Assembly of the 30S ribosomal subunit

Biopolymers

Volumn 68, Issue 2, 2003, Pages 234-249

  Culver, Gloria M ^a  

^a IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

30S subunit; Assembly; In vitro reconstitution; Ribosomes

Indexed keywords

ASSEMBLY; BIOSYNTHESIS; RNA;

RIBOSOMAL SUBUNITS;

CYTOLOGY;

NUCLEOTIDE DERIVATIVE; RIBONUCLEOPROTEIN; RNA;

ARTICLE; ASYMMETRIC SYNTHESIS; CYTOPLASM; MACROMOLECULE; PROKARYOSIS; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN SYNTHESIS; RIBOSOME SUBUNIT;

NUCLEIC ACID CONFORMATION; RIBOSOMES; RNA, RIBOSOMAL, 16S;

PROKARYOTA;

EID: 0037319895     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.10221     Document Type: Article

References (131)

1. Wittmann-Liebold, B. In Structure, Function and Genetics of Ribosomes; Hardesty, B.; Kramer, G., Eds.; Springer-Verlag: New York, 1986; pp 326-361.
2. Giri, L.; Hill, W. E.; Wittmann, H. G. Adv Protein Chem 1984, 36, 1-55.
3. Brosius, J.; Palmer, M. L.; Kennedy, P. J.; Noller, H. F. Proc Natl Acad Sci USA 1978, 75, 4801-4805.
4. Noller, H. F.; Woese, C. R. Science 1981, 212, 403-411.
5. Gutell, R. R.; Cannone, J. J.; Shang, Z.; Du, Y.; Serra, M. J. J Mol Biol. 2000, 304, 335-354.
6. Brimacombe, R. Eur J Biochem 1995, 230, 365-383.
7. Wimberly, B. T.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; Vonrhein, C.; Hartsch, T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 327-339.
8. Schluenzen, F.; Tocilj, A.; Zarivach, R.; Harms, J.; Gluehmann, M.; Janell, D.; Bashan, A.; Bartels, H.; Agmon, I.; Franceschi, F.; Yonath, A. Cell 2000, 102, 615-623.
9. Cate, J. H.; Yusupov, M. M.; Yusupova, G. Z.; Earnest, T. N.; Noller, H. F. Science 1999, 285, 2095-2104.
10. Agalarov, S. C.; Sridhar Prasad, G.; Funke, P. M.; Stout, C. D.; Williamson, J. R. Science 2000, 288, 107-113.
11. Nikulin, A.; Serganov, A.; Ennifar, E.; Tishchenko, S.; Nevskaya, N.; Shepard, W.; Portier, C.; Garber, M.; Ehresmann, B.; Ehresmann, C.; Nikonov, S.; Dumas, P. Nat Struct Biol 2000, 7, 273-277.
12. Yusupov, M. M.; Yusupova, G. Z.; Baucom, A.; Lieberman, K.; Earnest, T. N.; Cate, J. H.; Noller, H. F. Science 2001, 292, 883-896.
13. Frank, J.; Agrawal, R. K. Nature 2000, 406, 318-322.
14. Wriggers, W.; Agrawal, R. K.; Drew, D. L.; McCammon, A.; Frank, J. Biophys J 2000, 79, 1670-1678.
15. Carter, A.; Clemons, W.; Brodersen, D.; Morgan-Warren, R.; Wimberly, B.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 340-348.
16. Carter, A. P.; Clemons, W., Jr.; Brodersen, D. E.; Morgan-Warren, R. J.; Hartsch, T.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Science 2001, 291, 498-501.
17. Brodersen, D. E.; Clemons, W. M., Jr.; Carter, A. P.; Morgan-Warren, R. J.; Wimberly, B. T.; Ramakrishnan, V. Cell 2000, 103, 1143-1154.
18. Ogle, J. M.; Brodersen, D. E.; Clemons, W. M. J.; Tarry, M. J.; Carter, A. P; Ramakrishnan, V. Science 2001, 292, 897-902.
19. Pioletti, M.; Schlunzen, F.; Harms, J.; Zarivach, R.; Gluhmann, M.; Avila, H.; Bashan, A.; Bartels, H.; Auerbach, T.; Jacobi, C.; Hartsch, T.; Yonath, A.; Franceschi, F. EMBO J 2001, 20, 1829-1839.
20. Sengupta, J.; Agrawal, R. K.; Frank, J. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 11991-11996.
21. Yusupova, G. Z.; Yusupov, M. M.; Cate, J. H. D.; Noller, H. F. Cell 2001, 106, 233-241.
22. Cech, T. R.; Bass, B. L. Annu Rev Biochem 1986, 55, 599-629.
23. Noller, H. F.; Hoffarth, V.; Zimniak, L. Science 1992, 256, 1416-1419.
24. Samaha, R. R.; Green, R.; Noller, H. F. Nature 1995, 377, 309-314.
25. Kim, D. F.; Green, R. Mol Cell 1999, 4, 859-864.
26. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P.; Steitz, T. Science 2000, 289, 905-920.
27. Nissen, P.; Hansen, J.; Ban, N.; Moore, P.; Steitz, T. Science 2000, 289, 920-930.
28. Muth, G.; Ortoleva-Donnelly, L.; Strobel, S. Science 2000, 289, 947-950.
29. Lodmell, J. S.; Dahlberg, A. E. Science 1997, 277, 1262-1267.
30. Yoshizawa, S.; Fourmy, D.; Puglisi, J. Science 1999, 285, 1722-1725.
31. Stöffler, G.; Deusser, E.; Wittmann, H. G.; Apirion, D. Mol Gen Genet 1971, 111, 334-341.
32. Piepersberg, W.; Böck, A.; Wittmann, H. G. Mol Gen Genet 1975, 140, 91-100.
33. Andersson, D. I.; Andersson, G. E.; Kurland, C. G. Biochimie 1986, 68, 705-713.
34. Stern, S.; Powers, T.; Changchien, L. M.; Noller, H. F. Science 1989, 244, 783-790.
35. Traub, P; Nomura, M. Proc Natl Acad Sci USA 1968, 59, 777-784.
36. Mizushima, S.; Nomura, M. Nature 1970, 226, 1214-1218.
37. Held, W. A.; Mizushima, S.; Nomura, M. J Biol Chem 1973, 218, 5720-5730.
38. Kurland, C.; Voynow, P.; Hardy, S.; Randall, L.; Lutter, L. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1969, 34, 17-24.
39. Subramanian, A.; van Duin, J. Mol Gen Genet 1977, 158, 1-9.
40. Laughrea, M.; Moore, P. J Mol Biol 1977, 112, 399-421.
41. Krzyzosiak, W.; Denman, R.; Nurse, K.; Hellmann, W.; Boublik, M.; Gehrke, C. W.; Agris, P. F.; Ofengand, J. Biochemistry 1987, 26, 2353-2364.
42. Culver, G. M.; Noller, H. F. Methods Enzymol 2000, 318, 446-460.
43. Culver, G. M.; Newcomb, L. F.; Noller, H. F. Unpublished results.
44. Schaup, H. W.; Green, M.; Kurland, C. G. Mol Gen Genet 1971, 112, 1-8.
45. Held, W. A.; Ballou, B.; Mizushima, S.; Nomura, M. J Biol Chem 1974, 249, 3103-3111.
46. Capel, M. S.; Engelman, D. M.; Freeborn, B. R.; Kjeldgaard, M.; Langer, J. A.; Ramakrishnan, V.; Schindler, D. G.; Schneider, D. K.; Schoenborn, B. P.; Sillers, I. Y.; et al. Science 1987, 238, 1403-1406.
47. Green, M.; Kurland, C. Mol Biol Rep 1973, 1, 105-111.
48. Schaup, H.; M. G.; Kurland, C. Mol Gen Genet 1970, 109, 193-205.
49. Zimmermann, R. A.; Muto, A.; Fellner, P.; Ehresmann, C.; Branlant, C. Proc Natl Acad Sci USA 1972, 69, 1282-1286.
50. Garrett, R.; Rak, K.; Daya, L.; Stoffler, G. Mol Gen Genet 1972, 114, 112-124.
51. Schwarzbauer, J.; Craven, G. R. Nucleic Acids Res 1981, 9, 2223-2237.
52. Kaltschmidt, E.; Wittmann, H. G. Proc Natl Acad Sci USA 1970, 67, 1276-1282.
53. Stern, S.; Changchien, L.-M.; Craven, G. R.; Noller, H. F. J Mol Biol 1988, 200, 291-299.
54. Schwedler, G.; Albrecht-Ehrlich, R.; Rak, K.-H. Eur J Biochem 1993, 217, 361-369.
55. Powers, T.; Noller, H. F. RNA 1995, 1, 194-209.
56. Culver, G. M.; Noller, H. F. RNA 1998, 4, 1471-1480.
57. Lutter, L.; Bode, U.; Kurland, C.; Stoffler, G. Mol Gen Genet 1974, 129, 167-176.
58. Pohl, T.; Wittmann-Liebold, B. J Biol Chem 1988, 263, 4293-4301.
59. Schwarzbauer, J.; Craven, G. Nucleic Acid Res 1985, 13, 6767-6786.
60. Dijk, J.; Littlechild, J.; Garrett, R. A. FEBS Lett 1977, 77, 295-300.
61. Lambert, J. M.; Boileau, G.; Cover, J. A.; Traut, R. R. Biochemistry 1983, 22, 13-20.
62. Hajnsdorf, E.; Favre, A.; Expert-Bezancon, A. Nucleic Acids Res 1986, 14, 4009-4023.
63. Morgan, J.; Brimacombe, R. Eur J Biochem 1972, 29, 542-552.
64. Yuki, A.; Brimacombe, R. Eur J Biochem 1975, 56 23-34.
65. Zimmermann, R. A.; Muto, A.; Mackie, G. A. J Mol Biol 1974 86, 433-450.
66. Powers, T.; Stern, S.; Changchien, L. M.; Noller, H. F. J Mol Biol 1988, 201, 697-716.
67. Powers, T.; Changchien, L.; Craven, G.; Noller, H. J Mol Biol 1988, 200, 309-309.
68. Samaha, R. R.; O'Brien, B.; O'Brien, T. W.; Noller, H. F. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, pp. 7884-7888.
69. Held, W. A.; Nomura, M. Biochemistry 1973, 12, 3273-3281.
70. Powers, T.; Daubresse, G.; Noller, H. F. J Mol Biol 1993, 232, 362-374.
71. Nowotny, V.; Nierhaus, K. H. Biochemistry 1988, 27, 7051-7055.
72. Svensson, P.; Changchien, L. M.; Craven, G. R.; Noller, H. F. J Mol Biol 1988, 200, 301-308.
73. Nomura, M.; Mizushima, S.; Ozaki, M.; Traub, P.; Lowry, C. V. Cold Spring Harbor Symp Quant Biol 1969, 34, 49-61.
74. Held, W. A.; Nomura, M. J Biol Chem 1975, 250, 3179-3184.
75. Stem, S.; Wilson, R. C.; Noller, H. F. J Mol Biol 1986, 192, 101-110.
76. Stem, S.; Weiser, B.; Noller, H. F. J Mol Biol 1988, 204, 447-481.
77. Kirillov, S.; Makhno, V.; Peshin, N.; Semenkov, Y. Nucleic Acids Res 1978, 5, 4305-4315.
78. Ramakrishnan, V.; Graziano, V.; Capel, M. S. J Biol Chem 1986, 261, 15049-15052.
79. Agalarov, S. C.; Zheleznyakova, E. N.; Selivanova, O. M.; Zheleznaya, L. A.; Matvienko, N. I.; Vasiliev, V. D.; Spirin, A. S. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 999-1003.
80. Agalarov, S. C.; Selivanova, O. M.; Zheleznyakova, E. N.; Zheleznaya, L. A.; Matvienko, N. I.; Spirin, A. S. Eur J Biochem 1999, 266, 533-537.
81. Agalarov, S. C.; J. R. W. RNA 2000, 6, 402-408.
82. Traub, P.; Nomura, M. J Mol Biol 1969, 40, 391-413.
83. Tam, M. F.; Hill, W. E. Biochemistry 1981, 20, 6480-6484.
84. Lindahl, L. J Mol Biol 1975, 92, 15-37.
85. Nierhaus, K. H.; Bordasch, K.; Homann, H. E. J Mol Biol 1973, 74, 587-597.
86. Guthrie, C.; Nashimoto, H.; Nomura, M. Proc Natl Acad Sci USA 1969, 63, 384-391.
87. Nashimoto, H.; Held, W.; Kaltschmidt, E.; Nomura, M. J Mol Biol 1971, 62, 121-138.
88. Nashimoto, H.; Nomura, M. Proc Natl Acad Sci USA 1970, 67, 1440-1447.
89. Herzog, A.; Yaguchi, M.; Cabezon, T.; Corchuelo, M. C.; Petre, J.; Bollen, A. Mol Gen Genet 1979, 171, 15-22.
90. Hayes, F.; Schmitt, S. Eur J Biochem 1980, 107, 95-103.
91. Lewandowski, L. J.; Brownstein, B. L. Biochem Biophys Res Commun 1966, 25, 554-561.
92. Schmitt, S.; Hayes, F.; Reinbolt, J. Eur J Biochem 1980, 107, 87-94.
93. Bogdanov, A. A.; Zimmermann, R. A.; Wang, C. C.; Ford, N. C., Jr. Science 1978, 202, 999-1001.
94. Zimmermann, R. A.; Mackie, G. A.; Muto, A.; Garrett, R. A.; Ungewickell, E.; Ehresmann, C.; Stiegler, P.; Ebel, J. P.; Fellner, P. Nucleic Acids Res 1975, 2, 279-302.
95. Noller, H. F. Harvey Lect 1988, 84, 97-117.
96. Brimacombe, R. Biochimie 1991, 73, 927-936.
97. Muto, A.; Ehresmann, C.; Fellner, P.; Zimmermann, R. A. J Mol Biol 1974, 86, 411-432.
98. Changchien, L. M.; Craven, G. R. J Mol Biol 1978, 125, 43-56.
99. Changchien, L. M.; Craven, G. R. Biochemistry 1979, 18, 1275-1281.
100. Powers, T.; Noller, H. F. J Biol Chem 1995, 270, 1238-1242.
101. Anfinsen, C. Science 1973, 181, 223-230.
102. Ellis, R.; van der Vies, S.; Hemmingsen, S. Biochem Soc Symp 1989, 145-153.
103. Rothman, J. E. Cell 1989, 59, 591-6014.
104. Gething, M. J.; Sambrook, J. Nature 1992, 355, 3-45.
105. Hartl, F. Nature 1996, 381, 71-579.
106. Steitz, J. A.; Tycowski, K. T. Science 1995, 270, 626-1627.
107. Tollervey, D. Exp Cell Res 1996, 229, 226-232.
108. Venema, J.; Tollervey, D. Annu Rev Genet 1999, 33, 261-311.
109. Harnpicharnchai, P.; Jakovljevic, J.; Horsey, E.; Miles, T.; Roman, J.; Rout, M., Meagher, D.; Imai, B.; Guo, Y.; Brame, C. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Woolford, J. L. Mol Cell. 2001, 8, 505-515.
110. Dammel, C. S.; Noller, H. F. Genes Dev 1995, 9, 626-637.
111. Dammel, C. S.; Noller, H. F. Genes Dev 1993, 7, 660-670.
112. Jones, P. G.; Inouye, M. Mol Microbiol 1996, 21, 1207-1218.
113. Bylund, G. O.; Wipemo, L. C.; Lundberg, L. A.; Wikstrom, P. M. J Bacteriol 1998, 180, 73-82.
114. Markey, F.; Wild, D. G. Biochem J 1975, 151, 463-465.
115. Wireman, J. W.; Sypherd, P. S. Biochem Biophys Res Commun 1975, 66, 570-577.
116. Bylund, G. O.; Persson, B. C.; Lundberg, L. A.; Wikstrom, P. M. J Bacteriol 1997, 179, 4567-4574.
117. Toone, W. M.; Rudd, K. E.; Friesen, J. D. J Bacteriol 1991, 173, 3291-3302.
118. Tsu, C. A.; Uhlenbeck, O. C. Biochemistry 1998, 37, 16989-16996.
119. Tsu, C. A.; Kossen, K.; Uhlenbeck, O. C. RNA 2001, 7, 702-709.
120. Diges, C. M.; Uhlenbeck, O. C. EMBO J 2001, 20, 5503-5512.
121. Pardo, D.; Rosset, R. Mol Gen Genet 1977, 156, 267-271.
122. Pardo, D.; Rosset, R. Mol Gen Genet 1977, 153, 199-204.
123. Usary, J.; Champney, W. S. Mol Microbiol 2001, 40, 51-962.
124. Alix, J.-H.; Guerin, M.-F. Proc Natl Acad Sci USA 1993, 90, 9725-9729.
125. Sbai, M.; Alix, J. H. Mol Gen Genet 1998, 260, 199-206.
126. El Hage, A.; Sbai, M.; Alix, J. H. Mol Gen Genet 2001, 264, 796-808.
127. Ruggero, D.; Ciammaruconi, A.; Londei, P. EMBO J 1998, 17, 3471-3477.
128. Kanemori, M., Mori, H.; Yura, T. J Bacteriol 1994, 176, 4235-4242.
129. Houry, W. A.; Frishman, D.; Eckerskorn, C.; Lottspeich, F.; Hartl, F. U. Nature 1999, 402, 147-154.
130. Traub, P.; Nomura, M. Cold Spring Harbor Symp Quant Biol 1969, 34, 63-67.
131. Nomura, M. J. Supramol Struct 1974, 2, 163-165.