Liquid chromatography-mass spectrometry and 15N metabolic labeling for quantitative metabolic profiling

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 7, 2005, Pages 2026-2033

  Lafaye, Alexandra ^a   Labarre, Jean ^b   Tabet, Jean Claude ^c   Ezan, Eric ^a   Junot, Christophe ^a  

^a Institut National de la Recherche Agronomique   (France)

^b DIF   (France)

^c Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLULAR METABOLITES; CYCTATHIONINE; GLUTATHIONE; METABOLOMICS;

CADMIUM; CELLS; DETOXIFICATION; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NITROGEN; YEAST;

METABOLITES;

CADMIUM; CYSTATHIONINE; CYSTEINE; GLUTATHIONE; GLUTATHIONE DISULFIDE; HOMOCYSTEINE; NITROGEN; S ADENOSYLHOMOCYSTEINE; SULFUR;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CONTROLLED STUDY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS; NITROGEN NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NONHUMAN; QUANTITATIVE ANALYSIS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; VALIDATION PROCESS; YEAST;

CADMIUM; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GLUTATHIONE; ISOTOPE LABELING; LINEAR MODELS; MOLECULAR BIOLOGY; NITROGEN ISOTOPES; PROTEOMICS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SPECTROMETRY, MASS, ELECTROSPRAY IONIZATION; SULFUR;

EID: 16244387345     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac048657g     Document Type: Article

References (57)

1. Tweeddale, H.; Notley-McRobb, L.; Ferenci, T. J. Bacteriol. 1998, 180, 5109-16.
2. Roessner, U.; Willmitzer, L.; Fernie, A. R. Plant Physiol. 2001, 127, 749-64.
3. Raamsdonk, L. M.; Teusink, B.; Broadhurst, D.; Zhang, N.; Hayes, A.; Walsh, M. C.; Berden, J. A.; Brindle, K M.; Kell, D. B.; Rowland, J. J.; Westerhoff, H. V.; Van Dam, K.; Oliver, S. G. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 45-50.
4. Weckwerth, W.; Loureiro, M. E.; Wenzel, K.; Fiehn, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7809-14.
5. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-9.
6. Holmes, E.; Nicholls, A. W.; Lindon, J. C.; Ramos, S.; Spraul, M.; Neidig, P.; Connor, S. C.; Connelly, J.; Damment, S. J.; Haselden, J.; Nicholson, J. K. NMR Biomed. 1998, 11, 235-44.
7. Johnson, H. E.; Broadhurst, D.; Goodacre, R.; Smith, A. R. Phytochemistry 2003, 62, 919-28.
8. Dumas, M. E.; Debrauwer, L.; Beyet, L.; Lesage, D.; Andre, F.; Paris, A.; Tabet, J. C. Anal. Chem. 2002, 74, 5393-404.
9. Fiehn, O.; Kopka, J.; Dormann, P.; Altmann, T.; Trethewey, R. N.; Willmitzer, L. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1157-61.
10. Goodacre, R.; Vaidyanathan, S.; Bianchi, G.; Kell, D. B. Analyst 2002, 127, 1457-62.
11. Plumb, R. S.; Stumpf, C. L.; Gorenstein, M. V.; Castro-Perez, J. M.; Dear, G. J.; Anthony, M.; Sweatman, B. C.; Connor, S. C.; Haselden, J. N. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1991-6.
12. Idborg-Bjorkman. H.; Edlund, P. O.; Kvalheim, O. M.; Schuppe-Koistinen, I.; Jacobsson, S. P. Anal. Chem. 2003, 75, 4784-92.
13. Lafaye, A.; Junot, C.; Ramounet-Le Gall, B.; Fritsch, P.; Tabet, J. C.; Ezan, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2541-9.
14. Pham-Tuan, H.; Kaskavelis, L.; Daykin, C. A.; Janssen, H. G. J. Chromatogr., B 2003, 789, 283-301.
15. Lafaye, A.; Junot, C.; Ramounet-Le Gall, B.; Fritsch, P.; Ezan, E.; Tabet, J. C. J. Mass Spectrom. 2004, 39, 655-64.
16. Fiehn, O. Plant Mol. Biol. 2002, 48, 155-71.
17. Sumner, L. W.; Mendes, P.; Dixon, R. A. Phytochemistry 2003, 62, 817-36.
18. Weckwerth, W.; Fiehn, O. Curr. Opin. Biotechnol. 2002, 13, 156-60.
19. Chace, D. H. Chem. Rev. 2001, 101, 445-77.
20. Enke, C. G. Anal. Chem. 1997, 69, 4885-93.
21. Gangl, E. T.; Annan, M. M.; Spooner, N.; Vouros, P. Anal. Chem, 2001, 73, 5635-44.
22. Muller, C.; Schafer, P.; Stortzel, M.; Vogt, S.; Weinmann, W. J, Chromatogr., B 2002, 773, 47-52.
23. Matuszewski, B. K.; Constanzer, M. L.; Chavez-Eng, C. M. Anal. Chem. 2003, 75, 3019-30.
24. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton. S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818-26.
25. Li, W.; Cohen, L. H. Anal. Chem. 2003, 75, 5854-9.
26. Hall, W. L.; Jeanes, Y. M.; Pugh, J.; Lodge, J. K. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2797-803.
27. Stabler, S. P.; Allen, R. H. Clin. Chem. 2004, 50, 365-72.
28. Nelson, B. C.; Pfeiffer, C. M.; Margolis, S. A.; Nelson, C. P. Anal. Biochem. 2004, 325, 41-51.
29. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-9.
30. Ong, S. E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics 2002, 1, 376-86.
31. Krijgsveld, J.; Retting, R. F.; Mahmoudi, T.; Johansen, J.; Artal-Sanz, M.; Verrijzer, C. P.; Plasterk, R. H. A.; Heck, A. J. R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 927-31.
32. Wu, C. C.; MacCoss, M. J.; Howell, K. E.; Matthews, D. E.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 4951-9.
33. Thomas, D.; Surdin-Kerjan, Y. Microbiol. Mol. Biol Rev. 1997, 61, 503-32.
34. Li, Z. S.; Lu, Y. P.; Zhen, R. G.; Szczypka, M.; Thiele, D. J.; Rea, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 42-7.
35. Vido, K.; Spector, D.; Lagniel, G.; Lopez, S.; Toledano, M. B.; Labarre, J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 8469-74.
36. Fauchon, M.; Lagniel, G.; Aude, J. C.; Lombardia, L.; Soulame, P.; Petal, C.; Marguerie, G.; Sentenac, A.; Werner, M.; Labarre, J. Mol. Cell 2002, 9, 713-23.
37. Stabler, S. P.; Marcell, P. D.; Podell, E. R.; Allen, R. H. Anal. Biochem. 1987, 162, 185-96.
38. White, R. H. Biochim. Biophys. Ada 2003, 1624, 46-53.
39. Raggi, M. A.; Mandrioli, R.; Casamenti, G.; Musiani, D.; Marini, M. Biomed. Chromatogr. 1998, 12, 262-6.
40. Yan, C, C.; Huxtable, R. J. J. Chromatogr., B 1995, 672, 217-24.
41. Luo, J. L.; Hammarqvist, F.; Cotgreave, I. A.; Lind, C.; Andersson, K.; Wernerman, J. J Chromatogr., B 1995, 670, 29-36.
42. Parmentier, C.; Leroy, P.; Wellman, M.; Nicolas, A. J. Chromatogr., B 1998, 719, 37-46.
43. Salazar J. F.; Schorr, H.; Herrmann, W.; Herbeth, B.; Siest, G.; Leroy, P. J. Chromatogr. Sci. 1999, 37, 469-76.
44. Senft, A. P.; Dalton, T. P.; Shertzer, H. G. Anal. Biochem. 2000, 280, 80-6.
45. Hammermeister, D. E.; Serrano, J.; Schmieder, P.; Kuehl, D. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 503-8.
46. Guan, X.; Hoffman, B.; Dwivedi, C.; Matthees, D. P. J. Pharm. Biomed. Anal. 2003, 31, 251-61.
47. Lakritz, J.; Plopper. C. G.: Buckpitt, A. R. Anal. Biochem. 1997, 247, 63-8.
48. Gucek, M.; Makuc, S.; Mlakar, A.; Bericnik-Vrbovsek, J.; Marsel, J, Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 1186-91.
49. Noctor, G.; Foyer, C. H. Anal. Biochem. 1998, 264, 98-110.
50. Lenton, K. J.; Therriault, H.; Wagner, J. R. Anal. Biochem. 1999, 274, 125-30.
51. Strege, M. A.; Stevenson, S.; Lawrence, S. M. Anal. Chem. 2000, 72, 4629-33.
52. Tolstikov, V. V.; Fiehn, O. Anal. Biochem. 2002, 301, 298-307.
53. Shah, V. P.; Midha, K K.; Findlay, J. W.; Hill, H. M.; Hulse, J. D.; McGilveray, I. J.; McKay, G.; Miller, K. J.; Patnaik, R. N.; Powell, M. L.; Tonelli, A.; Viswanathan, C. T.; Yacobi, A. Pharm. Res. 2000, 17, 1551-7.
54. Mashego, M. R.; Wu, L.; Van Dam, J. C.; Ras, C.; Vinke, J. L.; Van Winden, W. A.; Van Gulik, W. M.; Heijnen, J. J. Biotechnol. Bioeng. 2004, 85, 620-8.
55. Petritis, K.; Chaimbault, P.; Elfakir, C.; Dreux, M. J Chromatogr., A 2000, 596, 253-63.
56. Yamano, T.; Shimizu, M.; Noda, T. Toxicol. Sci. 1998, 46, 393-402.
57. Waalkes, M. P. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 241-4.