Isomerization of a Peptidic Fragment Studied Theoretically in Vacuum and in Explicit Water Solvent at Finite Temperature

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 13, 2004, Pages 4080-4081

  Mantz, Yves A ^a   Gerard, Helene ^b   Iftimie, Radu ^c   Martyna, Glenn J ^a  

^a IBM T J WATSON RESEARCH CENTER   (United States)

^b LABORATOIRE DE CHIMIE THÉORIQUE   (France)

^c NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; CHEMICAL BOND; CHEMICAL INTERACTION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRON TRANSPORT; ENERGY; ISOMERISM; MOLECULAR DYNAMICS; POLARIZATION; STRUCTURE ANALYSIS; TEMPERATURE SENSITIVITY; THEORY;

EID: 1842450599     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja030512o     Document Type: Article

References (31)

1. Pappenberger, G.; Aygün, H.; Engels, J. W.; Reimer, U.; Fischer, G. ; Kiefhaber, T. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 452.
2. Schiene-Fischer, C.; Habazettl, J.; Schmid, F. X.; Fischer, G. Nat. Struct. Biol. 2002. 9, 419.
3. Dixit, S.; Crain, J.; Poon, W. C. K.; Finney, J. L.; Soper, A. K. Nature 2002, 416, 829.
4. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rey. Lett. 1985, 55, 2471.
5. Tuckerman, M. E.; Yarne, D. A.; Samuelson, S. O.; Hughes, A. L.; Martyna, G. J. Comput. Phys. Commun. 2000. 128, 333.
6. Samuelson, S. O.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 11061.
7. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R. Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A. Jr.; Stratmann, R. E. ; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain; M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Salvador. P.; Dannenberg, J. J.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J. ; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez. C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson. B. G.; Chen. W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle. E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A. 11; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA. 2001.
8. (a) Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
9. (b) Lee. C.; Yang. W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37. 785.
10. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao. J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.. III: Roux, B. ; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin. D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
11. e (kcal/mol): 3.9, 4.2/2.4, 12.6 (DFT), 4.2, 4.6/2.3. 13.4 (MP2/6-311+G**), 4.1, 4.1/1.8, 20.4 (C22).
12. Cuevas, G.; Renugopalakrishnan, V.; Madrid, G.; Hagler, A. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1490.
13. Kang, Y. K. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2001, 546, 183.
14. Martínez, A. G.; Vilar, E. T.; Fraile, A. G.; Martí nez-Ruiz, P. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 4942.
15. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5877.
16. Luque, F. J.; Orozco, M. J. Org. Chem. 1993, 58, 6397.
17. Langley, C. H.; Allinger, N. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5638.
18. Wiberg, K. B.; Laidig, K. E. J. Aro. Chem. Soc. 1987. 109, 5935.
19. For example, see: (a) Fogarasi, G.; Szalay, P. G. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 1400.
20. (b) Basch, H.; Hoz, S. Chem. Phys. Lett. 1998. 294, 117.
21. (c) Quiñonero, D.; Frontera, A.; Capó, M.; Ballester, P; Suñer, G. A.; Garau, C.; Deyá, P. M. New J. Chem. 2001. 25, 259.
22. (d) Mo, Y.; Schleyer, P. v. R.; Wu, W.; Lin, M.; Zhang, Q.; Gao, J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10011.
23. Wannier, G. H. Phys. Rev. 1937, 52, 191.
24. Foster, J. M.; Boys, S. F. Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 300.
25. Iftimie, R.; Thomas, J. W.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2169.
26. Becke, A. D.; Edgecombe, K. E. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5397.
27. Jorgensen, W. L.; Gao, J. J. Am. Chem Soc. 1988, 110, 4212.
28. Yu, H.-A.; Karplus, M.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2425.
29. Rick, S. W.; Berne, B. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 672.
30. McCornnick, T. A.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 2003. 107. 2796.
31. Gao, J.; Freindorf, M. J. Phys. Chem. A 1997, 97, 3182.