Solution structure of a metallointercalator bound site specifically to DNA

Journal of the American Chemical Society

Volumn 120, Issue 28, 1998, Pages 6877-6888

  Hudson, Brian P ^a   Barton, Jacqueline K ^a  

^a California Institute of Technology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INTERCALATING AGENT;

ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; DNA BINDING; DNA HELIX; HYDROGEN BOND; INTERCALATION COMPLEX; METAL BINDING; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 0032558146     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja974134x     Document Type: Article

References (81)

1. Hudson, B. P.; Dupureur, C. M.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9379.
2. (a) Murphy, C. J.; Barton, J. K. Methods Enzymol. 1993, 226, 576.
3. (b) Friedman, A. E.; Chambron, J. C.; Sauvage, J. P.; Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 4960.
4. (c) Stoeffler, H. D.; Thornton, N. B.; Temkin, S. L.; Schanze, K. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7119.
5. (d) Yam, V. W.-W.; Lo, K. K.-W.; Cheung, K.-K.; R. Y.-C. Kong, J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1995, 1191.
6. (a) Chow, C. S.; Barton, J. K. Methods Enzymol. 1992, 212, 219.
7. (b) Chow, C. S.; Hartmann, K. M.; Rawlings, S. L.; Huber, P. W.; Barton, J. K. Biochemistry 1992, 31, 3534.
8. (c) Chow, C. S.; Behlen, L. S.; Uhlenbeck, O, C.; Barton, J. K. Biochemistry 1992, 31, 972.
9. (d) Lim, A. C.; Barton, J. K. Biochemistry 1993, 32, 11029.
10. Uchida, K.; Pyle, A. M.; Morii, T.; Barton, J. K. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 10259.
11. (a) Gupta, N.; Grover, N.; Neyhart, G. A.; Singh, P.; Thorp, H. H. Inorg. Chem. 1993, 32, 310.
12. (b) Welch, T. W.; Corbett, A. H.; Thorp, H. H. J. Phys. Chem. 1995, 99, 7.
13. Jackson, B. A.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12986.
14. Dandliker, P. J.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Science 1997, 275, 1465.
15. (a) Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Ghatlia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 5315.
16. (b) Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatlia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
17. (c) Arkin, M. R.; Stemp, E. D. A.; Turro, C.; Turro, N. J.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2267.
18. (d) Arkin, M. R.; Stemp, E. D. A.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K.; Hörmann, A.; Olson, E. J. C.; Barbara, P. F. Science 1996, 273, 475.
19. (e) Hall, D. B.; Holmlin, R. E.; Barton, J. K. Nature 1996, 382, 731.
20. (f) Hall, D. B.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5045.
21. (g) Arkin, M. R.; Stemp, E. D. A.; Pulver, S. C.; Barton, J. K. Chem. Biol. 1997, 4, 389.
22. Holmlin R. E.; Dandliker, P. J.: Barton, J. K. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1997, 36, 2714.
23. Fitzsimons, M. P.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3379.
24. Greguric, I.; Aldrich-Wright, J. R.; Collins, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3621.
25. (a) Collins, J. G.; Shields, T. P.; Barton, J. K. J Am. Chem. Soc. 1994, 116, 9840.
26. (b) David, S. S.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2984.
27. (c) Dupureur, C. M.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 10286.
28. (d) Dupureur, C. M.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 1997, 36, 33.
29. Shields, T. P.; Barton, J. K. Biochemistry 1995, 34, 15049.
30. Barton, J. K. Science 1986, 233, 727.
31. Sitlani, A.; Long, E. C.; Pyle, A. M.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 2303.
32. (a) Sitlani, A.; Barton, J. K. Biochemistry 1994, 33, 12100.
33. (b) Krotz, A. H.; Kuo, L. Y.; Shields, T. P.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 3877.
34. Terbrueggen, R. H.; Barton, J. K. Biochemistry 1995, 34, 8227.
35. Shields, T. P.; Barton, J. K. Biochemistry 1995, 34, 15037.
36. Krotz, A. H.; Hudson, B. P.; Barton, J. K. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 12577.
37. Krotz, A. H.; Barton, J. K. Inorg. Chem. 1994, 33, 1940.
38. Caruthers, M. H.; Barone, A. D.; Beaucage, S. L.; Dodds, D. R.; Fisher, E. F.; McBride, L. J.; Matteucci, M.; Stabinsky, Z.; Tang, J.-Y. Methods Enzymol. 1987, 154, 287.
39. Borgias, B. A.; James, T. L. J. Magn. Reson. 1988, 79, 493.
40. Zhang, X.; Patel, D. J. Biochemistry 1990, 29, 9451.
41. (a) Griesinger, C.; Sørensen, O. W.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 6394.
42. (b) Griesinger, C.; Sørensen, O. W.; Ernst, R. R. J. Magn. Reson. 1987, 75, 474.
43. Wüthrich, K. NMR of Proteins and Nucleic Acids; Wiley: New York, 1986.
44. Karplus, M. J. Chem. Phys. 1959, 30, 11.
45. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
46. Veal, J. M.; Wilson, W. D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1991, 8, 1119.
47. (a) Babcock, M. S.; Olson, W. K. Computation of Biomolecular Structures: Achievements, Problems, and Perspectives; Soumpasis, D. M., Jovin, T. M., Eds.; Springer-Verlag: Heidelberg, 1993; pp 65-85.
48. (b) Babcock, M. S.; Pednault, E. P. D.; Olson, W. K. J. Biomol. Struct. Dyn. 1993, 11, 597.
49. (c) Babcock, M. S.; Pednault, E. P. D.; Olson, W. K. J. Mol. Biol. 1994, 237, 125.
50. Lipscomb, L. A.; Zhou, F. X.; Presnell, S. R.; Woo, R. J.; Peek, M. E.; Plaskon, R. R.; Williams, L. D. Biochemistry 1996, 35, 2818.
51. (a) Klimasauskas, S.; Kumar, S.; Roberts, R. J.; Cheng, X. Cell 1994, 76, 357.
52. (b) Reinisch, K. M.; Chen, L.; Verdine, G. L.; Lipscomb, W. N. Cell 1995, 82, 143.
53. Sobell, H. M. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1973, 13, 153.
54. Neidel, S.; Berman, H. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1983, 41, 43.
55. Hunter, C. A. J. Mol. Biol. 1993, 230, 1025.
56. Peek, M. E.; Lipscomb, L. A.; Bertrand, J. A.; Gao, Q.; Roques, B. P.; Garbay-Jaureguiberry, C.; Williams, L. D. Biochemistry 1994, 33, 3794.
57. (a) Patel, D. J.; Shen, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 2553.
58. (b) Feigon, J.; Denny, W. A.; Leupin, W.; Kearns, D. R. J. Med. Chem. 1984, 27, 450.
59. (c) Searle, M. S. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1993, 25, 403.
60. Wagner, G.; Pardi, A.; Wüthrich, K. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 5948.
61. (a) Kumar, R. A.; Ikemoto, N.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1997, 265, 173.
62. (b) Vanderwall, D. E.; Lui, S. M.; Wu, W.; Turner, C. J.; Kozarich, J. W.; Stubbe, J. Chem. Biol. 1997, 4, 373.
63. (c) Wu, W.; Vanderwall, D. E.; Turner, C. J.; Kozarich, J. W.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc: 1996, 118, 1281.
64. (d) Pavlopoulos, S.; Bicknell, W.; Craik, D. J.; Wickham, G. Biochemistry 1996, 35, 9314.
65. (e) Lian, C.; Robinson, H.; Wang, A. H.-J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8791.
66. (f) Gao, X.; Stassinopoulos, A.; Rice, J. S.; Goldberg, I. H. Biochemistry 1995, 34, 40.
67. (g) Brown, D. R.; Kurz, M.; Kearns, D. R.; Hsu, V. L. Biochemistry 1994, 33, 651.
68. (a) Kamitori, S.; Takusagawa, F. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 4154.
69. (b) Kamitori, S.; Takusagawa, F. J. Mol. Biol. 1992, 225, 445.
70. Nunn, C. M.; Van Meervelt, L.; Zhang, S.; Moore, M. H.; Kennard, O. J. Mol. Biol. 1991, 222, 167.
71. Egli, M.; Williams, L. D.; Frederick, C. A.; Rich, A. Biochemistry 1991, 30, 1364.
72. (a) Smith, C. K.; Brannigan, J. A.; Moore, M. H. J. Mol. Biol. 1996, 263, 237.
73. (b) Liaw, Y.-C.; Gao, Y.-G.; Robinson, H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1989, 28, 9913.
74. Gallois, B.; d'Estaintot, B. L.; Brown, T.; Hunter, W. N. Acta Crystallogr. 1993, D49, 311.
75. Liu, X.; Chen, H.; Patel, D. J. J. Biomol. NMR 1991, 1, 323.
76. Greene, K. L.; Jones, R. L.; Li, Y.; Robinson, H.; Wang, A. H.-J.; Zon, G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1994, 33, 1053.
77. Wang, A. H.-J.; Nathans, J.; van der Marel, G.; van Boom, J. H.; Rich, A. Nature 1978, 276, 471.
78. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1983.
79. Guckian, K. M.; Schweitzer, B. A.; Ren, R. X.-F.; Sheils, C. J.; Paris, P. L.; Tahmassebi, D. C.; Kool, E. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8182.
80. Miaskiewicz, K.; Osman, R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 232.
81. Kim, Y. C.; Hahn, S.; Sigler, P. B. Nature 1993, 365, 512.