Ab initio molecular dynamics study of uracil in aqueous solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 22, 2004, Pages 7458-7467

  Gaigeot, Marie Pierre ^a   Sprik, Michiel ^b  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CORRELATION METHODS; ERROR ANALYSIS; HYDRATION; HYDROGEN BONDS; INFRARED RADIATION; LIGHT ABSORPTION; ORGANIC COMPOUNDS; POLARIZATION; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

DYNAMICAL CORRELATION FUNCTIONS; INFRARED ABSORPTION SPECTRUM; URACIL;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 2942715130     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049940m     Document Type: Article

References (70)

1. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86.
2. MacKerell, A. D.; Banavali, N. K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 105.
3. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845.
4. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1997, 269, 326.
5. Auffinger, P.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 2001, 305, 1057.
6. Karplus, P. A.; Faerman, C. H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 770.
7. Rudnicki, W. R.; Pettitt, B. M. Biopolymers 1997, 41, 107.
8. Makarov, V.; Pettitt, B. M.; Feig, M. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 376.
9. Iuchi, S.; Morita, A.; Kato, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3466.
10. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
11. King-Smith, R. D.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 1651.
12. Vanderbilt, D.; King-Smith, R. D. Phys. Rev. B 1993, 48, 4442.
13. Silvestrelli, P. L.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 277, 478.
14. Zhu, Z.; Tuckerman, M. E. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 8009.
15. Gaigeot, M.-P.; Sprik, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10344.
16. Port, G. N. J.; Pullman, A. FEBS. Lett. 1973, 31, 70.
17. Pullman, B.; Miertus, S.; Perahia, D. Theor. Chim. Acta (Berlin) 1979, 50, 317.
18. Del Bene, J. E. J. Comput. Chem. 1981, 2, 188.
19. Aamouche, A.; Berthier, G.; Cadioli, B.; Gallinella, E.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 426, 307.
20. Ghomi, M.; Aamouche, A.; Cadioli, B.; Berthier, G.; Grajcar, L.; Baron, M. H. J. Mol. Struct. 1997, 411, 323.
21. vanMourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. J. Phys. Chem. A. 1999, 103, 1611.
22. vanMourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
23. vanMourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 2886.
24. Chandra, A. K.; Nguyen, Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. 1998, 102, 6010.
25. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. 1999, 103, 8853.
26. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Mol. Struct. 2000, 519, 1.
27. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Mol. Struct. 2000, 555, 61.
28. Nguyen, M. T.; Chandra, A. K.; Zeegers-Huyskens, T. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 1277.
29. Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. 1999, 103, 7912.
30. Smets, J.; McCarthy, W. J.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14655.
31. Smets, J.; Smith, D. M. A.; Elkadi, Y.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A. 1997, 101, 9152.
32. Gorb, L.; Leszczynski, J. Int. J. Quantum Chem. 1997, 65, 759.
33. Aleman, C. Chem. Phys. 1999, 244, 151.
34. Aleman, C. Chem. Phys. 1999, 502, 461.
35. Gadre, S. R.; Babu, K.; Rendell, A. P. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 8976.
36. Shiskin, O. V.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B. 2000, 104, 5357.
37. Gaigeot, M. P.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 5007.
38. Gaigeot, M. P.; Kadri, C.; Ghomi, M. J. Mol. Struct. 2001, 565-566, 469.
39. Marx, D.; Hutter, J. Ab initio molecular dynamics: theory and implementation, in Modern methods and algorithms of quantum chemistry; Grotendorst, J., Ed.; John von Meumann Institute for Computing: Julich, NIC Series, 2000; Vol 1, pp 301-449.
40. Trouillier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
41. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1425.
42. Becke, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
43. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
44. Vuilleumier, R.; Sprik, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3454.
45. Hutter, J.; Parrinello, M.; et al. CPMD, version 3.4.1; IBM Research Division, MPI Festkoerperforschung: Stuttgart.
46. Silvestrelli, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572.
47. Izvekov, I.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10372.
48. Karlstrom, G.; Linse, P.; Wallqvist, A.; Jonsson, B. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 3777.
49. Suzuki, S.; Green, P. G.; Bumgarner, R. E.; Dasgupta, S.; Goddard, W. A.; Blake, G. A. Science 1992, 257, 992.
50. Gregory, J. K.; Clary, D. C. Mol. Phys. 1996, 88, 33.
51. Courty, A.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Piuzzi, F.; Gaigeot, M. P.; Brenner, V.; de Pujo, P.; Millie, Ph. J. Phys. Chem. 1998, 102, 6590.
52. Krynicki, K.; Green, C. D.; Sawyer, D. W. Faraday Discuss. Chem. Soc. 1978, 66, 199.
53. Sprik, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1142.
54. Jonas, J.; DeFries, T.; Wilber, D. J. J. Chem. Phys. 1976, 65, 582.
55. Chahinian, M.; Seba, H. B.; Ancian, B. Chem. Phys. Lett. 1998, 285, 337.
56. Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M.; Car, R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9080.
57. Tuckerman, M.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 150.
58. Marx, D.; Tuckerman, M.; Hutter, J.; Parrinello, M. Nature 1999, 597, 601.
59. Chen, B.; Ivanov, I,; Klein, M. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 215503.
60. Schwegler, E.; Galli, G.; Gygi, F.; Hood, R. Q. Phys. Rev. Lett. 2002, 87, 265501.
61. Perdew, J. P.; Burke, K.; Emzerhof, Phys. Rev. Lett 1996, 77, 3865.
62. Van Erp, T. S.; Meijer, E. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 333, 290.
63. Bruge, F.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10833
64. Kirchner, B.; Hutter, J. Chem. Phys. Lett. 2002, 364, 497.
65. Tuckerman, M. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, R1297.
66. Molteni, C.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2168.
67. Davies, J. E.; Doltsinis, N. L.; Kirby, A. J.; Roussev, C. D.; Sprik, M. J. Am. Soc. Chem. 2002, 124, 6594.
68. Grossman, J. C.; Schwegler, E.; Draeger, E. W.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2003, 120, 516.
69. Vassilev, P.; Hartnig, C.; Koper, M. T. M.; Frechard, F.; van Santen, R. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9815.
70. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D. Phys. Rev. E 2003, 68, 041505.