Fluorescence correlation spectroscopy simulations of photophysical phenomena and molecular interactions: A molecular dynamics/monte carlo approach

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 4, 2006, Pages 1896-1906

  Dix, James A ^a,b   Hom, Erik F Y ^a   Verkman, A S ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b BINGHAMTON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHODS; PHOTONS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

COMPLEX BIOLOGICAL SYSTEMS; FLUORESCENCE CORRELATION SPECTROSCOPY (FCS); PHOTOPHYSICAL PHENOMENA; SPECTROSCOPY SIMULATIONS;

FLUORESCENCE;

EID: 32544450348     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055840k     Document Type: Article

References (60)

1. Widengren, J.; Rigler, R. Cell. Mol. Biol. 1998, 44, 857.
2. Wachsmuth, M.; Waldeck, W.; Langowski, J. J. Mol. Biol. 2000, 295, 677.
3. Bacia, K.; Schwüle, P. Methods 2003, 29, 74.
4. Elson, E. L; Qian.'H. Methods Cell Biol. 1989, 30, 307.
5. Maiti, S.; Haupts, U.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997,94, 11753.
6. Aragon, S. R.; Pecora, R. J. Chem. Phys. 1976, 64, 1791.
7. Kask, P.; Piksarv, P.; Mets, U.; Pooga, M.; Lippmaa, E. Eur. Biophys. J. 1987, 14, 257.
8. Starr, T. E.; Thompson, N. L. Biophys. J. 2001, 80, 1575.
9. Icenogle, R. D.; Elson, E. L. Biopolymers 1983, 22, 1919.
10. Horn, E. F.; Verkman, A. S. Biophys. J. 2002, 83, 533.
11. Elson, E. L.; Magde, D. Biopolymers 1974, 13, 1.
12. Chen, Y.; Müller, J. D.; So, P. T.; Gratton, E. Biophys. J. 1999, 77, 553.
13. Kask, P.; Palo, K.; Ullmann, D.; Gall, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 13756.
14. Widengren, J.; Mets, U.; Rigler, R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13368.
15. Rauer, B.; Neumann, E.; Widengren, J.; Rigler, R. Biophys. Chem. 1996, 55, 3.
16. Schwille, P.; Korlach, J.; Webb, W. W. Cytometry 1999, 36, 176.
17. Haustein, E.; Schwille, P. Methods 2003, 29, 153.
18. Gennerich, A.; Schild, D. Biophys. J. 2002, 83, 510.
19. Borland, K. M.; So, P. T.; Gratton, E. Biophys. J. 1995, 68, 694.
20. Hess, S. T.; Webb, W. W. Biophys. J. 2002, 83, 2300.
21. Starchev, K.; Zhang, J. W.; Buffle, J. J. Colloid Interface Sci. 1998, 203, 189.
22. Widengren, J.; Rigler, R. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1996, 65, PH109.
23. Eggeling, C.; Widengren, J.; Rigler, R.; Scidel, C. A. M. Anal. Chem. 1998, 70, 2651.
24. Balaji, J.; Sengupta, P.; Kumar, G. R.; Maiti, S. Biophys. J. 2001, 80, 168A.
25. Widengren, J.; Schweinberger, E.; Berger, S.; Scidel, C. A. M. J. Phys. Chem. A 2001, 705, 6851.
26. Kask, P.; Palo, K.; Fay, N.; Brand, L.; Mets, U.; Ullmann, D.; Jungmann, J.; Pschorr, J.; Gall, K. Biophys. J. 2000, 75, 1703.
27. Zimmerman, S. B.; Minton, A. P. Annu. Rev. Biophys. Biomol Struct. 1993, 22, 27.
28. Minton, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10577.
29. Verkman, A. S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 27.
30. Periasamy, N.; Verkman, A. S. Biophys. J. 1998, 75, 557.
31. Olveczky, B. P.; Verkman, A. S. Biophys. J. 1998, 74, 2722.
32. Dayel, M. J.; Hom, E. F.; Verkman, A.S. Biophys. J. 1999, 76, 2843.
33. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
34. Chandrasekhar, S. Rev. Mod. Phys. 1943, 15, 1.
35. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in C: The Art of Scientific Computing; Cambridge University Press: New York, 1992.
36. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes in FORTRAN Example Book: The Art of Scientific Computing; Cambridge University Press: New York, 1992.
37. Rigler, R.; Mets, U.; Widengren, J.; Kask, P. Eur. Biophys. J. 1993, 22, 169.
38. Hong, Q.; Elson, E. L. Appl. Opt. 1991, 30, 1185.
39. Schwille, P.; Haupts, U.; Maiti, S.; Webb, W. W. Biophys. J. 1999, 77, 2251.
40. Davis, L. M.; Ball, D. A.; Williams, P. E.; Swift, K. M.; Matayoshi, E. D. Proc. SPIE-Int Soc. Opt. Eng. 2004, 4966, 117.
41. Schatzel, K. Appl. Phys. B 1987, 42, 193.
42. Wohland, T.; Rigler, R.; Vogel, H. Biophys. J. 2001, 80, 2987.
43. Qian, H. Biophys. Chem. 1990, 38, 49.
44. Harris, D. C. J. Chem. Educ. 1998, 75, 119.
45. Saffarian, S.; Elson, E. L. Biophys. J. 2003, 84, 2030.
46. Dauty, E.; Verkman, A. S. J. Mol. Recognit. 2004, 17, 441.
47. Dittrich, P. S.; Schwille, P. Appl. Phys. B 2001, 73, 829.
48. Palo, K.; Mets, U.; Jager, S.; Kask, P.; Gall, K. Biophys. J. 2000, 79, 2858.
49. Huertas de la Torre, M.; Forni, R.; Chirico, G. Eur. Biophys. J. 2001, 30, 129.
50. Weiss, M.; Elsner, M.; Kartberg, F.; Nilsson, T. Biophys. J. 2004, 87, 3518.
51. Speedy, R. J.; Prielmeier, F. X.; Verdag, T.; Lang, E. W.; Ludemann, H.-D. Mol. Phys. 1989, 66, 577.
52. Eid, J. S.; Muller, J. D.; Gratton, E. Rev. Sci. Instrum. 2000, 71, 361.
53. Laurence, T. A.; Kapanidis, A. N.; Kong, X. X.; Chemla, D. S.; Weiss, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3051.
54. Kettling, U.; Koltermann, A.; Schwille, P.; Eigen, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1416.
55. Schwille, P.; Meyer-Almes, F. J.; Rigler, R. Biophys. J. 1997, 72, 1878.
56. Scwhille, P.; Kummer, S.; Heikal, A. A.; Moerner, W. E.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 151.
57. Schultz, G. J.; Schindler, H.; Schmidt. T. Biophys. J. 1997, 73, 1073.
58. Hall, D.; Minton, A. P. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1649, 127.
59. Elcock, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 700, 2340.
60. Dauty, E.; Verkman, A. S. J. Biol. Chem. 2005, 280, 7823.