HIV-1 protease: Mechanism and drug discovery

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 1, Issue 1, 2003, Pages 5-14

  Brik, Ashraf ^a   Wong, Chi Huey ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ANTIGENS; CATALYSIS; CELLS; DNA; HYDROLYSIS; POLYPEPTIDES; RNA; VIRUSES;

DRUG DISCOVERY PROCESSES; GLYCOPROTEIN; PROTEASE; RETROVIRUSES; REVERSE TRANSCRIPTASE INHIBITORS;

ENZYMES;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; RNA VIRUSES; UNIDENTIFIED RETROVIRUS;

EID: 0038184354     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b208248a     Document Type: Article

References (65)

1. R. C. Gallo and L. Montagnier, Sci. Am., 1988, 259, 40.
2. N. E. Kohl, E. A. Emini, W. A. Schleif, L. J. Davis, J. C. Davis, J. C. Heimbach, R. A. F. Dixon, E. M. Scolnick and I. S. Sigal, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 4686.
3. (a) R. A. Kramer, M. D. Schaber, A. M. Skalka, K. Ganguly, F. Wong-Staal and E. P. Reddy, Science, 1986, 231, 1580
4. (b) J. R. Huff, J. Med. Chem., 1991, 34, 2305.
5. M. A. Navia, M. D. P. Fitzgerald, B. M. Mckeever, C.-T. Leu, J. C. Heimbach, W. K. Herber, I. S. Sigal, P. L. Darke and J. P. Spronger, Nature, 1989, 615, 337.
6. A. Wlodawer, M. Miller, M. Jaskolski, B. K. Sathyanarayana, E. Baldwin, I. T. Weber, L. M. Selk, L. Clawson, J. Schneider and S. B. H. Kent, Science, 1989, 245, 616.
7. T. Lee, G. S. Laco, B. E. Torbett, H. S. Fox, D. L. Lerner, J. H. Elder and C.-H. Wong, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 939.
8. S. C. Pettit, S. F. Michael and R. Swanstrom, Perspect. Drug Discovery Des., 1993, 1, 69.
9. (a) J. Cairns, J. Overbaugh and S. Miller, Nature, 1988, 142, 335
10. (b) F. W. Stahl, Nature, 1988, 142, 112.
11. P. L. Darke, C. T. Leu, L. J. Davis, J. C. Heimbach, R. E. Diehl, W. S. Hill, R. A. Dixon and I. S. Sigal, J. Biol. Chem., 1989, 264, 2307.
12. S. Seelmeir, H. Schmidt, V. Turk and K. Von Der Helm, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1988, 85, 6612.
13. J. Mous, E. P. Heimer and S. J. J. Le Grice, J. Virol., 1988, 62, 1433.
14. J. Hansen, S. Billich, T. Schulze, S. Sukrow and K. Moelling, EMBO J., 1998, 7, 1785.
15. R. Lapatto, T. Blundell, A. Hemmings, J. Overington, A. Wilderspin, S. Wood, J. R. Merson, P. J. Whittle, D. E. Danley, K. F. Geoghegan, S. J. Hawrylik, S. E. Lee, K. G. Scheld and P. M. Hobar, Nature, 1989, 342, 299.
16. (a) T. Hofmann, B. M. Dunn and A. L. Fink, Biochemistry, 1984, 23, 6956
17. (b) J. S. Fruton, Adv. Enzymol., 1976, 44, 1.
18. M. N. G. James and A. R. Sielecki, Biochemistry, 1985, 24, 1.
19. K. Suguna, E. A. Padlan, C. W. Smith, W. D. Carlson and D. R. Davies, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1987, 84, 6612.
20. T. Hofmann, R. S. Hodges and M. N. G. James, Biochemistry, 1984, 23, 635.
21. (a) V. K. Atonov, L. M. Ginodman, L. D. Rumsh, Y. V. Kapitannikov, T. N. Barsheskaya, L. P. Yavashev, A. G. Gurova and L. I. Volkova, Eur. J. Biochem., 1981, 117, 195
22. (b) P. G. Schmidt, M. W. Holladay, F. G. Salituro and D. H. Rich, Biochem. Biophys. Res. Commun., 1985, 129, 597.
23. M. Jaskólski, A. G. Tomasselli, T. K. Sawyer, D. G. Staples, R. L. Heinrikson, J. Schneider, S. B. H. Kent and A. Wlodawer, Biochemistry, 1991, 30, 1600.
24. (a) M. Miller, J. Schneider, B. K. Sathyanarayana, M. V. Toth, G. R. Marshal, L. Clawsen, L. Selk, S. B. H. Kent and A. Wlodawer, Science, 1989, 246, 1149
25. (b) A. L. Swain, M. Miller, J. Green, D. H. Rich, J. Schneider, S. B. H. Kent and A. Wlodawer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1990, 87, 8805.
26. L. J. Hyland, T. A. Tomaszek, Jr., G. D. Roberts, S. A. Carr, V. W. Magaard, H. L. Bryan, S. A. Fakhoury, M. L. Moore, M. D. Minnich, J. S. Culp, R. L. Desjarlais and T. D. Meek, Biochemistry, 1991, 30, 8441.
27. D. H. Slee, K. L. Laslo, J. H. Elder, I. R. Ollmann, A. Gustchina, K. Kervinen, A. Zdanov, A. Wlodawer and C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 11867.
28. W. E. Harte and D. L. Beveridge, Jr., J. Am. Chem. Soc., 1993, 115, 3883.
29. L. H. Pearl and T. L. Blundell, FEBS Lett., 1984, 174, 96.
30. L. J. Hyland, T. A. Tomaszek and T. D. Meek, Biochemistry, 1991, 30, 8454.
31. R. Smith, I. M. Brereton, R. Y. Chai and S. B. H. Kent, Nat. Struct. Biol., 1996, 3, 946.
32. Y. X. Wang, D. I. Freedberg, T. Yamazaki, P. T. Wingfield, S. J. Stahl, J. D. Kaufman, Y. Kiso and D. A. Torchia, Biochemistry, 1996, 35, 9945.
33. T. Yamazaki, L. K. Nicholson, D. A. Torchia, P. T. Wingfield, S. J. Stahl, J. D. Kaufman, C. J. Eyermann, C. N. Hodge, P. Y. S. Lam, Y. Ru, P. K. Jadhav, C. H. Chang and P. C. Weber, J. Am. Chem. Soc., 1994, 116, 10791.
34. S. Piana, D. Sebastiani, P. Carloni and M. Parrinello, J. Am. Chem. Soc., 2001, 123, 8730.
35. T. D. Meek, B. D. Dayton, B. W. Metcalf, G. B. Dreyer, J. E. Strickler, J. G. Gorniak, M. Rosenberg, M. L. Moore, V. W. Magaard and C. Debouck, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 1841.
36. C. S. Lee, N. Choy, C. Park, H. Choi, Y. C. Son, S. Kim, J. H. Ok, H. Yoon and S. C. Kim, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1996, 6, 589.
37. T. D. Meek, E. J. Rodriguez and T. S. Angeles, Methods Enzymol., 1994, 241, 127.
38. R. Bott, E. Subramanian and D. R. Davies, Biochemistry, 1982, 21, 6956.
39. L. Pearl, FEBS Lett., 1987, 214, 8.
40. A. Gustchina and I. T. Weber, FEBS Lett., 1990, 269, 269.
41. M. Miller, M. Baca, J. K. Mohan Rao and S. B. H. Kent, Theochem, 1998, 423, 137.
42. (a) W. J. Greenle and P. K. S. Siegl, Annu. Rep. Med. Chem., 1992, 27, 59
43. (b) S. S. Abdel-Meguid, Med. Chem. Rev., 1993, 13, 731.
44. A. Wlodawer and J. W. Erickson, Annu. Rev. Biochem., 1993, 62, 543.
45. B. Munoz, C.-Z. Giam and C.-H. Wong, Bioorg. Med. Chem., 1994, 2, 1085.
46. C.-A. Chen, S. M. Sieburth, A. Glekas, G. W. Hewitt, G. L. Trainor, S. E. Viitanen, S. S. Garber, B. Cordova, S. Jeffry and R. M. Klabe, Chem. Biol., 2001, 8, 1161.
47. K. Appelt, Perspect. Drug Discovery Des., 1993, 1, 23.
48. R. E. Babine and S. L. Bender, Chem. Rev., 1997, 97, 1359.
49. N. A. Roberts, J. A. Martin, D. Kinchington, A. V. Broadhurst, J. C. Craig, I. B. Duncan, S. A. Galpin, B. K. Handa, J. Kay, A. Krohn, R. W. Lambert, J. H. Merrett, J. S. Mills, K. E. B. Parkes, S. Redshaw, A. J. Ritchie, D. L. Taylor, G. J. Thomas and P. J. Machin, Science, 1990, 248, 358.
50. E. E. Kim, C. T. Baker, M. D. Dwyer, M. A. Murcko, B. G. Rao, R. D. Tung and M. A. Navia, J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 1181.
51. S. W. Kaldor, M. Hammond, B. A. Dressman, J. E. Fritz, T. A. Crowell and R. A. Hermann, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1385.
52. Z. Chen, Y. Li, E. Chen, D. Hall, P. Darke, C. Culberson, J. A. Shafer and L. A. Kuo, J. Biol. Chem., 1994, 269, 26344.
53. D. J. Kempf, K. C. March, J. F. Denissen, E. McDonald, S. Vasavanonda, C. A. Flentge, B. E. Green, L. Fino, C. H. Park, X. P. Kong, N. E. Wideburg, A. Saldivar, L. Ruiz, W. M. Kati, H. L. Sham, T. Robins, K. D. Stewart, A. Hsu, J. J. Plattner, J. M. Leonard and D. W. Norbeck, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 92, 2484.
54. H. L. Sham, D. J. Kempf, A. Molla, K. C. Marsh, G. N. Kumar, C. M. Chen, W. Kati, K. Stewart, R. Lal, A. Hsu, D. A. Betebenner, M. Korneyeva, S. Vasavanonda, E. McDonald, A. Saldivar, N. Wideburg, X. Chen, P. Niu, O. Park, V. Jayanti, B. Grabowski, G. R. Granneman, E. Sun, A. J. Japour, J. M. Leonard, J. J. Plattner and D. W. Norbeck, Antimicrob. Agents Chemother., 1998, 42, 3218.
55. P. Y. S. Lam, P. K. Jadhav, C. J. Eyermann, C. N. Hodge, Y. Ru, L. T. Bacheler, O. M. J. Meek, M. M. Rayner, N. Wong, C.-H. Chang, P. C. Weber, D. V. Jackson, T. R. Sharpe and S. E. Viitanen, Science, 1994, 263, 380.
56. J. M. Coffin, Science, 1995, 267, 483.
57. (a) J. W. Erickson and S. K. Burt, Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol., 1996, 36, 545
58. (b) R. F. Schinazi, B. A. Lader and J. W. Mellors, Int. Antiviral News, 1997, 5, 129.
59. T. Lee, V.-D. Le, D. Lim, Y.-C. Lin, G. M. Morris, A. L. Wong, A. J. Olson, J. H. Elder and C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 1145.
60. A. Wlodawer, A. Gustchina, L. Reshetnikova, J. Lubkowski, A. Zdanov, K. Y. Hui, E. L. Angleton, W. G. Farmerie, M. M. Goodenow, D. Bhatt, L. Zhang and B. M. Dunn, Nat. Struct. Biol., 1995, 2, 480.
61. M. Li, G. M. Morris, T. Lee, G. S. Laco, C.-H. Wong, A. J. Olson, J. H. Elder, A. Wlodawer and A. Gustachina, Proteins: Struct., Funct., Genet., 2000, 38, 29.
62. K. Yoshimura, R. Kato, M. F. Kavlick, A. Nguyen, V. Maroun, K. Maeda, K. A. Hussain, A. K. Ghosh, S. V. Gulnik, J. W. Erickson and H. Mitsuya, J. Virol., 2002, 76, 1349.
63. D. M. Eckert and P. S. Kim, Annu. Rev. Biochem., 2001, 70, 777.
64. (a) W. K. C. Park, M. Auer, H. Jaksche and C.-H. Wong, J. Am. Chem. Soc., 1996, 118, 10150
65. (b) M. R. Green, Aids Res. Rev., 1993, 3, 4.