Hot spot computational identification: Application to the complex formed between the hen egg white lysozyme (HEL) and the antibody HyHEL-10

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 107, Issue 2, 2007, Pages 299-310

  Moreira, I S ^a   Fernandes, P A ^a   Ramos, M J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

Alanine scanning mutagenesis; Hot spots; MM PBSA; Molecular dynamics; Relative free binding energy

Indexed keywords

ANTIBODIES; BINDING ENERGY; BIOCHEMISTRY; INTERFACES (MATERIALS); MOLECULAR DYNAMICS; MUTAGENESIS;

ALANINE SCANNING MUTAGENESIS; COMPLEMENTARY DETERMINING REGIONS (CDR); HOT SPOTS; RELATIVE FREE BINDING ENERGY;

ENZYMES;

EID: 33845995126     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21193     Document Type: Conference Paper

References (42)

1. Arkin, M. R.; Wells, A. J. Drug Discov 2004, 3, 301.
2. Janin, J. Proteins 1995, 21, 30.
3. Jones, S.; Thornton, J. M. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 13.
4. Davies, D. R.; Cohen, G. H. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 7
5. Brooijmans, N.; Sharp, K. A.; Kruntz, I. D. Proteins 2002, 48, 645.
6. Pal, G.; Ultsch, M. H.; Clark, K. P.; Curell, B.; Kossiakoff, A. A.; Sachdev, S. S. J Mol Biol 2005, 347, 489.
7. Janin, J. Proteins 1995, 21, 30.
8. Lawrence, M. C.; Colman, P. M. J Mol Biol 1993, 234, 946.
9. Bogan, A. A.; Thorn, K. S. J Mol Biol 1998, 280, 1.
10. Delano, W. L.; Ultsch, M. H.; de Vos, A. M.; Wells, J. A. Science 2000, 287, 1279
11. Peters, K. P., Fauck, J.; Frommel, C. J Mol Biol 1996, 256, 201.
12. Pettit, F. K.; Bowie, J. U. J Mol Biol 1999, 285, 1377.
13. Rajamani, D.; Thiel, S.; Vajda, S.; Camacho, C. J. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 11287.
14. Pons, J.; Rajpal, A.; Kirsch, J. Protein Sci 1999, 8, 958
15. Keskin, O.; Ma, B.; Nussinov, R. J Mol Biol 2005, 345, 1281.
16. Clackson, T.; Wells, J. A. Science 1995, 267, 383.
17. DeLano, W. L.; Ultsch, M. H.; de Vos, A. M.; Wells, J. A. Science 2000, 287, 1279.
18. Arkin, M. R.; Randal, M.; DeLano, W. L.; Hyde, J.; Luong, T. N.; Oslob, J. D.; Raphael, D. R.; Taylor, L.; Wang, J.; McDowell, R. S.; Wells, J. A.; Braisted, A. C. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 1603.
19. Padlan, E. A.; Silverton, E. W.; Sheriff, S.; Cohen, G. H.; Smith-Gill, S. J.; Davies, D. R. Proc Natl Acad Sci USA 1989, 86, 5938.
20. Bhat, T. N.; Bentley, G. A.; Boulot, G.; Greene, M. I.; Tello, D.; Dall'Acqua, W.; Souchon, H.; Schwarz, F. P.; Mariuzza, R. A.; Poljak, R. J. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 9, 1089.
21. Adachi, M.; Kurihara, Y.; Nojima, H.; Takeda-Shitaka, T.; Kamiya, K.; Meyama, H. Protein Sci 2003, 12, 2125
22. Rajpal, L. A.; Taylor, M. G.; Kirsch, J. E. Protein Sci 1998, 7, 1868.
23. Kam-Morgan, L.; Smith-Gill, S. J.; Taylor, M. G.; Zhang, L.; Wilson, A. C.; Kirsch, JF. Proc Natl Acad Sci USA 90, 3958, 1993
24. Kondo, H.; Shiroishi, M.; Matsushimai, M.; Tsumoto, K.; Kumagai, I. J Biol Chem 1999, 274, 27623.
25. Janin, J.; Chothia, C. J Biol Chem 1990, 265, 16027.
26. Kabat, E. A.; Wu, T. T.; Perry, H. M.; Gottesman, K. S.; Foeller, C. Sequences of Proteins of Immunological Interest; 5th ed.; National Institutes of Health: Bethesda, MD, 1991.
27. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J Comput Chem 2006 (in press).
28. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers Nucleic Acids Sci 2001, 56, 275.
29. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, H. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
30. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
31. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J Comput Phys 1997, 23, 327.
32. Pastor, I. W. R.; Brooks, B. R.; Szabo, A. J Mol Phys 1998, 65, 1409.
33. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523.
34. Izaguirre, J. A.; Catarello, D. P.; Wozniak, J. M.; Skeel, R. D. J Chem Phys 2001, 114 2090.
35. Huo, S.; Massova, I.; Kollman, P. A. J Comput Chem 2002, 23, 15.
36. Rocchia, W.; Sridharan, S.; Nicholls, A.; Alexov, E.; Chiabrera, A.; Honig, B. J Comp Chem 2002, 23, 128.
37. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J Phys Chem B 2001, 105, 6507.
38. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. J Mol Struct (Theochem) 2005, 729, 11.
39. Connolly, M. L. J Appl Crystallogr 1983, 16, 548.
40. Kortemme, T.; Baker, D. Curr Opin Chem Biol 2004, 8, 91.
41. Kortemme, T.; Baker, D. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 14116.
42. Tsumoto, K.; Ogasahara, K.; Ueda, Y.; Watanabe, K.; Yutani, K.; Kumagai, I. J Biol Chem 1995, 270, 18551.