Hydrophobic effects and modeling of biophysical aqueous solution interfaces

Chemical Reviews

Volumn 102, Issue 8, 2002, Pages 2671-2692

  Pratt, Lawrence R ^a   Pohorille, Andrew ^b  

^a LOS ALAMOS NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b NASA AMES RESEARCH CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; SOLUTIONS; STATISTICAL MECHANICS; TEMPERATURE; VAN DER WAALS FORCES;

ELECTROSTATIC INTERACTIONS; HYDROPHOBIC EFFECTS; PEPTIDES; SOLVATION; VAPOR-LIQUID WATER INTERFACES; X RAY REFLECTIVITY;

INTERFACES (MATERIALS);

AMINO ACID; PEPTIDE; POLYLEUCINE; WATER;

CHEMISTRY; MEMBRANE; PROTEIN FOLDING; REVIEW; SURFACE PROPERTY;

AMINO ACIDS; MEMBRANES; PEPTIDES; PROTEIN FOLDING; SURFACE PROPERTIES; WATER;

EID: 0036667305     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr000692+     Document Type: Article

References (281)

1. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155.
2. Tanford, C. Protein Sci. 1997, 6, 1358-1366.
3. Tanford, C. Science 1978, 200, 1012-1018.
4. Pohorille, A.; Wilson, M. A. Origins Life Evol. Biosphere 1995, 25, 21-46.
5. Pohorille, A.; Chipot, C.; New, M.; Wilson, M. A. Molecular Modeling of Protocellular Functions. In Pacific Symposium on Biocomputing '96; Hunter, L., Klein, T., Eds.; World Scientific: Singapore, 1996.
6. Segre, D.; Lancet, D. EMBO Rep. 2000, 1, 217-222.
7. Blokzijl, W.; Engberts, J. B. F. N. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1993, 32, 1545-1579.
8. Pratt, L. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 409-436.
9. Israelachvili, J.; Adams, G. J. Chem. Soc., Faraday Trans. I 1978, 74, 975.
10. Parsegian, V.; Rand, R.; Rau, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3987-3992.
11. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155.
12. Franks, F. Water: A Comprehensive Treatise; Plenum: New York, 1973; Vol. 2, Chapter 1, pp 1-54.
13. Tanford, C. The Hydrophobic Effect: Formation of Micelles and Biological Membranes, 2nd ed.; John Wiley & Sons: New York, 1980.
14. Mirejovsky, D.; Arnett, E. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 1112-1117.
15. Muller, N. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 23-28.
16. Spolar, R. S.; Ha, J. H.; Record, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8382-8385.
17. Livingstone, J. R.; Spolar, R. S.; Record, M. T. Biochemistry 1991, 30, 4237-4244.
18. Urry, D. Trends Biotechnol. 1999, 249-257.
19. Li, B.; Alonso, D. O. V. Daggett, V. J. Mol. Biol. 2001, 305, 581-592.
20. Privalov, P. L. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1990, 25, 281-305.
21. Sterner, R.; Liebl, W. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2001, 36, 39-106.
22. Franks, F. Faraday Symp. Chem. Soc. 1982, 17, 7.
23. Kauzmann, W. Adv. Protein Chem. 1959, 14, 1-63.
24. Eisenberg, D.; Kauzmann, W. The Structure and Properties of Water; Oxford University Press: New York, 1969.
25. Robinson, G. W.; Zhu, S.-B.; Singh, S.; Evans, M. W. Water in Biology, Chemistry, and Physics; World Scientific: Singapore, 1996.
26. Rashin, A. A.; Bukatin, M. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 2942-2944.
27. Rashin, A. A. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1993, 60, 73-200.
28. Rashin, A. A.; Bukatin, M. A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 386-389.
29. Sitkoff, D.; Sharp, K.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988.
30. Marrone, T. J.; Gilson, M.; McCammon, J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1439-1441.
31. Sharp, K. A.; Nicholls, A.; Fine, R. F.; Honig, B. Science 1991, 252, 106-109.
32. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. Biophys. Chem. 1994, 51, 397-409.
33. Hodes, Z. I.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1979, 18, 1611-1634.
34. Kang, Y. K.; Nemethy, G.; Scherega, H. A. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4105-4109.
35. Eisenhaber, F. Perspect. Drug Discovery Des. 1999, 17, 27-42.
36. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.: Pratt, L. R. Chem. Phys. 2000, 258, 349-370.
37. Widom, B. J. Phys. Chem. 1982, 86, 869-872.
38. Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. Adv. Prot. Chem. 2002, 60, 283-310.
39. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8951-8955.
40. Pratt, L. R. Oil and Water Don't Mix. In CLS Division 1991 Annual Review; National Technical Information Service U.S. Department of Commerce: 5285 Port Royal Rd., Springfield, VA 22161, 1991.
41. Pratt, L. R.; Pohorille, A. Hydrophobic effects from cavity statistics. In Proceedings of the EBSA 1992 International Workshop on Water-Biomolecule Interactions; Palma, M. U., Palma-Vittorelli, M. B., Parak, F., Eds.; Societa Italiana de Fisica: Bologna, 1993.
42. Pohorille, A.; Wilson, M. A. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1993, 284, 271-298.
43. Siebert, X.; Hummer, G. Biochemistry 2002, 41, 2956-2961.
44. Garde, S.; Hummer G.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 4966-4968.
45. Pohorille, A.; Pratt, L. R. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5066-5074.
46. Pratt, L. R.; Pohorille, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 2995-2999.
47. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10469-10482.
48. Pohorille, A. Pol. J. Chem. 1998, 72, 1680-1690.
49. Richards, F. M. Sci. Am. 1991, 264, 54.
50. Lum, K.; Chandler, D.; Weeks, J. D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 4570-4577.
51. Muller, E.; Hung, F.; Gubbins, K. Langmuir 2000, 16, 5418-5424.
52. Cheng, Y.; Rossky, P. J. Nature 1998, 392, 696-699.
53. Cheng, Y.; Rossky, P. J. Biopolymers 1999, 50, 742-750.
54. Jonsson, B. Chem. Phys. Lett. 1981, 82, 520-525.
55. Christou, N. I.; Whitehouse, J. S.; Nicholson, D.; Parsonage, N. G. Faraday Symp. Chem. Soc. 1981, 139-149.
56. Sonnenschein, R.; Heinzinger, K. Chem. Phys. Lett. 1983, 102, 550-554.
57. Marchesi, M. Chem. Phys. Lett. 1983, 97, 224-230.
58. Barabino, G.; Gavotti, C.; Marchesi, M. Chem. Phys. Lett. 1984, 104, 478-484.
59. Lee, C. Y.; McCammon, J. A.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1984, 80, 4448-4455.
60. Aloisi, G.; Guidelli, R.; Jackson, R. A. Clark, S. M.; Barnes, P. J. Electroanal. Chem. 1986, 206, 131-137.
61. Luzar, A.; Bratko, D.; Blum, L. J. Chem. Phys. 1987, 86, 2955-2959.
62. Valleau, J. P.; Gardner, A. A. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4162-4170.
63. Wallqvist, A.; Berne, B. J. Chem. Phys. Lett. 1988, 145, 26-32.
64. Stillinger, F. H. J. Solution Chem. 1973, 2, 141-158.
65. Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1995, 99, 2885-2892.
66. Chau, P.; Forester, T.; Smith, W. Mol. Phys. 1996, 89, 1033-1055.
67. Ashbaugh, H. S.; Paulaitis, M. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10721-10728.
68. Pratt, L. R.; Haan, S. W. J. Chem. Phys. 1981, 74, 1864-1872.
69. Pratt, L. R.; Haan, S. W. J. Chem. Phys. 1981, 74, 1873-1876.
70. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E.; Berne, B. J.; Rick, S. W. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3017-3020.
71. Rossky, P. J.; Lee, S. H. Chem. Scr. 1989, 29A, 93-95.
72. Wallqvist, A. Chem. Phys. Lett. 1990, 165, 437-442.
73. Zhu, S. B.; Robinson, G. W. J. Chem. Phys. 1991, 94, 1403-1410.
74. Lee, S. H.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1994, 100, 3334-3345.
75. Shelley, J. C.; Patey, G. N. Mol. Phys. 1996, 88, 385-398.
76. Feller, S. E.; Pastor, R. W.; Rojnuckarin, A.; Bogusz, S.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011-17020.
77. Spohr, E. J. Chem. Phys. 1997, 106, 388-391.
78. Spohr, E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 6342-6348.
79. Sakurai, M.; Tamagawa, H.; Ariga, K.; Kunitake, T.; Inoue, Y. Chem. Phys. Lett. 1998, 289, 567-571.
80. Brodskaya, E.; Zakharov, V.; Laaksonen, A. Langmuir 2001, 17, 4443-4450.
81. Borstnik, B.; Janezic, D. J. Mol. Liq. 1991, 48, 293-301.
82. Vossen, M.; Forstmann, F. J. Chem. Phys. 1994, 101, 2379-2390.
83. Booth, M. J.; Duh, D. M.; Haynet, A. D. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 7925-7933.
84. Kinoshita, M.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1996, 104, 8807-8815.
85. Bratko, D.; Curtis, R. A.; Blanch, H. W.; Prausnitz, J. M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3873-3877.
86. Wallqvist, A.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6745-6753.
87. Galle, J.; Vörtler, H. L. Surf. Sci. 1999, 421, 33-43.
88. Galle, J.; Vörtler, H. L. Surf. Sci. 2001, 481, 39-53.
89. Berne, B. J.; Wallqvist, A. Chem. Scr. 1989, 29A, 85-91.
90. Zhu, S. B. Comp. Mater. Sci. 1995, 4, 191-197.
91. Hummer, G.; Garde, S.; Garcia, A. E.; Paulaitis, M. E.; Pratt, L. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1552-1555.
92. Kauzmann, W. Nature (London) 1987, 325, 763-764.
93. Wilson, M. A.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4873-4878.
94. Wilson, M. A.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. J. Chem. Phys. 1988, 88, 3281-3285.
95. Wilson, M. A.; Pohorille, A.; Pratt, L. R. J. Chem. Phys. 1989, 90, 5211-5213.
96. Pratt, L. R. J. Phys. Chem. 1992, 96, 25-33.
97. Yang, B.; Sullivan, D. E.; Tjipto-Margo, B.; Gray, C. G. J. Phys.: Condens. Matter 1991, 3, F109-F125.
98. Yang, B.; Sullivan, D. E.; Gray, C. G. J. Chem. Phys. 1991, 95, 7777-7777.
99. Matsumoto, M.; Kataoka, Y. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2398-2407.
100. Barraclough, C. G.; McTigue, P. T.; Ng, Y. L. J. Electroanal. Chem. 1992, 329, 9-24.
101. Lie, G. C.; Grigoras, S.; Dang, L. X.; Yang, D. Y.; McLean, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 99, 3933-3937.
102. Ashbaugh, H. S. Mol. Phys. 1999, 97, 433-437.
103. Hauttman, J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1992, 75, 379-395.
104. Clark, A. T.; Madden, T. J.; Warren, P. B. Mol. Phys. 1996, 87, 1063-1069.
105. Clark, A. T.; Madden, T. J.; Warren, P. B. Mol. Phys. 1997, 92, 947-947.
106. Liem, S. Y.; Clarke, J. H. R. Mol. Phys. 1997, 92, 19-25.
107. Grønbech-Jensen, N.; Hummer, G.; Beardmore, K. M. Mol. Phys. 1997, 92, 941-945.
108. Widmann, A. H.; Adolf, D. B. Comp. Phys. Commun. 1997, 107, 167-186.
109. Yeh, I. C.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3155-3162.
110. Grzybowski, A.; Gwozdz, E.; Brodka, A. Phys. Rev. B 2000, 61, 6706-6712.
111. Wong, K. Y.; Pettitt, B. M. Chem. Phys. Lett. 2000, 326, 193-198.
112. Kawata, M.; Mikami, M.; Nagashima, U. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4457-4462.
113. Kawata, M.; Nagashima, U. Chem. Phys. Lett. 2001, 340, 165-172.
114. Kawata, M.; Mikami, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 340, 157-164.
115. Juffer, A. H.; Shepherd, C. M.; Vogel, H. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1892-1905.
116. Mountain, R. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6556-6561.
117. Sokhan, V. P.; Tildesley, D. J. Mol. Phys. 1997, 92, 625-640.
118. Motakabbir, K. A.; Berkowitz, M. L. Chem. Phys. Lett. 1991, 176, 61-66.
119. Zhu, S. B.; Fillingim, T. G.; Robinson, G. W. J. Phys. Chem. 1991, 95, 1002-1006.
120. da Rocha, S. R. P.; Johnston, K. P.; Westacott, R. E.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12092-12104.
121. Vorholz, J.; Harismiadis, V. I.; Rumpf, B.; Panagiotopoulos, A. Z.; Maurer, G. Fluid Phase Equilib. 2000, 170, 203-234.
122. Vassilev, P.; Hartnig, C.; Koper, M. T. M.; Frechard, F.; van Santen, R. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9815-9820.
123. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271.
124. Guissani, Y.; Guillot, B. J. Chem. Phys. 1993, 98, 8221-8235.
125. Alejandre, J.; Tildesley D. J.; Chapela, G. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4574-4583.
126. dePablo, J. J.; Prausnitz, J. M. Fluid Phase Equilib. 1989, 53, 177-189.
127. dePablo, J. J.; Prausnitz, J. M.; Strauch, H. J.; Cummings, P. T. J. Chem. Phys. 1990, 93, 7355-7359.
128. Chen, B.; Xing, J. H.; Siepmann, J. I. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 2391-2401.
129. Svishchev, I. M.; Hayward, T. M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9034-9038.
130. Yoshii, N.; Miyauchi, R.; Miura, S.; Okazaki, S. Chem. Phys. Lett. 2000, 317, 414-420.
131. Mackie, A. D.; Hernandez-Cobos, J.; Vega, L. F. J. Chem. Phys. 1999, 111, 2103-2108.
132. Guillot, B.; Guissani, Y. J. Chem. Phys. 1998, 108, 10162-10174.
133. Bresme, F. J. Chem. Phys. 2001, 115, 7564-7574.
134. Benjamin, I. Chem. Rev. 1996, 96, 1449-1475.
135. Benjamin, I. Annu. Rev. Phys. Chem. 1997, 48, 407-451.
136. Linse, P. J. Chem. Phys. 1987, 86, 4177-4187.
137. Benjamin, I. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1432.
138. Carpenter, I. L.; Hehre, W. J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 531-536.
139. Weeks, J. D. J. Chem. Phys. 1977, 67, 3106-3121.
140. van Buuren, A. R.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1993, 97, 9206-9212.
141. Michael, D.; Benjamin, I. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1530-1536.
142. Zhang, Y. H.; Feller, S. E.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1995, 103, 10252-10266.
143. Chang, T.; Dang, L. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6772-6783.
144. Senapati, S.; Berkowitz, M. L. Phys. Rev. Lett. 2001, 87, 6101-+.
145. Eisenthal, K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 627-661.
146. Eisenthal, K. Acc. Chem. Res. 1993, 26, 636-643.
147. Eisenthal, K. Chem. Rev. 1996, 96, 1343-1360.
148. Miranda, P.; Shen, Y. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3292-3307.
149. Gragson, D. E.; Richmond, G. L. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3847-3861.
150. Shen, Y. R. Vibrational Spectroscopy for Water at Interfaces. In Water in Biomaterials Surface Science; Morra, M., Ed.; John Wiley & Sons. LTD.: New York, 2001.
151. Richmond, G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 357-389.
152. Richmond, G. Chem. Rev. 2002, 102, 2693-2724.
153. Benjamin, I. Phys. Rev. Lett. 1994, 73, 2083-2086.
154. Sokhan, V. P.; Tildesley, D. J. Faraday Discuss. 1996, 104, 193-208.
155. Morita, A.; Hynes, J. Chem. Phys. 2000, 258, 371-390.
156. Conboy, J. C.; Daschbach, J. L.; Richmond, G. L. Appl. Phys. A: Solids Surf. 1994, 59, 623-629.
157. Gragson; D. E.; Richmond, G. L. Langmuir 1997, 13, 4804-4806.
158. Scatena, L. F.; Brown, M. G.; Richmond, G. L. Science 2001, 292, 908-912.
159. Watry, M.; Brown, M.; Richmond, G. Appl. Spectrosc. 2001, 55, 321A-340A
160. Scatena, L. F.; Richmond, G. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11240-11250.
161. Tikhonov, A.; Mitrinovic, D.; Li, M.; Huang, Z.; Schlossman, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6336-6339.
162. Mitrinovic, D. M.; Tikhonov, A. M.; Li, M.; Huang, Z. Q.; Schlossman, M. L. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 582-585.
163. Wilson, M. A.; Pohorille, A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1490-1501.
164. Venable, R.; Zhang, Y.; Hardy, B.; Pastor, R. Science 1993, 262, 223-226.
165. Stouch, T. R. Mol. Simul. 1993, 14, 335.
166. Damodaran, K. V.; Merz, Jr., K. M. Biophys. J. 1994, 66, 1076-1087
167. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L. Langmuir 1995, 11, 4519-4531.
168. Tu, K.; Tobias, D. J.; Blasie, J. K.; Klein, M. L. Biophys. J. 1996, 70, 595-608.
169. Cascales, J. J. L.; delaTorre, J. G.; Marrink, S. J.; Borendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2713-2720.
170. Feller, S. E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1997, 13, 6555-6561.
171. Feller, S.; Yin, D.; Pastor, R.; MacKerell, A. Biophys. J. 1997, 73, 2269-2279.
172. Scott, H. L.; Jakobsson, E.; Subramanian, S. Comput. Phys. 1998, 12, 328-334.
173. Armen, R. S.; Uitto, O. D.; Feller, S. E. Biophys. J. 1998, 75, 734-744.
174. Chiu, S. W.; Clark, M. M.; Jakobsson, E.; Subramanian, S.; Scott, H. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1153-1164.
175. Essmann, U.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 76, 2081-2089.
176. Feller, S. E.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1281-1287.
177. Feller, S. E.; Huster, D.; Gawrisch, K. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8963-8964.
178. Venable, R. M.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 4822-4832.
179. Lindahi, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2000, 79, 426-433.
180. Chiu, S. W.; Jakobson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2001, 80, 1104-1114.
181. Tarek, M.; Tobias, D.; Chen, S.; Klein, M. Phys. Rev. Lett. 2001, 8723, 8101-+.
182. Saiz, L.; Klein, M. Biophys. J. 2001, 81, 204-216.
183. Murzyn, K.; Rog, T.; Jezierski, G.; Takaoka, Y.; Pasenkiewicz-Gierula, M. Biophys. J. 2001, 81, 170-183.
184. Mashl, R.; Scott, H.; Subramaniam, S.; Jakobson, E. Biophys. J. 2001, 81, 3005-3015.
185. Feller, S.; Gawrisch, K.; MacKerell, A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 318-326.
186. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 1999, 77, 2075-2089.
187. Smondyrev, A: M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2000, 78, 1672-1680.
188. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2001, 80, 1649-1658.
189. Smondyrev, A.; Berkowitz, M. Chem. Phys. Lipids 2001, 112, 31-39.
190. Schneider, M. J.; Feller, S. E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 1331-1337.
191. Merz, K. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 511-517.
192. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. Biochim. Biophys. Acta Rev. Biomembr. 1997, 1331, 235-270.
193. Forrest, L.; Sansom, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 174-181.
194. Feller, S. E. Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 2000, 5, 217-223.
195. Nagle, J.; TristramNagle, S. Biochim. Biophys. Acta Rev. Biomembr. 2000, 1469, 159-195.
196. Hristova, K.; White, S. Biophys. J. 1998, 74, 2419-2433.
197. Feller, S.; Pastor, R. Biophys. J. 1996, 71, 1350-1355.
198. Marrink, S. J.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6122-6127.
199. Pohorille, A.; Benjamin, I. J. Phys. Chem. 1993, 97, 2664-2670.
200. Pohorille, A.; Wilson, M. A. J. Chem. Phys. 1996, 104, 3760-3773.
201. Pohorille, A.; Cieplak, P.; Wilson, M. A. Chem. Phys. 1996, 204, 337-345.
202. Chipot, C.; Wilson, M. A.; Pohorille, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 782-791.
203. Pohorille, A.; New, M. H.; Schweighofer, K.; Wilson, M. A. Computer simulations of small molecules in membranes. In Membrane Permeability: 100 years since Ernst Overton; Deamer, D., Ed.; Current Topics in Membranes; Academic Press: San Diego, 1999.
204. Pohorille, A.; Wilson, M. A.; Schweighofer, K. Electrostatic Properties of Aqueous Interfaces Probed by Small Solutes. In Simulation and Theory of Electrostatic Interactions in Solution; Pratt, L., Hummer, G., Eds.; AIP: New York, 1999.
205. Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16729-16738.
206. Xiang, T. X.; Anderson, B. D. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1807-1818.
207. Jedlovszky, P.; Mezei, M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5125-5131.
208. Bassolino-Klimas, D.; Alper, H. E.; Stouch, T. R. Biochemistry 1993, 32, 12624-12637.
209. Bassolino-Klimas, D.; Alper, H. E.; Stouch, T. R. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4118-4129.
210. Koubi, L.; Tarek, M.; Bandyopadhyay, S.; Klein, M. L.; Scharf, D. Biophys. J. 2001, 81, 3339-3345.
211. Pierotti, R. A. Chem. Rev. 1976, 76, 717-726.
212. Widom, B. J. Chem. Phys. 1963, 39, 2808-2812.
213. Benjamin, I. J. Chem. Phys. 1992, 96, 577-585.
214. Pohorille, A.; Wilson, M. A.; Chipot, C. Prog. Colloid Polym. Sci. 1997, 103, 29-40.
215. Tu, K. C.; Tarek, M.; Klein, M. L.; Scharf, D. Biophys. J. 1998, 75, 2123-2134.
216. Koubi, L.; Tarek, M.; Klein, M. L.; Scharf, D. Biophys. J. 2000, 78, 800-811.
217. Diaz, M. D.; Fioroni, M.; Burger, K.; Berger, S. Chem.-Eur. J. 2002, 8, 1663-1669.
218. Pohorille, A.; Wilson, M. A.; New, M. H.; Chipot, C. Toxicol. Lett. 1998, 100-101, 421-430.
219. Cantor, R. S. Biochemistry 1997, 36, 2339-2344.
220. Cantor, R. S. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 1723-1725.
221. Cantor, R. S. Biophys. J. 1999, 76, 2625-2639
222. Cantor, R. S. Biophys. J. 1999, 77, 2643-2647
223. Cantor, R. S. Chem. Phys. Lipids 1999, 101, 45-56.
224. Qin, Z. H.; Szabo, G.; Cafiso, D. S. Biochemistry 1995, 34, 5536-5543.
225. Cafiso, D. S. Toxicol. Lett. 1998, 101, 431-439.
226. North, C.; Caliso, D. S. Biophys. J. 1997, 72, 1754-1761.
227. Tang, P.; Yan, B.; Xu, Y. Biophys. J. 1997, 72, 1676-1682.
228. Baber, J.; Ellena, J. F.; Cafiso, D. S. Biochemistry 1995, 34, 6533-6539.
229. Xu, Y.; Tang, P. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1323, 154-162.
230. Barry, J. A.; Gawrisch, K. Biochemistry 1994, 33, 8082-8088.
231. Chipot, C.; Pohorille, A. J. Phys. Chem. B 1997, 102, 281-290.
232. Pohorille, A.; Wilson, M. A. Interaction of a Model Peptide with a Water-Bilayer System. In Structure and Reactivity in Aqueous Solution: Characterization of Chemical and Biological Systems; Cramer, C., Truhlar, D., Eds.; ACS Symposium Series 568; American Chemical Society; Washington, D.C., 1994.
233. Chipot, C.; Pohorille, A. J. MAol. Struct. (THEOCHEM) 1997, 398, 529-535.
234. Petty, H. R. Molecular Biology of Membrane Structure and Function; Plenum Press: New York, 1993.
235. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 881-922.
236. Von Heijne, G. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 167.
237. Tamm, L. Biochim. Biophys. Acta 1991, 1071, 123-148.
238. Kaiser, E. T.; Kezdy, F. J. Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1987, 16, 561-581.
239. Watts, A. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1376, 297-318.
240. Johansson, J.; Szyperski, T.; Curstedt, T.; Wfithrich, K. Biochemistry 1994, 33, 6015.
241. Terzi, E.; Hdlzemann, G.; Seelig, J. J. Mol. Biol. 1995, 252, 633.
242. Gazit, E.; Miller, I. R.; Biggin, P. C.; Sansomr, M. S. P.; Shai, Y. J. Mol. Biol. 1996, 258, 860-870.
243. Cafiso, D. S. Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 141-165.
244. Dempsey, C. E. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1031, 143-161.
245. Wu, Y.; He, K.; Ludtke, S. J.; Huang, H. W. Biophys. J. 1995, 68, 2361-2369.
246. Biggin, P. C.; Sansom, M. S. P. Biophys. Chem. 1996, 60, 99-110.
247. Lear, J. D.; Schneider, J. P. Kienker, P. K.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3212-3217.
248. Damodaran, K. V.; Merz, Jr., K. M.; Gaber, B. P. Biophys. J. 1995, 69, 1299-1308.
249. Damodaran, K. V.; Merz, Jr., K. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6561-6571.
250. Huang, P.; Loew, G. H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1995, 12, 937-956.
251. Chipot, C.; Phorille, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11912-11924.
252. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2001, 80, 331-346.
253. Chipot, C.; Maigret, B.; Pohorille, A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999, 36, 383-399.
254. Ishiguro, R.; Kimura, N.; Takahashi, S. Biochemistry 1993, 32, 9792-9797.
255. Bechinger, B.; Zasloff, M.; Opella, S. J. Protein Sci. 1993, 2, 2077-2084.
256. Flach, C. R.; Brauner, J. W.; Taylor, J. W.; Baldwin, R. C.; Mendelsohn, R. Biophys. J. 1994, 67, 402-410.
257. Blondelle, S. E.; Ostreh, J. M.; Houghten, R. A.; Perez-Paya, E. Biophys. J. 1995, 68, 351-359.
258. Cornut, I.; Desbat, B.; Turlet, J. M.; Dufourcq, J. Biophys. J. 1996, 70, 305-312.
259. DeGrado, W. F.; Lear, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7684-7689.
260. Chung, L. A.; D., L. J.; DeGrado, W. F. Biochemistry 1992, 31, 6608-6616.
261. Zangi, R.; DeVocht, M. L.; Robillard, G. T.; Mark, A. E. Biophys. J. 2002, in press.
262. Wymore, T.; Wong, T. C. Biophys. J. 1999, 76, 1199-1212.
263. Keire, D. A.; Fletcher, T. G. Biophys. J. 1996, 70, 1716-1727.
264. Bradshaw, J. P.; Davies, S. M. A.; Hauss, T. Biophys J. 1998, 75, 889-895.
265. Prevost, M.; Ortmans, I. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7080-7086.
266. Shen, L.; Bassolino-Klimas, D.; Stouch, T. R. Biophys. J. 1997, 73, 3-20.
267. Bernßche, S.; Nina, M.; Roux, B. Biophys. J. 1998, 75, 1603-1618.
268. Ben-Tal, N.; Ben-Shaul, A.; Nicholls, A.; Honig, B. Biophys. J. 1996, 70, 1803-1812.
269. Gao, X. F.; Wong, T. C. Biopolymers 2001, 58, 643-659.
270. Engelman, D.; Steitz, T. A. Cell 1981, 23, 411-422.
271. Popot, J. L.; Gerchman, S. E.; Engelman, D. M. J. Mol. Biol. 1987, 198, 655-676.
272. Popot, J. L.; Engelman, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4031-4037.
273. Jacobs, R. E.; White, S. H. Biochemistry 1989, 28, 3421-3437.
274. Sankararamakrishnan, R.; Weinstein, H. Biophys. J. 2000, 79, 2331-2344.
275. Dalbey, R. E.; Kuhn, A.; Von Heijne, G. Trends Cell Biol. 1995, 5, 380-383.
276. Duong, T.; Mehler, E.; Weinstein, H. J. Comput. Phys. 1999, 151, 358-387.
277. Segrest, J. P.; DeLoof, H.; Dohlman, J. G.; Brouillette, C.; Anantharamaiah, G. Proteins: Struct,. Funct., Genet. 1990, 8, 103-117.
278. Beckstein, O.; Biggin, P. C.; Sansom, M. S. P. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12902-12905.
279. Hummer, G.; Rasaiah, J. C.; Noworyta, J. P. Nature 2001, 414, 188-190.
280. Walther, J. H.; Jaffe, R.; Halicioglu, T.; Koumoutsakos, P. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9980-9987.
281. Werder, T.; Walther, J. H.; Jaffe, R. L.; Halicioglu, T.; Noca, F.; Koumoutsakos, P. Nano Lett. 2001, 1, 697-702.