Topology of an outer-membrane enzyme: Measuring oxygen and water contacts in solution NMR studies of PagP

Journal of the American Chemical Society

Volumn 128, Issue 25, 2006, Pages 8256-8264

  Evanics, Ferenc ^a   Hwang, Peter M ^a   Cheng, Yao ^a   Kay, Lewis E ^a   Prosser, R Scott ^a  

^a UNIVERSITY OF TORONTO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIA; HYDROPHOBICITY; MICELLES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; OXYGEN; PARAMAGNETIC RESONANCE; PARAMAGNETISM; TOPOLOGY;

AZIMUTHALLY AVERAGED QUANTITY; OUTER-MEMBRANE ENZYMES; PARAMAGNETIC RATES; TRANSMEMBRANE RESIDUES;

ENZYME KINETICS;

BACTERIAL ENZYME; DODECYLPHOSPHORYLCHOLINE; OUTER MEMBRANE PROTEIN; OXYGEN; PROTEIN PAGP; UNCLASSIFIED DRUG; WATER;

ALPHA HELIX; ARTICLE; BACTERIAL OUTER MEMBRANE; BETA SHEET; ELECTRON SPIN RESONANCE; ENZYME LOCALIZATION; HYDROPHOBICITY; MICELLE; NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT; STEREOCHEMISTRY; SURFACE PROPERTY;

ACYLTRANSFERASES; CELL MEMBRANE; ESCHERICHIA COLI PROTEINS; HYDROPHOBICITY; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; MODELS, MOLECULAR; OXYGEN; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SOLUTIONS; SURFACE PROPERTIES; WATER;

EID: 33745670602     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja0610075     Document Type: Article

References (49)

1. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 727-730.
2. Pervushin, K.; Riek, R.; Wider, G.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12366-12371.
3. Salzmann, M.; Pervushin, K.; Wider, G.; Senn, H.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13585-13590.
4. Fernandez, C.; Adeishvili, K.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2358-2363.
5. Hwang, P. M.; Choy, W. Y.; Lo, E. I.; Chen, L.; Forman-Kay, J. D.; Raetz, C. R. H.; Prive, G. G.; Bishop, R. E.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 13560-13565.
6. Hwang, P. M.; Bishop, R. E.; Kay, L. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9618-9623.
7. Tamm, L. K.; Abildgaard, F.; Arora, A.; Blad, H.; Bushweller, J. H. FEBS Lett. 2003, 555, 139-143.
8. Fernandez, C.; Hilty, C.; Wider, G.; Guntert, P.; Wuthrich, K. J. Mol. Biol. 2004, 336, 1211-1221.
9. Oxenoid, K.; Kim, H. J.; Jacob, J.; Sonnichsen, F. D.; Sanders, C. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5048-5049.
10. Fernandez, C.; Wuthrich, K. FEBS Lett. 2003, 555, 144-150.
11. Roosild, T. P.; Greenwald, J.; Vega, M.; Castronovo, S.; Riek, R.; Choe, S. Science 2005, 307, 1317-1321.
12. Tian, C. L.; Breyer, R. M.; Kim, H. J.; Karra, M. D.; Friedman, D. B.; Karpay, A.; Sanders, C. R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8010-8011.
13. Oxenoid, K.; Chou, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10870-10875.
14. Ma, C.; Opella, S. J. J. Magn. Reson. 2000, 146, 381-384.
15. Chou, J. J.; Kaufman, J. D.; Stahl, S. J.; Wingfield, P. T.; Bax. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2450-2451.
16. Losonczi, J. A.; Olejniczak, E. T.; Betz, S. F.; Harlan, J. E.; Mack, J.; Fesik, S. W. Biochemistry 2000, 39, 11024-11033.
17. Fernandez, C.; Hilty, C.; Wider, G.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 13533-13537.
18. Roosild, T. P.; Greenwald, J.; Vega, M.; Castronovo, S.; Riek, R.; Choe, S. Science 2005, 307, 1317-1321.
19. Bishop, R. E.; Gibbons, H. S.; Guina, T.; Trent, M. S.; Miller, S. I.; Raetz, C. R. H. EMBO J. 2000, 19, 5071-5080.
20. Ahn, V. E.; Lo, E. I.; Engel, C. K.; Chen, L.; Hwang, P. M.; Kay, L. E.; Bishop, R. E.; Prive, G. G. EMBO J. 2004, 23, 2931-2941.
21. Altenbach, C.; Marti, T.; Khorana, H. G.; Hubbell, W. L. Science 1990, 248, 1088-1092.
22. Prosser, R. S.; Luchette, P. A.; Westerman, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9967-9971.
23. Prosser, R. S.; Luchette, P. A.; Westerman, P. W.; Rozek, A.; Hancock, R. E. W. Biophys. J. 2001, 80, 1406-1416.
24. Luchette, P. A.; Prosser, R. S.; Sanders, C. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1778-1781.
25. Teng, C. L.; Bryant, R. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 2667-2668.
26. Hernandez, G.; Teng, C. L.; Bryant, R. G.; LeMaster, D. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4463-4472.
27. Teng, C. L.; Hong, H.; Kiihne, S.; Bryant, R. G. J. Magn. Reson. 2001, 148, 31-34.
28. Salzmann, M.; Wider, G.; Pervushin, K.; Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1999, 15, 181-184.
29. Pervushin, K.; Riek, R.; Wider, G.; Wüthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12366-12371.
30. Yang, D. W.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 1999, 13, 3-10.
31. Gemmecker, G.; Jahnke, W.; Kessler, H. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11620-11621.
32. Hwang, T. L.; Mori, S.; Shaka, A. J.; vanZijl, P. C. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6203-6204.
33. Nielsen, R. D.; Che, K. P.; Gelb, M. H.; Robinson, B. H. J. Am. Chem. Soc. 2002, 127, 6430-6442.
34. Al-Abdul-Wahid; Yu, C. H.; Batruch, I.; Evanics, F.; Pomès, R.; Prosser, R. S. Biochemistry 2006, submitted.
35. Windrem, D. A.; Plachy, W. Z. Biochim. Biophys. Acta 1980, 600, 655-665.
36. Dzikovski, B. G.; Livshits, V. A.; Marsh, D. Biophys. J. 2003, 85, 1005-1012.
37. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
38. Tugarinov, V.; Kay, L. E. Chembiochem 2005, 6, 1567-1577.
39. Kay, L. E. J. Magn. Reson. 2005, 173, 193-207.
40. Tugarinov, V.; Hwang, P. M.; Ollerenshaw, J. E.; Kay, L. E. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10420-10428.
41. de Planque, M. R. R.; Killian, J. A. Mol. Membr. Biol. 2003, 20, 271-284.
42. Dill, K. A.; Flory, P. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 676-680.
43. Bussell, R., Jr.; Ramlall, T. F.; Eliezer, D. Protein Sci. 2005, 14, 862-872.
44. Brown, L. R.; Braun, W.; Kumar, A.; Wuthrich, K. Biophys. J. 1982, 37, 319-328.
45. Papavoine, C. H. M.; Konings, R. N. H.; Hilbers, C. W.; van de Ven, F. J. M. Biochemistry 1994, 33, 12990-12997.
46. Brunecky, R.; Lee, S.; Rzepecki, P. W.; Overduin, M.; Prestwich, G. D.; Kutateladze, A. G.; Kutateladze, T. G. Biochemistry 2005, 44, 16064-16071.
47. Bisaglia, M.; Tessari, I.; Pinato, L.; Bellanda, M.; Giraudo, S.; Fasano, M.; Bergantino, E.; Bubacco, L.; Mammi, S. Biochemistry 2005, 44, 329-339.
48. Altenbach, C.; Greenhalgh, D. A.; Khorana, H. G.; Hubbell, W. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 1667-1671.
49. Amovilli, C.; Floris, F. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 363-368.