Molecular diagnostics on electrophoretic microchips

Analytical Chemistry

Volumn 75, Issue 12, 2003, Pages 2919-2927

  Landers, James P ^a,b  

^a UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF VIRGINIA HEALTH SYSTEM   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA;

ANALYTIC METHOD; DIAGNOSTIC PROCEDURE; DIAGNOSTIC VALUE; DNA SEQUENCE; ELECTROPHORESIS; MICROPROCESSOR; MUTATIONAL ANALYSIS; REVIEW; SEPARATION TECHNIQUE; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM;

ANIMALS; ELECTROPHORESIS; HUMANS; MOLECULAR DIAGNOSTIC TECHNIQUES; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROTEIN ARRAY ANALYSIS;

EID: 0038116768     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac0301705     Document Type: Review

References (102)

1. Manz, A.; Graber, N.; Widmer, H. M. J. Chromatogr. 1990, 244-52.
2. Manz, A.; Harrison, D. J.; Verpoorte, E. M. J.; Fettinger, J. C.; Paulus, A.; Lüdi, H.; Widmer, H. J. J. Chromatogr. 1992, 593, 253.
3. Harrison, D. J.; Fan, Z. H.; Seiler, K.; Manz, A.; Widmer, H. M. Anal. Chem. Acta 1993, 283, 361-6.
4. Harrison, D . J.; Fluri, K.; Seiler, K.; Fan, Z. H.; Effenhauser, C. S.; Manz, A. Science 1993, 261, 895-7.
5. Mullis, K.; Faloona, F.; Scharf, S.; Saiki, R.; Horn, G.; and Erlich, H. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1986, 51, 263-73.
6. Landers, J. P. Clin. Chem. 1995, 41, 495-509.
7. Gawron, A. J.; Martin, R. S.; Lunte, S. M. Eur. J. Pharm. Sci. 2001, 14, 1-12.
8. Kricka, L. J. Clin. Chem. 1998, 44, 2008-14.
9. Ferrance, J.; Landers, J. P. Luminescence 2001, 16, 79-88.
10. Medintz, I. L.; Paegel, B. M.; Blazej, R. G.; Emrich, C. A.; Berti, L.; Scherer, J. R.; Mathies, R. A. Electrophoresis 2001, 22, 3845-56.
11. Fey, M. F. Lancet Oncol. 2002, 3, 349-56.
12. McGlennen, R. C. Clin. Chem. 2001, 47, 393-402.
13. Thomas, G. A.; Farquar, H. D.; Sutton, S.; Hammer, R. P.; Soper, S. A. Expert Reu. Mol. Diagn. 2002, 2, 429-47.
14. Kolesar, J. M.; Allen, P. G.; Doran, C. M. J. Chromatogr., B 1997, 697, 189-94.
15. Pancholi, P.; Oda, R. P.; Mitchell, P. S.; Persing, D. A.; Landers J. P. Mol. Diagn. 1997, 2, 27-38.
16. Carrera, P.; Barbieri, A. M.; Ferrari, M.; Righetti, P. G.; Perego, M. Gelfi, C. Clin. Chem. 1997, 43, 2121-7.
17. Oda, R. P.; Wick, M.; Rueckert, L. M.; Lust, J.; Landers, J. P. Electrophoresis 1996, 17, 1491-8.
18. Hämäläinen, M. M.; Eskola, J. U.; Hellman, J.; Pulkki, K. Clin. Chem. 1999, 54, 465-71.
19. Effenhauser, C. S.; Paulus, A.; Manz, A.; Widmer, H. M. Anal. Chem. 1994, 66, 2949-53.
20. Woolley, A. T.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 11348-52.
21. Woolley, A. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1995, 67, 3676-80.
22. Liu, S.; Shi, Y.; Ja, W. W.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 566-73.
23. Schmalzing, D.; Adourian, A.; Koutny, L.; Ziaugra, L.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Chem. 1998, 70, 2303-10.
24. Salas-Solano, O.; Schmalzing, D.; Koutny, L.; Buonocore, S.; Adourian, A.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Chem. 2000, 72, 3129-37.
25. Koutny, L.; Schmalzing, D.; Salas-Solano, O.; El-Difrawy, S.; Adourian, A.; Buonocore, S.; Abbey, K.; McEwan, P.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Chem. 2000, 72, 3388-91.
26. Woolley, A. T.; Lao, K.; Glazer, A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1998, 70, 684-8.
27. Hofgartner, W. T.; Huhmer, A. F.; Landers, J. P.; Kant, J. A. Clin. Chem. 1999, 45, 2120-8.
28. Chen, Y. H.; Wang, W. C.; Young, K. C.; Chang, T. T.; Chen, S. H. Clin. Chem. 1999, 45, 1938-43.
29. Munro, N. J.; Snow, K.; Kant, J. A.; Landers, J. P. Clin. Chem. 1999, 45, 1906-17.
30. Shi, Y.; Simpson, P. C.; Scherer, J. R.; Wexler, D.; Skibola, C.; Smith, M. T.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 5354-61.
31. Goyette, P.; Sumner, J. S.; Milos, R.; Duncan, A. M.; Rosenblatt, D. S.; Matthews, R. G.; Rozen, R. Nat. Genet. 1994, 7, 551.
32. Sung, W.-C.; Lee, GB.; Tzeng, C.-C.; Chen, S.-H. Electrophoresis 2001, 22, 1188-93.
33. Verkerk, A. I. M. H.; Pieretti, M.; Sutcliffe, J. C. Cell 1991, 32, 170-3.
34. Cantafora, A.; Blotta, I.; Bruzzese, N.; Calandra, S.; Bertolini, S.; Electrophoresis 2001, 22, 4012-5.
35. Ferrance, J. P.; Snow, K.; Landers, J. P. Clin. Chem. 2002, 48, 380-3.
36. Chamberlain, J. S.; Gibbs, R. A.; Rainer, J. E.; Nguyen, P. N.; Caskey, C. T. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 11141-56.
37. Beggs, A. H.; Koenig, M.; Boyce, F. M.; Kunkel, L. M. Hum. Genet. 1990, 86, 45-8.
38. Gelfi, C.; Orsi, A.; Leoncini, F.; Righetti, P. G.; Spiga, I.; Carrera, P.; Ferrari, M. Biotechniques 1995, 19, 254-63.
39. Dr. Karen Snow, personal communication.
40. Ferrance, J. P.; Wu, Q.; Giordano, B.; Hernandez, C.; Snow, K.; Thibodeau, S.; Landers, J. P. Developments towards a complete micro-total analysis system for Duchenne muscular dystrophy diagnosis. Submitted to Anal. Chim. Acta.
41. Chen, J.; Waters, L. C.; Fortina, P.; Hvichia, G.; Jacobson, S. C.; Ramsey, J. M.; Kricka, L. J.; Wilding, P. Anal. Chem. 1998, 257, 101-6.
42. Tian, H.; Jaquins-Gerstl, A.; Munro, N.; Trucco, M.; Brody, L. C.; Landers, J. P. Genomics 2000, 63, 25-34.
43. Brody, L. C.; Biesecker, B. B. Medicine (Baltimore) 1998, 77, 208-26.
44. Tian, H.; Brody, L. C.; Landers, J. P. Genome Res 2000, 10, 1403-13.
45. Tian, H.; Brody, L. C.; Fan, S.; Huang, Z.; Landers, J. P. Clin. Chem. 2001, 47, 173-85.
46. Medintz, I.; Wong, W. W.; Sensabaugh, G.; Mathies, R. A. Electrophoresis 2000, 21, 2352-8.
47. Medintz, I.; Wong, W. W.; Berfi, L.; Shiow, L.; Tom, J.; Scherer, J.; et al. Genome Res. 2001, 11, 413-21.
48. Schmalzing, D.; Belenky, A.; Novotny, M. A.; Koutny, L.; Salas-Solano, O.; El-Difrawy, S.; et al. Nucleic Acids Res. 2000, 28, E43.
49. Hjerten, S. J. Chromatogr. 1985, 14, 191-98.
50. Ulfelder, K. J.; Schwartz, H. E.; Hall, J. M.; Sunzeri, F. J. Anal. Biochem. 1992, 200, 260-7.
51. Gao, Q.; Yeung, E. S. Anal. Chem. 1998, 70, 1382-8.
52. Wang, Y.; Liang, D.; Hao, J.; Fang, D.; Chu, B. Electrophoresis 2002, 23, 1460-6.
53. Liu, S.; Shi, Y.; Ja, W. W.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1999, 71, 566-73.
54. Tian, H.; Brody, L. C.; Mao, D.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2000, 72, 5483-92.
55. Munro, N. J.; Huhmer, A. F. R.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2001, 73, 1784-94.
56. Srinivasan, K.; Pohl, C.; Avdalovic, N. Anal. Chem. 1997, 69, 2798-805.
57. Tian, H.; Landers, J. P. Anal. Biochem. 2002, 309, 212-23.
58. Sanders, J. C.; Breadmore, M. C.; Kwok, Y. C.; Horsman, K. M.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2003, 75, 986-94.
59. Xu, F.; Jabasini, M.; Baba, Y. Electrophoresis 2002, 23, 3608-14.
60. Venter; et al. Science 2001, 1304-1351.
61. (b) Dovichi, N. J. Zhang J. Z. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 4463-8.
62. Gao, Q.; Yeung, E. S. Anal. Chem. 1998, 70, 1382-8.
63. Schmalzing, D.; Adourian, A.; Koutny, L.; Ziaugra, L.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Chem. 1998, 70, 2303-10.
64. Ruiz-Martinez, M. C.; Salas-Solono, O.; Carrilho, E.; Kotler, L.; Karger, B. L. Anal. Chem. 1998, 70, 1516-27.
65. Mathies, R. A.; Kheterpal, I. Anal. Chem. 1999, 71, 31A-8A.
66. Huang, X. C.; Quesada, M. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1992, 64, 2149-54.
67. Liu, S.; Ren, H.; Gao, Q.; Roach, D. J.; Loder, R. T. Jr.; Armstrong, T. M.; et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5369-74.
68. Paegel, B. M.; Emrich, C. A.; Wedemayer, G. J.; Scherer, J. R.; Mathies, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 574-9.
69. Paegel, B. M.; Hutt, L. D.; Simpson, P. C.; Anal. Chem. 2000 72, 3030-7.
70. Backhouse, C.; Caamano, M.; Oaks, F.; Nordman, E.; Carrillo, A.; Johnson, B.; Bay, S. Electrophoresis 2000, 21, 150-6.
71. Schmalzing, D.; Koutny, L.; Adourian, A.; Belgrader, P.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10273-8.
72. Schmalzing, D.; Koutny, L.; Chisholm, D.; Adourian, A.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Anal. Biochem. 1999, 270, 148-52.
73. Mitnik, L.; Carey, L.; Burger, R.; Desmarais, S.; Koutny, L.; Wernet, O.; Matsudaira, P.; Ehrlich, D. Electrophoresis 2002, 23, 719-26.
74. Ugaz, V. M.; Brahmasandra, S. N.; Burke, D. T.; Burns, M. A. Electrophoresis 2002 23, 1450-9.
75. Smith, E. M.; Xu, H.; Ewing, A. G. Electrophoresis 2001, 22, 363-70.
76. Guttman, A.; Rónai, Z. Electrophoresis 2000, 21, 3952-64.
77. Guttman, A.; Gao, H.; Haas, R. Clin. Chem. 2001, 47, 1469-72.
78. Cabodi, M.; Turner, S. W. P.; Craighead, H. G. Anal. Chem. 2002, 74, 5169-74.
79. Filippova, E. M.; Monteleone, D. C.; Trunk, J. G.; Sutherland, B. M.; Quake, S. R. BioPhys. J. 2003, 84, 1281-90.
80. Odake, T.; Tsunoda, K.; Kitamori, T.; Sawada, T. Anal. Sci. 2001 17, 95-8.
81. Hansen, C. L.; Skordalakes, E.; Berger, J. M.; Quake, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16531-6.
82. Thorsen, T.; Maerkl, S. J.; Quake, S. R. Science 2002, 298 (5593), 580-4.
83. Fu, A. Y.; Chou, H. P.; Spence, C.; Arnold, F. H.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2002, 74, 2451-7.
84. Unger, M. A.; Chou, H. P.; Thorsen, T.; Scherer, A.; Quake, S. R. Science 2000, 288 (5463), 113-6.
85. Lagally, E. T.; Medintz, I.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2001, 73, 565-70.
86. Woolley, A. T.; Hadley, D.; Landre, P.; deMello, A. J.; Mathies, R. A.; Northrup, M. A. Anal. Chem. 1996, 68, 4081-6.
87. Liu, J.; Enzelberger, M.; Quake, S. Electrophoresis 2002, 23, 1531-6.
88. Kopp, M. U.; Mello, A. J.; Manz, A. Science 1998, 280 (5366), 1046-8.
89. Burns, M. A.; Johnson, B. N.; Brahmasandra, S. N.; Handique, K.; Webster, J. R.; Krishnan, M.; Sammarco, T. S.; Man, P. M.; Jones, D.; Heldsinger, D.; Mastrangelo, C. H.; Burke, D. T. Science 1998, 282 (5388), 484-7.
90. Wilding, P.; Kricka, L. J.; Cheng, J.; Hvichia, G.; Shoffner, M. A.; Fortina, P. Anal. Biochem. 1998, 257, 95-100.
91. Hühmer, A. F. R.; Landers, J. P. Anal. Chem. 2000, 72, 5507-12.
92. Giordano, B.; Ferrance, J.; Hühmer, A. F. R.; Swedberg, S.; Landers J. P. Anal. Biochem. 2001, 291, 124-32.
93. Giordano, B.; Ferrance, J.; Kwok, Y. Couch, A.; Landers J. P. Anal. Biochem., submitted.
94. Christel, L. A.; Petersen, K.; McWilliam, W.; Northrup, M. A. Transact. ASME 1999, 121, 272-9.
95. Wolfe, K. A.; Breadmore, M. C.; Ferrance, J. P.; Power, M. E.; Conroy, J. F.; Norris, P. M.; Landers, J. P. Electrophoresis 2002, 23, 727-33.
96. Breadmore, M. C.; Wolfe, K. A.; Arcibal, I. G.; Leung, W. K.; Dicks Dana, Giordano, B. C.; Power, M. E.; Ferrance, J. P.; Hosticka, B.; Feldman, S.; Norris, P. M.; Landers, J. P. Anal. Chem.
97. Wu, Q.; Bienvenue, J.; Giordano, B.; Ferrance, J.; Kwok, Y.; Couch, A.; Landers, J. P. Lab on a Chip, submitted.
98. Paegel, B. M.; Yeung, S. H.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 2002, 74, 5092-8.
99. Ayliffe, H. E.; Bruno, A.; Frazier, R. D. IEEE J. Microelectromech. Syst. 1999, 8, 50-7.
100. Caldwell, K. D.; Frazier, A. B.; Gale, B. K. IEEE Trans. Biomed. Eng. 1998, 45, 1459-70.
101. Brody, J. P.; Han, Y.; Austin, R. H.; Bitensky, M. Biophys. J. 1995, 68, 2224-32.
102. Fu, A. Y.; Chou, H. P.; Spence, C.; Arnold, F. H.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2002, 74, 2451-7.