Protease profiling using a fluorescent domino peptide cocktail

Molecular BioSystems

Volumn 1, Issue 1, 2005, Pages 57-63

  Yongzheng, Yang ^a   Reymond, Jean Louis ^a  

^a UNIVERSITY OF BERN   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENT DYE; OLIGOPEPTIDE; PEPTIDE HYDROLASE; PEPTIDE LIBRARY;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SYNTHESIS;

CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; FLUORESCENT DYES; OLIGOPEPTIDES; PEPTIDE HYDROLASES; PEPTIDE LIBRARY; SUBSTRATE SPECIFICITY;

EID: 33644805360     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b419446b     Document Type: Article

References (60)

1. L. M. Steinmetz R. W. Davis Nat. Rev. Genet. 2004 5 190 201
2. Enzyme Assays: A Practical Approach, ed., Robert Eisenthal and Michael Danson,, Oxford University Press, Oxford, UK, 2002
3. S. Gul, S. K. Sreedharan and K. Brocklehurst, Enzyme Assays: Essential Data, John Wiley & Sons, 1998
4. M. T. Reetz Angew. Chem. Int. Ed. 2001 40 284 310
5. D. Wahler J.-L. Reymond Curr. Opin. Chem. Biol. 2001 5 152 158
6. D. Wahler J.-L. Reymond Curr. Opin. Biotechnol. 2001 12 535 544
7. J.-P. Goddard J.-L. Reymond Trends Biotechnol. 2004 22 363 370
8. J.-P. Goddard J.-L. Reymond Curr. Opin. Biotechnol. 2004 15 314 322
9. Y. Liu M. P. Patricelli B. F. Cravatt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 14694 14699
10. H. Scholze H. Stutz F. Paltauf A. Hermetter Anal. Biochem. 1999 276 72 80
11. B. F. Cravatt E. J. Sorensen Curr. Opin. Chem. Biol. 2000 4 663 668
12. D. Kidd Y. Liu B. F. Cravatt Biochemistry 2001 40 4005 4015
13. G. C. Adam E. J. Sorensen B. F. Cravatt Mol. Cell. Proteomics 2002 1 781 790
14. D. A. Jeffery M. Bogyo Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 87
15. G. Y. J. Chen M. Uttamchandani Q. Zhu G. Wang S. Q. Yao ChemBioChem 2003 336 339
16. R. Birner-Grunberger H. Scholze K. Faber A. Hermetter Biotechnol. Bioeng. 2004 85 147 154
17. A. E. Speers B. Cravatt Chem. Biol. 2004 11 535 546
18. Q. Zhu A. Girish S. Chattopadhaya S. Q. Yao Chem. Commun. 2004 1512 1513
19. J.-L. Reymond D. Wahler ChemBioChem 2002 3 701 708
20. V. Abecassis D. Pompon G. Truan Nucleic Acids Res. 2000 28 e88
21. A. M. F. Liu N. A. Somers R. J. Kazlauskas T. S. Brush F. Zocher M. M. Enzelberger U. T. Bornscheuer G. P. Horsman A. Mezzetti C. Schmidt-Dannert R. D. Schmid Tetrahedron Asymmetry 2001 12 545 556
22. D. Wahler F. Badalassi P. Crotti J.-L. Reymond Angew. Chem. Int. Ed. 2001 40 4457 4460
23. D. Wahler F. Badalassi P. Crotti J.-L. Reymond Chem. Eur. J. 2002 8 3211 3228
24. J.-L. Reymond, D. Wahler, F. Badalasssi and H. K. Nguyen, Patent, WO0192563, 2001-12-07
25. J. Grognux J.-L. Reymond ChemBioChem 2004 5 826 831
26. J. Grognux D. Wahler E. Nyfeler J.-L. Reymond Tetrahedron Asymmetry 2004 15 2981 2989
27. D. Wahler J.-L. Reymond Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2002 41 1229 1232
28. D. Wahler O. Boujard F. Lefèvre J.-L. Reymond Tetrahedron 2004 60 703 710
29. P. Babiak J.-L. Reymond Anal. Chem. 2005 77 373 377
30. J.-P. Goddard J.-L. Reymond J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11116 11117
31. A. Barrett, N. Rawlings and J. Woessner, Handbook of proteolytic enzymes, Elsevier Academic Press, London, 2nd edn., 2004
32. X. S. Puente L. M. Sanchez C. M. Overall C. Lopez-Otin Nat. Rev. Genet. 2003 4 544 558
33. S. S. Twining Anal. Biochem. 1984 143 30 34
34. E. D. Matayoshi G. T. Wang G. A. Krafft J. Erickson Science 1990 247 954 958
35. E. M. V. Toth G. R. Marshall Int. J. Peptide Protein Res. 1990 36 544 550
36. F. Badalassi H.-K. Nguyen P. Crotti J.-L. Reymond Helv. Chim. Acta 2002 85 3090 3098
37. N. Marmé J.-P. Knemeyer J. Wolfrum M. Sauer Angew. Chem. Int. Ed. 2004 43 3798 3801
38. A. Baruch D. A. Jeffery M. Bogyo Trend. Cell. Biol. 2004 14 29 35
39. D. J. Maly L. Huang J. A. Ellman ChemBioChem 2002 3 16 37
40. K. Breddam M. Meldal Eur. J. Biochem. 1992 206 103 107
41. M. Meldal I. Svendsen K. Breddam F. I. Auzanneau Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 3314 3318
42. P. M. St. Hilaire M. Willert M. A. Juliano L. Juliano M. Meldal J. Comb. Chem. 1999 1 509 523
43. N. A. Thornberry T. A. Rano E. P. Peterson D. M. Rasper T. Timkey M. Garcia-Calvo V. M. Houtzager P. A. Nordstrom S. Roy J. P. Vaillancourt K. T. Chapman D. W. Nicholson J. Biol. Chem. 1997 272 17907 17911
44. J. H. Harris B. J. Brackes F. Leonetti S. Mahrus J. A. Ellmann C. S. Craik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 7754 7759
45. J. L. Harris P. B. Alper J. Li M. Reichsteiner B. J. Backes Chem. Biol. 2001 8 1131 1141
46. T. A. Rano T. Timkey E. P. Peterson J. Rotonda D. W. Nicholson J. W. Becker K. T. Chapman N. A. Thornberry Chem. Biol. 1997 4 149 155
47. C. Pinilla J. R. Appel P. Blanc R. A. Houghten Biotechniques 1992 13 901 905
48. A. F. Kisselev M. Garcia-Calvo H. S. Overkleeft E. Peterson M. W. Pennington H. L. Ploegh N. A. Thornberry A. L. Goldberg J. Biol. Chem. 2003 278 35869 35877
49. M. Bogyo S. Verhelst V. Bellingard-Dubouchaud S. Toba D. Greenbaum Chem. Biol. 2000 7 27 38
50. D. Greenbaum K. F. Medzihradszky A. Burlingame M. Bogyo Chem. Biol. 2000 7 569 581
51. T. Nazif M. Bogyo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 2967 2972
52. J. E. Sheppeck, II H. Kar L. Gosink J. B. Wheatley E. Gjerstad S. M. Loftus A. R. Zubiria J. W. Janc Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000 10 2639 2642
53. C. M. Salisbury D. J. Maly J. A. Ellman J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14868 14870
54. Q. Zhu M. Uttamchandani D. Li M. L. Lesaicherre S. Q. Yao Org. Lett. 2003 5 1257 1260
55. J.-L. Reymond Food Technol. Biotechnol. 2004 42 265 269
56. D. Lagnoux E. Delort C. Douat-Casassus A. Esposito J.-L. Reymond Chem. Eur. J. 2004 10 1215 1226
57. Introduction to Multivariate Analysis, ed., C. Chatfield and A. J. Collins,, Chapman and Hall Ltd., London, 1983
58. P. Delepelaire C. Wandersman J. Biol. Chem. 1989 264 9083 9089
59. H. Thomas U. Baumann J. Mol. Biol. 2001 314 187 193
60. W. Bode F. Grams P. Reinemer F. X. Gomis-ruth U. Baumann D. B. Mckay W. Stocker Adv. Exp. Med. Biol. 1996 389 1 11