Mining a Tandem Mass Spectrometry Database to Determine the Trends and Global Factors Influencing Peptide Fragmentation

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 22, 2003, Pages 6251-6264

  Kapp, Eugene A ^a   Schütz, Frédéric ^a   Reid, Gavin E ^a   Eddes, James S ^a   Moritz, Robert L ^a   O'Hair, Richard A J ^b   Speed, Terence P ^a,c   Simpson, Richard J ^a  

^a WALTER AND ELIZA HALL INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; AMINO ACIDS; COMPOSITION; DATABASE SYSTEMS; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; PROTONS; STATISTICAL METHODS;

FRAGMENTATION MODELS;

POLYPEPTIDES;

AMIDE; ASPARAGINE; ASPARTIC ACID; GLYCINE; ION; PEPTIDE FRAGMENT; PROLINE; PROTEIN; PROTON; TRYPSIN;

ALGORITHM; AMINO ACID COMPOSITION; AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; CHEMICAL BOND; DATA BASE; MOLECULAR INTERACTION; PEPTIDE ANALYSIS; POSITION EFFECT; PROTEIN DEGRADATION; STATISTICAL ANALYSIS; SURFACE CHARGE; TANDEM MASS SPECTROMETRY; VALIDATION PROCESS;

ALGORITHMS; AMINO ACID SEQUENCE; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, PROTEIN; GASES; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTONS; SUBSTRATE SPECIFICITY; TRYPSIN;

EID: 0242653718     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034616t     Document Type: Article

References (80)

1. Pennington, S. R.; Dunn, M. J. Proteomics: from protein sequence to function, 1st ed.; BIOS Scientific Publishers Ltd.: New York, 2001.
2. Simpson, R. J. Proteins and Proteomics: A Laboratory Manual, 1st ed.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY. 2003.
3. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-95.
4. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1993, 90, 5011-5.
5. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Commun. 1993, 195, 58-64.
6. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-45.
7. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-32.
8. Yates, J. R., III; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
9. Zhang, W.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2000, 72, 2482-9.
10. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871-82.
11. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-89.
12. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L. Anal. Chem. 1995, 67, 3202-10.
13. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426-36.
14. Perkins, D. N.; Pappin, D. J.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-67.
15. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390-9.
16. Hunt, D. F.; Yates, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233-7.
17. Papayannopoulos, I. A.; Biemann, K. Acc. Chem. Res. 1994, 27, 370-8.
18. Papayannopoulos, I. A. Mass Spectrom. Rev. 1995, 14, 49-73.
19. Johnson, R. S.; Martin, S. A.; Biemann, K.; Stults, J. T.; Watson, J. T. Anal. Chem. 1987, 59, 2621-5.
20. Taylor, J. A.; Johnson, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1067-75.
21. Dancik, V.; Addona, T. A.; Clauser, K. R.; Vath, J. E.; Pevzner, P. A. J. Comput. Biol. 1999, 6, 327-42.
22. Chen, T.; Kao, M. Y.; Tepel, M.; Rush, J.; Church, G. M. J. Comput. Biol. 2001, 8, 325-37.
23. Verhagen, A. M.; Ekert, P. G.; Pakusch, M,; Silke, J.; Connolly, L. M.; Reid, G. E.; Moritz, R. L; Simpson, R. J.; Vaux, D. L. Cell 2000, 102, 43-53.
24. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399-406.
25. O'Hair, R. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1377-81.
26. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V, H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365-74.
27. Cox, K. A.; Gaskell, S. J.; Morris, M.; Whiting, A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 759.
28. Biemann, K. Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988, 16, 99-111.
29. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601.
30. Lagerwerf, F. M.; van de Weert, M.; Heerma, W.; Haverkamp, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1905-10.
31. O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Eur. Mass Spectrom. 1999, 5, 325-34.
32. Simpson, R. J.; Connolly, L. M.; Eddes, J. S.; Pereira, J. J.; Moritz, R. L.; Reid, G. E. Electrophoresis 2000, 21, 1707-32.
33. Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom. 1991, 111, 173-89.
34. Thorne, G. C.; Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. JAm. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 249-57.
35. Yague, J.; Paradela, A.; Ramos, M.; Ogueta, S.; Marina, A.; Barahona, F. ; Lopez de Castro, J. A.; Vazquez, J. Anal. Chem. 2003, 75, 1524-35.
36. Farrugia, J. M.; O'Hair, R. A. J. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 229-42.
37. Schwartz, B. L.; Bursey, M. M. Biol. Mass Spectrom. 1992, 21, 92-6.
38. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1993, 65, 425-38.
39. Addario, V.; Guo, Y.; Chu, I. K.; Ling, Y.; Ruggerio, G.; Rodriquez, C. F.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 101-14.
40. Qin, J.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5411-2.
41. Qin, J.; Chait, B. T. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 191, 313-20.
42. Yu, W.; Vath, J. E.; Huberty, M. C.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 3015-23.
43. Sullivan, A. G.; Brancia, F. L,; Tyldesley, R.; Bateman, R.; Sidhu, K.; Hubbard, S. J.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Int. J. Mass Spectrom, 2001, 210, 665-76.
44. Lee, S. W.; Kim, H. S.; Beauchamp, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3188-95.
45. van Dongen, W. D.; Ruijters, H. F.; Luinge, H. J.; Heerma, W.; Haverkamp, J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1156-62.
46. Huang, Y.; Wysocki, V. H.; Tabb, D. L.; Yates, J. R. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 233-44.
47. Breci, L. A.; Tabb, D. L.; Yates, J. R., III; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2003, 75, 1963-71.
48. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci. L.; Wysocki, V. H.; Lin, D. Y.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155-63.
49. Tang, X. J.; Thibault, P.; Boyd, R. K. Anal. Chem. 1993, 65, 2824-34.
50. Farrugia, J. M.; O'Hair, R. A. J.; Reid, G. E. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 210, 71-87.
51. Hunt, D. F.; Zhu, N.-Z.; Shabanowitz, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1989, 3, 122-4.
52. Eddes, J. S.; Kapp, E. A.; Frecklington, D. F.; Connolly, L. M.; Layton, M. J.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Proteomics Proteonzics 2002, 2, 1097-103.
53. Brancia, F. L.; Butt, A.; Beynon, R. J.; Hubbard, S. J.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G. Electrophoresis 2001, 22, 552-9.
54. Sidhu, K. S.; Sangvanich, P.; Brancia, F. L.; Sullivan, A. G.; Gaskell, S. J.; Wolkenhaue, O.; Oliver, S. G.; Hubbard, S. J. Proteomics 2001, 1, 1368-77.
55. Burlet, O.; Orkiszewski, R. S.; Ballard, K. D.; Gaskell, S. J. Rapid. Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 658-62.
56. Downard, K. M.; Biemann, K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 966-75.
57. Kinter, M.; Sherman, N. E. Protein Sequencing and Identification Using Tandem Mass Spectrometry; Kinter, M., Sherman, N. E., Eds.; Wiley Interscience: New York, 2000; Chapter 4.
58. Loo, J. A.; He, J. X.; Cody, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4542-3.
59. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Zhong, W. Q.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142-54.
60. Moritz, R. L.; Reid, G. E.; Ward, L. D.; Simpson, R. J. Methods: Companion Methods Enzymol. 1994, 6, 213-26.
61. Reid G. E.; Rasmussen, R. K.; Dorow, D. S.; Simpson, R. J. Electrophoresis 1998, 19, 946-55.
62. Ji, H.; Reid, G. E.; Moritz, R. L.; Eddes, J. S.; Burgess, A. W.; Simpson, R. J. Electrophoresis 1997, 18, 605-13.
63. Link, A. J.; Eng J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-82.
64. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates. J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-7.
65. Draper, N. R.; Smith, H. Applied Regression Analysis; John Wiley & Sons: New York, 1966.
66. Tsaprailis, G.; Somogyi, A.; Nikolaev, E. N.; Wysocki, V. H. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 196, 467-79.
67. Gu, C.; Tsaprailis, G.; Breci, L.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2000, 72, 5804-13.
68. Newton, K. A.; Chrisman, P. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 359-76.
69. Thiede, B.; Lamer, S.; Mattow, J.; Siejak, F.; Dimmler, C.; Rudd, T.; Jungblut, P. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 496-502.
70. Gattiker, A.; Bienvenut, W. V.; Bairoch, A.; Gasteiger, E. Proteomics 2002, 2, 1435-44.
71. Chakrabarti, P.; Pal, D. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2001, 76, 1-102.
72. Schlosser, A.; Lehmann, W. D. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1382-90.
73. Eckart, K.; Holthausen, M. C.; Brauninger, T.; Koch, W.; Spiess, J. Proc. 43rd ASMS Conf., Atlanta, 1995, p 1046.
74. Farrugia, J. M.; Taverner, T.; O'Hair, R. A. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 209, 99-112.
75. Yalcin, T.; Harrison, A. G. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1237-43.
76. Engel, B. J.; Pan, P.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 171-87.
77. Radkiewicz, J. L.; Zipse, H.; Clarke, S.; Houk, K. N. J. Chem. Soc. 2001, 123, 3499-506.
78. Havilio, M.; Haddad, Y.; Smilansky, Z. Anal. Chem. 2003, 75, 435-44.
79. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-86.
80. Krause, E.; Wenschuh, H.; Jungbult, P. R. Anal. Chem. 2000, 71, 4160-4165.