From polypeptide sequences to structures using Monte Carlo simulations and an optimized potential

Journal of Chemical Physics

Volumn 111, Issue 5, 1999, Pages 2301-2310

  Derreumaux, Philippe ^a  

^a INST DE BIOLOGIE PHYSICO CHIMIQUE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001418816     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.479501     Document Type: Article

References (67)

1. C. M. Dobson and O. B. Ptitsyn, Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 1 (1997).
2. A. Liwo, M. R. Pincus, R. J. Wawak, S. Rackovsky, and H. A. Scheraga, Protein Sci. 2, 1715 (1993).
3. C. Wilson and S. Doniach, Proteins: Struct., Funct., Genet. 6, 193 (1989); A. Wallqvist and M. Ullner, ibid. 18, 267 (1994); K. Yue and K. A. Dill, Protein Sci. 5, 224 (1996).
4. C. Wilson and S. Doniach, Proteins: Struct., Funct., Genet. 6, 193 (1989); A. Wallqvist and M. Ullner, ibid. 18, 267 (1994); K. Yue and K. A. Dill, Protein Sci. 5, 224 (1996).
5. C. Wilson and S. Doniach, Proteins: Struct., Funct., Genet. 6, 193 (1989); A. Wallqvist and M. Ullner, ibid. 18, 267 (1994); K. Yue and K. A. Dill, Protein Sci. 5, 224 (1996).
6. See D. R. Ripoll and H. A. Scheraga, Biopolymers 27, 1283 (1988); D. Huffman and E-W. Knapp, Phys. Rev. E 53, 4221 (1996); J. T. Pedersen and J. Moult, J. Mol. Biol. 269, 240 (1997); U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, J. Phys. Chem. 102, 653 (1998).
7. See D. R. Ripoll and H. A. Scheraga, Biopolymers 27, 1283 (1988); D. Huffman and E-W. Knapp, Phys. Rev. E 53, 4221 (1996); J. T. Pedersen and J. Moult, J. Mol. Biol. 269, 240 (1997); U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, J. Phys. Chem. 102, 653 (1998).
8. See D. R. Ripoll and H. A. Scheraga, Biopolymers 27, 1283 (1988); D. Huffman and E-W. Knapp, Phys. Rev. E 53, 4221 (1996); J. T. Pedersen and J. Moult, J. Mol. Biol. 269, 240 (1997); U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, J. Phys. Chem. 102, 653 (1998).
9. See D. R. Ripoll and H. A. Scheraga, Biopolymers 27, 1283 (1988); D. Huffman and E-W. Knapp, Phys. Rev. E 53, 4221 (1996); J. T. Pedersen and J. Moult, J. Mol. Biol. 269, 240 (1997); U. H. E. Hansmann and Y. Okamoto, J. Phys. Chem. 102, 653 (1998).
10. J. S. Evans, A. M. Mathiowetz, S. I. Chan, and W. A. Goddard III, Protein Sci. 4, 1203 (1995).
11. R. Abagyan, in Computer Simulation of Biomolecular Systems, edited by W. F. van Gunsteren, P. K. Weiner, and A. J. Wilkinson (Kluwer, Dordrecht, 1997), Vol. 3, pp. 363.
12. M. Schaefer, C. Bartels, and M. Karplus, J. Mol. Biol. 284, 835 (1998).
13. R. A. Goldstein, Z. A. Luthey-Schulten, and P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4918 (1992).
14. H. J. Dyson, M. Rance, R. A. Houghten, P. E. Wright, and R. A. Lerner, J. Mol. Biol. 201, 201 (1988).
15. Y. Wang, H. Zhang, W. Li, and R. A. Scott, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 709 (1995).
16. B. Park and M. Levitt, J. Mol. Biol. 258, 367 (1996).
17. P. Derreumaux, J. Chem. Phys. 106, 5260 (1997); 107, 1941 (1997).
18. P. Derreumaux, J. Chem. Phys. 106, 5260 (1997); 107, 1941 (1997).
19. P. Derreumaux, J. Chem. Phys. 109, 1567 (1998).
20. See A. Kolinski and J. Skolnick, Proteins: Struct., Funct., Genet. 18, 353 (1994).
21. E. De Alba, M. Rico, and M. A. Jimenez, Protein Sci. 6, 2548 (1997).
22. J. M. Scholtz, E. J. York, J. M. Stewart, and R. L. Baldwin, J. Am. Chem. Soc. 113, 5102 (1991).
23. D. J. Butcher and G. R. Moe, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 1135 (1996).
24. B. I. Dahiyat and S. L. Mayo, Science 278, 82 (1997); W. F. DeGrado, ibid. 278, 80 (1997).
25. B. I. Dahiyat and S. L. Mayo, Science 278, 82 (1997); W. F. DeGrado, ibid. 278, 80 (1997).
26. S. Miyazawa and R. L. Jernigan, Macromolecules 18, 534 (1985).
27. I. Bahar and R. L. Jemigan, J. Mol. Biol. 266, 195 (1997).
28. M. J. Sippl, J. Mol. Biol. 213, 859 (1990); R. S. DeWitte and E. I. Shakhnovich, Protein Sci. 3, 1570 (1994).
29. M. J. Sippl, J. Mol. Biol. 213, 859 (1990); R. S. DeWitte and E. I. Shakhnovich, Protein Sci. 3, 1570 (1994).
30. K. K. Koretze, Z. A. Luthey-Schulten, and P. G. Wolynes, Protein Sci. 5, 1043 (1996).
31. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, and P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 106, 765 (1984).
32. M. Levitt, J. Mol. Biol. 104, 59 (1976).
33. Y. Fezoui, P. J. Connolly, and J. J. Osterhout, Protein Sci. 6, 1869 (1997).
34. A. Chakrabartty, T. Kortemme, and R. L. Baldwin, Protein Sci. 3, 843 (1994).
35. C. A. Kim and J. M. Berg, Nature (London) 362, 267 (1993).
36. A. Liwo, S. Oldziej, M. R. Pincus, R. J. Wawak, S. Rackovsky, and H. A. Scheraga, J. Comput. Chem. 18, 849 (1997).
37. J. M. Scholtz, S. Marqusee, R. L. Baldwin, E. J. York, J. M. Stewart, M. Santoro, and D. W. Bolen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 2854 (1991).
38. 2 at (90°, 0°), II' at (60°, -120°), and γ at (60°, -60°).
39. 2) is reached. Finally, E is evaluated.
40. N. S. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, and E. Teller, J. Chem. Phys. 21, 1087 (1953).
41. S-S. Sung and X-W. Wu, Proteins: Struct., Fund., Genet. 25, 202 (1996).
42. L. S. Itzhaki, J. L. Neira, J. Riuz-Sanz, G. de Part Gay, and A. R. Fersht, J. Mol. Biol. 254, 289 (1995).
43. J. J. Osterhout, R. L. Baldwin, E. J. York, J. M. Stewart, H. J. Dyson, and P. E. Wright, Biochemistry 28, 7059 (1989).
44. W. C. Johnson, T. G. Pagano, C. T. Basson, J. A. Madi, P. Gooley, and I. M. Armitage, Biochemistry 32, 268 (1993).
45. M. Ramirez-Alvarado, F. J. Blanco, and L. Serrano, Nat. Struct. Biol. 3, 604 (1996).
46. V. Sieber and G. R. Moe, Biochemistry 35, 181 (1996).
47. F. J. Blanco, G. Rivas, and L. Serrano, Nat. Struct. Biol. 1, 584 (1994).
48. E. K. Bradley, J. F. Thomason, F. E. Cohen, P. A. Kosen, and I. D. Kuntz, J. Mol. Biol. 215, 607 (1990).
49. T. C. Terwilliger, L. Weissman, and D. Eisenberg, J. Biophys. 37, 353 (1982); J. Lauterwein, L. R. Brown, and K. Wuthrich, Biochim. Biophys. Acta 622, 219 (1980).
50. T. C. Terwilliger, L. Weissman, and D. Eisenberg, J. Biophys. 37, 353 (1982); J. Lauterwein, L. R. Brown, and K. Wuthrich, Biochim. Biophys. Acta 622, 219 (1980).
51. M. J. Rooman, J-P. A. Kocher, and S. J. Wodak, J. Mol. Biol. 221, 961 (1991); T. Head-Gordon and F. H. Stillinger, Biopolymers 27, 293 (1993).
52. M. J. Rooman, J-P. A. Kocher, and S. J. Wodak, J. Mol. Biol. 221, 961 (1991); T. Head-Gordon and F. H. Stillinger, Biopolymers 27, 293 (1993).
53. S. Vajda, J. Mol. Biol. 29, 125 (1993).
54. L. Wesson and D. Eisenberg, Protein Sci. 1, 227 (1992).
55. C. Francart, J.-M. Wieruszeski, A. Tartar, and G. Lippens, J. Am. Chem. Soc. 118, 7019 (1996).
56. B. F. Volkman and D. E. Wemmer, Biopolymers 41, 451 (1997).
57. Y. Kuroda, T. Nakai, and T. Ohkubo, J. Mol. Biol. 236, 862 (1994).
58. W. S. Price, G. L. Mendz, and R. E. Martenson, Biochemistry 27, 8990 (1988).
59. T. Kortemme, M. Ramirez-Alvarado, and L. Serrano, Science 281, 253 (1998).
60. M. Struthers, J. J. Ottesen, and B. Imperiali, Folding Des. 3, 95 (1998).
61. M. E. Noelken, P. J. Chang, and J. R. Kimmel, Biochemistry 19, 1838 (1980); I. Glover, I. Haneef, J. Pitts, S. Wood, D. Moss, I. Tickle, and T. Blundell, Biopolymers 22, 293 (1983).
62. M. E. Noelken, P. J. Chang, and J. R. Kimmel, Biochemistry 19, 1838 (1980); I. Glover, I. Haneef, J. Pitts, S. Wood, D. Moss, I. Tickle, and T. Blundell, Biopolymers 22, 293 (1983).
63. Z. Guo and C. L. Brooks III, Biopolymers 42, 745 (1997).
64. N. E. Zhou, C. M. Kay, and R. S. Hodges, J. Mol. Biol. 237, 500 (1994); C. V. Sindelar, Z. S. Hensch, and B. Tidor, Protein Sci. 7, 1898 (1998).
65. N. E. Zhou, C. M. Kay, and R. S. Hodges, J. Mol. Biol. 237, 500 (1994); C. V. Sindelar, Z. S. Hensch, and B. Tidor, Protein Sci. 7, 1898 (1998).
66. K. R. Shoemaker, P. S. Kim, D. N. Brems, S. Marqusee, E. York, I. M. Chaiken, J. M. Stewart, and R. L. Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 2349 (1985).
67. P. Derreumaux and G. Vergoten, J. Chem. Phys. 102, 8586 (1995).