How the stabilization of INK4 tumor suppressor 3D structure evaluated by quantum chemical and molecular mechanics calculations corresponds well with experimental results: Interplay of association enthalpy, entropy, and solvation effects

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 9, 2006, Pages 4423-4429

  Otyepka, Michal ^a   Sklenovský, Petr ^a   Horinek, Dominik ^b   Kubař, Tomáš ^b   Hobza, Pavel ^a,b  

^a PALACKÝ UNIVERSITY   (Czech Republic)

^b INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISPERSIONS; ELECTROSTATICS; ENTHALPY; ENTROPY; FREE ENERGY; HYDRATION; QUANTUM THEORY; THREE DIMENSIONAL;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY; DISPERSION ENERGY; SOLVATION EFFECTS; TUMOR SUPPRESSOR CORE;

TUMORS;

EID: 33645669905     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp056890s     Document Type: Article

References (31)

1. Sedgwick, S. G.; Smerdon S. J. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 311.
2. Tang, K. S.; Guralnick, B. J.; Wang, W. K.; Fersht, A. R.; Itzhaki, L. S. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1869.
3. Tang, K. S.; Fersht, A. R.; Itzhaki, L. S. Structure 2003, 11, 67.
4. Venkataramani, R.; Swaminathan, K.; Marmorstein, R. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 74.
5. Venkataramani, R. N.; MacLachlan, T. K.; Chai, X. M.; El-Deiry, W. S.; Marmorstein, R. J. Biol. Chem. 2002, 277, 48827.
6. Zhang, B.; Peng, Z. Y. J. Mol. Biol. 2000, 299, 1121.
7. Yuan, C. H.; Li, J. A.; Selby, T. E.; Byeon, I. J. L.; Tsai, M. D. J. Mol. Biol. 1999, 294, 201.
8. Mosavi, L. K.; Cammett, T. J.; Desrosiers, D. C.; Peng, Z. Y. Protein Sci. 2004, 13, 1435.
9. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247.
10. Šponer, J.; Hobza, P. Collect. Czech. Chem. Commun. 2003, 68, 2231.
11. Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
12. Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
13. Vondrášek, J.; Bendová, L.; Klusák, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2615.
14. Kubař, T.; Hanus, M.; Ryjáček, F.; Hobza, P. Chem. - Eur. J. 2006, 12, 280.
15. Israelachvili, J.; Wennerström, H. Nature 1996, 379, 219.
16. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
17. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
18. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
19. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
20. Tao, J. M.; Perdew, J. P.; Staroverov, V. N.; Scuseria, G. E. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 146401.
21. Eichkorn, K.; Treutler, O.; Ohm, H.; Häser, M.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 240, 283.
22. Jurečka, P.; Černý, J.; Hobza, P. Unpublished results, 2005.
23. Elstner, M.; Hobza, P.; Frauenheim, T.; Suhai, S.; Kaxiras, E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5149.
24. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc. Perkins Trans. 2 1993, 799.
25. Ahlrichs, R.; Bär, M.; Häser, M.; Horn, H.; Kölmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al- Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2004.
27. Kottalam, J.; Case, D. A. Biopolymers 1990, 29, 1409.
28. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2001, 56, 275.
29. Weiser, J.; Shenkin, P. S.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 217.
30. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 379.
31. Raschke, T. M.; Tsai, J.; Levitt, M. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2001, 98, 5965.