Dall'Acqua, W., Schwarz, F. P., Poljak, R. & Mariuzza, R. A. (1994) J. Mol. Biol. 238, 496-500.
68. Jones, S. & Thornton, J. M. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 13-20.
69. Cohen, G. H., Sheriff, S. & Davies, D. R. (1996) Acta Crystallogr. D, in press.