A multidimensional differential proteomic platform using dual-phase ion-exchange chromatography-polyacrylamide gel electrophoresis/reversed-phase liquid chromatography tandem mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 15, 2005, Pages 4836-4845

  Ottens, Andrew K ^a,b,c   Kobeissy, Firas H ^b,c,d   Wolper, Regina A ^b,c,d   Haskins, William E ^a,b,c,d   Hayes, Ronald L ^a,c,d   Denslow, Nancy D ^b,c   Wang, Kevin K W ^a,b,c,d  

^a Center for Traumatic Brain Injury Studies   (United States)

^b Center of Neuroproteomics and Biomarkers Research   (United States)

^c Department of Neuroscience ^*  (United States)

^d UNIVERSITY OF FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ION-EXCHANGE CHROMATOGRAPHY; NEUROPROTEOMIC MODEL; PEPTIDE ANALYSIS; PROTEOMIC ANALYSIS;

DYES; ELECTROPHORESIS; FLUORESCENCE; GELS; ION EXCHANGE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

PROTEINS;

FLUORESCENT DYE; PROTEIN;

ANIMAL TISSUE; ARTICLE; BRAIN CORTEX; CEREBELLUM; ION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY; MALE; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; RAT; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; CEREBELLUM; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; COLOR; ELECTROPHORESIS, POLYACRYLAMIDE GEL; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; HYDROPHOBICITY; MALE; PROTEOMICS; RATS; RATS, SPRAGUE-DAWLEY; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 23044442338     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac050478r     Document Type: Article

References (69)

1. Denslow, N.; Michel, M. E.; Temple, M. D.; Hsu, C. Y.; Saatman, K.; Hayes, R. L. J. Neurotrauma 2003, 20, 401-407.
2. Freeman, W. M.; Hemby, S. E. Neurochem. Res. 2004, 29, 1065-1081.
3. Anderson, L.; Seilhamer, J. Electrophoresis 1997, 18, 533-537.
4. Gygi, S. P.; Rochon, Y.; Franza, B. R.; Aebersold, R. Mol. Cell. Biol. 1999, 19, 1720-1730.
5. Hanash, S. Nature 2003, 422, 226-232.
6. Figeys, D. Anal. Chem. 2003, 75, 2891-2905.
7. Kim, S. I.; Voshol, J.; Oostrum, J. van; Hastings, T. G.; Cascio, M.; Glucksman, M. J. Neurochem. Res. 2004, 29, 1317-1331.
8. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
9. Wells, D. A.; Weil, D. A. LC-GC N. Am. 2003, 21, 522-538.
10. Griffin, T. J.; Aebersold, R. J. Biol. Chem. 2001, 276, 45497-45500.
11. Peng, J.; Gygi, S. P. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1083-1091.
12. Tonge, R.; Shaw, J.; Middleton, B.; Rowlinson, R.; Rayner, S.; Young, J.; Pognan, F.; Hawkins, E.; Currie, I.; Davison, M. Proteomics 2001, 1, 377-396.
13. Patton, W. F. J. Chromatogr., B 2002, 771, 3-31.
14. Gade, D.; Thiermann, J.; Markowsky, D.; Rabus, R. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2003, 5, 240-251.
15. Unlu, M.; Morgan, E.; Minden, J. S. Electrophoresis 1997, 18, 2071-2077.
16. Freeman, W. M.; Hemby, S. E. Neurochem. Res. 2004, 29, 1065-1081.
17. Alban, A.; David, S. O.; Björkesten, L.; Andersson, C.; Sloge, E.; Lewis, S.; Currie, I. Proteomics 2003, 3, 36-44.
18. Rabilloud, T. Anal. Chem. 2000, 72, 48A-55A.
19. Wang, H.; Hanash, S. J. Chromatogr., B 2002, 787, 11-18.
20. Janini, G. M.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Issaq, H. J. J. Chromatogr., B 2003, 43-51.
21. Sköld, K.; Svensson, M.; Kaplan, A.; Björkesten, L.; Åstrom, J.; Andren, P. E. Proteomics 2002, 2, 447-454.
22. Bergh, G. Van den; Clerens, S.; Vandesande, F.; Arckens, L. Electrophoresis 2003, 24, 1471-1481.
23. Steel, L. F.; Haab, B. B.; Hanash, S. M. J. Chromatogr. B 2005, 815, 275-284.
24. Hoffmann, P.; Ji, H.; Mortiz, R. L.; Connolly, L. M.; Frecklington, D. F.; Layton, M. J.; Eddes, J. S.; Simpson, R. J. Proteomics 2001, 1, 807-818.
25. Moritz, R. L.; Ji, H.; Schutz, F.; Connolly, L. M.; Kapp, E. A.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2004, 76, 4811-4824.
26. Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Janini, G. M.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2002, 23, 3048-3061.
27. Opiteck, G. J.; Ramirez, S. M.; Jorgenson, J. W.; Moseley, M. A., III. Anal. Biochem. 1998, 258, 349-361.
28. Chong, B. E.; Yan, F.; Lubman, D. M.; Miller, F. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 291-296.
29. Zhang, Z. L.; Smith, D. L.; Smith, J. B. Proteomics 2001, 1, 1001-1009.
30. Lubman, D. M.; Kachman, M. T.; Wang, H.; Gong, S.; Yan, F.; Hamler, R. L.; O'Neil, K. A; Zhu, K.; Buchanan, N. S.; Barder, T. J. J. Chromatogr., B 2002, 183-196.
31. Zhu, K.; Kachman, M. T.; Miller, F. R.; Lubman, D. M.; Zand, R. J. Chromatogr., A 2004, 1053, 133-142.
32. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S. Y.; Hinderer, R.; Parus, S.; Misek, D. E.; Hanash, S. M.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1099-1111.
33. Hamler, R. L.; Zhu, K.; Buchanani, N. S.; Kreunin, P.; Kachman, M. T.; Miller, F. R.; Lubman, D. M. Proteomics 2004, 4, 562-577.
34. Wang, H. X.; Kachman, M. T.; Schwartz, D. R.; Cho, K. R.; Lubman, O. M. Proteomics 2004, 4, 2476-2495.
35. Feng, B. B.; Patel, A. H.; Keller, P. M.; Slemmon, J. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 821-826.
36. Hennessy, T. P.; Quaglia, M.; Kornysova, O.; Grimes, B. A.; Lubda, D.; Unger, K. K. J. Chromatogr., B 2005, 817, 127-137.
37. Hu, S.; Michels, D. A.; Fazal, M. A.; Ratisoontorn, C.; Cunningham, M. L.; Dovichi, M. J. Anal. Chem. 2004, 76, 4044-4049.
38. Larmann, J. P., Jr.; Lemmo, A. V.; Moore, A. W.; Jorgenson, J. W. Electrophoreisis 1993, 14, 439-447.
39. Herr, A. E.; Molho, J. I.; Drouvalakis, K. A.; Mikkelsen, J. C.; Utz, P. J.; Santiago, J. G.; Kenny, T. W. Anal. Chem. 2003, 75, 1180-1187.
40. Krishnan, S.; Hale, J. E.; Becker, G. W. In Enzyme Technologies for Pharmaceutical and Biotechnological Applications: Kirst, H. A., Yeh, W. K., Zmijewski, M. J., Jr., Eds.; Marcel Dekker: New York, 2001; pp 575-596.
41. Krapfenbauer, K.; Fountoulakis, M.; Lubec, G. Electrophoresis 2003, 24, 1847-1870.
42. Aebersold, R.; Goodlett, D. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
43. El Rassi, Z.; Horvath, C. J. Chromatogr., B 1986, 359, 255-264.
44. Haskins, W. E.; Wang, Z.; Watson, C. J.; Rostand, R. R.; Witowski, S. R.; Powell, D. H.; Kennedy, R. T. Anal. Chem. 2001, 73, 5005-5014.
45. Haskins, W. E.; Kobeissy, F. H.; Wolper, R. A.; Ottens, A. K.; Kitlen, J. W.; Liu, M. C.; McClung, S. H.; Lundberg, A. G.; O'Steen, B. E.; Chow, M. M.; Pineda, J. A.; Denslow, N. D.; Hayes, R. L.; Wang, K. K. W. J. Neurotrauma. 2005, 22, 629-644.
46. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
47. Regnier, F. E. Science 1987, 238, 319-323.
48. Zhu, B. Y.; Mant, C. T.; Hodges, R. S. J. Chromatogr. 1992, 594, 75-86.
49. Voss, T.; Haberl, P. Electrophoresis 2000, 21, 3345-3350.
50. Nishihara, J. C.; Champion, K. M. Electrophoresis 2002, 23, 2203-2215.
51. Larner S. F.; McKinsey, D. M.; Hayes, R. L.; Wang, K. K. W. J. Neurochem. 2005, 94, 97-108.
52. Pineda, J. A.; Wang, K. W. W.; Hayes, R. L. Brain Pathol. 2004, 14, 202-209.
53. Pike, B. R.; Flint, J.; Dave, J. R.; Lu, X. C. M.; Wang, K. K. W.; Tortella, F. C.; Hayes, R. L. J. Cer. Blood Flow Metab. 2004, 24, 98-106.
54. Shaw, J.; Rowlinson, R.; Nickson, J.; Stone, T.; Sweet, A.; Williams, K.; Tonge, R. Proteomics 2003, 3, 1181-1195.
55. Giddings, J. C. Unified Separation Science; John Wiley & Sons: New York, 1991; pp 112-138.
56. Gorg, A.; Weiss, W.; Dunn, M. J. Proteomics 2004, 4, 3665-3685.
57. Zhang, S.; Schneider, K. A.; Barder, T. J.; Lubman, D. M. Biotechniques 2003, 35, 1202-1212.
58. Morrison, R. S.; Kinoshita, Y.; Johnson, M. D.; Uo, T.; Ho, J. T.; McBee, J. K.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 553-560.
59. Sanders, S. L.; Jennings, J.; Canutescu, A.; Link, A. J.; Weil, P. A Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 4723-4738.
60. Peng, J.; Kim, M. J.; Cheng, D.; Duong, D. M.; Gygi, S. P. J. Biol. Chem. 2004, 279, 21003-21011.
61. Fountoulakis, M. Mass Spectrom. Rev. 2004, 23, 231-258.
62. Meng, F.; Du, Y.; Miller, L. M.; Patrie, S. M.; Robinson, D. E.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 2852-2858.
63. Ahmed, N.; Rise, G. E. J. Chromatogr., B 2005, 815, 39-50.
64. Posmantur, R. M.; Kampfl, A.; Taft, W. C.; Bhattacharjee, M.; Dixon, C. E.; Bao, J.; Hayes, R. L. J. Neurotrauma 1996, 13, 125-137.
65. Wang, K. K. W. Trends Neurosci. 23, 20-26.
66. Pike, B. R.; Flint, J.; Johnson, E.; Glenn, C. C.; Dutta, S.; Wang, K. K. W.; Hayes, R. L. J. Neurochem. 2001, 78, 1297-1306.
67. Wang, K. K. W.; Ottens, A. K.; Haskins, W. E.; Liu, M. C.; Kobeissy, F. H.; Denslow, N. D.; Chen, S.; Hayes, R. L. In Human Brain Proteome; Neuhold, E. L., Ed.; Elsevier: New York, 2004; pp 215-340.
68. McDonald, W. H.; Yates J. R. Dis. Markers 2002, 18, 99-105.
69. Fountoulakis, M. Amino Acids 2001, 21, 363-381.