Generating conformations for two zinc-binding sites of HIV-1 nucleocapsid protein from random conformations by a hierarchical procedure and polarizable force field

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 20, 2003, Pages 4862-4870

  Gresh, Nohad ^a   Derreumaux, Philippe ^a  

^a CNRS   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHARGE TRANSFER; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; MATHEMATICAL MODELS; MONTE CARLO METHODS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; POLARIZATION; QUANTUM THEORY; ZINC;

METALLO-OLIGOPEPTIDES; NUCLEOCAPSID PROTEIN; QUANTUM CHEMICAL COMPUTATIONS; SOLVATION; ZINC BINDING SITE;

PROTEINS;

EID: 0037945507     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp022527z     Document Type: Article

References (66)

1. Pillardy, J.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Lee, J.; Ripoll, D. R.; Kazmierkiewicz, R.; Oldziej, S.; Wedemeyer, W. J.; Gibson, K. D.; Arnautova, Y. A.; Saunders, J.; Ye, Y. J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2329-2333.
2. Liu, Y.; Beveridge, D. L. Proteins 2002, 46, 128-146.
3. Simons, K. T.; Strauss, C.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1191-1199.
4. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science (Washington, D.C.) 1998, 282, 740-744.
5. Zemla, A.; Venclovas, Moult, J.; Fields, K. Proteins 2001, 45-(Suppl 5) 13-21.
6. Lee, M. R.; Baker, D.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1040-1046.
7. Diaz, N.; Suarez, D.; Merz, K.M. Jr. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9867-9879.
8. Berweger, C. D.; Thiel, W.; van Gunsteren, W. F. Proteins 2000, 41, 299-315.
9. Bienstock, R. J.; Darden, T.; Wiseman, R.; Pedersen, L.; Barrett, J. C. Cancer Res. 1996, 56, 2539-2545.
10. Peterson, M. J.; Morris, J. F. Gene 2000, 254, 105-118.
11. Viles, J. H.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Goodin, D. B.; Wright, P. E.; Dyson, J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96. 2042-2047.
12. Cavagnero, S.; Zhou, Z. H.; Adams, M. W.; Chan, S. I. Biochemistry 1998, 37, 3377-3385.
13. Bai, Y.; Chung, J.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 2001, 10, 1056-1066.
14. Tiraboschi G.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C.; Pedersen, L. G.; Deerfield, D. W. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1011-1039.
15. Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 1999. 111, 2301-2310.
16. Derreumaux, P. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 206-209.
17. Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2002, 117, 3499-3503.
18. Gresh, N.; Roques, B. P. Biopolymers 1997, 41, 145-164.
19. Gresh, N.; Sponer, J. J. Phys. Chem. B 1999, 104, 11415-11427.
20. (a) Gresh, N. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8680-8694
21. (b) Gresh, N.; Guo, H.; Salahub, D. R.; Roques, B. P.; Kafafi, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7885-7894.
22. (c) Guo, H.; Gresh, N.; Roques, B. P.; Salahub, D. R. J. Phys. Chem. B 2000, 105, 9746-9754.
23. Garmer, D. R.; Gresh, N.; Roques, B. P. Proteins 1998, 31, 42-60.
24. Antony, J.; Gresh, N.; Olsen, L.; Hemmingsen, L.; Schofield, C.; Bauer, R. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1281-1296.
25. Maynard, A. T.; Covell, D. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1047-1058.
26. Morellet, N.; Jullian, N.; De Rocquigny, H.; Maigret, B.; Darlix, J. L.; Roques, B. P. EMBO J. 1992, 11, 3059-3065.
27. Summers, M. F.; Henderson, L. E.; Chance, M. R.; Bess, J. W,; South, T. L.; Blake, P. R.; Sagi, I.; Perez-Alvarado, G.; Sowder, R. C. I.; Hare, D. R.; Arthur, L. O. Protein Sci. 1992, 1, 563-574.
28. Julian, N.; Demene, H.; Morellet, N.; Maigret, B.; Roques, B. P. FEBS Lett. 1993, 331, 43-48.
29. Simonson, T.; Calimet, N. Proteins 2002, 49, 37-48.
30. Dudev, T.; Lim, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6759-6756.
31. Ramboarina, S.; Morellet, N.; Fournié-Zaluski, M.-C.; Roques, B. P. Biochemistry 1999, 38, 9600-9607.
32. Metropolis, N. S.; Rosenbluth, A. W.; Rosenbluth, M. N.; Teller, A. H.; Teller, E. J. Chem. Phys. 1953, 21, 1087-1092.
33. Gresh, N.; Claverie, P.; Pullman, A. Theor. Chim. Acta 1984, 66, 1-20.
34. Gresh, N. J. Comput. Chem. 1995, 16, 856-882.
35. Vigné-Maeder, F.; Claverie, P. J. Chem. Phys. 1988, 88, 4934-4948.
36. Garmer, D. R.; Stevens, W. J. J. Phys. Chem. 1989, 93, 8263-8270.
37. Stevens, W. J.; Basch, H.; Krauss, M. J. Chem. Phys. 1984, 81, 6026-6033.
38. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A., Jr. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
39. Creuzet, S.; Langlet, J.; Gresh, N. J. Chim.-Phys (Paris) 1991, 88, 2399-2409.
40. (a) Rogalewicz, F.; Ohanessian, G.; Gresh, N. J. Comput. Chem. 2000, 21, 963-973.
41. (b) Tiraboschi, G.; Fournie-Zaluski, M. C.; Roques, B. P.; Gresh, N. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1038-1047.
42. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1497-1506.
43. Evangelakis, G. A.; Rizos, J. P.; Lagaris, I. E.; Demetropoulos, I. N. Comput. Phys. Commun. 1987, 46, 401-415.
44. Koehl, P,; Delarue, M. J. Mol. Biol. 1994, 239, 249-275.
45. Langlet, J.; Claverie, P.; Caillet, J.; Pullman, A. J. Phys. Chem. 1988, 92, 1631-1643.
46. Langlet, J.; Gresh, N.; Giessner-Prettre, C. Biopolymers 1995, 36, 765-780.
47. Becke, A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
48. Gresh, N.; Leboeuf, M.; Salahub, D. R. In Modeling the Hydrogen Bond; Smith, D. A. Ed.; ACS Symposium Series 569; American Chemical Society: Washington, DC, 1994; pp 82-112.
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.9; Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1998.
50. Jaguar 4.0. Schrodinger Inc.: Portland, OR, 2000.
51. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310.
52. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Ringnalda, M.; Goddard, W. A., III; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11875-11882.
53. Beachy, M. D.; Chassman, D.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Friesner, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5908-5920.
54. Discover software. Accelrys Inc.: San Diego, CA.
55. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230-252.
56. Maple, J. R.; Thacher, T. S.; Dinur, U.; Hagler, A. T. Chem. Des. Auto. News 1990, 5, 5-10.
57. Gresh, N.; Policar, C.; Giessner-Prettre, C. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5660-5671.
58. Day, P. N.; Jensen, H. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Cohen, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968-1986.
59. Topol, I. A.; Casas-Finet, J. R.; Gussio, R.; Burt, S. K.; Erickson, J. W. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1998, 423, 13-28.
60. Ryde, U. Eur. Biophys. J. 1996, 24, 213-221.
61. Ryde, U. Int. J. Quantum Chem. 1994, 52, 1229-1243.
62. Dauter, Z.; Wilson, K.; Sieker, L.; Moulis, J.; Meyer, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8836-8840.
63. Fabris, D.; Hathout, Y.; Fenselau, C. Inorg. Chem. 1999, 38, 1322-1325.
64. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.: Moss, D. S.; Thornton, J. M. J. Appl. Crystallogr. 1993, 26, 283-291.
65. Morellet, private communication.
66. Moret, M. A.; Pascutti, P. G.; Bisch, P. M.; Mundim, K. C. J. Comput. Chem. 1998, 19, 647-657.