B-DNA's BI → BII conformer substate dynamics is coupled with water migration

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 44, 1998, Pages 8934-8940

  Winger, Rudolf H ^a   Liedl, Klaus R ^a   Rüdisser, Simon ^a   Pichler, Arthur ^a   Hallbrucker, Andreas ^a   Mayer, Erwin ^a  

^a UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001523608     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp983005f     Document Type: Article

References (91)

1. Chang, K.-Y.; Varani, G. Nature Struct. Biol. 1997, NMR supplement, 854-858.
2. Szyperski, T.; Fernandez, C.; Ono, A.; Kainosho, M.; Wüthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 821-822.
3. Mitra, R.; Petitt, B. M.; Blake, R. D. Biopolymers 1995, 36, 169-179.
4. Berman, H. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 345-350.
5. Neidle, S. Biopolymers (Nucleic Acid Sci.) 1997, 44, 105-121.
6. Phillips, S. E. V.; Moras, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 1-2.
7. Suzuki, M.; Yagi, N. J. Mol. Biol. 1996, 255, 677-687.
8. Thuong, N. T.; Hélène, C. Angew. Chem., Int. Ed. 1993, 32, 666-690.
9. Suck, D.; Lahm, A.; Oefner, C. Nature 1988, 332, 464-468.
10. Otwinowski, Z.; Schevitz, R. W.; Zhang, R. G.; Lawson, C. L.; Joachimiak, A.; Marmorstein, R. Q.; Luisi, B. F.; Sigler, P. B. Nature 1988, 335, 321-329.
11. Wolberger, C.; Dong, Y. C.; Ptashne, M.; Harrison, S. C. Nature 1988, 335, 789-795.
12. Jordan, S. R.; Pabo, C. O. Science 1988, 242, 893-899.
13. Carrondo, M. A.; Coll, M.; Aymami, J.; Wang, A. H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A. Biochemistry 1989, 28, 7849-7859.
14. Luisi, B. F.; Xu, W. X.; Otwinowski, Z.; Freedman, L. P.; Yamamoto, K. R.; Sigler, P. B. Nature 1991, 352, 497-505.
15. Somers, W. S.; Phillips, S. E. V. Nature 1992, 359, 387-393.
16. Beamer, L. J.; Pabo, C. O. J. Mol. Biol. 1992, 227, 177-196.
17. Beese, L. S.; Derbyshire, V.; Steitz, T. A. Science 1993, 260, 352-355.
18. Shakked, Z.; Guzikevich-Guerstein, G.; Frolow, F.; Rabinovich, D.; Joachimiak, A.; Sigler, P. B. Nature 1994, 368, 469-473.
19. Luger, K.; Mäder, A. W.; Richmond, R. K.; Sargent, D. F.; Richmond, T. J. Nature 1997, 389, 251-260.
20. Rhodes, D. Nature 1997, 389, 231-233.
21. Chen, Y.-Q.; Gosh, S.; Gosh, G. Nature Struct. Biol. 1998, 5, 67-73.
22. Gupta, G.; Bansal, M.; Sasiskharan, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 6486-6490.
23. Fratini, A. V.; Kopka, M. L.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-14707.
24. Privé, G. P.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L.-S.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498-504.
25. Shindo, H.; Fujiwara, T.; Akutsu, H.; Masumoto, U.; Shimidzu, M. J. Mol. Biol. 1984, 174, 221-229.
26. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7525-7526.
27. Gorenstein, D. G. Methods Enzymol. 1992, 211, 254-286.
28. Gorenstein, D. G. Chem. Rev. 1994, 94, 1315-1338.
29. Hartmann, B.; Piazzola, D.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 561-568.
30. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805-4825.
31. Young, M. A.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. Biophys. J. 1997, 73, 2313-2336.
32. Rüdisser, S.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12251-12256.
33. Szyperski, T.; Ono, A.; Fernandez, C.; Iwai, H.; Tate, S.; Wüthrich, K.; Kainosho, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9901-9902.
34. Berman, H. M. Biopolymers 1997, 44, 23-44.
35. Schneider, B.; Neidle, S.; Berman, H. M. Biopolymers 1997, 42, 113-124.
36. Grzeskowiak, K.; Yanagi, K.; Privé, G. G.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 8861-8883.
37. Cruse, W. B. T.; Salisbury, S. A.; Brown, T.; Cosstick, R.; Eckstein, F.; Kennard, O. J. Mol. Biol. 1986, 192, 891-905.
38. Kennard, O.; Hunter, W. N. Angew. Chem., Int. Ed. 1991, 30, 1254-1277.
39. Drew, H. R.; Samson, S.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4040-4044.
40. Wing, R.; Drew, H.; Takano, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 287, 755-758.
41. Drew, H. R.; Wing, R. M.; Takanao, T.; Broka, C.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 2179-2183.
42. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1981, 149, 761-786.
43. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535-556.
44. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 7318-7322.
45. Kopka, M. L.; Fratini, A. V.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1983, 163, 129-146.
46. Westhof, E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 581-600.
47. Shui, X.; McFail-Isom, L.; Hu, G. G.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341-8355.
48. Lane, A.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Neidle, S. Biochemistry 1991, 30, 1372-1385.
49. Whitka, J. M.; Swaminathan, S.; Srinivasan, J.; Beveridge, D. L.; Bolton, P. H. Science 1992, 255, 597-599.
50. Denisov, V. P.; Carlstöm, G.; Venu, K.; Halle, B. J. Mol. Biol. 1997, 268, 118-136.
51. Weidlich, T.; Lindsay, S. M.; Rui, Q.; Rupprecht, A.; Peticolas, W. L.; Thomas, G. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 139-171.
52. Ravishanker, G.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L.; Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 669-699.
53. Srinivasan, J.; Withka, J. M., Beveridge, D. L. Biophys. J. 1990, 58, 533-547.
54. Prevost, C.; Louise-May, S.; Ravishanker, G.; Lavery, R.; Beveridge, D. L. Biopolymer, 1993, 33, 335-350.
55. Swaminathan, S.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5027-5040.
56. Miaskiewicz, K.; Osman, R.; Weinstein, H. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 1526-1537.
57. Duan, Y.; Wilkosz, P.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1996, 264, 546-555.
58. Monaco, R. R.; Polkosnik, W.; Dwarakanath, S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 15, 63-67.
59. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59-69.
60. Duan, Y.; Wilkosz, P.; Crowley, M.; Rosenberg, J. M. J. Mol. Biol. 1997, 272, 553-572.
61. Cieplak, P.; Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6722-6730.
62. Grable, J.; Frederick, C. A.; Samudzi, C.; Jacobson, L. J.; Lesser, D.; Greene, P.; Boyer, H. W.; Itakura, K.; Rosenberg, J. M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1984, 1, 1149-1160.
63. Kim, Y.; Grable, J. C.; Love, R.; Greene, P.; Rosenberg, J. M. Science 1990, 249, 1307-1309.
64. Wang, Y.; Thomas, G. A.; Peticolas, W. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 249-274.
65. Dickerson, R. E.; Goodsell, D. S.; Kopka, M. L.; Pjura, P. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 557-579.
66. Jain, S.; Sundaraligam, M. J. Mol. Biol. 1989, 264, 12780-12784.
67. Heinemann, U.; Hahn, M. J. Biol. Chem. 1992, 267, 7332-7341.
68. von Kitzing, E. Methods Enzymol. 1992, 211, 449-467.
69. Beveridge, D. L.; Swaminathan, S.; Ravishanker, G.; Withka, J. M.; Srinivasan, J.; Prevost, C.; Louise-May, S.; Langley, D. R.; DiCapua, F. M.; Bolton, P. H. Molecular Dynamics Simulations on the Hydration, Structure and Motions of DNA Oligomers. In Water and Biological Molecules; The Macmillan Press Ltd.: London, 1993; pp 165-225.
70. Beveridge, D. L.; Ravishanker, G. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 246-255.
71. Louise-May, S.; Auffinger, P.; Westhof, E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 289-298.
72. Hogan, M. E.; Jardetzky, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 6341-6345.
73. Roongta, V. A.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 5245-5258.
74. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T., III; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 4.1; University of California: San Francisco, 1995.
75. York, D. M.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 8715-8718.
76. Cheatham, T. E., III; Miller, J. L.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193-4194.
77. Young, M. A.; Nirmala, R.; Srinivasan, J.; McConnell, K. J.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L.; Berman, H. M. Analysis of helix bending in crystal structures and molecular dynamics simulations of DNA oligonucleotides. In Structural Biology: The State of the Art; Adenine Press: Albany, NY, 1994; pp 197-214.
78. Cheatham, T. E., III; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1996, 259, 434-444.
79. Sen, S.; Nilsson, L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 619-631.
80. Luo, J.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1115-1123.
81. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 607-611.
82. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. Biophys. J. 1997, 72, 2395-2397.
83. Arnott, S.; Campbell-Smith, P. J.; Chandrasekaran, R. Atomic coordinates and molecular conformation for DNA-DNA, RNA-RNA, and DNA-RNA helices. In CRC Handbook of Biochemistry and Molecular Biology; CCRC Press: Boca Raton, 1976; pp 411-422.
84. Chandrasekaran, R.; Arnott, S. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 1015-1027.
85. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340.
86. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Goult, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
87. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
88. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S.-H.; Srinivasan, A. R.; Schneider, B. Biophys. J. 1992, 63, 751-759.
89. Hartmann, B.; Lavery, R. Quart. Rev. Biophys. 1996, 29, 309-368.
90. Schaftenaar, G. MOLDEN 3.2; University of Nijmegen: The Netherlands, 1991.
91. Sayle, R. RasMol 2.6; Glaxo Wellcome Medicines Research Centre: Hertfordshire, U.K., 1995.