Force field influence on the observation of π-helical protein structures in molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 12, 2003, Pages 2831-2836

  Feig, Michael ^a   MacKerell Jr , Alexander D ^b   Brooks III, Charles L ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; POLYPEPTIDES; QUANTUM THEORY; SOLVENTS;

ALANINE DIPEPTIDE; ENERGETIC ANALYSIS; HELICAL CONFORMATIONS; HELICAL PROTEIN;

PROTEINS;

EID: 0038054912     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp027293y     Document Type: Article

References (54)

1. Richardson, J. S. Adv. Protein Chem. 1981, 34, 167.
2. Ramachandran, G. N.; Ramakrishnan, C.; Sasisekharan, V. J. Mol. Biol. 1963, 7, 95.
3. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1984, 44, 97.
4. Barlow, D. J.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1988, 201, 601.
5. Low, B. W.; Baybutt, R. B. J. Am. Chem. Soc. 1952, 74, 5806.
6. Donohue, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1953, 39, 470.
7. Rohl, C. A.; Doig, A. J. Protein Sci. 1996, 5, 1687.
8. Weaver, T. M. Protein Sci. 1999, 9, 201.
9. Fodje, M. N.; Al-Karadaghi, S. Protein Eng. 2002, 15, 353.
10. Morgan, D. M.; Lynn, D. G. Biochemistry 2001, 40, 14020.
11. Kovacs, H.; Mark, A. E.; Johansson, J.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1995, 247, 808.
12. Shalongo, W.; Dugad, L.; Stellwagen, E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8288.
13. Rohl, C. A.; Fiori, W.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3682.
14. Williams, L.; Kather, K.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 1998, 11033.
15. Lacroix, E.; Viguera, A. R.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1998, 284, 173.
16. Padmanabhan, S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1996, 257, 726.
17. Shirley, W. A.; Brooks, C. L., III. Proteins 1997, 28, 59.
18. Gibbs, N.; Sessions, R. B.; Williams, P. B.; Dempsey, C. E. Biophys. J. 1997, 72, 2490.
19. Sessions, R. B.; Gibbs, N.; Dempsey, C. E. Biophys. J. 1998, 74, 138.
20. Duneau, J.-P.; Crouzy, S.; Chapron, Y.; Genest, M. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 87.
21. Hiltpold, A.; Ferrara, P.; Gsponer, J.; Caflish, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10080.
22. Lee, K.-H.; Benson, D. R.; Kuczera, K. Biochemistry 2000, 39, 13737.
23. Mahadevan, J.; Lee, K.-H.; Kuczera, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1863.
24. Dominy, B. N.; Brooks, C. L., III. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3765.
25. Pak, Y.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4359.
26. Pak, Y.; Jang, S.; Shin, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6831.
27. Sasaki, S.; Yasumoto, Y.; Uematsu, I. Macromolecules 1981, 14, 1797.
28. Kinnear, B. S.; Kaleta, D. T.; Kohtani, M.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9243.
29. Kohtani, M.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11148.
30. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, J. D.; Evanseck, M. J.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J., Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
31. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. Manuscript in preparation.
32. Beachy, M. D.; Chasman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908.
33. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
34. Zhou, R.; Berne, B. J.; Germain, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 14931.
35. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2782.
36. Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140.
37. Lee, M. S.; Salsbury, F. R., Jr.; Brooks, C. L., III. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606.
38. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R. Jr.; Brooks, C. L., III. J. Chem. Phys., in press.
39. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
40. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L., III. MMTSB NIH Research Resource; The Scripps Research Institute: La Jolla, CA, 2001.
41. Sajot, N.; Garnier, N.; Genest, M. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 67.
42. Rajashankar, K. R.; Ramakumar, S. Protein Sci. 1996, 5, 932.
43. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
44. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
45. MacKerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III. Manuscript in preparation.
46. Dunbrack, J.; Roland, L.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 334.
47. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
49. Schrödinger, Inc. Jaguar, 2000.
50. Price, D. J.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1045.
51. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
52. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Huenenberger, P. H.; Krueger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tirono, I. G. Vdf Hochschulverlage AG an der ETH Zürich 1996.
53. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
54. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.