Genome-Wide Profile of Oxidoreductases in Viruses, Prokaryotes, and Eukaryotes

Journal of Proteome Research

Volumn 2, Issue 6, 2003, Pages 626-632

  Kho, Richard ^a   Newman, Joseph V ^a   Jack, Richard M ^a   Villar, Hugo O ^a   Hansen, Mark R ^a  

^a Triad Therapeutics Inc   (United States)

Author keywords

Chemogenomics; Comparative genome analysis; NAD; Nicotinamide adenine dinucleotide; Oxidoreductase

Indexed keywords

DOUBLE STRANDED DNA; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE; OXIDOREDUCTASE;

ARABIDOPSIS; ARTICLE; BACTERIUM; CATALYSIS; CELL SURVIVAL; CELLULAR IMMUNITY; EUKARYOTE; FUNGUS; GENOME; GRAM NEGATIVE BACTERIUM; GRAM POSITIVE BACTERIUM; NONHUMAN; PHENOTYPE; PLANT; PLASMODIUM FALCIPARUM; PRIORITY JOURNAL; PROKARYOTE; PROTEIN LOCALIZATION; VIRUS;

ANIMALS; DATABASES, PROTEIN; EUKARYOTIC CELLS; GENOME; NADP; OXIDOREDUCTASES; PROKARYOTIC CELLS; VIRAL PROTEINS;

ANIMALIA; ARABIDOPSIS THALIANA; BACTERIA (MICROORGANISMS); EUKARYOTA; FUNGI; NEGIBACTERIA; PLASMODIUM FALCIPARUM; POSIBACTERIA; PROKARYOTA; PROTISTA;

EID: 0346881746     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr034051h     Document Type: Article

References (71)

1. Bairoch, A.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 45-48.
2. Kirschbaum, J. J. Chem. Educ. 1968, 45, 28-37.
3. Rapoport, S. Essays Biochem. 1968, 4, 69-103.
4. Griffiths, D. E. Essays Biochem. 1965, 1, 91-120.
5. Seigler, D. S. Plant Secondary Metabolism; Chapman and Hall, Kluwer Academic Publishers: New York, 1999.
6. Putter, J. Eur J. Drug Metab. Pharmacokinet. 1979, 4, 1-7.
7. Danielson, P. B. Curr. Drug Metab. 2002, 3, 561-597.
8. Holmgren, A. Antioxid. Redox Signal. 2000, 2, 811-820.
9. Shall, S. Biochimie 1995, 77, 313-318.
10. Timson, D. J.; Singleton, M. R.; Wigley, D. B. Mutat. Res. 2000, 460, 301-18.
11. Ziegler, M. Eur J. Biochem. 2000, 267, 1550-1564.
12. Kirsch, M.; De Groot, H. FASEB J. 2001, 15, 1569-1574.
13. Lablanche, J. M. Curr. Med. Res. Opin. 2001, 16, 285-295.
14. Simons, J. Fortune 2003, 147, 58-68.
15. Schweitzer, B. I.; Dicker, A. P.; Bertino, J. R. FASEB J. 1990, 4, 2441-2452.
16. Payne, D. J.; Miller, W. H.; Berry, V.; Brosky, J.; Burgess, W. J.; Chen, E.; DeWolf, W. E., Jr.; Fosberry, A. P.; Greenwood, R.; Head, M. S.; Heerding, D. A.; Janson, C. A.; Jaworski, D. D.; Keller, P. M.; Manley, P. J.; Moore, T. D.; Newlander, K. A.; Pearson, S.; Polizzi, B. J.; Qiu, X.; Rittenhouse, S. F.; Slater-Radosti, C.; Salyers, K. L.; Seefeld, M. A.; Smyth, M. G.; Takata, D. T. ; Uzinskas, I. N.; Vaidya, K.; Wallis, N. G.; Winram, S. B.; Yuan, C. C.; Huffman, W. F. Antimicrob. Agents Chemother. 2002, 46, 3118-3124.
17. Lell, B.; Ruangweerayut, R.; Wiesner, J.; Missinou, M. A.; Schindler, A. ; Baranek, T.; Hintz, M.; Hutchinson, D.; Jomaa, H.; Kremsner, P. G. Antimicrob. Agents Chemother. 2003, 47, 735-738.
18. Hedstrom, L. Curr. Med. Chem. 1999, 6, 545-560.
19. Heath, R. J.; White, S. W.; Rock, C. O. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2002, 58, 695-703.
20. Kho, R.; Baker, B. L.; Newman, J. V.; Jack, R. M.; Sem, D. S.; Villar, H. O.; Hansen, M. R. Proteins 2003, 50, 589-599.
21. Park, J.; Teichmann, S. A.; Hubbard, T.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1997, 273, 349-354.
22. Gerstein, M. Bioinformatics 1998, 14, 707-714.
23. Bolten, E.; Schliep, A.; Schneckener, S.; Schomburg, D.; Schrader, R. Bioinformatics 2001, 17, 935-941.
24. Bateman, A.; Birney, E.; Cerruti, L.; Durbin, R.; Etwiller, L.; Eddy, S. R.; Griffiths-Jones, S.; Howe, K. L.; Marshall, M.; Sonnhammer, E. L. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 276-280.
25. Eddy, S. R. Bioinformatics 1998, 14, 755-763.
26. Berman, H. M.; Battistuz, T.; Bhat, T. N.; Bluhm, W. F.; Bourne, P. E.; Burkhardt, K.; Feng, Z.; Gilliland, G. L.; lype, L.; Jain, S.; Fagan, P.; Marvin, J.; Padilla, D.; Ravichandran, V.; Schneider, B.; Thanki, N.; Weissig, H.; Westbrook, J. D.; Zardecki, C. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 2002, 58, 899-907.
27. Murzin, A. G.; Brenner, S. E.; Hubbard, T.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1995, 247, 536-540.
28. Bairoch, A. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 304-305.
29. Wheeler, D. L.; Church, D. M.; Federhen, S.; Lash, A. E.; Madden, T. L.; Pontius, J. U.; Schuler, G. D.; Schriml, L. M.; Sequeira, E.; Tatusova, T. A.; Wagner, L. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 28-33.
30. Rhee, S. Y.; Beavis, W.; Berardini, T. Z.; Chen, G.; Dixon, D.; Doyle, A.; Garcia-Hernandez, M.; Huala, E.; Lander, G.; Montoya, M.; Miller, N.; Mueller, L. A.; Mundodi, S.; Reiser, L.; Tacklind, J.; Weems, D. C.; Wu, Y.; Xu, I.; Yoo, D.; Yoon, J.; Zhang, P. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 224-228.
31. Rubin, G. M.; Hong, L.; Brokstein, P.; Evans-Holm, M.; Frise, E.; Stapleton, M.; Harvey, D. A. Science 2000, 287, 2222-2224.
32. Bahl, A.; Brunk, B.; Coppel, R. L.; Crabtree, J.; Diskin, S. J.; Fraunholz, M. J.; Grant, G. R.; Gupta, D.; Huestis, R. L.; Kissinger, J. C.; Labo, P.; Li, L.; McWeeney, S. K.; Milgram, A. J.; Roos, D. S.; Schug, J.; Stoeckert, C. J., Jr. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 87-90.
33. Dolinski, K.; Balakrishnan, R.; Christie, K. R.; Costanzo, M. C.; Dwight, S. S.; Engel, S. R.; Fisk, D. G.; Hirschman, J. E.; Hong, E. L.; Issel-Tarver, L.; Sethuraman, A.; Theesfeld, C. L.; Binkley, G.; Lane, C.; Schroeder, M.; Dong, S.; Weng, S.; Andrada, R.; Botstein, D.; Cherry, J. M. Saccharomyces Genome Database. ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/SacchDB/. Jan. 2003.
34. Wood, V.; Gwilliam, R.; Rajandream, M. A.; Lyne, M.; Lyne, R.; Stewart, A.; Sgouros, J.; Peat, N.; Hayles, J.; Baker, S.; Basham, D.; Bowman, S.; Brooks, K.; Brown, D.; Brown, S.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Collins, M.; Connor, R.; Cronin, A.; Davis, P.; Feltwell, T.; Fraser, A.; Gentles, S.; Goble, A.; Hamlin, N.; Harris, D.; Hidalgo, J.; Hodgson, G.; Holroyd, S.; Hornsby, T. ; Howarth, S.; Huckle, E. J.; Hunt, S.; Jagels, K.; James, K.; Jones, L.; Jones, M.; Leather, S.; McDonald, S.; McLean, J.; Mooney, P.; Moule, S.; Mungall, K.; Murphy, L.; Niblett, D.; Odell, C.; Oliver, K.; O'Neil, S.; Pearson, D.; Quail, M. A.; Rabbinowitsch, E.; Rutherford, K.; Rutter, S.; Saunders: D.; Seeger, K.; Sharp, S.; Skelton, J.; Simmonds, M.; Squares, R.; Squares, S.; Stevens, K.; Taylor, K.; Taylor, R. G.; Tivey, A.; Walsh, S.; Warren, T.; Whitehead, S.; Woodward, J.; Volckaert, G.; Aert, R.; Robben, J.; Grymonprez, B.; Weltjens, I. ; Vanstreels, E.; Rieger, M.; Schafer, M.; Muller-Auer, S.; Gabel, C.; Fuchs, M.; Dusterhoft, A.; Fritzc, C.; Holzer, E.; Moestl, D.; Hilbert, H.; Borzym, K. ; Langer, I.; Beck, A.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; Pohl, T. M.; Eger, P.; Zimmermann, W.; Wedler, H.; Wambutt, R.; Purnelle, B.; Goffeau, A.; Cadieu, E.; Dreano, S.; Gloux, S. Nature 2002, 415, 871-880.
35. Parkhill, J.; Wren, B. W.; Thomson, N. R.; Titball, R. W.; Holden, M. T. ; Prentice, M. B.; Sebaihia, M.; James, K. D.; Churcher, C.; Mungall, K. L.; Baker, S.; Basham, D.; Bentley, S. D.; Brooks, K.; Cerdeno-Tarraga, A. M.; Chillingworth, T.; Cronin, A.; Davies, R. M.; Davis, P.; Dougan, G.; Feltwell, T.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Karlyshev, A. V.; Leather, S.; Moule, S.; Oyston, P. C.; Quail, M.; Rutherford, K.; Simmonds, M.; Skelton, J.; Stevens, K.; Whitehead, S.; Barrell, B. G. Nature 2001, 413, 523-527.
36. C. elegans Sequencing Consortium. Science 1998, 282, 2012-2018.
37. Brooksbank, C.; Camon, E.; Harris, M. A.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Mulder, N.; O'Donovan, C.; Parkinson, H.; Tuli, M. A.; Apweiler, R.; Birney, E. ; Brazma, A.; Henrick, K.; Lopez, R.; Stoesser, G.; Stoehr, P.; Cameron, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 43-50.
38. Kent, W. J.; Sugnet, C. W.; Furey, T. S.; Roskin, K. M.; Pringle, T. H.; Zahler, A. M.; Haussler, D. Genome Res. 2002, 12, 996-1006.
39. Altschul, S. F.; Gish, W.; Miller, W.; Myers, E. W.; Lipman, D. J. J. Mol. Biol. 1990, 215, 403-410.
40. Pearson, W. R.; Lipman, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 2444-8.
41. Smith, T. F.; Waterman, M. S. J. Mol. Biol. 1981, 147, 195-197.
42. Kaufman, L.; Rousseeuw, P. J. Finding Groups in Data: An Introduction to Cluster Analysis; John Wiley & Sons: New York, 1990; pp 1-67, 199-279.
43. Willett, P.; Winterman, V. Quant. Struct. Activ. Relat. 1986, 5, 18-25.
44. Brenner, S. E.; Chothia, C.; Hubbard, T. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 95, 6073-6078.
45. Levitt, M.; Gerstein, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5913-5920.
46. Harrison, P. M.; Gerstein, M. J. Mol. Biol. 2002, 318, 1155-1174.
47. Casjens, S. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2000, 2, 401-410.
48. Jornvall, H.; Hoog, J. O.; Persson, B. FEBS Lett. 1999, 445, 261-264.
49. Katul, L.; Maiss, E.; Vetten, H. J. J. Gen. Virol. 1995, 76 (Pt 2), 475-479.
50. La Scola, B.; Audic, S.; Robert, C.; Jungang, L.; de Lamballerie, X.; Drancourt, M.; Birtles, R.; Claverie, J. M.; Raoult, D. Science 2003, 299, 2033.
51. Cann, A. J. Principles of Molecular Virology, 3rd ed; Academic Press: San Diego, 2001.
52. McGeoch, D. J.; Cook, S.; Dolan, A.; Jamieson, F. E.; Telford, E. A. J. Mol. Biol. 1995, 247, 443-458.
53. Chen, F.; Suttle, C. A. Virology 1996, 219, 170-178.
54. Moore, J. B.; Smith, G. L. Embo J. 1992, 11, 1973-1980.
55. Li, Y.; Lu, Z.; Burbank, D. E.; Kutish, G. F.; Rock, D. L.; Van Etten, J. L. Virology 1995, 212, 134-150.
56. Trimble, J. J.; Murthy, S. C.; Bakker, A.; Grassmann, R.; Desrosiers, R. C. Science 1988, 239, 1145-1147.
57. Tonetti, M.; Zanardi, D.; Gurnon, J. R.; Fruscione, F.; Armirotti, A.; Damonte, G.; Sturla, L.; De Flora, A.; Van Etten, J. L. J. Biol. Chem. 2003, 278, 21 559-21 565.
58. Cole, S. T.; Brosch, R.; Parkhill, J.; Garnier, T.; Churcher, C.; Harris, D.; Gordon, S. V.; Eiglmeier, K.; Gas, S.; Barry, C. E., 3rd; Tekaia, F.; Badcock, K.; Basham, D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Connor, R.; Davies, R.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Gentles, S.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Jagels, K.; Barrell, B. G.; et al. Nature 1998, 393, 537-544.
59. Kolattukudy, P. E.; Fernandes, N. D.; Azad, A. K.; Fitzmaurice, A. M.; Sirakova, T. D. Mol. Microbiol. 1997, 24, 263-270.
60. Fraser, C. M.; Gocayne, J. D.; White, O.; Adams, M. D.; Clayton, R. A.; Fleischmann, R. D.; Bult, C. J.; Kerlavage, A. R.; Sutton, G.; Kelley, J. M. Science 1995, 270, 397-403.
61. Blakley, R. L. In Folates and Pterines; Blakley, R. L., Benkovic, S. J., Eds.; Wiley: New York, 1984; pp 191-253.
62. Hoskins, J.; Alborn, W. E., Jr.; Arnold, J.; Blaszczak, L. C.; Burgett, S.; DeHoff, B. S.; Estrem, S. T.; Fritz, L.; Fu, D. J.; Fuller, W.; Geringer, C.; Gilmour, R.; Glass, J. S.; Khoja, H.; Kraft, A. R.; Lagace, R. E.; LeBlanc, D. J.; Lee, L. N.; Lefkowitz, E. J.; Lu, J.; Matsushima, P.; McAhren, S. M.; McHenney, M.; McLeaster, K.; Mundy, C. W.; Nicas, T. I.; Norris, F. H.; O'Gara, M.; Pecry, R. B.; Robertson, G. T.; Rockey, P.; Sun, P. M.; Winkler, M. E.; Yang, Y.; Young-Bellido, M.; Zhao, G.; Zook, C. A.; Baltz, R. H.; Jaskunas, S. R.; Rosteck, P. R., Jr.; Skatrud, P. L.; Glass, J. I. J. Bacteriol. 2001, 183, 5709-5717.
63. Poole, R. K.; Cook, G. M. Adv. Microb. Physiol. 2000, 43, 165-224.
64. Smith, M. A.; Finel, M.; Korolik, V.; Mendz, G. L. Arch. Microbiol. 2000, 174, 1-10.
65. Friedrich, T. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1364, 134-146.
66. Gardner, M. J.; Hall, N.; Fung, E.; White, O.; Berriman, M.; Hyman, R. W.; Carlton, J. M.; Pain, A.; Nelson, K. E.; Bowman, S.; Paulsen, I. T.; James, K.; Eisen, J. A.; Rutherford, K.; Salzberg, S. L.; Craig, A.; Kyes, S.; Chan, M. S.; Nene, V.; Shallom, S. J.; Suh, B.; Peterson, J.; Angiuoli, S.; Pertea, M.; Allen, J.; Selengut, J.; Haft, D.; Mather, M. W.; Vaidya, A. B.; Martin, D. M.; Fairlamb, A. H.; Fraunholz, M. J.; Roos, D. S.; Ralph, S. A.; McFadden, G. I.; Cummings, L. M.; Subramanian, G. M.; Mungall, C.; Venter, J. C.; Carucci, D. J. ; Hoffman, S. L.; Newbold, C.; Davis, R. W.; Fraser, C. M.; Barrell, B. Nature 2002, 419, 498-511.
67. Arabidopsis Genome Initiative. Nature 2000, 408, 796-815.
68. Adams, M. D.; Celniker, S. E.; Holt, R. A.; Evans, C. A.; Gocayne, J. D. ; Amanatides, P. G.; Scherer, S. E.; Li, P. W.; Hoskins, R. A.; Galle, R. F.; George, R. A.; Lewis, S. E.; Richards, S.; Ashburner, M.; Henderson, S. N.; Sutton, G. G.; Wortman, J. R.; Yandell, M. D.; Zhang, Q.; Chen, L. X.; Brandon, R. C.; Rogers, Y. H.; Blazej, R. G.; Champe, M.; Pfeiffer, B. D.; Wan, K. H.; Doyle, C.; Baxter, E. G.; Helt, G.; Nelson, C. R.; Gabor, G. L.; Abril, J. F.; Agbayani, A.; An, H. J.; Andrews-Pfannkoch, C.; Baldwin, D.; Ballew, R. M.; Basu, A.; Baxendale, J.; Bayraktaroglu, L.; Beasley, E. M.; Beeson, K. Y.; Benos, P. V.; Berman, B. P.; Bhandari, D.; Bolshakov, S.; Borkova, D.; Botchan, M. R.; Bouck, J.; Brokstein, P.; Brottier, P.; Burtis, K. C.; Busam, D. A.; Butler, H.; Cadieu, E.; Center, A.; Chandra, I.; Cherry, J. M.; Cawley, S.; Dahlke, C.; Davenport, L. B.; Davies, P.; de Pablos, B.; Delcher, A.; Deng, Z.; Mays, A. D.; Dew, I.; Dietz, S. M.; Dodson, K.; Doup, L. E.; Downes, M.; Dugan-Rocha, S.; Dunkov, B. C.; Dunn, P.; Durbin, K. J.; Evangelista, C. C.; Ferraz, C.; Ferriera, S.; Fleischmann, W.; Fosler, C.; Gabrielian, A. E.; Garg, N. S.; Gelbart, W. M.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gong, F.; Gorrell, J. H.; Gu, Z.; Guan, P.; Harris, M.; Harris, N. L.; Harvey, D.; Heiman, T. J.; Hernandez, J. R.; Houck, J.; Hostin, D.; Houston, K. A.; Howland, T. J.; Wei, M. H.; Ibegwam, C. Science 2000, 287, 2185-2195.
69. Lin, X.; Kaul, S.; Rounsley, S.; Shea, T. P.; Benito, M. I.; Town, C. D. ; Fujii, C. Y.; Mason, T.; Bowman, C. L.; Barnstead, M.; Feldblyum, T. V.; Buell, C. R.; Ketchum, K. A.; Lee, J.; Ronning, C. M.; Koo, H. L.; Moffat, K. S.; Cronin, L. A.; Shen, M.; Pai, G.; Van Aken, S.; Umayam, L.; Tallon, L. J.; Gill, J. E.; Venter, J. C. Nature 1999, 402, 761-768.
70. Sem, D. S.; Yu, L.; Coutts, S. M.; Jack, R. J. Cell. Biochem. Suppl. 2001, Suppl. 37, 99-105.
71. Zheng, X. F.; Chan, T. F. Curr. Issues Mol. Biol. 2002, 4, 33-43.