Understanding electron attachment to the DNA double helix: The thymidine monophosphate-adenine pair in the gas phase and aqueous solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 39, 2006, Pages 19696-19703

  Gu, Jiande ^a,b   Xie, Yaoming ^b   Schaefer III, Henry F ^b  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b UNIVERSITY OF GEORGIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRON ABSORPTION; GEOMETRY; MATHEMATICAL MODELS; PHASE EQUILIBRIA; PHOSPHATES;

DEPROTONATION; ELECTRON AFFINITY; SOLVATION; THYMINE;

DNA SEQUENCES;

EID: 33750316843     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp064852i     Document Type: Article

References (92)

1. Steenken, S.; Telo, J. P.; Novais, H. M.; Candeias, L. P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4701.
2. Becker, D.; Sevilla, M. D. In Advances in Radiation Biology; Lett. J. T., Sinclair, W. K., Eds.; Academic Press: New York, 1993; Vol. 17, pp 121-180.
3. Colson, A. O.; Seville, M. D. Int. J. Radiat. Biol. 1995, 67, 627.
4. Desfrancois, D.; Abdoul-Carime, H.; Schermann, J. P. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7792.
5. Kelley, S. O.; Barton, J. K. Science 1999, 283, 375.
6. Ratner, M. Nature 1999, 397, 480.
7. Hall, D. B.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Nature 1996, 382, 731.
8. Steenken, S. Biol. Chem. 1997, 378, 129.
9. Taubes, G. Science 1997, 275, 1420.
10. Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6942.
11. Messer, A.; Carpenter, K.; Forzley, K.; Buchanan, J.; Yang, S.; Razskazovskii, Y.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 1128.
12. Giese, B.; Spichty, M. Chem. Phys. Chem. 2000, 1, 195.
13. Giese, B.; Spichty, M.; Wessely, S. Pure Appl. Chem. 2001, 73, 449.
14. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 260.
15. Bixon, M.; Jortner, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10322.
16. Huels, M. A.; Hahndorf, I.; Illengerger, E.; Sanche, L. J. Chem. Phys. 1998, 108, 1309.
17. Boudaiffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche, L. Science 2000, 287, 1658.
18. Pan, X.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 208102.
19. Caron, L. G.; Sanche, L. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 113201.
20. Zheng, Y.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Wagner, J. R.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1002.
21. Barrios, R.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 7991.
22. Chen, E. C. M.; Chen, E. S. D.; Wentworth, W. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 171, 97.
23. Wiley J. R.; Robinson, J. M.; Chen, E. C. M.; Chen, E. S. D.; Wentworth, W. E. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991, 180, 841.
24. Hendricks, J. H.; Lyzpustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7788.
25. Desfrancois, D.; Perquet, V.; Bouteiller, Y.; Schermann, J. P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1274.
26. Schiedt, J.; Weinkauf, R.; Neumark, D. M.; Schlag, E. W. Chem. Phys. 1998, 239, 511.
27. Chen, E. C. M.; Chen, E. S. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7835.
28. Periquet, V.; Moreau, A.; Carles, S.; Schermann, J. P.; Desfrancois, C. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2000, 106, 141.
29. Hendricks, J. H.; Lyzpustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1998, 108, 8.
30. Oyler, N. A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11122.
31. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Schulz, C. P.; Schermann, J. P. Science 1995, 269, 1707.
32. Nir, E.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Nature 2000, 408, 949.
33. (b) Radisic, D.; Bowen, K. H.; Dabkowska, I.; Storoniak, P.; Rak, J. Gutowski, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6443.
34. Nir, E.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8091.
35. Nir, E.; Muller, M.; Grace, L. I.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 59.
36. Nir, E.; Plutzer, C.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Eur. Phys. J. D. 2002, 20, 317.
37. Rozenberg, M.; Jung, C.; Shoham, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 1533.
38. Freitas, M. A.; Shi, S. D.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10187.
39. Sevilla, M. D.; Besler, B.; Colson, A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1060.
40. Desfrancois, C.; Abdoul-Carime, H.; Carles, S.; Periquet, V.; Schermann, J. P.; Smith, D. M. A.; Adamowicz, L. J. Chem. Phys. 1999, 110, 11876.
41. Smith, D. M. A.; Jalbout, A. F.; Smets, J.; Adamowicz, L. Chem. Phys. 2000, 260, 45.
42. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. Chem. Phys. Lett. 2000, 322, 129.
43. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8782.
44. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchev, P. N.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4023.
45. Li, X.; Sevilla, M. D.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8916.
46. Russo, N.; Roscano, M.; Grand, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1243.
47. Rienstra-Kiracofe, J. C.; Tschumper, G. S.; Schaefer, H. F.; Nandi, S.; Ellison, G. B. Chem. Rev. 2002, 102, 231.
48. Colson, A. O.; Besler, B.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 9787.
49. Al-Jihad, I.; Smets, J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2994.
50. Smets, J.; Jalbout, A. F.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 342.
51. Saettel, N. J.; Wiest, O. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2693.
52. Smets, J.; Smith, D. M. A.; Elkadi, Y.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9152.
53. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 7912.
54. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10115.
55. Li, X.; Cai, Z.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9345.
56. Reynisson, J.; Steenken, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 5353.
57. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10163.
58. Richardson, N. A.; Wesolowski, S. S.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 848.
59. Harris, D. G.; Shao, J.; Anderson, J. M.; Marx, D. P.; Zimmerman, S. S. Nucleosides, Nucleotides, Nucleic Acids 2002, 21, 803.
60. Voityuk, A. A.; Michel-Beyerle, M.; Rosch, N. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 231.
61. Richardson, N. A.; Gu, J.; Wang, S.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4404.
62. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13067.
63. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1250.
64. Bao, X.; Wang, J.; Gu, J.; Leszczynski, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 5658.
65. Berdys, J.; Ansiewicz, I.; Skurski, P.; Simons, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6441.
66. Barrios, R.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. B 2002, 16, 7991.
67. Berdys, J.; Ansiewicz, I.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 2999.
68. Berdys, J.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5800.
69. Gu, J.; Xie, Y.; Schaefer, H. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1053.
70. Skurski, P.; Simons, J. J. Chem. Phys. 2000, 112, 6563.
71. Foresman, J. B.; Keith, T. A.; Wiberg, K. B.; Snoonian, J.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16098.
72. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
73. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
74. Huzinaga, S. J. Chem. Phys. 1965, 42, 1293.
75. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1970, 53, 2823.
76. (b) Dunning, T. H.; Hay, P. J. Methods of Electronic Structure Theory; Schaefer, H. F., Ed.; Plenum: New York, 1977; pp 1-27.
77. Pliego, T. J.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7241.
78. (b) Takano, Y.; Houk, K. N. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 70.
79. Frisch, M. J.; et al. Gaussian 03, version c.02; Gaussian, Inc.: Wallingford CT, 2004.
80. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735.
81. Reed, A. E.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 1736.
82. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899.
83. Reed, A. E.; Schleyer, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1434.
84. Huels, M. A.; Boudaiffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4467.
85. Zheng, Y.; Cloutier, P.; Hunting, D. J.; Wagner, J. R.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1002.
86. Abdoul-Carime, H.; Gohlke, S.; Fischbach, E.; Scheike, J.; Illenberger, E. Chem. Phys. Lett. 2004, 387, 267.
87. Li, X.; Sevilla, M. D.; Sanche, L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13668.
88. Verlet, J. R. R.; Bragg, A. E.; Kammrath, A.; Cheshnovsky, O.; Neumark, D. M. Science 2005, 307, 93.
89. Headrick, J. M.; Diken, E. G.; Walters, R. S.; Hammer, N. I.; Christie, R. A.; Cui, J.; Myshakin, E. M.; Duncan, M. A.; Johnson, M. A.; Jordan, K. D. Science 2005, 308, 1765.
90. Bragg, A. E.; Verlet, J. R. R.; Kammrath, A.; Cheshnovsky, O.; Neumark, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15283.
91. Coe, J. V.; Arnold, S. T.; Eaton, J. G.; Lee, G. H.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 2006, 125, 014315.
92. Barnett, R. N.; Cleveland, C. L.; Joy, A.; Landman, U.; Schuster, G. B. Science 2001, 294, 567.