Infrared and vibrational CD spectra of partially solvated α-helices: DFT-based simulations with explicit solvent

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 7, 2007, Pages 1834-1845

  Turner, David R ^a   Kubelka, Jan ^a  

^a UNIVERSITY OF WYOMING   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; PROTEINS; VIBRATIONAL SPECTROSCOPY;

INFRARED ABSORPTION (IR); PROPERTY TRANSFER METHOD; VIBRATIONAL CIRCULAR DICHROISM (VCD);

INFRARED SPECTROSCOPY;

EID: 33847754276     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0666840     Document Type: Article

References (43)

1. Barth, A.; Zscherp, C. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 369.
2. Krimm, S.; Bandekar, J. Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181.
3. Keiderling, T. A. Peptide and protein conformational studies with vibrational circular dichroism and related spectroscopies. In Circular Dichroism: Principles and Applications, 2nd ed.; Nakanishi, K., Berova, N., Woody, R. A., Eds.; Wiley: New York, 2000; p 621.
4. Huang, R.; Kubelka, J.; Barber-Armstrong, W.; Silva, R.; Decatur, S. M.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346.
5. Choi, J. H.; Ham, S. Y.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9132.
6. Krimm, S. Interpreting Infrared Spectra of Peptides and Proteins. In Infrared Analysis of Peptides and Proteins: Principles and Applications; ACS Symposium Series; Singh, B. R., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 2000; p 38.
7. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
8. Torii, H.; Tatsumi, T.; Kanazawa, T.; Tasumi, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 309.
9. Huang, C. Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235.
10. Silva, R. A. G. D.; Kubelka, J.; Decatur, S. M.; Bour, P.; Keiderling, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8318.
11. Yoder, G.; Pancoska, P.; Keiderling, T. A. Biochemistry 1997, 36, 15123.
12. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
13. Vu, D. M.; Myers, J. K.; Oas, T. G.; Dyer, R. B. Biochemistry 2004, 31, 3582.
14. Gilmanshin, R.; Williams, S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 3709.
15. Reisdorf, W. C.; Krimm, S. Biochemistry 1996, 35, 1383.
16. Manas, E. S.; Getahun, Z.; Wright, W. W.; Degrado, W. F.; Vanderkooi, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9883.
17. Walsh, S. T. R.; Cheng, R. P.; Wright, W. W.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Vanderkooi, J. M.; DeGrado, W. F. Protein Sci. 2003, 12, 520.
18. Jurgensen, V. W.; Jalkanen, K. Phys. Biol. 2006, 3, S63.
19. Bour, P.; Michalik, D.; Kapitan, J. J. Chem. Phys. 2005, 122.
20. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
21. DeCamp, M. F.; Deplores, L.; McCracken, J. M.; Tokmakoff, A.; Kwac, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016.
22. Ham, S.; Hahn, S.; Lee, C.; Kim, T. K.; Kwak, K.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 9333.
23. Han, W.-G.; Jalkanen, K. J.; Elstner, M.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2587.
24. Tajkhorshid, E.; Jalkanen, K. J.; Suhai, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5899.
25. Kubelka, J.; Huang, R.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8231.
26. Bour, P.; Sopkova, J.; Bednarova, L.; Malon, P.; Keiderling, T. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 646.
27. Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 23687.
28. Bour, P.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. Biopolymers 2002, 65, 45.
29. Yang, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2005, 123.
30. Besley, N. A. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10794.
31. Sun, Y.; Parker, M. H.; Weigele, P.; Casjens, S.; Prevelige, P. E.; Krishna, N. R. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1195.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
33. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
34. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
35. Stephens, P. J. J. Phys. Chem. 1985, 89, 748.
36. Hilario, J.; Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7562.
37. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5325.
38. Kim, J.; Huang, R.; Kubelka, J.; Bour, P.; Keiderling, T. A. J. Phys. Chem. B, in press.
39. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048.
40. Kubelka, J.; Keiderling, T. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6142.
41. Lee, H.; Kim, S. S.; Choi, J. H.; Cho, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5331.
42. Bour, P. J. Chem. Phys. 2004, 121, 7545.
43. Measey, T.; Hagarman, A.; Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 8195.