Whole Protein Dissociation in a Quadrupole Ion Trap: Identification of an a Priori Unknown Modified Protein

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 3, 2004, Pages 720-727

  Amunugama, Ravi ^a   Hogan, Jason M ^a   Newton, Kelly A ^a   McLuckey, Scott A ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACETYLATION; CELLS; DATABASE SYSTEMS; DISSOCIATION; MASS SPECTROMETERS; MIXTURES; YEAST;

QUADRUPOLE ION TRAPS;

PROTEINS;

HEAT SHOCK PROTEIN; ION; METHIONINE;

ACETYLATION; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CELL LYSATE; CHEMICAL REACTION; DISSOCIATION; ENZYME DEGRADATION; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR WEIGHT; NONHUMAN; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DATABASE; PROTEIN MODIFICATION; PROTON TRANSPORT; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SURFACE CHARGE;

AMINO ACID SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; IONS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCES CEREVISIAE PROTEINS; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION;

EID: 0842283942     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034900k     Document Type: Article

References (44)

1. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
2. Yates, J. R., III. J. Mass. Spectrom. 1998, 33, 1-19.
3. Peng, J.; Gygi, S. P.J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1083-1091.
4. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837-846.
5. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011-5015.
6. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 58-64.
7. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338-345.
8. Pappin, D. J. C.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327-332.
9. Yates, J. R., III; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapillar, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397-408.
10. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390-4399.
11. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
12. Yates, J. R., III; Eng, J. K.; McCormack, A. L. Anal. Chem. 1995, 67, 3202-3210.
13. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M., Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
14. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806-812.
15. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663-675.
16. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L., McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
17. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862.
18. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNagger, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672-678.
19. Meng, F.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952-957.
20. Nemeth-Cawley, J. F.; Rouse, J. C. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 270-282.
21. Stephenson, J. L. Jr.; McLuckey, S. A. Anal Chem. 1998, 70, 3533-3544.
22. VerBerkmoes, N. C.; Slxader, M. B.; Smiley, R. D.; Howell, E. E.; Hurst, G. B.; Hettich, R. L.; Stephenson, J. L., Jr. Anal Biochem. 2002, 305, 68-81.
23. Schey, K. L.; Cook, L. A.; Hildebrandt, J. D. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 377-388.
24. Lin, M.; Campbell, J. M.; Mueller, D. R.; Wirth, U. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1809-1814.
25. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7390-7397.
26. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L., Jr.; Asano, K. G. Anal Chem. 1998, 70, 1198-1202.
27. Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 585-596.
28. Schaaff, T. G.; Cargile, B. J.; Stephenson, J. L., Jr.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2000, 72, 899-907.
29. McLuckey, S. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M. Anal Chem. 2002, 74, 336-346.
30. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353-7362.
31. Reid, G. E.; Wells, J. M.; Badman, E. R.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 243-258.
32. McLuckey, S. A.; Glish, G. L.; Asano, K. G.; Grant, B. C. Anal Chem. 1988, 60, 2220-2228.
33. Kaiser R. E., Jr.; Cooks, R. G.; Stafford, G. C., Jr.; Syka, J. E. P.; Hemberger, P. H. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1991, 106, 79-115.
34. Sadygov, R. G.; Yates, J. R., III. Anal. Chem. 2003, 75, 3792-3798.
35. Taylor, G. K.; Kim, Y.; Forbes, A. J.; Meng, F.; McCarthy, R.; Kelleher N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 4081-4086.
36. Meng, F.; Miller, L. M.; Pattie, S. M.; Forbes, A. J.; Taylor, G. K.; Kim, Y.; Du, Y.; Roth, M. J.; Kelleher N. L. 51st Annual American Society for Mass Spectrometry Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics. Montreal, Canada, June 8-12, 2003.
37. Patrie, S. M.; Forbes, A. J.; Meng, F.; Miller, L. M.; Taylor, G. K.; Kim, Y.; McCarthy, R. E.; Robinson, D. E.; Kelleher N. L. 51st Annual American Society for Mass Spectrometry Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics. Montreal, Canada, June 8-12, 2003.
38. Mtwisha, L.; Brandt, W.; McCready, S.; Lindsey, G. G. Plant Mol. Biol. 1998, 37, 513-521.
39. Cargile, B. J.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L. Jr. Anal. Chem. 2001, 73, 1277-1285.
40. Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 203, A1-A9.
41. Reid, G. E.; Wu, J.; Chrisman, P. A.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2001, 73, 3274-3281.
42. Wells, J. M.; Reid, G. E.; Engel, B. J.; Pan, P.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 873-876.
43. Engel, B. J.; Pan, P.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 219, 171-187.
44. Newton, K. A.; Chrisman, P. A.; Reid, G. E.; Wells, J. M.; McLuckey, S. A. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 359-376.