-
2
-
-
0024298964
-
-
Kraut, J. Science 1988, 242, 533-540.
-
(1988)
Science
, vol.242
, pp. 533-540
-
-
Kraut, J.1
-
3
-
-
0025763437
-
-
Knowles, J. R. Nature 1991, 350, 121-124.
-
(1991)
R. Nature
, vol.350
, pp. 121-124
-
-
Knowles, J.1
-
5
-
-
0004214524
-
-
Longmans, Green: London, 1930
-
Haldane, J. B. S. Enzymes; Longmans, Green: London, 1930.
-
Enzymes
-
-
Haldane, J.B.S.1
-
7
-
-
27544493954
-
-
note
-
The term protein dynamics has been previously used in different contexts; here we use it to describe internal protein motions occurring at all time scales.
-
-
-
-
11
-
-
3042709505
-
-
Liang, Z. X.; Lee, T.; Resing, K. A.; Ahn, N. G.; Klinman, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9556-9561.
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.101
, pp. 9556-9561
-
-
Liang, Z.X.1
Lee, T.2
Resing, K.A.3
Ahn, N.G.4
Klinman, J.P.5
-
13
-
-
0037058913
-
-
Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Parak, F. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16047-16051.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 16047-16051
-
-
Fenimore, P.W.1
Frauenfelder, H.2
McMahon, B.H.3
Parak, F.G.4
-
14
-
-
5144223810
-
-
Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14408-14413.
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.101
, pp. 14408-14413
-
-
Fenimore, P.W.1
Frauenfelder, H.2
McMahon, B.H.3
Young, R.D.4
-
15
-
-
0041852853
-
-
Daniel, R. M.; Dunn, R. V.; Finney, J. L.; Smith, J. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. 2003, 32, 69-92.
-
(2003)
Annu. Rev. Biophys. Biomol.
, vol.32
, pp. 69-92
-
-
Daniel, R.M.1
Dunn, R.V.2
Finney, J.L.3
Smith, J.C.4
-
17
-
-
0034595671
-
-
Zaccai, G. Science 2000, 288, 1604-1607.
-
(2000)
Science
, vol.288
, pp. 1604-1607
-
-
Zaccai, G.1
-
19
-
-
0037154884
-
-
Eisenmesser, E. Z.; Bosco, D. A.; Akke, M.; Kern, D. Science 2002, 295, 1520-1523.
-
(2002)
Science
, vol.295
, pp. 1520-1523
-
-
Eisenmesser, E.Z.1
Bosco, D.A.2
Akke, M.3
Kern, D.4
-
20
-
-
0037117555
-
-
Bosco, D. A.; Eisenmesser, E. Z.; Pochapsky, S.; Sundquist, W. I.; Kern, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5247-5252.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 5247-5252
-
-
Bosco, D.A.1
Eisenmesser, E.Z.2
Pochapsky, S.3
Sundquist, W.I.4
Kern, D.5
-
22
-
-
0032560505
-
-
Zavodszky, P.; Kardos, J.; Svingor, A.; Petsko, G. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 7406-7411.
-
(1998)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.95
, pp. 7406-7411
-
-
Zavodszky, P.1
Kardos, J.2
Svingor, A.3
Petsko, G.A.4
-
24
-
-
0037022683
-
-
Agarwal, P. K.; Billeter, S. R.; Rajagopalan, P. T. R.; Benkovic, S. J.; Hammes-Schiffer, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2794-2799.
-
(2002)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.99
, pp. 2794-2799
-
-
Agarwal, P.K.1
Billeter, S.R.2
Rajagopalan, P.T.R.3
Benkovic, S.J.4
Hammes-Schiffer, S.5
-
25
-
-
0037188007
-
-
Agarwal, P. K.; Billeter, S. R.; Hammes-Schiffer, S. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 3283-3293.
-
(2002)
J. Phys. Chem. B
, vol.106
, pp. 3283-3293
-
-
Agarwal, P.K.1
Billeter, S.R.2
Hammes-Schiffer, S.3
-
26
-
-
4143095852
-
-
Agarwal, P. K.; Geist, A.; Gorin, A. Biochemistry 2004, 43, 10605-10618.
-
(2004)
Biochemistry
, vol.43
, pp. 10605-10618
-
-
Agarwal, P.K.1
Geist, A.2
Gorin, A.3
-
29
-
-
0034710867
-
-
Villa, J.; Strajbl, M.; Glennon, T. M.; Sham, Y. Y.; Chu, Z. T.; Warshel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11899-11904.
-
(2000)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.97
, pp. 11899-11904
-
-
Villa, J.1
Strajbl, M.2
Glennon, T.M.3
Sham, Y.Y.4
Chu, Z.T.5
Warshel, A.6
-
30
-
-
0035861065
-
-
Billeter, S. R.; Webb, S. P.; Agarwal, P. K.; Iordanov, T.; Hammes-Schiffer, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11262-11272.
-
(2001)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.123
, pp. 11262-11272
-
-
Billeter, S.R.1
Webb, S.P.2
Agarwal, P.K.3
Iordanov, T.4
Hammes-Schiffer, S.5
-
31
-
-
0035870566
-
-
Billeter, S. R.; Webb, S. P.; Iordanov, T.; Agarwal, P. K.; Hammes-Schiffer, S. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6925-6936.
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.114
, pp. 6925-6936
-
-
Billeter, S.R.1
Webb, S.P.2
Iordanov, T.3
Agarwal, P.K.4
Hammes-Schiffer, S.5
-
36
-
-
0036305753
-
-
Antoniou, D.; Caratzoulas, S.; Kalyanaraman, C.; Mincer, J. S.; Schwartz, S. D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 3103-3112.
-
(2002)
Eur. J. Biochem.
, vol.269
, pp. 3103-3112
-
-
Antoniou, D.1
Caratzoulas, S.2
Kalyanaraman, C.3
Mincer, J.S.4
Schwartz, S.D.5
-
37
-
-
0346726109
-
-
Garcia-Viloca, M.; Gao, J.; Karplus, M.; Truhlar, D. G. Science 2004, 303, 186-195.
-
(2004)
Science
, vol.303
, pp. 186-195
-
-
Garcia-Viloca, M.1
Gao, J.2
Karplus, M.3
Truhlar, D.G.4
-
38
-
-
0036282937
-
-
Truhlar, D. G.; Gao, J. L.; Alhambra, C.; Garcia-Viloca, M.; Corchado, J.; Sanchez, M. L.; Villa, J. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 341-349.
-
(2002)
Acc. Chem. Res.
, vol.35
, pp. 341-349
-
-
Truhlar, D.G.1
Gao, J.L.2
Alhambra, C.3
Garcia-Viloca, M.4
Corchado, J.5
Sanchez, M.L.6
Villa, J.7
-
40
-
-
0347193736
-
-
Hanggi, P.; Talkner, P.; Borkovec, M. Rev. Mod. Phys. 1990, 62, 251-341.
-
(1990)
Rev. Mod. Phys.
, vol.62
, pp. 251-341
-
-
Hanggi, P.1
Talkner, P.2
Borkovec, M.3
-
42
-
-
0030181073
-
-
Gordon, M. S.; Chaban, G.; Taketsugu, T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11512-11525.
-
(1996)
J. Phys. Chem.
, vol.100
, pp. 11512-11525
-
-
Gordon, M.S.1
Chaban, G.2
Taketsugu, T.3
-
44
-
-
0001100374
-
-
Stewart, J. J. P.; Davis, L. P.; Burggraf, L. W. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1117-1123.
-
(1987)
J. Comput. Chem.
, vol.8
, pp. 1117-1123
-
-
Stewart, J.J.P.1
Davis, L.P.2
Burggraf, L.W.3
-
47
-
-
0038780573
-
-
Howard, B. R.; Vajdos, F. F.; Li, S.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 475-481.
-
(2003)
Nat. Struct. Biol.
, vol.10
, pp. 475-481
-
-
Howard, B.R.1
Vajdos, F.F.2
Li, S.3
Sundquist, W.I.4
Hill, C.P.5
-
48
-
-
27544437907
-
-
Case, D. A. et al. AMBER 7; University of California, San Francisco
-
Case, D. A. et al. AMBER 7; University of California, San Francisco, 2002.
-
(2002)
-
-
-
49
-
-
0029633186
-
-
Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1-41.
-
(1995)
Comput. Phys. Commun.
, vol.91
, pp. 1-41
-
-
Pearlman, D.A.1
Case, D.A.2
Caldwell, J.W.3
Ross, W.S.4
Cheatham, T.E.5
Debolt, S.6
Ferguson, D.7
Seibel, G.8
Kollman, P.9
-
54
-
-
0030666230
-
-
Vajdos, F. E.; Yoo, S. H.; Houseweart, M.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P. Protein Sci. 1997, 6, 2297-2307.
-
(1997)
Protein Sci.
, vol.6
, pp. 2297-2307
-
-
Vajdos, F.E.1
Yoo, S.H.2
Houseweart, M.3
Sundquist, W.I.4
Hill, C.P.5
-
55
-
-
0037414270
-
-
Watney, J. B.; Agarwal, P. K.; Hammes-Schiffer, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3745-3750.
-
(2003)
Am. Chem. Soc.
, vol.125
, pp. 3745-3750
-
-
Watney, J.B.1
Agarwal, P.K.2
Hammes-Schiffer, S.J.3
-
56
-
-
0037159205
-
-
Rajagopalan, P. T. R.; Lutz, S.; Benkovic, S. J. Biochemistry 2002, 41, 12618-12628.
-
(2002)
Biochemistry
, vol.41
, pp. 12618-12628
-
-
Rajagopalan, P.T.R.1
Lutz, S.2
Benkovic, S.J.3
-
57
-
-
0344080468
-
-
Moritsugu, K.; Miyashita, O.; Kidera, A. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 3309-3317.
-
(2003)
J. Phys. Chem. B
, vol.107
, pp. 3309-3317
-
-
Moritsugu, K.1
Miyashita, O.2
Kidera, A.3
-
58
-
-
0037054839
-
-
Frauenfelder, H.; Fenimore, P. W.; McMahon, B. H. Biophvs. Chem. 2002, 98, 35-48.
-
(2002)
Biophvs. Chem.
, vol.98
, pp. 35-48
-
-
Frauenfelder, H.1
Fenimore, P.W.2
McMahon, B.H.3
-
60
-
-
0030862281
-
-
Diehl, M.; Doster, W.; Petry, W.; Schober, H. Biophys. J. 1997, 73, 2726-2732.
-
(1997)
Biophys. J.
, vol.73
, pp. 2726-2732
-
-
Diehl, M.1
Doster, W.2
Petry, W.3
Schober, H.4
-
61
-
-
0035398856
-
-
Doster, W.; Diehl, M.; Retry, W.; Ferrand, M. Physica B 2001, 301, 65-68.
-
(2001)
Physica B
, vol.301
, pp. 65-68
-
-
Doster, W.1
Diehl, M.2
Retry, W.3
Ferrand, M.4
-
62
-
-
4444342895
-
-
Becker, T.; Hayward, J. A.; Finney, J. L.; Daniel, R. M.; Smith, J. C. Biophys. J. 2004, 87, 1436-1444.
-
(2004)
Biophys. J.
, vol.87
, pp. 1436-1444
-
-
Becker, T.1
Hayward, J.A.2
Finney, J.L.3
Daniel, R.M.4
Smith, J.C.5
-
63
-
-
7044254777
-
-
Antoniou, D.; Abolfath, M. R.; Schwartz, S. D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6442-6447.
-
(2004)
J. Chem. Phys.
, vol.121
, pp. 6442-6447
-
-
Antoniou, D.1
Abolfath, M.R.2
Schwartz, S.D.3
-
67
-
-
0037765997
-
-
Heyes, D. J.; Hunter, C. N.; van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; Groot, M. L. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 491-492.
-
(2003)
Nat. Struct. Biol.
, vol.10
, pp. 491-492
-
-
Heyes, D.J.1
Hunter, C.N.2
Van Stokkum, I.H.M.3
Van Grondelle, R.4
Groot, M.L.5
-
71
-
-
0034287425
-
-
Moritsugu, K.; Miyashita, O.; Kidera, A. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 3970-3973.
-
(2000)
Phys. Rev. Lett.
, vol.85
, pp. 3970-3973
-
-
Moritsugu, K.1
Miyashita, O.2
Kidera, A.3
|