Identification and quantification of differentially expressed proteins in E-cadherin deficient SCC9 cells and SCC9 transfectants expressing E-cadherin by dimethyl isotope labeling, LC-MALDI MS and MS/MS

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 4, 2005, Pages 1419-1426

  Ji, Chengjie ^a   Li, Laiji ^a   Gebre, Mulu ^a   Pasdar, Manijeh ^a   Li, Liang ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

Cell adhesion; Differential protein expression; E cadherin; Isotope labeling; LC MALDI; Quantification

Indexed keywords

FORMALDEHYDE; UVOMORULIN;

ARTICLE; CATION EXCHANGE; CELL ADHESION; CELL INTERACTION; CELL POLARITY; CELL PROLIFERATION; CONTROLLED STUDY; CYTOSKELETON; DATA BASE; DIAGNOSTIC ACCURACY; EFFLUENT; EXTRACELLULAR MATRIX; GENETIC TRANSFECTION; HUMAN; HUMAN CELL; IMMUNOBLOTTING; IMMUNOFLUORESCENCE; ISOTOPE LABELING; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DEFICIENCY; PROTEIN EXPRESSION; QUANTITATIVE DIAGNOSIS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; VALIDATION PROCESS;

AMINO ACID SEQUENCE; CADHERINS; CELL LINE, TUMOR; HUMANS; ISOTOPE LABELING; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 23944500823     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050094h     Document Type: Article

References (70)

1. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., 3rd Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
2. Garin, J.; Diez, R.; Kieffer, S.; Dermine, J. F.; Duclos, S.; Gagnon, E.; Sadoul, R.; Rondeau, C.; Desjardins, M. J. Cell Biol 2001, 152, 165-180.
3. Gerner, C.; Frohwein, U.; Gotzmann, J.; Bayer, E.; Gelbmann, D.; Bursch, W.; Schuhe-Hermann, R. J. Biol. Chem. 2000, 275, 39018-39026.
4. Goshe, M. B.; Conrads, T. P.; Panisko, E. A.; Angell, N. H.; Veenstra, T. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2578-2586.
5. Hanisch, F. G.; Jovanovic, M.; Peter-Katalinic, J. Anal. Biochem. 2001, 290, 47-59.
6. Moller, A.; Soldan, M.; Volker, U.; Maser, E. Toxicology 2001, 160, 129-138.
7. Monahan, I. M.; Betts, J.; Banerjee, D. K.; Butcher, P. D. Microbiology 2001, 147, 459-471.
8. Rain, J. C.; Selig, L.; De Reuse, H.; Battaglia, V.; Reverdy, C.; Simon, S.; Lenzen, G.; Petel, F.; Wojcik, J.; Schachter, V.; Chemama, Y.; Labigne, A.; Legrain, P. Nature 2001, 409, 211-215.
9. Klose, J. Humangenetik 1975, 26, 231-243.
10. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007-4021.
11. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
12. Ji, J.; Chakraborty, A.; Geng, M.; Zhang, X.; Amini, A.; Bina, M.; Regnier, F. J. Chromatogr. B Biomed. Sci. Appl. 2000, 745, 197-210.
13. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836-2842.
14. Ong, S. E.; Kratchmarova, L; Mann, M. J. Proteome Res. 2003, 2, 173-181.
15. Han, D. K.; Eng, J.; Zhou, H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 946-951.
16. Griffin, T. J.; Gygi, S. P.; Ideker, T.; Rist, B.; Eng, J.; Hood, L; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 323-333.
17. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 512-515.
18. Hsu, J. L.; Huang, S. Y.; Chow, N. H.; Chen, S. H. Anal. Chem. 2003, 75, 6843-6852.
19. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 376-386.
20. Everley, P. A.; Krijgsveld, J.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 729-735.
21. Che, F. Y.; Fricker, L. D. Anal. Chem. 2002, 74, 3190-3198.
22. Krijgsveld, J.; Ketting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H.; Heck, A. J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-931.
23. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D. M.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
24. Pan, S.; Gu, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2003, 75, 1316-1324.
25. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163-170.
26. Staes, A.; Demol, H.; Van Damme, J.; Martens, L.; Vandekerckhove, J.; Gevaert, K. J. Proteome Res. 2004, 3, 786-791.
27. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591-6596.
28. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
29. Zappacosta, F.; Annan, R, S. Anal. Chem. 2004, 76, 6618-6627.
30. Ji, C.; Li, L. J. Proteome Res. 2005, 4, 734-742.
31. Hermanson, G. T. Bioconjugate Techniques; Academic Press: San Diego, CA, 1996.
32. Zhang, B.; McDonald, C.; Li, L. Anal. Chem. 2004, 76, 992-1001.
33. Bodnar, W. M.; Blackburn, R. K.; Krise, J. M.; Moseley, M. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 971-979.
34. Zhen, Y.; Xu, N.; Richardson, B.; Becklin, R.; Savage, J. R.; Blake, K.; Peltier, J. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 803-822.
35. Gooding, J. M.; Yap, K. L.; Ikura, M. Bioessays 2004, 26, 497-511.
36. Hatzfeld, M. Int. Rev. Cytol. 1999, 186, 179-224.
37. Li, Z.; Gallin, W. J.; Lauzon, G.; Pasdar, M. J. Cell Sci. 1998, 111 (Pt 7), 1005-1019.
38. Quach, T. T.; Li, N.; Richards, D. P.; Zheng, J.; Keller, B. O.; Li, L. J. Proteome Res. 2003, 2, 543-552.
39. Chottiner, E. G.; Shewach, D. S.; Datta, N. S.; Ashcraft, E.; Gribbin, D.; Ginsburg, D.; Fox, I. H.; Mitchell, B. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 1531-1535.
40. Nakatsuru, S.; Sudo, K.; Nakamura, Y. Cytogenet. Cell Genet. 1995, 68, 226-230.
41. Simon, H. U.; Mills, G. B.; Kozlowski, M.; Hogg, D.; Branch, D.; Ishimi, Y.; Siminovitch, K. A. Biochem. J. 1994, 297 (Pt 2), 389-397.
42. Diaz-Jullien, C.; Perez-Estevez, A.; Covelo, G.; Freire, M. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1296, 219-227.
43. Hapke, S.; Kessler, H.; Luber, B.; Benge, A.; Hutzler, P.; Hofler, H.; Schmitt, M.; Reuning, U. Biol. Chem. 2003, 384, 1073-1083.
44. Akiyama, N.; Matsuo, Y.; Sai, H.; Noda, M.; Kizaka-Kondoh, S. Mol. Cell. Biol. 2000, 20, 3266-3273.
45. Wilkin, F.; Savonet, V.; Radulescu, A.; Petermans, J.; Dumont, J. E.; Maenhaut, C. J. Biol. Chem. 1996, 271, 28451-28457.
46. Wharton, S. B.; Hibberd, S.; Eward, K. L.; Crimmins, D.; Jellinek, D. A.; Levy, D.; Stoeber, K.; Williams, G. H. Br. J. Cancer. 2004, 91, 262-269.
47. Ruutu, M.; Peitsaro, P.; Johansson, B.; Syrjanen, S. Int. J. Cancer 2002, 100, 318-326.
48. Hubeek, I.; Peters, G. J.; Broekhuizen, A. J.; Talianidis, I.; Schouten van Meeteren, A. Y.; van Wering, E. R.; Gibson, B.; Creutzig, U.; Kaspers, G. J. Nucleos. Nucleot. Nucl. Acids 2004, 23, 1351-1356.
49. Cao, Y.; Dave, K. B.; Doan, T. P.; Prescott, S. M. Cancer Res. 2001, 61, 8429-8434.
50. Kinnula, V. L.; Lehtonen, S.; Sormunen, R.; Kaarteenaho-Wiik, R.; Kang, S. W.; Rhee, S. G.; Soini, Y. J. Pathol. 2002, 196, 316-323.
51. Yokota, S.; Yanagi, H.; Yura, T.; Kubota, H. J. Biol. Chem. 1999, 274, 37070-37078.
52. Maul, R. S.; Song, Y.; Amann, K. J.; Gerbin, S. C.; Pollard, T. D.; Chang, D. D. J. Cell Biol. 2003, 160, 399-407.
53. Razzaque, M. S.; Taguchi, T. Histol. Histopathol. 1999, 14, 1199-1212.
54. Hebert, C.; Norris, K.; Della Coletta, R.; Reynolds, M.; Ordonez, J.; Sauk, J. J. J. Cell. Biochem. 1999, 73, 248-258.
55. Helwani, F. M.; Kovacs, E. M.; Paterson, A. D.; Verma, S.; Ali, R. G.; Fanning, A. S.; Weed, S. A.; Yap, A. S. J. Cell Biol. 2004, 164, 899-910.
56. Shapland, C.; Hsuan, J. J.; Totty, N. F.; Lawson, D. J. Cell Biol. 1993, 121, 1065-1073.
57. Shields, J. M.; Rogers-Graham, K.; Der, C. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 9790-9799.
58. Li, Y.; Lin, J. L.; Reiter, R. S.; Daniels, K.; Soll, D. R.; Lin, J. J. J. Cell Sci. 2004, 117, 3593-3604.
59. Johnson, S.; Michalak, M.; Opas, M.; Eggleton, P. Trends Cell Biol. 2001, 11, 122-129.
60. Yamada, A.; Irie, K.; Hirota, T.; Ooshio, T.; Fukuhara, A.; Takai, Y. J. Biol. Chem. 2005, 280, 6016-6027.
61. Lu, Z.; Ghosh, S.; Wang, Z.; Hunter, T. Cancer Cell 2003, 4, 499-515.
62. Galbiati, F.; Volonte, D.; Brown, A. M.; Weinstein, D. E.; Ben-Ze'ev, A.; Pestell, R. G.; Lisanti, M. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 23368-23377.
63. Reynolds, A. B.; Carnahan, R. H. Semin. Cell Dev. Biol. 2004, 15, 657-663.
64. Kinnula, V. L.; Paakko, P.; Soini, Y. FEBS Lett. 2004, 569, 1-6.
65. Hajra, K. M.; Fearon, E. R. Genes Chromosomes Cancer 2002, 34, 255-268.
66. Kawanishi, J.; Kato, J.; Sasaki, K.; Fujii, S.; Watanabe, N.; Niitsu, Y. Mol. Cell. Biol. 1995, 15, 1175-1181.
67. Hayashi, E.; Kuramitsu, Y.; Okada, F.; Fujimoto, M.; Zhang, X.; Kobayashi, M.; Iizuka, N.; Ueyama, Y.; Nakamura, K. Proteomics 2005, 5, 1024-1032.
68. Misek, D. E.; Imafuku, Y.; Hanash, S. M. Pharmacogenomics 2004, 5, 1129-1137.
69. Wheelock, M. J.; Johnson, K. R. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2003, 19, 207-235.
70. Jang, J. S.; Cho, H. Y.; Lee, Y. J.; Ha, W. S.; Kim, H. W. Oncol. Res. 2004, 14, 491-499.