Dynamics of DNA: BI and BII phosphate backbone transitions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 7, 2004, Pages 2470-2476

  Trieb, Michael ^a   Rauch, Christine ^a   Wellenzohn, Bernd ^a   Wibowo, Fajar ^a   Loerting, Thomas ^a   Liedl, Klaus R ^a  

^a UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVATION ENERGY; CHEMICAL RELAXATION; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; CRYSTALLOGRAPHY; MOLECULAR DYNAMICS; PHASE EQUILIBRIA; RATE CONSTANTS;

DREW-DICKERSON DODECAMER; INTERCONVERSION;

PHOSPHATES;

EID: 1442263634     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037079p     Document Type: Article

References (62)

1. Tisne, C.; Delepierre, M.; Hartmann, B. J. Mol. Biol. 1999, 293, 139-150.
2. Bertrand, H. O.; Ha-Duong, T.; Fermandjian, S.; Hartmann, B. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1261-1267.
3. Wellenzohn, B.; Flader, W.; Winger, R. H.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. Biochemistry 2002, 41, 4088-4095.
4. Cramer, P.; Larson, C. L.; Verdine, G. L.; Müller, C. W. EMBO J. 1997, 16 (23), 7078-7090.
5. Wecker, K.; Bonnet, M. C.; Meurs, E. F.; Delepierre, M. Nucleic Acids Res. 2002, 30 (20), 4452-4459.
6. Wellenzohn, B.; Flader, W.; Winger, R. H.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5044-5049.
7. Rüdisser, S.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12251-12256.
8. Schneider, B.; Neidle, S.; Berman, H. M. Biopolymers 1997, 42, 113-124.
9. Fratini, A. V.; Kopka, M. L.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-14707.
10. Gupta, G.; Bansal, M.; Sasiskharan, V. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1980, 77, 6486-6490.
11. Privé, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L.-S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498-504.
12. Cruse, W. B. T.; Salisbury, S. A.; Brown, T.; Cosstick, R.; Eckstein, F.; Kennard, O. J. Mol. Biol. 1986, 192, 891-905.
13. Shindo, H.; Fujiwara, T.; Akutsu, H.; Masumoto, U.; Shimidzu, M. J. Mol. Biol. 1984, 174, 221-229.
14. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7525-7526.
15. Gorenstein, D. G. Chem. Rev. 1994, 94, 1315-1338.
16. Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Rüdisser, S.; Pichler, A.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8934-8940.
17. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
18. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805-4825.
19. Pichler, A.; Rüdisser, S.; Mitterböck, M.; Huber, C. G.; Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. Biophys. J. 1999, 77, 398-409.
20. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1981, 149, 761-786.
21. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535-556.
22. Wing, R.; Drew, H.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 287, 755-758.
23. Drew, H. R.; Wing, R. M.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1981, 78, 2179-2183.
24. Berman, H. M. Biopolymers 1997, 44, 23-44.
25. Calladine, C. R.; Drew, H. R. Understanding DNA; Academic Press: San Diego, CA, 1997.
26. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10955-10964.
27. Hamelberg, D.; Williams, L. D.; Wilson, W. D. Nucleic Acids Res. 2002, 30 (16), 3615-3623.
28. Hogan, M. E.; Jardetzky, O. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1979, 76, 6341-6345.
29. Packer, M.; Hunter, C. J. Mol. Biol. 1998, 280, 407-420.
30. Schuerman, G. S.; Van Meervelt, L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 232-240.
31. Wellenzohn, B.; Flader, W.; Winger, R. H.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. Nucleic Acids Res. 2001, 29 (24), 5036-5043.
32. Feig, M.; Pettitt, B. M. J. Mol. Biol. 1999, 286, 1075-1095.
33. McConnell, K. J.; Nirmala, R.; Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4461-4462.
34. van Dam, L.; Levitt, M. H. J. Mol. Biol. 2000, 304, 541-561.
35. Hartmann, B.; Piazzola, D.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 561-568.
36. Flader, W.; Wellenzohn, B.; Winger, R. H.; Hallbrucker, A.; Mayer, E.; Liedl, K. R. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 10379-10387.
37. Rauch, C.; Trieb, M.; Wellenzohn, B.; Loferer, M.; Voegele, A.; Wibowo, F. R.; Liedl, K. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14990-14991.
38. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 6. University of California, San Francisco, CA, 1999.
39. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59-69.
40. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. Biophys. J. 1997, 72, 2395-2397.
41. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 607-611.
42. York, D. M.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1994, 91, 8715-8718.
43. Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434-444.
44. Arnott, S.; Campbell-Smith, P. J.; Chandrasekaran, R. CRC Handbook of Biochemistry and Molecular Biology. CRC Press: Boca Raton, FL, 1976.
45. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
46. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
47. Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
48. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
49. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding. W. H. Freeman: New York, 1999.
50. Sayle, R. RasMol 2.6; Glaxo Wellcome Medicines Research Centre: Hertfordshire, U.K., 1995.
51. Ravishanker, G.; Swaminathan, S.; Beveridge, D.; Lavery, R.; Sklenar, H. J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 669-699.
52. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14 (1), 33-38.
53. Genest, D. Biopolymers 1996, 38, 389-399.
54. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1998, 75, 134-149.
55. Macke, T.; Case, D. A. Molecular Modeling of Nucleic Acids: Modeling Unusual Nucleic Acid Structures. American Chemical Society: Washington, DC, 1998.
56. Falk, M.; Hartman, K.; Lord, R. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 3843-3846.
57. Denisov, V. P.; Carlstöm, G.; Venu, K.; Halle, B. J. Mol. Biol. 1997, 268, 118-136.
58. Duan, Y.; Wilkosz, P.; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 553-572.
59. Schneider, B.; Patel, K.; Berman, H. M. Biophys. J. 1998, 75, 2422-2434.
60. Neidle, S. Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure. Oxford University Press: Oxford, U.K., 1999.
61. Brauns, E. B.; Madaras, M. L.; Coleman, R. S.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11644-11649.
62. Brauns, E. B.; Madaras, M. L.; Coleman, R. S.; Murphy, C. J.; Berg, M. A. Phys. Rev. Lett. 2002, 88 (15), 1581011-1581014.