Computation of large systems with an economic basis set: Structures and reactivity indices of nucleic acid base pairs from density functional theory

Journal of Computational Chemistry

Volumn 28, Issue 5, 2007, Pages 967-974

  Fan, W J ^a   Zhang, R Q ^a   Liu, Shubin ^b,c  

^a CITY UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

^b UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA   (United States)

^c HUNAN NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Density functional theory; Economic basis set; Nucleic acid; Reactivity indices

Indexed keywords

ECONOMIC BASIS SET; ELECTROPHILICITY INDEX; ORBITAL CHARGES; REACTIVITY INDICES;

BINDING ENERGY; COMPUTATIONAL METHODS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DIPOLE MOMENT; ELECTRONEGATIVITY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE;

NUCLEIC ACIDS;

ADENINE; CYTOSINE; NITROGEN; NUCLEIC ACID; NUCLEOSIDE; OXYGEN; THYMINE;

ALGORITHM; ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMISTRY; COMPUTER PROGRAM; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; DNA BASE COMPOSITION; ECONOMICS; HYDROGEN BOND; QUANTUM THEORY;

ADENINE; ALGORITHMS; BASE COMPOSITION; BASE PAIRING; COMPUTER SIMULATION; CYTOSINE; HYDROGEN BONDING; NITROGEN; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NUCLEIC ACIDS; NUCLEOSIDES; OXYGEN; QUANTUM THEORY; SOFTWARE; THYMINE;

EID: 33947644163     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20670     Document Type: Article

References (50)

1. Nowak, M. J.; Lapinski, L.; Fulara, J. Spectrochim Acta A 1989, 45, 229.
2. Gehring, K.; Leroy, J. L.; Gueron, M. Nature 1993, 363, 561.
3. Kettani, A.; Kumar, R. A.; Patel, D. J. J Mol Biol 1995, 254, 638.
4. Berger, I.; Egli, M.; Rich, A. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 12116.
5. Nonin, S.; Leroy, J. L. J Mol Biol 1996, 261, 399.
6. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. Biopolymers 1997, 44, 45.
7. Strahan, G. D.; Keniry, M. A.; Shafer, R. H. Biophys J 1998, 75, 968.
8. Nir, E.; Pluetzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Eur Phys J D 2002, 20, 317.
9. Nir, E.; Pluetzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. Phys Chem Chem Phys 2003, 5, 4780.
10. Bour, P.; Andrushchenko, V.; Kabeláč, M.; Maharaj, V.; Wieser, H. J Phys Chem B 2005, 109, 20579.
11. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
12. Aida, M. J Comput Chem 1988, 9, 362.
13. Alhambra, C.; Luque, F. J.; Gago, F.; Orozco, M. J Phys Chem B 1997, 101, 3846.
14. Singh, S. B.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1999, 121, 3267.
15. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J Phys Chem A 2002, 106, 1596.
16. Xiao, X.; Cushman, M. J Am Chem Soc 2005, 127, 9960.
17. Hobza, P.; Šponer, J. Chem Rev 1999, 99, 3247.
18. Sponer, J.; Hobza, P. J Phys Chem A 2000, 104, 4592 and references therein.
19. Hobza, P.; Šponer, J.; Cubero, E.; Orozco, M.; Luque, F. J. J Phys Chem B 2000, 104, 6286.
20. Jurečka, P.; Hobza, P. J Am Chem Soc 2003, 125, 15608.
21. Jurečka, P.; Šponer, J.; Hobza, P. J Phys Chem B 2004, 108, 5466.
22. Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza P. J Am Chem Soc 2004, 126, 101420.
23. Dabkowska, I.; Gonzalez, H. V.; Jurečka, P.; Hobza, P. J Phys Chem A 2005, 109, 1131.
24. Toczyłowski, R. R.; Cybulski, S. M. J Phys Chem A 2003, 107, 418.
25. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J Am Chem Soc 2004, 126, 10119.
26. Mallajosyula, S. S.; Datta, A.; Pati, S. K. Synth Met 2005, 155, 398.
27. Sahu, P. K.; Mishra, R. K.; Lee, S.-L. J Phys Chem A 2005, 109, 2887.
28. Tsolakidis, A.; Kaxiras, E. J Phys Chem A 2005, 109, 2373.
29. Sherer, E. C.; York, D. M.; Cramer, J. C. J Comput Chem 2002, 24, 57.
30. Giese, T. J.; Sherer, E. C.; Cramer, C. J.; York, D. M. J Chem Theory Comput 2005, 1, 1275.
31. Zhang, R. Q.; Lifshitz, C. J Phys Chem 1996, 100, 960.
32. Zhang, R. Q.; Xie, X. G.; Liu S. X.; Lee, C. S.; Lee, S. T. Chem Phys Lett 2000, 330, 484.
33. Zhang, R. Q.; Wong, N. B.; Lee, S. T.; Zhu, R. S.; Han, K. L. Chem Phys Lett 2000, 319, 213.
34. Zhang, R. Q.; Huang, J. H.; Bu, Y. X.; Han, K. L.; Lee, S. T.; He, G. Z. Sci China Ser B 2000, 43, 375.
35. Zhang, R. Q.; Chu, T. S.; Lee, S. T. J Chem Phys 2001, 114, 5531.
36. Zhang, R. Q.; Lu, W. C.; Cheung, H. F.; Lee, S. T. J Phys Chem B 2002, 106, 625.
37. Zhang, R. Q.; Lu, W. C.; Lee, C. S.; Hung, L. S.; Lee, S. T. J Chem Phys 2002, 116, 8827.
38. Fan, W. J.; Zhang, R. Q. J Theor Comp Chem 2006, 5, 411.
39. Pearson, R. G. Chemical Hardnesss - Applications from Molecules to Solids; VCH-Wiley: Weinheim, 1997.
40. Parr, R. G.; Yang, W. Density Functional Theory of Atoms and Molecules; Oxford University Press: Oxford, 1989.
41. Iczkowski, R. P.; Margrave, J. L. J Am Chem Soc 1961, 83, 3547.
42. Mulliken, R. S. J Chem Phys 1934, 2, 782.
43. Parr, R. G.; Pearson, R. G. J Am Chem Soc 1983, 105, 7512.
44. Parr, R. G.; Szentpaly, L. V.; Liu, S. J Am Chem Soc 1999, 121, 1922.
45. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
46. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
47. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A.Gaussian 03, Revision B 05. Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
48. Herbert, H. E.; Halls, M. D.; Hratchian, H. P.; Raghavachari, K. 3 Phys Chem B 2006, 110, 3336.
49. Zhang, R. Q.; Chu, T. S.; Lee, C. S.; Lee, S. T. J Phys Chem B 2000, 104, 6761.
50. Zhang, R. Q.; Chan, K. S.; Zhu, R. S.; Han, K. L. Phys Rev B 2001, 63, 085419.