Exploration of the secondary structure specific differential solvation dynamics between the native and molten globule states of the protein HP-36

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 41, 2006, Pages 20629-20634

  Bandyopadhyay, Sanjoy ^a   Chakraborty, Sudip ^a   Bagchi, Biman ^b  

^a INDIAN INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (India)

^b INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; CORRELATION METHODS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; SOLVENTS;

CHROMOPHORE; CORRELATION FUNCTIONS; MOLTEN GLOBULE (MG) STATE; SOLVATION DYNAMICS; SOLVATION ENERGY;

PROTEINS;

EID: 33751297109     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0633547     Document Type: Article

References (51)

1. Pethig, R. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 177.
2. Nandi, N.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10954.
3. Nandi, N.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 13914-13919.
4. Bagchi, B. Annu. Rep. Prog. Chem., Sect. C: Phys. Chem. 2003, 99, 127.
5. Bagchi, B. Chem. Rev. 2005, 105, 3197.
6. Jordinades, X. J.; Lang, M. J.; Song, X.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B. 1999, 103, 7995.
7. Fleming, G. R. Proc. Natl. Mad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 15161.
8. Bhattacharyya, K. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 95.
9. Pal, S. K.; Mandal, D.; Sukul, D.; Sen, S.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1438.
10. Pal, S. K.; Mandal, D.; Sukul, D.; Sen, S.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1438.
11. Guha, S.; Sahu, K.; Roy, D.; Mondal, S. K.; Roy, S.; Bhattacharyya, K. Biochemistry 2005, 44, 8940.
12. Pal, S. K.; Peon, J.; Bagchi, B.; Zewail, A. H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12376.
13. Pal, S. K.; Peon, J.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1763.
14. Russo, D.; Murarka, R. K.; Hura, G.; Verschell, E.; Copley, J. R. D.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19885.
15. Russo, D.; Hura, G.; Head-Gordon, T. Biophys. J. 2004, 86, 1852.
16. Ptitsyn, O. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 74.
17. Sen, P.; Mukherjee, S.; Dutta, P.; Halder, A.; Mandal, D.; Banerjee, R.; Roy, S.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14563.
18. Sahu, K.; Moldal, S. K.; Ghosh, S.; Roy, D.; Sen, P.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1056.
19. Peon, J.; Pal, S. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 10964.
20. Pal, S. K.; Peon, J.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15297.
21. Rossky, P. J.; Karplus, M.; Rahman, A. Biopolymers 1979, 18, 825.
22. Rossky, P. J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 1913.
23. Levitt, M.; Sharon, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 7557.
24. Tarek, M.; Tobias, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9140.
25. Tarek, M.; Tobias, D. J. Biophys. J. 2000, 79, 3244.
26. Tarek, M.; Tobias, D. J. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 138101.
27. Xu, H.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11929.
28. Cheng, Y. K.; Rossky, P. J. Nature 1998, 392, 696.
29. Marchi, M.; Sterpone, F. Ceccarelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6787.
30. Bizzarri, A. R.; Cannistraro, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6617.
31. Makarov, V.; Andrews, K. A.; Pettitt, B. M. Biopolymers 1998, 45, 469.
32. Makarov, V.; Pettitt, B. M.; Feig, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 376.
33. Zhou, H. X.; Wlodek, S. T.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9280.
34. Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Balasubramanian, S.; Pal, S.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12608.
35. Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Bagchi, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16660.
36. Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Balasubramanian, S.; Bagchi, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4071.
37. Papoian, G. A.; Ulander, J.; Eastwood, M. P.; Luthey-Schulten, Z.; Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3352.
38. Harano, Y.; Kinoshita, M. Chem. Phys. Lett. 2004, 399, 342.
39. Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Bagchi, B. J. Chem. Phys. in press.
40. McKnight, C. J.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 180.
41. McKnight, C. J.; Doering, D. S.; Matsudaira, P. T.; Kim, P. S. J. Mol. Biol. 1996, 260, 126.
42. Doering, D. S.; Matsudaira, P. Biochemistry 1996, 35, 12677.
43. Pope, B.; Way, M.; Matsudaira, P. T.; Weeds, A. FEBS Lett. 1994, 338, 58.
44. Tuckerman, M. E.; Yarne, D. A.; Samuelson, S. O.; Hughs, A. L.; Martyna, G. J. Comput. Phys. Commun. 2000, 128, 333.
45. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
47. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117.
48. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
49. Procacci, P.; Darden, T.; Marchi, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10464.
50. Procacci, P.; Marchi, M.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8799.
51. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon: Oxford, 1987.