Simulation of evolution-selected propeptide by high-throughput selection of a peptidomimetic inhibitor on a capillary DNA sequencer platform

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 7, 2005, Pages 2116-2124

  Hu, Jialiang ^a   Fiten, Pierre ^a   Van Den Steen, Philippe E ^a   Chaltin, Patrick ^a   Opdenakker, Ghislain ^a  

^a REGA INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (Belgium)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENATURATION; GELATINASE; PEPTIDE-BASED INHIBITORS; PROTEINASES;

COLLAGEN; COMPUTER SIMULATION; DNA; ELECTROPHORESIS; ENZYME INHIBITION; ENZYMES; FLUORESCENCE; MASS SPECTROMETRY; SUBSTRATES;

NITROGEN COMPOUNDS;

GELATINASE B; GELATINASE INHIBITOR; MATRIX METALLOPROTEINASE;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; CONFOCAL LASER MICROSCOPY; DNA CLEAVAGE; DNA SEQUENCE; ENZYME INHIBITION; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; HUMAN CELL; IN VITRO STUDY; INTERMETHOD COMPARISON; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDE SYNTHESIS; PROTEIN ANALYSIS;

BINDING SITES; COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; EVOLUTION, MOLECULAR; GELATINASES; MATRIX METALLOPROTEINASE 9; MICROSCOPY, CONFOCAL; MOLECULAR MIMICRY; PEPTIDE LIBRARY; PROTEASE INHIBITORS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SEQUENCE ANALYSIS, DNA;

EID: 16244401957     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac048631p     Document Type: Article

References (48)

1. Barrett, A. J.; Rawlings, N. D.; and Woessner, J. F. Handbook of Proteolytic enzymes, 2nd ed.; Academic Press: London, 2004.
2. Sternlicht, M. D.; Werb, Z. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2001, 17, 463-516.
3. Overall, C. M.; Lopez-Otin, C. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 657-672.
4. Van Wart, H. E.; Birkedal-Hansen, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 5578-5582.
5. Van den Steen, P. E.; Dubois, B.; Nelissen, I.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A.; Opdenakker, G. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2002, 37, 375-536.
6. Opdenakker, G.; Van den Steen, P. E.; Van Damme, J. Trends. Immunol. 2001, 22, 571-579.
7. Van den Steen, P. E.; Proost, P.; Grillet, B.; Brand, D. D.; Kang, A. H.; Van Damme, J.; Opdenakker, G. FASEB J. 2002, 16, 379-389.
8. Itoh, T.; Matsuda, H.; Tanioka, M.; Kuwabara, K.; Itohara, S.; Suzuki, R. J. Immunol. 2002, 169, 2643-2647.
9. Van den Steen, P. E.; Proost, P.; Wuyts, A.; Van Damme, J.; Opdenakker, G. Blood 2000, 96, 2673-2681.
10. Dubois, B.; Masure, S.; Hurtenbach, U.; Paemen, L.; Heremans, H.; van den Oord, J.; Sciot, R.; Meinhardt, T.; Hämmerling, G.; Opdenakker, G.; Arnold, B. J. Clin. Invest. 1999, 104, 1507-1515.
11. Nelissen, I.; Martens, E.; Van den Steen, P. E.; Proost, P.; Ronsse, I.; Opdenakker, G. Brain 2003, 126, 1371-1381.
12. Dubois, B.; Starckx, S.; Pagenstecher, A.; van den Oord, J.; Arnold, B.; Opdenakker, G. Eur. J. Immunol. 2002, 32, 2163-2171.
13. Liu, Z.; Zhou, X.; Shapiro, S. D.; Shipley, J. M.; Twining, S. S.; Diaz, L. A.; Senior, R. M.; Werb, Z. Cell 2000, 102, 647-655.
14. Ochieng, J.; Fridman, R.; Nangia-Makker, P.; Kleiner, D. E.; Liotta, L. A.; Stetler-Stevenson, W. G.; Raz, A. Biochemistry 1994, 33, 14109-14114.
15. Belaaouaj, A. A.; Li, A.; Wun, T. C.; Welgus, H. G.; Shapiro, S. D. J. Biol. Chem. 2000, 275, 27123-27128.
16. Yu, Q.; Stamenkovic, I. Genes Dev. 2000, 14, 163-176.
17. Asahi, M.; Wang, X.; Mori, T.; Sumii, T.; Jung, J. C.; Moskowitz, M. A.; Fini, M. F.; Lo, E. H. J. Neurosci. 2001, 21, 7724-7732.
18. Fernandez-Patron, C.; Zouki, C.; Whittal, R.; Chan, J. S.; Davidge, S. T.; Filep, J. G. FASEB J. 2001, 15, 2230-2240.
19. Sheu, B. C.; Hsu, S. M.; Ho, H. N.; Lien, H. C.; Huang, S. C.; Lin, R. H. Cancer Res. 2001, 61, 237-242.
20. Fiore, E.; Fusco, C.; Romero, P.; Stamenkovic, I. Oncogene 2002, 21, 5213-5223.
21. Descamps, F. J.; Van den Steen, P. E.; Martens, E.; Ballaux, F.; Geboes, K.; Opdenakker, G. FASEB J. 2003, 17, 887-889.
22. Starckx, S.; Van den Steen, P. E.; Verbeek, R.; van Noort, J. M.; Opdenakker, G. J. Neuroimmunol. 2003, 141, 47-57.
23. Van den Steen, P. E.; Husson, S. J.; Proost, P.; Van Damme, J.; Opdenakker, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 310, 889-896.
24. Van den Steen, P. E.; Wuyts, A.; Husson, S. J.; Proost, P.; Van Damme, J.; Opdenakker, G. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 3739-3749.
25. Ito, A.; Mukaiyama, A.; Itoh, Y.; Nagase, H.; Thogersen, I. B.; Enghild, J. J.; Sasaguri, Y.; Mori, Y. J. Biol. Chem. 1996, 271, 14657-14660.
26. Butler, G. S.; Sim, D.; Tam, E.; Devine, D.; Overall, C. M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 17511-17519.
27. Fukui, N.; McAlinden, A.; Zhu, Y.; Crouch, E.; Broekelmann, T. J.; Mecham, R. P.; Sandell, L. J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 2193-2201.
28. Netzel-Arnett, S.; Sang, Q. X.; Moore, W. G.; Navre, M.; Birkedal-Hansen, H.; Van Wart, H. E. Biochemistry 1993, 32, 6427-6432.
29. Kridel, S. J.; Chen, E.; Kotra, L. P.; Howard, E. W.; Mobashery, S.; Smith, J. W. J. Biol. Chem. 2001, 276, 20572-20578.
30. Stack, M. S.; Gray, R. D. J. Biol. Chem. 1989, 264, 4277-4281.
31. McGeehan, G. M.; Bickett, D. M.; Green, M.; Kassel, D.; Wiseman, J. S.; Berman, J. J. Biol. Chem. 1994, 269, 32814-32820.
32. Konings, D. A.; Wyatt, J. R.; Ecker, D. J.; Freier, S. M. J. Med. Chem. 1997, 40, 4386-4395.
33. Lam, K. S.; Salmon, S. E.; Hersh, E. M.; Hruby, V. J.; Kazmierski, W. M.; Knapp, R. J. Nature 1991, 354, 82-84.
34. Knight, C. G.; Willenbrock, F.; Murphy, G. FEBS Lett. 1992, 296, 263-266.
35. St-Pierre, Y.; Desrosiers, M.; Tremblay, P.; Estève, P.-O.; Opdenakker, G. Cytometry 1996, 25, 374-380.
36. Paemen, L.; Martens, E.; Masure, S.; Opdenakker, G. Eur. J. Biochem. 1995, 234, 759-765.
37. Babine, R. E.; Bender, S. L. Chem. Rev. 1997, 97, 1359-1472.
38. Whittaker, M.; Floyd, C. D.; Brown, P.; Gearing, A. J. H. Chem. Rev. 1999, 99, 2735-2776.
39. Netzel-Arnett, S.; Fields, G. B.; Birkedal-Hansen, H.; Van Wart, H. E.; Fields, G. J. Biol. Chem. 1991, 266, 6747-6755.
40. Bode, W.; Reinemer, P.; Huber, R.; Heine, T.; Schnierer, S.; Tschesche, H. EMBO J. 1994, 13, 1263-1269.
41. Smith, M. M.; Shi, L.; Navre, M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6440-6449.
42. Beckett, R. P.; Davidson, A. H.; Drummond, A. H.; Huxley, P.; Whittaker, M. Drug Discovery Today 1996, 1, 16-26.
43. Baxter, A. D.; Bhogal, R.; Bird, J. B.; Buckley, G. M.; Gregory, D. S.; Hedger, P. C.; Manallack, D. T.; Massil, T.; Minton, K. J.; Montana, J. G.; Neidle, S.; Owen, D. A.; Watson, R. J. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1997, 7, 2765-2770.
44. Baxter, A. D.; Bird, J.; Bhogal, R.; Massil, T.; Minton, K. J.; Montana, J.; Owen, D. A. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1997, 7, 897-902.
45. Park, H. I.; Jin, Y.; Hurst, D. R.; Monroe, C. A.; Lee, S.; Schwartz, M. A.; Sang, Q. X. J. Biol. Chem. 2003, 278, 51646-51653.
46. Cherney, R. J.; Decicco, C. P.; Nelson, D. J.; Wang, L.; Meyer, D. T.; Hardman, K. D.; Copeland, R. A.; Arner, E. C. Bioorg. Med. Chem. Lett. 1997, 7, 1757-1762.
47. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Isupov, M.; Lindqvist, Y.; Schneider, G.; Tryggvason, K. Science 1999, 284, 1667-1670.
48. Rowsell, S.; Hawtin, P.; Minshull, C. A.; Jepson, H.; Brockbank, S. M.; Barratt, D. G.; Slater, A. M.; McPheat, W. L.; Waterson, D.; Henney, A. M.; Pauptit, R. A. J. Mol. Biol. 2002, 319, 173-181.