Crystal studies of B-DNA: The answers and the questions

Biopolymers

Volumn 44, Issue 1, 1997, Pages 23-44

  Berman, Helen M ^a  

^a RUTGERS UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

B DNA; Conformational range; Crystal packing motif; Crystallography

Indexed keywords

CONFORMATIONS; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; MOLECULAR STRUCTURE;

CRYSTAL PACKING MOTIF;

DNA;

CELL DNA; CURVED DNA; DNA B; DOUBLE STRANDED DNA;

ARTICLE; BASE PAIRING; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; DNA HELIX; DNA STRUCTURE; ENVIRONMENTAL FACTOR; HYDRATION; PROTEIN DNA INTERACTION; TORSION;

BASE SEQUENCE; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DNA; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 0031423949     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-0282(1997)44:1<23::AID-BIP3>3.0.CO;2-1     Document Type: Article

References (100)

1. Watson, J. D. & Crick, F. H. C. (1953) Nature 171, 737-738.
2. Franklin, R. E. & Gosling, R. G. (1953) Nature 171, 740-741.
3. Rodley, G. A., Scobie, R. S., Bates, R. H. T. & Lewitt, R. M. (1976) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 73, 2959-2963.
4. Millane, R. P. & Rodley, G. A. (1981) Nucleic Acids Res. 9, 1765-1773.
5. Crick, F. H., Wang, J. C. & Bauer, W. R. (1979) J. Mol. Biol 129, 449-457.
6. Arnott, S., Campbell Smith, P. J. & Chandrasekaran, R. (1976) in CRC Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Nucleic Acids, Fasman, G. D. Ed., CRC Press, Cleveland, OH, pp. 411-422.
7. Rosenberg, J. M., Seeman, N. C., Kim, J. J. P., Suddath, F. L., Nicholas, H. B. & Rich, A. (1973) Nature 243, 150-154.
8. Wing, R., Drew, H. R., Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. & Dickerson, R. E. (1980) Nature 287, 755-758.
9. Drew, H. R., Wing, R. M., Takano, T., Broka, C., Tanaka, S., Itakura, K. & Dickerson, R. E. (1981) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 2179-2183.
10. Dickerson, R. E. & Drew, H. R. (1981) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78, 7318-7322.
11. Kopka, M. L., Fratini, A. V., Drew, H. R. & Dickerson, R. E. (1983) J. Mol. Biol, 163, 129-146.
12. Drew, H. R., Samson, S. & Dickerson, R. E. (1982) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 79, 4040-4044.
13. Fratini, A. V., Kopka, M. L., Drew, H. R. & Dickerson, R. E. (1982) J. Biol, Chem. 257, 1468614707.
14. Berman, H. M., Olson, W. K., Beveridge, D. L., Westbrook, J., Gelbin, A., Demeny, T., Hsieh, S.-H., Srinivasan, A. R. & Schneider, B. (1992) Biophys. J. 63, 751-759.
15. Holbrook, S. R., Dickerson, R. E. & Kim, S.-H. (1985) Acta Crystallogr. B41, 255-262.
16. Nelson, H. C. M., Finch, J. T., Luisi, B. F. & Klug, A. (1987) Nature 330, 221-226.
17. Yoon, C., Privé, G. G., Goodsell, D.S. & Dickerson, R. E. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 6332-6336.
18. Coll, M., Frederick, C. A., Wang, A. H.-J. & Rich, A. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84, 8385-8389.
19. Westhof, E. (1987) J. Biomol Struct. Dynam. 5, 581-600,
20. Narayana, N., Ginell, S. L., Russu, I. M. & Berman, H. M. (1991) Biochemistry 30, 4449-4455.
21. Larsen, T. A., Kopka, M. L. & Dickerson, R.E. (1991) Biochemistry 30, 4443-4449.
22. Edwards, K. J., Brown, D. G., Spink, N. & Neidle, S. (1992) J. Mol. Biol. 226, 1161-1173.
23. Baiendiran, K., Rao, S. T., Sekharudu, C. Y., Zon, G. & Sundaralingam, M. (1995) Acta Cryst. D51, 190-198.
24. Xuan, J. C. & Weber, I. T. (1992) Nucleic Acids, Res. 20, 5457-5464.
25. Boggon, T. J., Hancox, E. L., McAuley-Hecht, K. E., Connolly, B. A., Hunter, W. N., Brown, T., Walker, R. T. & Leonard, G. A. (1996) Nucleic Acids. Res. 24, 951-261.
26. Frederick, C. A., Quigley, G. J., van der Marel, G. A., van Boom, J. H., Wang, A. H.-J. & Rich, A. (1988) J. Biol Chem, 263, 17872-17879.
27. DiGabriele, A. D., Sanderson, M. R. & Steitz, T. A. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1816-1820.
28. Aymani, J., Coll, M., Van Der Marel, G. A., Van Boom, J. H., Wang, A. H.-J. & Rich, A. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 2526-2530.
29. DiGabriele, A. D. & Steitz, T. A. (1993) J. Mol. Biol. 231, 1024-1039.
30. Leonard, G. A. & Hunter, W. N. (1993) J. Mol. Biol. 234, 198-208.
31. Urpi, L., Tereshko, V., Malinina, L., Huynh-Dinh, T. & Subirana, J. A. (1996) Nat. Struct. Biol. 3, 325-328.
32. Heinemann, U. & Alings, C. (1989) J. Mol. Biol. 210, 369-381.
33. Privé, G. G., Yanagi, K. & Dickerson, R. E. (1991) J. Mol. Biol. 217, 177-199.
34. Lipanov, A., Kopka, M. L., Kaczor-Grzeskowiak, M., Quintana, J. & Dickerson, R.E. (1993) Biochemistry 32, 1373-1380.
35. Lipscomb, L. A., Peek, M. E., Morningstar, M. L., Verghis, S. M., Miller, E. M., Rich, A., Essigmann, J. M. & Williams, L. D. (1995) Proc. Natl. Acad. Scl. USA 92, 719-723.
36. Gao, Y.-G., van der Marel, G. A., van Boom, J. H. & Wang, A. H.-J. (1991) Biochemistry 30, 9922-9931.
37. Grzeskowiak, K., Yanagi, K., Privé, G. G. & Dickerson, R. E. (1991) J. Biol. Chem. 266, 8861-8883.
38. Quintana, J. R., Grzeskowiak, K., Yanagi, K. & Dickerson, R.E. (1992) J. Mol. Biol. 225, 379-395.
39. Yuan, H., Quintana, J. & Dickerson, R. E. (1992) Biochemistry 31, 8009-9021.
40. Goodsell, D. S., Kopka, M. L., Cascio, D. & Dickerson, R. E. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 2930-2934.
41. Grzeskowiak, K., Goodsell, D.S., Kaczor-d Grzeskowiak, M., Cascio, D. & Dickerson, R. E. (1993) Biochemistry 32, 8923-8931.
42. Heinemann, U. & Hahn, M. (1992) J. Biol. Chem. 267, 7332-7341.
43. Tari, L. W. & Secco, A. S. (1995) Nucleic Acids Res. 23, 2065-2073.
44. Wahl, M. C., Rao, S. T. & Sundaralingam, M. (1996) Biophys. J. 70, 2857-2866.
45. Cruse, W. B. T., Salisbury, S. A., Brown, T., Cosstick, R., Eckstein, F. & Kennard, O. (1986) J. Mol. Biol. 192, 891-905.
46. Timsit, Y., Westhof, E., Fuchs, R. P. P. & Moras, D. (1989) Nature 341, 459-462.
47. Timsit, Y., Vilbois, E. & Moras, D. (1991) Nature 354, 167-170.
48. Goodsell, D. S., Grzeskowiak, K. & Dickerson, R. E. (1995) Biochemistry 34, 1022-1029.
49. Wood, A. A., Nunn, C. M. & Neidle, S. (1996) J. Mol. Biol., to be published.
50. Goodsell, D. S., Kaczor-Grzeskowiak, M. & Dickerson, R. E. (1994) J. Mol. Biol. 239, 79-96.
51. Shakked, Z., Guzikevichguerstein, G., Frolow, F., Rabinovich, D., Joachimiak, A. & Sigler, P. B. (1994) Nature 368, 469-473.
52. Baikalov, I., Grzeskowiak, K., Yanagi, K., Quintana, J. & Dickerson, R. E. (1993) J. Mol. Biol. 231, 768-784.
53. Heinemann, U., Alings, C. & Bansal, M. (1992) EMBO J. 11, 1931-1939.
54. Timsit, Y. & Moras, D. (1995) J. Mol. Biol. 251, 629-647.
55. Joshua-Tor, L., Frolow, F., Appella, E., Hope, H., Rabinovich, D. & Sussman, J. L. (1992) J. Mol. Biol. 225, 397-431.
56. Qiu, H., Dewan, J. C. & Seeman, N. C. (1996) J. Mol Biol, to be published.
57. van Meerveit, L., Vlieghe, D., Dautant, A., Gallois, B., Precigoux, G. & Kennard, O. (1995) Nature 374, 742-744.
58. Mooers, B. H. M. & Ho, P. S. (1996) to be published.
59. Spink, N., Nunn, C., Vojetchovsky, J. Berman, H. & Neidle, S. (1995) Proc. Natl Acad. Sci. USA 92, 10767-10771.
60. Timsit, Y. & Moras, D. (1992) DNA Structures, Academic Press, New York, pp. 409-429.
61. Gilliland, G. L., Tung, M., Blakeslee, D.M. & Ladner, J. E. (1994) Acta Cryst. D50, 408-413.
62. Sprous, D., Zacharias, W., Wood, Z. A. & Harvey, S. C. (1995) Nucleic Acids Res. 23, 1816-1821.
63. Dickerson, R. E., Goodsell, D. & Kopka, M. L. (1996) J. Mol. Biol. 256, 108-125.
64. Conner, B. N., Takano, T., Tanaka, S., Itakura, K. & Dickerson, R. E. (1982) Nature 295, 294-299.
65. Fitzgerald, P. M. D. (1988) J. Appl Cryst. 21, 273278.
66. Vojtechovsky, J., Eaton, M., Gaffney, B., Jones, R. & Bermun, H. (1995) Biochemistry 34, 16632-16640.
67. Aymami, J., Coll, M., van der Marel, G. A., van Boom, J. H., Wang, A. H.-J. & Rich, A. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 2526-2530.
68. Gao, Y.-G., Sriram, M., Denny, W. A. & Wang, A. H.-J. (1993) Biochemistry 32, 9639-9648.
69. Westhof, E., Dumas, P. & Moras, D. (1985) J. Mol. Biol. 184, 119-145.
70. Hahn, M. & Heinemann, U. (1993) Acta. Crystallogr. D49, 468-477.
71. Brünger, A. T. (1992) X-PLOR Manual version 3.1 Yale University Press, New Haven, CT.
72. Clowney, L., Jain, S. C., Srinivasan, A. R., Westbrook, J., Olson, W. K. & Berman, H. M. (1996) J. Am. Chem. Soc. 118, 509-518.
73. Gelbin, A., Schneider, B., Clowney, L., Hsieh, S.-H., Olson, W. K. & Berman, H. M. (1996) J. Am. Chem. Soc. 118, 519-528.
74. Parkinson, G., Vojtechovsky, J., Clowney, L., Brünger, A. T. & Berman, H. M. (1996) Acta Cryst. D52, 57-64.
75. Yanagi, K., Prive, G. G. & Dickerson, R. E. (1991) J. Mol. Biol. 217, 201-214.
76. Heinemann, U., Alings, C. & Hahn, M. (1994) Biophys. Chem. 50, 157-167.
77. Oison, W. K. & Zhurkin, V. B. (1996) Biological Structure and Dynamics, Sarma, R. H., Sarma, M. H., Eds., Adenine Press, Albany, pp. 341-370.
78. Gupta, G., Bansal, M. & Sasisekharan, V. (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 6486-6490.
79. Chandrasekaran, R. & Arnott, S. (1989) Landolt Börnstein Numerical Data and Functional Relationships in Science and Technology, Group VII/1b, Nucleic Acids, Springer-Verlag, Berlin.
80. Schneider, B., Neidle, S. & Berman, H. M. (1996) Biopolymers, in press.
81. Srinivasan, A. R. & Olson, W. K. (1980) Nucleic Acids Res. 8, 2307-2329.
82. Berman, H. M. & Shieh, H. S. (1981) in Topics in Nucleic Acid Structure, Neidle, S., Ed., MacMillan, London, pp. 17-33.
83. Dickerson, R. E., Bansal, M., Calladine, C. R., Diekmann, S., Hunter, W. N., Kennard, O., von Kitzing, E., Lavery, R., Nelson, H. C. M., Olson, W., Saenger, W., Shakked, Z., Sklenar, H., Soumpasis, D. M., Tung, C-S., Wang, A. H.-J. & Zhurkin, V. B. (1989) EMBO J. 8, 1-4.
84. Lavery, R. & Sklenar, H. (1988) J. Biomol. Struct. Dynam. 6, 63-91.
85. Babcock, M. S., Pednault, E. P. D. & Olson, W. K. (1993) J. Biomol. Struct. Dynam. 11, 597-628.
86. Berman, H. M., Neidle, S. & Stodola, R. (1978) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 828-832.
87. Gorin, A. A., Zhurkin, V. B. & Olson, W. K. (1995) J. Mol. Biol. 247, 34-48.
88. Young, M. A., Ravishanker, G., Beveridge, D. L. & Berman, H. M. (1995) Biophys. J. 68, 2454-2468.
89. Oison, W. K. (1996) Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 242-256.
90. Wu, H.-M. & Crothers, D. M. (1984) Nature 308, 509-513.
91. Dickerson, R. E., Goodsell, D.S. & Neidle, S. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 3579-3583.
92. Maroun, R. C. & Olson, W. K. (1988a) Biopolymers 27, 585-603.
93. Eisenstein, M. & Shakked, Z. (1995) J. Mol. Biol. 248, 662-678.
94. Westhof, E. (1993) Water and Biological Macromolecules, CRC Press, Boca Raton, FL.
95. Schneider, B., Cohen, D. & Berman, H. M. (1992) Biopolymers 32, 725-750.
96. Schneider, B., Cohen, D. M., Schleifer, L., Srinivasan, A. R., Olson, W. K. & Berman, H. M. (1993) Biophys. J. 65, 2291-2303.
97. Schneider, B. & Berman, H. M. (1995) Biophys. J. 69, 2661-2669.
98. Otwinowski, Z., Schevitz, R. W., Zhang, R.-G., Lawson, C. L., Joachimiak, A., Marmorstein, R. Q., Luisi, B. F. & Sigler, P. B. (1988) Nature 335, 321-329.
99. Seeman, N. C., Rosenberg, J. M., Suddath, F. L., Kim, J. J. P. & Rich, A. (1976) J. Mol. Biol 104, 109-144.
100. Scott, W. G., Finch, J. T., Grenfell, R., Fogg, J., Smith, T., Gait, M. J. & Klug, A. (1995) J. Mol. Biol. 250, 327-332.