Immunological optimization of a generic hydrophobic pocket for high affinity hapten binding and Diels-Alder activity

ChemBioChem

Volumn 5, Issue 4, 2004, Pages 460-466

  Piatesi, Andrea ^a   Hilvert, Donald ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Affinity maturation; Antibody catalysis; Diels Alder reaction; Germ line antibody; Surface plasmon resonance (SPR)

Indexed keywords

HAPTEN; PHENYLALANINE; ANTIBODY;

ANTIGEN BINDING; ARTICLE; BINDING AFFINITY; CATALYSIS; DIELS ALDER REACTION; GENE SEQUENCE; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; HYPOTHESIS; IMMUNOSTIMULATION; PRIORITY JOURNAL; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; AMINO ACID SUBSTITUTION; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; IMMUNOLOGY; MUTATION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

BETULACEAE;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ANTIBODIES; BINDING SITES; CATALYSIS; HAPTENS; HYDROGEN BONDING; HYDROPHOBICITY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; MUTATION; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 3242677983     PISSN: 14394227     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200300806     Document Type: Article

References (42)

1. E. A. Kabat, Structural Concepts in Immunology and Immunochemistry, Holt, Rinehart, and Winston, New York, NY, 1976.
2. D. Pressman, A. Grossberg, The Structural Basis of Antibody Specificity, Benjamin, New York, NY, 1968.
3. A. Nisonoff, J. Hopper, S. Spring, The Antibody Molecule, Academic Press, New York, NY, 1975.
4. E. J. Sundberg, R. A. Mariuzza, Adv. Protein Chem. 2003, 61, 119.
5. I. A. Wilson, R. L. Stanfield, Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 113.
6. D. R. Davies, G. H. Cohen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996, 93, 7.
7. F. W. Alt, T. K. Blackwell, G. D. Yancopoulos, Science 1987, 238, 1079.
8. K. Rajewsky, I. Förester, A. Cumang, Science 1987, 238, 1088.
9. D. Hilvert, Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 751.
10. P. G. Schultz, R. A. Lerner, Science 1995, 269, 1835.
11. P. G. Schultz, J. Yin, R. A. Lerner, Angew. Chem. 2002, 114, 4607; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 4427.
12. P. G. Schultz, J. Yin, R. A. Lerner, Angew. Chem. 2002, 114, 4607; Angew. Chem. Int. Ed. 2002, 41, 4427.
13. D. Hilvert, K. W. Hill, K. D. Nared, M.-T. M. Auditor, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 9261.
14. G. MacBeath, D. Hilvert, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6101.
15. J. A. Xu, Q. L. Deng, J. G. Chen, K. N. Houk, J. Bartek, D. Hilvert, I. A. Wilson, Science 1999, 286, 2345.
16. J. G. Chen, Q. L. Deng, R. X. Wang, K. N. Houk, D. Hilvert, ChemBioChem 2000, 1, 255.
17. F. E. Romesberg, B. Spiller, P. G. Schultz, R. C. Stevens, Science 1998, 279, 1929.
18. H. D. Ulrich, E. Mundorff, B. D. Santarsiero, E. M. Driggers, R. C. Stevens, P. G. Schultz, Nature 1997, 389, 271.
19. G. J. Wedemayer, P. A. Patten, L. H. Wang, P. G. Schultz, R. C. Stevens, Science 1997, 276, 1665.
20. P. A. Patten, N. S. Gray, P. L. Yang, C. B. Marks, G. J. Wedemayer, J. J. Boniface, R. C. Stevens, P. G. Schultz, Science 1996, 271, 1086.
21. M. R. Haynes, M. Lenz, M. J. Taussig, I. A. Wilson, D. Hilvert, Isr. J. Chem. 1996, 36, 151.
22. J. H. Arevalo, E. A. Stura, M. J. Taussig, I. A. Wilson, J. Mol. Biol. 1993, 231, 103.
23. J. H. Arevalo, M. J. Taussig, I. A. Wilson, Nature 1993, 365, 859.
24. A. C. Braisted, P. G. Schultz, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 7430.
25. E. A. Kabat, T. T. Wu, H. M. Perry, K. S. Gottesman, C. Foeller, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th ed., U.S. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991.
26. A. Huber, S. Demartis, D. Neri, J. Mol. Recognit. 1999, 12, 198.
27. A. Piatesi, D. Hilvert, Can. J. Chem. 2002, 80, 657.
28. A. Piatesi, C. Aldag, unpublished results.
29. F. E. Romesberg, P. G. Schultz, Bioorg. Med. Chem. Lett. 1999, 9, 1741.
30. E. T. Boder, K. S. Midelfort, K. D. Wittrup, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 10701.
31. J. Hanes, L. Jermutus, S. Weber-Bornhauser, H. R. Bosshard, A. Plückthun, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 14 130.
32. R. E. Hawkins, S. J. Russell, G. Winter, J. Mol. Biol. 1992, 226, 889.
33. W. P. Yang, K. Green, S. Pinzsweeney, A. T. Briones, D. R. Burton, C. F. Barbas III, J. Mol. Biol. 1995, 254, 392.
34. R. Schier, A. McCall, G. P. Adams, K. W. Marshall, H. Merritt, M. Yim, R. S. Crawford, L. M. Weiner, C. Marks, J. D. Marks, J. Mol. Biol. 1996, 263, 551.
35. M. S. Raasch, J. Org. Chem. 1980, 45, 856.
36. J. Sambrook, E. F. Fritsch, T. Maniatis, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989.
37. H. D. Ulrich, P. A. Patten, P. L. Yang, F. E. Romesberg, P. G. Schultz, Proc. Natl. Acad Sci. USA 1995, 92, 11 907.
38. C. N. Pace, F. Vajdos, L. Fee, G. Grimsley, T. Gray, Protein Sci. 1995, 4, 2411.
39. Y. Gozin, D. Hilvert, Helv. Chim. Acta 2002, 85, 4328.
40. K. Taira, S. J. Benkovic, J. Med. Chem. 1988, 31, 129.
41. H. Kobayashi, H. Morioka, K. Tobisawa, T. Torizawa, K. Kalo, I. Shimada, O. Nikaido, J. D. Stewart, E. Ohtsuka, Biochemistry 1999, 38, 532.
42. U. Jönsson, L. Fägerstam, B. Ivarsson, B. Johnsson, R. Karlsson, K. Lundh, S. Löfäs, B. Persson, H. Roos, I. Rönnberg, S. Sjölander, E. Stenberg, R. Stählberg, C. Urbaniczky, H. Östlin, M. Malmqvist, Biotechniques 1991, 11, 620.