Theoretical methods for the simulation of nucleic acids

Chemical Society Reviews

Volumn 32, Issue 6, 2003, Pages 350-364

  Orozco, Modesto ^a   Pérez, Alberto ^a   Noy, Agnes ^a   Luque, F Javier ^b  

^a INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Spain)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACID;

ACCURACY; CALCULATION; CROSS LINKING; ELECTRICITY; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHOD; NUCLEIC ACID STRUCTURE; QUANTUM MECHANICS; REDUCTION; REVIEW; SCREENING; SIMULATION; THEORETICAL STUDY;

EID: 1242347628     PISSN: 03060012     EISSN: 14604744     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b207226m     Document Type: Article

References (97)

1. J. D. Watson, F. H. C. Crick, Nature, 1953, 171, 737
2. W. K. Olson, Curr. Opin. Struct. Biol., 1996, 6, 242
3. P. Auffinger, E. Westhof, Curr. Opin. Struct. Biol., 1998, 8, 227
4. I. Lafontaine, R. Lavery, Curr. Opin. Struct. Biol., 1999, 9, 170
5. D. L. Beveridge, K. J. McConnell, Curr. Opin. Struct. Biol., 2000, 10, 182
6. W. K. Olson, V. B. Zhurkin, Curr. Opin. Struct. Biol., 2000, 10, 286
7. T. E. Cheatham, P. A. Kollman, Ann. Rev. Phys. Chem., 2000, 51, 435
8. T. E. Cheatham, M. A. Young, Biopolymers, 2001, 56, 232
9. E. Giudice, R. Lavery, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 350
10. P. Carloni, U. Rothlisberger, M. Parrinello, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 455
11. A. Malhotra, R. K. Tan, S. C. Harvey, Biophys. J., 1994, 66, 1777
12. R. B. Laughlin, D. Pines, J. Schmalian, B. P. Stojkovic, P. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 32
13. N. Bruant, D. Flatters, R. Lavery, D. Genest, Biophys. J., 1999, 77, 2366
14. A. Matsumoto, W. K. Olson, Biophys. J., 2002, 83, 22
15. J. A. D. Wattis, S. Harris, C. R. Grindon, C. A. Laughton, Phys. Rev. E., 2001, 63, 61903
16. R. Lavery, H. Sklenar, J. Biomol. Struct. Dyn., 1989, 6, 655
17. R. E. Dickerson, NewHelix Program. University of California at Los Angeles. 1992
18. X.-J. Lu, Z. Shakked, W. K. Olson, J. Mol. Biol., 2000, 300, 819
19. R. Lavery, K. Zakrzewska, H. Sklenar, Comput. Phys. Commun., 1995, 91, 135
20. S. C. Harvey, C. Wang, S. Teletchea, R. Lavery, J. Comput. Chem., 2003, 24, 1
21. V. B. Zhurkin, N. B. Ulyanov, A. A. Gorin, R. L. Jernigan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 7046
22. K. M. Kosikov, A. A. Gorin, V. B. Zhurkin, W. K. Olson, J. Mol. Biol., 1999, 289, 1301
23. V. B. Zhurkin, V. I. Poltev, V. L. Florent'ev, Mol. Biol. USSR (Engl. Ed.), 1981, 14, 882
24. R. Lavery, K. Zakrzewska, A. Pullman, J. Comput.Chem., 1984, 5, 363
25. F. A. Momany, J. Chem. Phys., 1978, 82, 592
26. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell, P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 1993, 97, 10269
27. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Fergurson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179
28. T. E. Cheatham, P. Cieplak, P. A. Kollman, J. Biomol. Struct. Dyn., 1999, 16, 845
29. L. Wang, B. E. Hingerty, A. R. Srinavasan, W. K. Olson, S. Broyde, Biophys. J., 2002, 83, 382
30. B. E. Hingerty, R. H. Ritchie, T. L. Ferrel, J. E. Turner, Biopolymers, 1985, 24, 427
31. E. L. Mehler, T. Solmajer, Protein Eng., 1991, 4, 903
32. M. Orozco, F. J. Luque, Chem. Rev., 2000, 100, 4187
33. N. Foloppe, A. D. Mackerell, J. Comput. Chem., 2000, 21, 86
34. A. D. Mackerell, N. K. Banavali, J. Comput. Chem., 2000, 21, 105
35. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L Klein, J. Chem. Phys., 1983, 79, 926
36. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren and J. Hermans, in Intermolecular Forces. B. Pullman (ed). Reidel, Dordrecht, 1981, p. 331
37. W. C. Still, A. Tempcyck, R. C. Hawley, T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 1990, 112, 6127
38. G. D. Hawkins, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, Chem. Phys. Lett., 1995, 246, 122
39. D. Qiu, P. S. Shenkin, F. P. Hollinger, W. C. Still, J. Phys. Chem. A., 1997, 101, 3003
40. J. Srinavasan, M. W. Trevathan, P. Beroza, D. Case, Theor. Chem. Acc., 1999, 101, 426
41. A. Onufriev, D. A. Case, D. Bashford, J. Comput. Chem., 2002, 23, 1297
42. A. D. McKerell, J. Wiorkiewicz-Kuczera, M. Karplus, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 11946
43. T. A. Darden, D. M. York, L. G. Pedersen, J. Chem. Phys., 1993, 98, 10089
44. D. R. Langley, J. Biomol. Struct. Dyn., 1998, 16, 487
45. T. E. Cheatham, P. A. Kollman, J. Mol. Biol., 1996, 259, 434
46. G. C. Shields, C. A. Laughton, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 7463
47. H. Arhanari, K. J. McConnell, R. Beger, M. A. Young, D. L. Beveridge, P. H. Bolton, Biopolymers, 2003, 68, 3
48. M. Feig, B. M. Pettitt, Biophys. J., 1998, 75, 134
49. P. Hobza, M. Kabelac, J. Sponer, P. Mejzlik, J. Vondrasek, J. Comput. Chem., 1997, 18, 1136
50. R. Güimil, E. Ferrer, N. J. Macias, R. Eritja, M. Orozco, Nucleic Acids Res., 1999, 27, 1991
51. I. Lafontaine, R. Lavery, Biophys. J., 2000, 79, 680
52. V. Katrich, C. Bustamante, W. K. Olson, J. Mol. Biol., 2000, 295, 29
53. K. M. Kosikov, A. A. Gorin, X.-J. Lu, W. K. Olson, G. S. Manning, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 4838
54. A. K. Mazur, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 10928
55. A. K. Mazur, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 12778
56. A. K. Mazur, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 14707
57. A. K. Mazur, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 7849
58. F. Lankas, J. Sponer, P. Hobza, J. Langowski, J. Mol. Biol., 2000, 299, 695
59. W. K. Olson, A. A. Gorin, X. J. Lu, L. M. Hock, V. B. Zhurkin, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 1998, 95, 11163
60. R. Radner, P. Kollman, J. Comput. Aided Mol. Des., 1998, 12, 215
61. I. Andricioaei, M. Karplus, J. Chem. Phys., 2001, 115, 6289
62. J. Schliter, Chem. Phys. Lett., 1993, 215, 617
63. S. Harris, E. Gavathiotis, M. S. Searle, M. Orozco, C. A. Laughton, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 12658
64. W. Wang, O. Donini, C. M. Reyes, P. A. Kollman, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2001, 30, 211
65. E. Cubero, F. J. Luque, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 12018
66. E. Cubero, A. Aviñó, B. G. de la Torre, M. Frieden, R. Eritja, F. J. Luque, C. González, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 3133
67. E. Cubero, C. A. Laughton, F. J. Luque, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 6891
68. L. Pardo, N. Pastor, H. Weinstein, Biophys. J., 1998, 74, 2191
69. L. Pardo, N. Pastor, H. Weinstein, Biophys. J, 1998, 75, 2411
70. C. Bartles, M. Karplus, J. Comput. Chem., 1997, 18, 1450
71. S. Kumar, D. Bouzida, R. H. Swendsen, P. A. Kollman, J. Rosenberg, J. Comput. Chem., 1992, 13, 1011
72. P. Varnai, R. Lavery, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 7172
73. K. Csaszar, N. Spackova, R. Stefl, J. Sponer, N. B. Leontis, J. Mol. Biol., 2001, 313, 1073
74. R. Soliva, E. Sherer, F. J. Luque, C. A. Laughton, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 5997
75. T. Cheatham, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 4805
76. T. Hermann, P. Auffinger, W. G. Scott, E. Westhof, Nucleic Acids Res., 1997, 25, 3421
77. M. C. Nagan, S. S. Kerimo, K. Musier-Forsyth, C. J. Cramer, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 7310
78. N. Spackova, I. Berger, M. Egli, J. Sponer, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 6417
79. N. Spackova, I. Berger, J. Sponer, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 5519
80. M. Feig, B. M. Pettitt, J. Mol. Biol., 1999, 286, 1075
81. M. A. Young, B. Jayaram, D. L. Beveridge, J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 59
82. S. Derreumaux, M. Chaoui, G. Tevanian, S. Fermandjian, Nucleic Acids Res., 2001, 29, 2314
83. S. Yan, R. Shapiro, N. E. Geacintov, S. Broyde, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 7054
84. T. I. Spector, T. E. Cheathman, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 1995, 119, 7095
85. B. Hernández, R. Soliva, F. J. Luque, M. Orozco, Nucleic Acids Res., 2000, 28, 4873
86. E. Sherer, S. A. Harris, R. Soliva, M. Orozco, C. A. Laughton, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 5981
87. E. Cubero, E. C. Sherer, F. Javier Luque, M. Orozco, C. A. Laughton, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 8653
88. J. Srinivasan, T. E. Cheatham, P. Cieplak, P. A. Kollman, D. A. Case, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 9401
89. G. Shields, C. Laughton, M. Orozco, J. Am. Chem. Soc., 1998, 120, 5895
90. S. B. Singh, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 8902
91. B. Wellenzohn, R. H. Winger, A. Hallbrucker, E. Mayer, K. R. Liedl, J. Am. Chem. Soc., 2000, 122, 3927
92. H. Han, D. R. Langley, A. Rangan, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 8902
93. D. R. Langley, T. W. Doyle, D. L. Beveridge, J. Am. Chem. Soc., 1991, 113, 4395
94. B. Jayaram, K. J. McConell, S. B. Dixit, D. L. Beveridge, J. Comput. Phys., 1999, 151, 333
95. D. M. Blakaj, K. J. McConnell, D. L. Beveridge, A. M. Baranger, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 2548
96. B. Jayaram, K. J. McConnell, S. B. Dixit, A. Das, D. L. Beveridge, J. Comput. Chem., 2002, 23, 1
97. K. M. Thayer, D. L. Beveridge, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002, 99, 8642