Examining interactions of HIV-1 reverse transcriptase with single-stranded template nucleotides by nucleoside analog interference

Journal of Biological Chemistry

Volumn 281, Issue 38, 2006, Pages 27873-27881

  Dash, Chandravanu ^a   Fisher, Timothy S ^b,c   Prasad, Vinayaka R ^b   Le Grice, Stuart F J ^a  

^a NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

^b ALBERT EINSTEIN COLLEGE OF MEDICINE   (United States)

^c MERCK RESEARCH LABORATORIES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOSYNTHESIS; CATALYST ACTIVITY; CONFORMATIONS; CRYSTALLOGRAPHY; NUCLEIC ACID SEQUENCES; VIRUSES;

CATALYTIC CENTER; DNA SYNTHESIS; METHYLPHOSPHONATE LINKAGES; NUCLEOSIDE ANALOG INTERFERENCE;

ENZYME KINETICS;

METHYLPHOSPHONIC ACID; NUCLEOSIDE DERIVATIVE; NUCLEOTIDE DERIVATIVE; PHENYLALANINE DERIVATIVE; RNA DIRECTED DNA POLYMERASE; TETRAHYDROFURAN DERIVATIVE;

ARTICLE; CONTROLLED STUDY; DNA REPLICATION; DNA SYNTHESIS; DNA TEMPLATE; ESCHERICHIA COLI; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN INTERACTION;

DNA; HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE; KINETICS; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; TEMPLATES, GENETIC;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1;

EID: 33748794766     PISSN: 00219258     EISSN: 1083351X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1074/jbc.M603970200     Document Type: Article

References (56)

1. Kohlstaedt, L. A., Wang, J., Friedman, J. M., Rice, P. A., and Steitz, T. A. (1992) Science 256, 1783-1790
2. Jacobo-Molina, A., Ding, J., Nanni, R. G., Clark, A. D., Jr., Lu, X., Tantillo, C., Williams, R. L., Kamer, G., Ferris, A. L., Clark, P., Hizi, A., Hughes, S. H., and Arnold, E. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 90, 6320-6324
3. Rodgers, D. W., Gamblin, S. J., Harris, B. A., Ray, S., Culp, J. S., Hellmig, B., Woolf, D. J., Debouck, C., and Harrison, S. C. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 92, 1222-1226
4. Ding, J., Das, K., Tantillo, C., Zhang, W., Clark, A. D., Jr., Jessen, S., Lu, X., Hsiou, Y., Jacobo-Molina, A., Andries, K., Pauwels, R., Moereels, H., Koymans, L., Janssen, P. A. J., Smith, Jr., R. H., Koepke, M. K., Michejda, C. H., Hughes, S. H., and Arnold, E. (1995) Structure 3, 365-379
5. Hsiou, Y., Ding, J., Das, K., Clark, A. D., Jr., Hughes, S. H., and Arnold, E. (1996) Structure 4, 853-860
6. Sarafianos, S. G., Das, K., Tantillo, C., Clark, A. D., Jr., Ding, J., Whitcomb, J. M., Boyer, P. L., Hughes, S. H., and Arnold, E. (2001) EMBO J. 20, 1449-1461
7. Huang, H., Chopra, R., Verdine, G. L., and Harrison, S. C. (1998) Science 282, 1669-1675
8. Bebenek, K., Beard, W. A., Darden, T. A., Li, L., Prasad, R., Luton, B. A., Gorenstein, D. G., Wilson, S. H., and Kunkel, T. A. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 194-197
9. Ding, J., Das, K., Hsiou, Y., Sarafianos, S. G., Clark, A. D., Jr., Jacobo-Molina, A., Tantillo, C., Hughes, S. H., and Arnold, E. (1998) J. Mol. Biol. 284, 1095-1111
10. Klarmann, G. J., Smith, R. A., Schinazi, R. F., North, T. W., and Preston, B. D. (2000) J. Biol. Chem. 275, 359-366
11. Ghosh, M., Jacques, P. S., Rodgers, D. W., Ottman, M., Darlix, J. L., and Le Grice, S. F. (1996) Biochemistry 35, 8553-8562
12. Ghosh, M., Williams, J., Powell, M. D., Levin, J. G., and Le Grice, S. F. (1997) Biochemistry 36, 5758-5768
13. Palaniappan, C., Wisniewski, M., Jacques, P. S., Le Grice, S. F., Fay, P. J., and Bambara, R. A. (1997) J. Biol. Chem. 272, 11157-11164
14. Wohrl, B. M., Krebs, R., Thrall, S. H., Le Grice, S. F., Scheidig, A. J., and Goody, R. S. (1997) J. Biol. Chem. 272, 17581-17587
15. Yu, Q., Ottmann, M., Pechoux, C., Le Grice, S., and Darlix, J. L. (1998) J. Virol. 72, 7676-7680
16. Powell, M. D., Beard, W. A., Bebenek, K., Howard, K. J., Le Grice, S. F., Darden, T. A., Kunkel, T. A., Wilson, S. H., and Levin, J. G. (1999) J. Biol. Chem. 274, 19885-19893
17. Wisniewski, M., Palaniappan, C., Fu, Z., Le Grice, S. F., Fay, P., and Bambara, R. A. (1999) J. Biol. Chem. 274, 28175-28184
18. Latham, G. J., Forgacs, E., Beard, W. A., Prasad, R., Bebenek, K., Kunkel, T. A., Wilson, S. H., and Lloyd, R. S. (2000) J. Biol. Chem. 275, 15025-15033
19. Prasad, V. R., Lowy, I., de los Santos, T., Chiang, L., and Goff, S. P. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 88, 11363-11367
20. Kew, Y., Qingbin, S., and Prasad, V. R. (1994) J. Biol. Chem. 269, 15331-15336
21. Goodman, M. F., Cai, H., Bloom, L. B., and Eritja, R. (1994) Ann. N. Y. Acad. Sci. 726, 132-142
22. Latham, G. J., and Lloyd, R. S. (1994) J. Biol. Chem. 269, 28527-28530
23. Chary, P., Harris, C. M., Harris, T. M., and Lloyd, R. S. (1997) J. Biol. Chem. 272, 5805-5813
24. Malins, D. C., Polissar, N. L., Ostrander, G. K., and Vinson, M. A. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 97, 12442-12445
25. Rausch, J. W., Qu, J., Yi-Brunozzi, H. Y., Kool, E. T., and Le Grice, S. F. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 100, 11279-11284
26. Dash, C., Yi-Brunozzi, H. Y., and Le Grice, S. F. (2004) J. Biol. Chem. 279, 37095-37102
27. Bibillo, A., Lener, D., Tewari, A., and Le Grice, S. F. (2005) J. Biol. Chem. 280, 30282-30290
28. Yi-Brunozzi, H. Y., and Le Grice, S. F. (2005) J. Biol. Chem. 280, 20154-20162
29. Gutierrez-Rivas, M., and Menendez-Arias, L. (2001) Nucleic Acids Res. 29, 4963-4972
30. Zhang, W. H., Svarovskaia, E. S., Barr, R., and Pathak, V. K. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 99, 10090-10095
31. Mbisa, J. L., Nikolenko, G. N., and Pathak, V. K. (2005) J. Virol. 79, 419-427
32. Wohrl, B. M., Tantillo, C., Arnold, E., and Le Grice, S. F. (1995) Biochemistry 34, 5343-5356
33. Peletskaya, E. N., Boyer, P. L., Kogon, A. A., Clark, P., Kroth, H., Sayer, J. M., Jerina, D. M., and Hughes, S. H. (2001) J. Virol. 75, 9435-9445
34. Fisher, T. S., and Prasad, V. R. (2002) J. Biol. Chem. 277, 22345-22352
35. Fisher, T. S., Darden, T., and Prasad, V. R. (2003) J. Mol. Biol. 325, 443-459
36. Lener, D., Kvaratskhelia, M., and Le Grice, S. F. (2003) J. Biol. Chem. 278, 26526-26532
37. Dash, C., Marino, J. P., and Le Grice, S. F. J. (2006) J. Biol. Chem. 281, 2773-2783
38. Petersen, M., Nielsen, C. B., Nielsen, K. E., Jensen, G. A., Bondensgaard, K., Singh, S. K., Rajwanshi, V. K., Koshkin, A. A., Dahl, B. M., Wengel, J., and Jacobsen, J. P. (2000) J. Mol. Recognit. 13, 44-53
39. Cannistraro, V. J., and Taylor, J. S. (2004) J. Biol. Chem. 279, 18288-18295
40. Gao, R., Claeboe, C. D., Eisenhauer, B. M., and Hecht, S. M. (2004) Biochemistry 43, 6167-6181
41. Lhomme, J., Constant, J. F., and Demeunynck, M. (1999) Biopolymers 52, 65-83
42. Hoehn, S. T., Turner, C. J., and Stubbe, J. (2001) Nucleic Acids Res. 29, 3413-3423
43. Ling, H., Boudsocq, F., Woodgate, R., and Yang, W. (2004) Mol. Cell 13, 751-762
44. Zuker, M. (2003) Nucleic Acids Res. 31, 3406-3415
45. Le Grice, S. F., Naas, T., Wohlgensinger, B., and Schatz, O. (1991) EMBO J. 10, 3905-3911
46. Le Grice, S. F., Cameron, C. E., and Benkovic, S. J. (1995) Methods Enzymol. 262, 130-144
47. Boosalis, M. S., Mosbaugh, D. W., Hamatake, R., Sugino, A., Kunkel, T. A., and Goodman, M. F. (1989) J. Biol. Chem. 264, 11360-11366
48. Allawi, H. T., Kaiser, M. W., Onufriev, A. V., Ma, W. P., Brogaard, A. E., Case, D. A., Neri, B. P., and Lyamichev, V. I. (2003) J. Mol. Biol. 328, 537-554
49. Huang, X., Kolbanovskiy, A., Wu, X., Zhang, Y., Wang, Z., Zhuang, P., Amin, S., and Geacintov, N. E. (2003) Biochemistry 42, 2456-2466
50. Furge, L. L., and Guengerich, F. P. (1998) Biochemistry 37, 3567-3574
51. Cai, H., Bloom, L. B., Eritja, R., and Goodman, M. F. (1993) J. Biol. Chem. 268, 23567-23572
52. Lanchy, J. M., Keith, G., Le Grice, S. F., Ehresmann, B., Ehresmann, C., and Marquet, R. (1998) J. Biol. Chem. 273, 24425-24432
53. Lanchy, J. M., Isel, C., Keith, G., Le Grice, S. F., Ehresmann, C., Ehresmann, B., and Marquet, R. (2000) J. Biol. Chem. 275, 12306-12312
54. Rigourd, M., Lanchy, J. M., Le Grice, S. F., Ehresmann, B., Ehresmann, C., and Marquet, R. (2000) J. Biol. Chem. 275, 26944-26951
55. Goldschmidt, V., Rigourd, M., Ehresmann, C., Le Grice, S. F., Ehresmann, B., and Marquet, R. (2002) J. Biol. Chem. 277, 43233-43242
56. Boyer, P. L., Sarafianos, S. G., Arnold, E., and Hughes, S. H. (2002) J. Virol. 76, 3248-3256