Enhanced analysis of the mouse plasma proteome using cysteine-containing tryptic glycopeptides

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 3, 2007, Pages 987-995

  Bernhard, Oliver K ^a   Kapp, Eugene A ^a   Simpson, Richard J ^a  

^a ROYAL MELBOURNE HOSPITAL   (Australia)

Author keywords

Cysteine containing peptides; Human plasma proteome; Mass spectrometry; Mouse plasma; N glycosylation; Proteomics

Indexed keywords

CYSTEINE; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR; FATTY ACID BINDING PROTEIN; GLYCOPEPTIDE; HYDRAZIDE; SCATTER FACTOR;

ARTICLE; BIOTINYLATION; BLOOD ANALYSIS; CONTROLLED STUDY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MOUSE; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BLOOD LEVEL; PROTEIN GLYCOSYLATION; PROTEIN ISOLATION; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; BLOOD PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; CYSTEINE; GLYCOPEPTIDES; GLYCOSYLATION; MICE; MICE, INBRED C57BL; PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY; TRYPSIN;

EID: 33947581854     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0604559     Document Type: Article

References (57)

1. Conen, D.; Pfisterer, M.; Martina, B. J. Hum. Hypertens. 2006, 20, 387-391.
2. Cava, F.; Gonzalez, C.; Pascual, M. J.; Navajo, J. A.; Gonzalez-Buitrago, J. M. Cytokine 2000, 12, 1423-1425.
3. Macy, E. M.; Hayes, T. E.; Tracy, R. P. Clin. Chem. 1997, 43, 52-58.
4. Duan, X.; Yarmush, D. M.; Berthiaume, F.; Jayaraman, A.; Yarmush, M. L. Electrophoresis 2004, 25, 3055-3065.
5. Juan, H. F.; Chen, J. H.; Hsu, W. T.; Huang, S. C.; Chen, S. T.; Yi-Chung Lin, J.; Chang, Y. W.; Chiang, C. Y.; Wen, L. L.; Chan, D. C.; Liu, Y. C.; Chen, Y. J. Proteomics 2004, 4, 2766-2775.
6. Travis, J.; Bowen, J.; Tewksbury, D.; Johnson, D.; Pannell, R. Biochem. J. 1976, 157, 301-306.
7. Akerstrom, B.; Brodin, T.; Reis, K.; Bjorck, L. J. Immunol. 1985, 135, 2589-2592.
8. Cho, S. Y.; Lee, E. Y.; Seok Lee, J.; Kim, H. Y.; Park, J. M.; Kwon, M. S.; Park, Y. K.; Lee, H. J.; Kang, M. J.; Kim, J. Y.; Shin Yoo, J.; Park, S. J.; Cho, J. W.; Kim, H. S.; Paik, Y. K. Proteomics 2005, 5, 3386-3396.
9. Moritz, R. L.; Clippingdale, A. B.; Kapp, E. A.; Eddes, J. S.; Ji, H.; Gilbert, S.; Connolly, L. M.; Simpson, R. J. Proteomics 2005, 5, 3402-3413.
10. Adkins, J. N.; Varnum, S. M.; Auberry, K. J.; Moore, R. J.; Angell, N. H.; Smith, R. D.; Springer, D. L.; Pounds, J. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 947-955.
11. Chan, K. C.; Lucas, D. A.; Hise, D.; Schaefer, C. F.; Xiao, Z.; Janini, G. M.; Buetow, K. H.; Issaq, H. J.; Veenstra, T. D.; Conrads, T. P. Clin. Proteomics 2004, 1, 101-226.
12. Yang, Z.; Hancock, W. S.; Chew, T. R.; Bonilla, L. Proteomics 2005, 5, 3353-3366.
13. Zhang, H.; Yi, E. C.; Li, X. J.; Mallick, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Masselon, C. D.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D.; Kemp, C. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 144-155.
14. Ceriello, A.; Dello Russo, P.; Curcio, F.; Tirelli, A.; Giugliano, D. J. Clin. Pathol. 1984, 37, 1040-1042.
15. Gevaert, K.; Ghesquiere, B.; Staes, A.; Martens, L.; Van, Damme, J.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J. Proteomics 2004, 4, 897-908.
16. Leung, K. Y.; Lescuyer, P.; Campbell, J.; Byers, H. L.; Allard, L.; Sanchez, J. C.; Ward, M. A. Proteomics 2005, 5, 3040-3044.
17. Spahr, C. S.; Susin, S. A.; Bures, E. J.; Robinson, J. H.; Davis, M. T.; McGinley, M. D.; Kroemer, G.; Patterson, S. D. Electrophoresis 2000, 21, 1635-1650.
18. Liu, T.; Qian, W. J.; Gritsenko, M. A.; Xiao, W.; Moldawer, L. L.; Kaushal, A.; Monroe, M. E.; Varnum, S. M.; Moore, R. J.; Purvine, S. O.; Maier, R. V.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1899-1913.
19. Liu, T.; Qian, W. J.; Gritsenko, M. A.; Camp Ii, D. G.; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2070-2080.
20. Smith, P. K.; Krohn, R. I.; Hermanson, G. T.; Mallia, A. K.; Gartner, F. H.; Provenzano, M. D.; Fujimoto, E. K.; Goeke, N. M.; Olson, B. J.; Klenk, D. C. Anal. Biochem. 1985, 150, 76-85.
21. Moritz, R. L.; Reid, G. E.; Ward, L. D.; Simpson, R. J. Methods: A Compantion to Methods inEnzymology. 1994, 6, 213-226.
22. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Plant Cell 2004, 16, 2394-2405.
23. Kapp, E. A.; Schutz, F.; Reid, G. E.; Eddes, J. S.; Moritz, R. L.; O'Hair, R. A.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2003, 75, 6251-6264.
24. Bause, E. Biochem. J. 1983, 209, 331-336.
25. Ghesquiere, B.; Van Damme, J.; Martens, L.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. J. Proteome Res. 2006, 5, 2438-2447.
26. Durr, E.; Yu, J.; Krasinska, K. M.; Carver, L. A.; Yates, J. R.; Testa, J. E.; Oh, P.; Schnitzer, J. E. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 985-992.
27. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd. Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201.
28. Haynes, P.; Miller, I.; Aebersold, R.; Gemeiner, M.; Eberini, I.; Lovati, M. R.; Manzoni, C.; Vignati, M.; Gianazza, E. Electrophoresis 1998, 19, 1484-1492.
29. Miyazawa, K.; Shimomura, T.; Kitamura, A.; Kondo, J.; Morimoto, Y.; Kitamura, N. J. Biol. Chem. 1993, 268, 10024-10028.
30. van Adelsberg, J.; Sehgal, S.; Kukes, A.; Brady, C.; Barasch, J.; Yang, J.; Huan, Y. J. Biol. Chem. 2001, 276, 15099-15106.
31. Jackson, D. G. Trends Cardiovasc. Med. 2003, 13, 1-7.
32. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Rist, B.; Aebersold, R.; Loboda, A.; Jilkine, A.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 2001, 73, 978-986.
33. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
34. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660-666.
35. Berggren Soderlund, M.; Fex, G.; Nilsson-Ehle, P. J. Intern. Med. 2003, 253, 375-380.
36. de Soet, J. J.; Schriks, M. C.; Kratz, E.; Poland, D. C.; van Dijk, W.; van Amerongen, W. E. Caries. Res. 2003, 37, 79-84.
37. Cekmen, M.; Evereklioglu, C.; Er, H.; Inaloz, H. S.; Doganay, S.; Turkoz, Y.; Ozerol, I. H. Int. J. Dermatol. 2003, 42, 870-875.
38. Wu, S. L.; Choudhary, G.; Ramstrom, M.; Bergquist, J.; Hancock, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 383-393.
39. Zahedi, R. G.; Summers, L. K.; Lumb, P.; Chik, G.; Crook, M. A. Ann. Clin. Biochem. 2004, 41, 330-334.
40. Ros-Bullon, M. R.; Sanchez-Pedreno, P.; Martinez-Liarte, J. H. Anticancer Res. 2001, 21, 629-632.
41. Morrissey, C.; Lakins, J.; Moquin, A.; Hussain, M.; Tenniswood, M. J. Biochem. Biophys. Methods 2001, 48, 13-21.
42. Bork, K.; Barnstedt, S. E.; Koch, P.; Traupe, H. Lancet 2000, 356, 213-217.
43. Naked, G. M.; Florido, M. P.; Ferreira de Paula, P.; Vinet, A. M.; Inostroza, J. S.; Isaac, L. Clin. Immunol. 2000, 96, 162-167.
44. Fernandez-Real, J. M.; Pugeat, M.; Grasa, M.; Broch, M.; Vendrell, J.; Brun, J.; Ricart, W. J. Clin. Endocrinol. Metab. 2002, 87, 4686-4690.
45. Baron, A. T.; Cora, E. M.; Lafky, J. M.; Boardman, C. H.; Buenafe, M. C.; Rademaker, A.; Liu, D.; Fishman, D. A.; Podratz, K. C.; Maihle, N. J. Cancer Epidemiol., Biomarkers Prev. 2003, 12, 103-113.
46. Kim, S. C.; Park, H. M.; Lee, S. N.; Han, W. S. J. Low. Genit. Tract. Dis. 2004, 8, 292-297.
47. Sasaki, H.; Yukiue, H.; Mizuno, K.; Sekimura, A.; Konishi, A.; Yano, M.; Kaji, M.; Kiriyama, M.; Fukai, I.; Yamakawa, Y.; Fujii, Y. Int. J. Clin. Oncol. 2003, 8, 79-82.
48. Cugno, M.; Scott, C. F.; Salerno, F.; Lorenzano, E.; Muller-Esterl, W.; Agostoni, A.; Colman, R. W. Thromb. Haemost. 1999, 82, 1428-1432.
49. Pitard, V.; Lorgeot, V.; Taupin, J. L.; Aubard, Y.; Praloran, V.; Moreau, J. F. Eur. Cytokine Netw. 1998, 9, 599-605.
50. Owczarek, C. M.; Layton, M. J.; Robb, L. G.; Nicola, N. A.; Begley, C. G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 5495-5504.
51. Burk, R. F.; Hill, K. E. J. Nutr. 1994, 124, 1891-1897.
52. Nelson, S. R.; Tennent, G. A.; Sethi, D.; Gower, P. E.; Ballardie, F. W.; Amatayakul-Chantler, S.; Pepys, M. B. Clin. Chim. Acta 1991, 200, 191-199.
53. Akcay, M. N.; Yilmaz, I.; Polat, M. F.; Akcay, G. Hepatogastroenterology 2003, 50 Suppl 2, cclxxiii-cclxxv.
54. Ihara, H.; Shino, Y.; Hashizume, N.; Hirano, A.; Okada, M. J. Nutr. Sci. Vitaminol. (Tokyo) 2003, 49, 289-291.
55. Schiodt, F. V.; Bondesen, S.; Muller, K.; Rasmussen, A.; Hjortrup, A.; Kirkegaard, P.; Hansen, B. A.; Tygstrup, N.; Ott, P. Liver Transpl. Surg. 1999, 5, 310-317.
56. Shang, Y.; Pan, X. Y.; Ding, C. P.; Yang, X. M.; Cai, X. Y.; Ding, Y.; Zhang, R. L. Ai Zheng 2005, 24, 1144-1147.
57. Yamada, S.; Suou, T.; Kawasaki, H.; Horie, Y.; Nagami, M.; Yashima, S.; Sugihara, C.; Tanaka, H. Res. Commun. Mol. Pathol. Pharmacol. 1999, 104, 253-263.