Femtosecond study of partially folded states of cytochrome C by solvation dynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 2, 2006, Pages 1056-1062

  Sahu, Kalyanasis ^a   Mondal, Sudip Kumar ^a   Ghosh, Subhadip ^a   Roy, Durba ^a   Sen, Pratik ^a   Bhattacharyya, Kankan ^a  

^a DEPARTMENT OF MATERIALS SCIENCE   (India)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENCE; PROTEINS; SOLVENT EXTRACTION; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; ULTRAFAST PHENOMENA; UREA;

FEMTOSECONDS; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; PICOSECOND; SOLVATION DYNAMICS;

PIGMENTS;

EID: 31544477690     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0538924     Document Type: Article

References (85)

1. (a) Arai M.; Kuwajima, K. Adv. Protein Chem. 2000, 53, 209.
2. (b) Karplus, M. Fold Design 1997, 2, 569.
3. (c) Brygelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 21, 167.
4. (d) Muga, A.; Mantsch, H. H.; Surewicz, W. K. Biochemistry 1991, 30, 7219.
5. (e) Van der Goot, F. G.; Gonzalez-Manas, J. M.; Lakey, J. H.; Pattus, F. Nature Struct. Biol. 1991, 354, 408.
6. (a) Jemmerson, R.; Liu, J.; Hausauer, D.; Lam, K.-P.; Mondino, A.; Nelson, R. D. Biochemistry 1999, 38, 3599.
7. (b) Cortese, J. D.; Voglino, A. L.; Hackenbrock, C. R. Biochemistry 1998, 37,6402.
8. (c) Chattopadhyay, K.; Mazumdar, S. Biochemistry 2003, 42, 14606.
9. (d) Moosavi-Movahedi, A. A.; Chamani, J.; Goto, Y.; Hakimelahi, G. H. J. Biochem. 2003, 133, 93.
10. (e) Das, T. K.; Mazumdar, S.; Mitra, S. Eur. J. Biochem. 1998, 254, 662.
11. (a) Sanghera, N.; Pinheiro, T. J. T. Protein Sci. 2000, 9, 1194.
12. (b) Sedlak, E.; Antalik, M. Biophys. Biochem. Acta 1999, 1434, 347.
13. (c) Davis-Searles, P. R.; Morar, A. S.; Saunderes, A. J.; Erie, D. A.; Pielak, G. J. Biochemistry 1998, 37, 17048.
14. (d) Kamiyama, T.; Sadhide, Y.; Nogusa, Y.; Gekko, K. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1434, 44.
15. (e) Uverski, V. N.; Fink, A. L. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10737.
16. (f) Chalikhin, T. V.; Gindikin, V. S.; Breslauer, K. J. J. Mol. Biol. 1995, 250, 291.
17. (a) Doniach, S. Chem. Rev. 2001, 101, 1763.
18. (b) Kataoka, M.; Kuwajima, K.; Tokunaga, F.; Goto, Y. Protein Sci. 1997, 6, 22.
19. (c) Cassin, G.; Duda, Y.; Holovko, M.; Badiali, J. P.; Pileni, M. P. J. Chem. Phys. 1997, 107, 2683.
20. (d) Kataoka, M.; Nishi, I.; Fujisawa, T.; Ueki, T.; Tokunaga, F.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1995, 249, 215.
21. (a) Dennisov, V. P.; Jonsson, B. H.; Halle, B. Nature Struct. Biol. 1999, 6, 253.
22. (b) Halle, B. Philos. Trans. R. Soc. London B 2004, 359, 1207.
23. (c) Otting, G.; Liepinsh, E.; Wuthrich, K. Science 1991, 254, 974.
24. (d) Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. L. Nature 1988, 335, 694.
25. Rami, B. R.; Krishnamoorthy, G.; Udgaonkar, J. B. Biochemistry 2003, 42, 7986.
26. Lakshmikanth, G. S.; Sridevi, K.; Krishnamoorthy, G.; Udgaonkar, J. B. Nature Struct. Biol. 2001, 8, 799.
27. Hamada, D.; Kidokoro, S.; Fukada, H.; Takahashi, K.; Goto, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 10325.
28. (a) Jordanides, X. J.; Lang, M. J.; Song, X.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7995.
29. (b) Guha, S.; Sahu, K.; Roy, D.; Mondai, S. K.; Roy, S.; Bhattacharyya, K. Biochemistry 2005, 44, 8940.
30. (c) Mandal, D.; Sen, S.; Sukul, D.; Bhattacharyya, K.; Mandai, A. K.; Banerjee R.; Roy, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 10741.
31. (d) Pal, S. K.; Mandai, D.; Sukul, D.; Sen, S.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1438.
32. (e) Vincent, M.; Gilles, A.-M.; de la Sierra, I. M.; Briozzo, P.; Barzu, O.; Gallay, J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11286.
33. (a) Bagchi, B. Chem. Rev. 2005, 105, 3197.
34. (b) Nandi, N.; Bhattacharyya, K.; Bagchi, B. Chem. Rev. 2000, 100, 2013.
35. (b) Bhattacharyya, K.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 10603.
36. (c) Bhattacharyya, K. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 95.
37. (d) Pal, S. K.; Zewail, A. H. Chem. Rev. 2004, 104, 2099.
38. Sen, P.; Mukherjee, S.; Dutta, P.; Halder, A.; Mandai, D.; Banerjee, R.; Roy S.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 14563.
39. Mondai, S. K.; Roy, D.; Sahu, K.; Mukherjee, S.; Halder, A.; Bhattacharyya, K. J. Mol. Liq. in press.
40. (a) Chowdhury, P. K.; Halder, M.; Sanders, L.; Arnold, R. A.; Liu, Y.; Armstrong, D. W.; Kundu, S.; Hargrove, M. S.; Song, X.; Petrich J. W. Photochem. Photobiol. 2004, 79, 440.
41. (b) Sen, P.; Roy, D.; Sahu, K.; Mondal, S. K.; Bhattacharyya, K. Chem. Phys. Lett. 2004, 395, 58.
42. (a) Nilsson, L.; Halle, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 13867.
43. (b) Levitt, M.; Sharon, R. Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A. 1988, 95, 7557.
44. (c) Marchi, M.; Sterpone, F.; Ceccarelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6787.
45. (d) Bandyopadhyay, S.; Chakraborty, S.; Balasubramanian, S.; Bagchi, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4071.
46. (e) Makarov, V.; Petit, B. M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 376.
47. Russo, D.; Murarka, R. K.; Copley, J. R. D.; Head-Gordon, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12966.
48. (a) Jarzeba, W.; Walker, G. C.; Johnson, A. E.; Kahlow, M. A.; Barbara, P. F. J. Phys. Chem. 1988, 92, 7039.
49. (b) Jimenez, R.; Fleming, G. R.; Kumar, P. V.; Maroncelli, M. Nature 1994, 369, 471.
50. (b) Nandi, N.; Roy, S.; Bagchi, B. J. Chem. Phys. 1995, 102, 1390.
51. (d) Fecko, C. J.; Eaves, J. D.; Loparo, J. J.; Tokmakoff, A.; Geissler, P. L. Science 2003, 301, 1698.
52. Nandi, N.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10954.
53. (a) Maroncelli, M.; Fleming, G. R. J. Chem. Phys. 1987, 86, 6221.
54. (b) Fee, R. S.; Maroncelli, M. Chem. Phys. 1994, 183, 235.
55. (c) Horng, M. L.; Gardecki, J. A.; Papazayan, A.; Maroncelli, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17311.
56. (d) Maroncelli, M. J. Mol. Liq. 1993, 57, 1.
57. Jones, G., II; Jackson, W. R.; Choi, C.-Y.; Bergmark, W. R. J. Phys. Chem. 1985, 89, 294.
58. (a) Kholodenko, Y.; Volk, M.; Gooding, E.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 2000, 259, 71.
59. (b) Lian, T.; Locke, B.; Kholodenko, Y.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11648.
60. (c) Genberg, L.; Heisel, F.; Mclendon, G.; Dwayne Miller, R. J. J. Phys. Chem. 1987, 91, 5521.
61. (d) Mizutani, Y.; Kitagawa, T. Science 1997, 278, 443.
62. (e) Henry, E: R.; Eaton, W. A. Hochstrasser, R. M. Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A. 1986, 83, 8982.
63. (f) Halder, M.; Das, K.; Chowdhury, P. K.; Kundu, S.; Hargrove, M. S.; Petrich, J. W. J. Phys. Chem, B 2003, 107, 9933.
64. (a) Vasilescu, M.; Angelescu, D.; Almgren, M.; Valstar, A. Langmuir 1999, 15, 2635.
65. (b) Meszaros, R.; Varga, I.; Gilanyi, T. J. Phys. Chem. B 2005, 109 (28), 13538-13544.
66. (c) Nörenberg, R.; Klingler, J.; Horn, D. Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1626.
67. (d) Moren, A. K.; Nyden, M.; Sodernan, O.; Khan, A. Langmuir 1999, 15, 5480.
68. (a) Pal, S.; Bagchi, B.; Balasubramanian, S. J. Phys. Chem, B 2005, 109, 12879.
69. (b) Faeder, J.; Ladanyi, B. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12529.
70. (c) Faeder, J.; Ladanyi, B. M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6732.
71. (d) Pal, S.; Balasubramanian, S.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5194.
72. (e) Bruce, C. D.; Senapati, S.; Berkowitz, M. L.; Perera, L.; Forbes, M. D. E. J. Phys. Chem. B 2002, 16, 10902.
73. (f) Senapati, S.; Chandra, S. J. Phys. Chem. B 2001, 15, 5106.
74. (a) Gomez, J. A.; Thompson, W. H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20144.
75. (b) Thompson, W. H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8125.
76. (c) Panatano, D. A.; Laria, D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2971.
77. (d) Panatano, D. A.; Sonoda, M. T.; Skaf, M. S.; Laria, D. J. Phys. Chem. B 2005, 107, 2971.
78. (a) Klimov, D. K.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 14760.
79. (b) Bennion, B. J.; Dagge, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 5142.
80. (c) Sokolic, F.; Idrissi, A.; Perera, A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 1636.
81. (d) Sharp, K. A.; Madan, B.; Manas, E.; Vanderkooi, J. M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1791.
82. (e) Kuharski, R. A.; Rossky, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 5794.
83. (a) Sen, S.; Sukul, D.; Dutta, P.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3763.
84. (b) Halder, A.; Sen, P.; Das Burman, A.; Bhattacharyya, K. Langmuir 2004, 20, 653.
85. (c) Dutta, P.; Sen, P.; Halder, A.; Mukherjee, S.; Sen, S.; Bhattacharyya, K. Chem. Phys. Lett. 2003, 377, 229.