Exploring the essential dynamics of B-DNA

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 1, Issue 5, 2005, Pages 790-800

  Pérez, Alberto ^a,b   Blas, José Ramón ^a   Rueda, Manuel ^a,b   López Bes, Jose María ^b   De La Cruz, Xavier ^a,c   Orozco, Modesto ^a,b,d  

^a INSTITUTE FOR RESEARCH IN BIOMEDICINE   (Spain)

^b UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^c INSTITUCIÓ CATALANA DE RECERCA I ESTUDIS AVANÇATS ICREA   (Spain)

^d Structure and Modeling Node   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33645393530     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050051s     Document Type: Article

References (51)

1. Levitt, M. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1983, 47 (Pt 1), 251-62.
2. Tidor, B.; Irikura, K. K.; Brooks, B. R.; Karplus, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1983, 1, 231.
3. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98(12), 10089-92.
4. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Baily, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117(19), 5179-97.
5. MacKerell, A. D., Jr.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117(48), 11946-75.
6. Foloppe, N.; Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21(2), 86-104.
7. Langley, D. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16(3), 487-509.
8. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
9. Beveridge, D. L.; McConnell, K. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 182-196.
10. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. Annu. Rev. Struct. Dyn. 2000, 51, 435-471.
11. Giudice, E.; Lavery, R. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 350-357.
12. Orozco, M.; Pérez, A.; Noy, A.; Luque, F. J. Chem. Soc. Rev. 2003, 32, 350-364.
13. Orozco, M.; Rueda, M.; Blas, J. R.; Cubero, E.; Luque, F. J.; Laughton, C. A. Encyclopedia of Computational Chemistry; Wiley: New York, 2004 (published online April 15, 2004; doi: 10.1002/0470845015.cn0080).
14. Ponomarev, S. Y.; Thayer, K. M.; Beveridge, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101(41), 14771-5.
15. Rueda, M.; Cubero, E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2004, 87(2), 800-11.
16. Varnai, P.; Zakrzewska, K. Nucleic Acids Res. 2004, 32(14), 4269-80.
17. Beveridge, D. L.; Barreiro, G.; Byun, K. S.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Dixit, S. B.; Giudice, E.; Lankas, F.; Lavery, R.; Maddocks, J. H.; Osman, R.; Seibert, E.; Sklenar, H.; Stoll, G.; Thayer, K. M.; Varnai, P.; Young, M. A. Biophys. J. 2004, 87(6), 3799-813.
18. McConnell, K. J.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 2000, 304, 803-820.
19. Wang, W.; Donini, O.; Reyes, C. M.; Kollman, P. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 211.
20. Srinavasanm, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.
21. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112(16), 6127-9.
22. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246 (1, 2), 122-9.
23. Onufriev, A.; Case, D. A.; Bashford, D. J. Comput. Chem. 2002, 23(14), 1297-304.
24. Morreale, A.; de la Cruz, X.; Meyer, T.; Gelpi, J. L.; Luque, F. J.; Orozco, M. Proteins 2004, 57(3), 458-67.
25. Morreale, A.; de la Cruz, X.; Meyer, T.; Gelpi, J. L.; Luque, F. J.; Orozco, M. Proteins 2005, 58(1), 101-9.
26. Cubero, E.; Abrescia, N. G. A.; Subirana, J. A.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14603-14612.
27. Sherer, E. C.; Harris, S. A.; Soliva, R.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121(25), 5981-5991.
28. Amadei, A.; Linssen, B. M.; Berendsen, H. J. C. Proteins 1993, 17, 412-425.
29. Wlodek, S. T.; Clark, T. W.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9513-9522.
30. Noy, A.; Perez, A.; Lankas, F.; Luque, F., J.; Orozco, M. J. Mol. Biol. 2004, 343(3), 627-38.
31. Perez, A.; Noy, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32(20), 6144-51.
32. Noy, A.; Pérez, A.; Márquez, M.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4910-20.
33. Go, M.; Go, N. Biopolymers 1976, 15(6), 1119-27.
34. Rueda, M.; Kalko, S. G.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125(26), 8007-14.
35. Rueda, M.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, in press.
36. Hess, B. Phys. Rev. 2000, 62, 8438.
37. Schliter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617.
38. Andricioaei, I.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6289.
39. Harris, S.; Gavathiotis, E.; Searle, M. S.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12658.
40. Lu, X. J.; Shakked, Z.; Olson, W. K. J. Mol. Biol. 2000, 300(4), 819-40.
41. Lu, X. J.; Olson, W. K. Nucleic Acids Res. 2003, 31(17), 5108-21.
42. Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6(4), 655-67.
43. Lankas, F.; Sponer, J.; Hobza, P.; Langowski, J. J. Mol. Biol. 2000, 299, 695-709.
44. Olson, W. K.; Zhurkin, V. B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 286-97.
45. Olson, W. K.; Gorin, A. A.; Lu, X. J.; Hock, L. M.; Zhurkin, V. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 11163-8.
46. Lankas, F.; Sponer, J.; Langowski, J.; Cheatham, T. E., III. Biophys. J. 2003, 85(5), 2872-83.
47. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
48. Bayly, C. E.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
49. Aleman, C.; Canela, E. I.; Franco, R.; Orozco, M. J. Comput. Chem. 1991, 12, 664-674.
50. Rickaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1997, 23, 327-341.
51. Morales, J. C.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2323-2324.