Radical cation transport and reaction in RNA/DNA hybrid duplexes: Effect of global structure on reactivity

Journal of the American Chemical Society

Volumn 121, Issue 48, 1999, Pages 11027-11033

  Sartor, Valerie ^a   Henderson, Paul T ^a   Schuster, Gary B ^a  

^a GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTHRAQUINONE; DOUBLE STRANDED DNA;

ARTICLE; DNA CLEAVAGE; DNA RNA HYBRIDIZATION; ELECTRON TRANSPORT; ION TRANSPORT; NUCLEIC ACID STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS; X RAY ANALYSIS;

EID: 0033537048     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9925406     Document Type: Article

References (71)

1. Holmlin, E. R.; Dandliker, P. J.; Barton, J. K. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 2715-2730.
2. Beratan, D. N.; Priyadarshy, S.; Risser, S. M. Chem. Biol. 1997, 4, 3-8.
3. Steenken, S. Biol. Chem. 1997, 378, 1293-1297.
4. Diederichsen, U. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 2317-2319.
5. Jortner, J.; Bixon, M.; Langenbacher, T.; Michel-Beyerle, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 12759-12765.
6. Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Biol. Inorg. Chem. 1998, 3, 201-209.
7. Ratner, M. Nature 1999, 397, 480-481.
8. Nunez, M.; Hall, D. B.; Barton, J. K. Chem. Biol. 1999, 6, 85-97.
9. Henderson, P. T.; Jones, D.; Hampikian, G.; Kan, Y.; Schuster, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 8353-8358.
10. Ly, D.; Sanii, L.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9400-9410.
11. Wan, C.; Fiebig, T.; Kelly, S. O.; Treadway, C. R.; Barton, J. K.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6014-6019.
12. Okahata, Y.; Kobayashi, T.; Tanaka, K.; Shimomura, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6165-6166.
13. Fink, H. W.; Schonenberger, C. Nature 1999, 398, 407-410.
14. Demple, B.; Harrison, L. Annu. Rev. Biochem. 1994, 63, 915-948.
15. Loft, S.; Poulsen, H. E. J. Mol. Med. 1996, 74, 297-312.
16. Cadet, J. DNA Adducts: Identification and Significance; Hemminiki, K., Dipple, A., Shiker, D. E., Kadlubar, F. F., Segerback, D. and Bartsch, H., Ed.; IARC: Lyon, France, 1994.
17. Stein, C. A.; Cheng, Y.-C. Science 1993, 261, 1004-1021.
18. Egli, M.; Usman, N.; Zhang, S.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 1992, 89, 534-548.
19. Egli, M.; Usman, N.; Rich, A. Biochemistry 1993, 32, 3221-3237.
20. Gyi, J. I.; Conn, G. L.; Lane, A. N.; Brown, T. Biochemistry 1996, 35, 12538-12548.
21. Gyi, J. I.; Lane, A. N.; Conn, G. L.; Brown, T. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 3104-3110.
22. Lesnik, E. A.; Freier, S. M. Biochemistry 1995, 34, 10807-10815.
23. Wang, A. H.-J.; Fujii, S.; van Boom, J. H.; van der Marel, G. A.; Boeckel, S. A. A.; Rich, A. Nature 1992, 299, 601-604.
24. Fedoroff, O. Y.; Salazar, M.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1993, 233, 509-523.
25. Conn, G.; Brown, T.; Leonard, G. A. Nucleic Acids. Res. 1999, 27, 555-561.
26. Ban, C.; Ramakrishnan, B.; Sundaralingam J. Mol. Biol. 1994, 236, 275-285.
27. Jaishree, T. H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H. Biochemistry 1993, 30, 10606-10613.
28. Zhu, L.; Salazar, M.; Reid, B. R. Biochemistry 1995, 34, 2372-2380.
29. Nishizaki, T.; Iwai, S.; Ohkubo, T.; Kojima, C.; Nakamura, H.; Kyogoku, Y.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1996, 35, 4016-4025.
30. Gasper, S. M.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12762-12771.
31. Guckian, K. M.; Schweitzer, B. A.; Ren, R., X.-F.; Sheils, C. J.; Paris, P. L.; Tahmassebi, D. C.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8182-8183.
32. Gasper, S. M.; Armitage, B.; Hu, G. G.; Shui, X.; Yu, C.; Williams, L. D.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12402-12409.
33. Ito, K.; Inoue, S.; Yamamoto, K.; Kawanishi, S. J. Biol. Chem. 1993, 268, 13221-13227.
34. Saito, I.; Takayama, M.; Sugiyama, H.; Nakatani, K.; Tsuchida, A.; Yamamoto, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6406-6407.
35. Hall, D. B.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Nature 1996, 382, 731-735.
36. Armitage, B. A.; Yu, C.; Devadoss, C.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9847-9859.
37. Ratmeyer, L.; Vinayak, R.; Zhong, Y. Y.; Zon, G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1994, 33, 5298-5304.
38. Ivanov, V. I.; Minchenkova, L. E.; Schyolkina, A. K.; Poletayev, A. I. Biopolymers 1973, 12, 89-110.
39. Gray, D. M.; Hung, S.-H.; Johnson, K. H. Methods Enzymol. 1995, 246, 19-36.
40. Wells, B. D.; Yang, J. T. Biochemistry 1974, 13, 1317-1321.
41. Hwung, S.-H.; Yu, Q.; Gray, D. M.; Ratliff, R. L. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 4326-4334.
42. The autoradiogram of the gel showing the temperature dependence is included as Supporting Information to this paper.
43. Schoenberg, D. R.; Cunningham, K. S. Methods 1999, 17, 60-73.
44. Blazek, E. R.; Peak, J. G.; Peak, M. J. Photochem. Photobiol. 1989, 49, 607-613.
45. Floyd, R. A.; West, M. S.; Eneff, K. L.; Schneider, J. E. Archiv. Biochem. Biophys. 1989, 273, 106-111.
46. Devasagayam, T. P. A.; Steenken, S.; Obendorf, M. S. W.; Schulz, W. A.; Sies, H. Biochemistry 1991, 30, 6283-6289.
47. Bohr, V. A.; Dianov, G. L. Biochimie 1999, 81, 155-160.
48. Teoule, R. Int. J. Radiat. Biol. 1987, 51, 573-589.
49. Candeias, L. P.; Steenken, S. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2437-2440.
50. Stemp, E. D. A.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Nature 1996, 382, 731-735.
51. Giese, B.; Dussy, A.; Meggers, E.; Petretta, M.; Schwitter, U. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 11130-11131.
52. Gugger, A.; Batra, R.; Rzadek, P.; Rist, G.; Giese, B. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8740-8741.
53. Pogozelski, W. K.; Xapsos, M. A.; Blakely, W. F. Radiat. Res. 1999, 151, 442-448.
54. Meggers, E.; Michel-Beyerle, M. E.; Giese, B. J. Am Chem. Soc. 1998, 120, 12950-12955.
55. Loeff, I.; Rabani, J.; Treinin, A.; Linschitz, H. J. Am. Chem Soc. 1993, 115, 8933-8942.
56. Breslin, D. T.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2311-2319.
57. Wilson, W. D.; Ratmeyer, L.; Zhao, L.; Strekowski, L.; Boykin, D. Biochemistry 1993, 32, 4098-4104.
58. Ly, D.; Kan, Y.; Armitage, B.; Schuster, G. B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8747-8748.
59. Sriram, M.; Wang, A. H.-J. In Structure of DNA and RNA; Hecht, S. M., Ed.; Oxford University Press: New York, 1996; pp 105-143.
60. Selsing, E.; Wells, R. D.; Alden, C. J.; Arnott, S. J. Biol. Chem. 1979, 254, 5417-5422.
61. Kasai, H.; Yamaizumi, Z.; Berger, M.; Cadet, J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9692-9694.
62. Burrows, C. J.; Muller, J. G. Chem. Rev. 1998, 98, 1109-1154.
63. Gueron, M.; Leroy, J.-L. Methods in Enzymol. 1995, 261, 383-413.
64. Mirau, P. A.; Kearns, D. R. J. Mol Biol. 1984, 177, 207-227.
65. Kappen, L. S.; Goldberg, I. H. Biochemistry 1995, 34, 4.
66. Lim, A. C.; Barton, J. K. Biochemistry 1993, 32, 11029-11034.
67. Neyhart, G. A.; Cheng, C.-C.; Thorp, H. H. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1463-1471.
68. Hecht, S. M. Bioconjugate Chem. 1994, 5, 513-526.
69. Muller, J. G.; Rokita, S. E.; Burrows, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2320-2325.
70. Burgstaller, P.; Hermann, T.; Huber, C.; Westhof, E.; Famulok, M. Nucleic Acids Res. 1997, 25.
71. Burgstaller, P.; Famulok, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1137-1138.