EXAFS characterization of the intermediate X generated during the assembly of the Escherichia coli ribonucleotide reductase R2 diferric tyrosyl radical cofactor

Journal of the American Chemical Society

Volumn 120, Issue 5, 1998, Pages 849-860

  Riggs Gelasco, Pamela J ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FERRIC ION; FERROUS ION; OXYGEN; RADICAL; RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE; TYROSINE;

ARTICLE; CHEMICAL REACTION; ENZYME KINETICS; ENZYME SUBUNIT; ESCHERICHIA COLI; MOSSBAUER SPECTROSCOPY; NONHUMAN;

EID: 0032506972     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja9718230     Document Type: Article

References (88)

1. Stubbe, J. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1990, 63, 349-417.
2. Reichard, P. Science 1993, 260, 1773-1777.
3. Larsson, A.; Sjöberg, B.-M. EMBO J. 1986, 5, 2037-2040.
4. Nordlund, P.; Eklund, H. J. Mol. Biol. 1993, 232, 123-164.
5. Stubbe, J. Nature 1990, 370, 502.
6. Ekberg, M.; Sahlin, M.; Eriksson, M.; Sjöberg, B.-M. J. Biol. Chem. 1996, 34, 20655-20659.
7. Stubbe, J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 5329-5332.
8. Atkin, C. L.; Thelander, L.; Reichard, P.; Lang, G. J. Biol. Chem. 1973, 248, 7464-7472.
9. Bollinger, J. M. J.; Edmondson, D. E.; Huynh, B. H.; Filley, J.; Norton, J. R.; Stubbe, J. Science 1991, 253, 292-298.
10. Bollinger, J. M. J.; Stubbe, J.; Huynh, B. H.; Edmondson, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6289-6291.
11. Bollinger, J. M. J.; Tong, W. H.; Ravi, N.; Huynh, B. H.; Edmondson, D. E.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8024-8032.
12. Bollinger, J. M. J.; Tong, W. H.; Ravi, N.; Huynh, B. H.; Edmonson, D. E.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8015-8023.
13. Ravi, N.; Bollinger, J. M. J.; Huynh, B. H.; Stubbe, J.; Edmondson, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8007-8014.
14. Sturgeon, B. E.; Burdi, D.; Chen, S.; Huynh, B. H.; Edmondson, D. E.; Stubbe, J.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7551-7557.
15. Burdi, D.; Sturgeon, B. E.; Tong, W. H.; Stubbe, J.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 281-282.
16. Tong, W. H.; Chen, S.; Lloyd, S.; Edmondson, D.; Huynh, B. H.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2107-2108.
17. Ballou, D. P.; Palmer, G. Anal. Chem. 1974, 46, 1248.
18. Bollinger, J. M.; Tong, W. H.; Ravi, N.; Huynh, B. H.; Edmondson, D. E.; Stubbe, J. In Methods in Enzymology; Klinman, J., Ed.; Academic Press: New York, 1995; Vol. 258.
19. Bollinger, J. M., Ph.D. Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1993.
20. Lynch, J. B.; Juarez-Garcia, C.; Münck, E.; Que, L., Jr. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8091-8096.
21. Ochiai, E.; Mann, G. J.; Gräslund, A.; Thelander, L. J. Biol. Chem. 1990, 265, 15758-15761.
22. Ling, J.; Sahlin, M.; Sjöberg, B. M.; Loehr, T. M.; Sanders, L. J. J. Biol. Chem. 1994, 269, 5595-5601.
23. Tong, W. H., Ph.D. Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1996.
24. Willems, J.-P.; Lee, H. I.; Burdi, D.; Doan, P. E.; Stubbe, J.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9816-9824.
25. Burdi, D.; Willems, J.-P.; Stubbe, J.; Hoffman, B. Manuscript in preparation.
26. Logan, D. T.; Su, X.-D.; Åberg, A.; Regnstrom, K.; Hajdu, J.; Eklund, H.; Nordlund, P. Structure 1996, 4, 1053-1064.
27. Nordlund, P.; Sjöberg, B. M.; Eklund, H. Nature (London) 1990, 345, 593-598.
28. Pulver, S. C.; Tong, W. H.; Bollinger, J. M.; Stubbe, J.; Solomon, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12644-12678.
29. Feig, A. L.; Lippard, S. J. Chem. Rev. 1994, 94, 759-805 and references therein.
30. Wallar, B.; Lipscomb, J. D. Chem. Rev. 1996, 96, 2625-2657 and references therein.
31. Rosenzweig, A. C.; Nordlund, P.; Takahara, P. M.; Frederick, C. A.; Lippard, S. J. Chem. Biol. 1995, 2, 409-418.
32. Que, L., Jr.; Dong, Y. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 190-196.
33. Nordlund, P.; Eklund, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 758-766.
34. Zang, Y.; Dong, Y.; Que, L., Jr.; Kauffmann, K.; Münck, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1169-1170.
35. Dong, Y.; Fujii, H.; Hendrich, M. P.; Leising, R. A.; Pan, G.; Randall, C. R.; Wilkinson, E. C.; Zang, Y.; Que, L., Jr.; Fox, B.; Kauffman, K.; Münck, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2778-2792.
36. Dong, Y.; Que, L., Jr.; Kauffman, K.; Munck, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11377-11378.
37. Kim, C.; Dong, Y.; Que, L., Jr. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3635-3636.
38. George, G. N.; Bray, R. C.; Cramer, S. P. Biochem. Soc. Trans. 1986, 14, 651-652.
39. Saigo, S.; Sone, N.; Nagamura, T.; Oyanagi, H.; Iizuka, T.; Kusunoki, M.; Matsushita, T. In Biophysics and Synchrotron Radiation; Bianconi, A., Castellano, A. C., Eds.; Springer-Verlag: New York, 1986; pp 131-135.
40. Saigo, S.; Hashimoto, H.; Shibayama, N.; Nomura, M.; Nagamura, T. Biochim. Biophys. Acta 1993, 1202, 99-106.
41. Shu, L.; Nesheim, J. C.; Kaufmann, K.; Münck, E.; Lipscomb, J. D.; Que, L., Jr. Science 1997, 275, 515-518.
42. Salowe, S. P.; Stubbe, J. J. Bacteriol. 1986, 165, 363-366.
43. Stookey, L. L. Anal. Chem. 1970, 42, 779-781.
44. Salowe, S. P., Ph.D. Thesis, University of Wisconsin, 1987.
45. Massey, V. J. Biol. Chem. 1957, 229, 763-770.
46. Hitchman, M. L. Measurement of DissolVed Oxygen; Wiley: New York, 1978.
47. Riggs-Gelasco, P. J.; Mei, R.; Yocum, C. F.; Penner-Hahn, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2387-2399.
48. Rehr, J. J.; Albers, R. C. Phys. Rev. 1990, B41, 8139.
49. Rehr, J. J.; de Leon, J. M.; Zabinsky, S. I.; Albers, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5135-5140.
50. Riggs-Gelasco, P. J., Ph.D. Thesis, University of Michigan, 1995.
51. Scarrow, R. C.; Maroney, M. J.; Palmer, S. M.; Que, L., Jr.; Roe, A. L.; Salowe, S. P.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7857-7864.
52. McKale, A. G.; Veal, B. W.; Paulikas, A. P.; Chan, S.-K.; Knapp, G. S. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 3763-3768.
53. Shu, L.; Liu, Y.; Lipscomb, J. D.; Que, L., Jr. J. Biol. Inorg. Chem. 1996, 1, 297-304.
54. Riggs-Gelasco, P. J.; Stemmler, T. L.; Penner-Hahn, J. E. Coord. Chem. Rev. 1996, 144, 245-286.
55. Lytle, F. W.; Sayers, D. E.; Stern, E. A. Phys. B. 1989, 158, 701-722.
56. Scarrow, R. C.; Maroney, M. J.; Palmer, S. M.; Que, L., Jr.; Salowe, S. P.; Stubbe, J. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 6832-6834.
57. Cramer, S. P.; Hodgson, K. O. In Progress in Inorganic Chemistry; Lippard, S. J., Ed.; John Wiley and Sons, Inc.: New York, 1979; Vol. 1-39.
58. Riggs-Gelasco, P. J.; Gelasco, A.; Wright, D.; Armstrong, W.; Pecoraro, V.; Penner-Hahn, J. E. Manuscript in preparation.
59. Bunker, G.; Petersson, L.; Sjöberg, B. M.; Sahlin, M.; Chance, M.; Chance, B.; Ehrenberg, A. Biochemistry 1987, 26, 4708-47016.
60. Que, L., Jr. Unpublished results
61. DeRose, V. J.; Mukerji, I.; Latimer, M. J.; Yachandra, V. K.; Sauer, K.; Klein, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 5239-5249.
62. Penner-Hahn, J. E. In Manganese Redox Enzymes; Pecoraro, V. L., Ed.; VCH Publishers: New York, 1992; Vols. 29-46.
63. Waldo, G. S.; Yu, S.; Penner, H. J. E. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5869-5870.
64. Yachandra, V. K.; Sauer, K.; Klein, M. P. Chem. Rev. 1996, 96, 2927-2950.
65. Teo, B.-K.; Shulman, R. G. In Iron-Sulfur Proteins; Spiro, T., Ed.; John Wiley and Sons: New York, 1982; Vols. 343-366.
66. Blackburn, N. J.; Barr, M. E.; Woodruff, W. H.; van der Ooost, J.; de Vries, S. Biochemistry 1994, 33, 10401-10407.
67. Iwata, S.; Ostermeier, C.; Ludwig, B.; Michel, H. Nature 1995, 376, 660-669.
68. Nordlund, P.; Åberg, A.; Uhlin, U.; Eklund, H. Biochem. Soc. Trans 1993, 21, 735-738.
69. Armstrong, W. H.; Spool, A.; Papaefthymiou, G. C.; Frankel, R. B.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 3653-3667.
70. Hartman, J. R.; Rardin, R. L.; Chaudhuri, P.; Pohl, K.; Wieghardt, K.; Nuber, B.; Weiss, J.; Papaefthymiou, G. C.; Frankel, R. B.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7387-7396.
71. Tolman, W. B.; Liu, S.; Bentsen, J. G.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 152-164.
72. Rardin, R. L.; Tolman, W. B.; Lippard, S. J. New J. Chem. 1991, 15, 417-430.
73. DeWitt, J. G.; Bentsen, J. G.; Rosenzweig, A. C.; Hedman, B.; Green, J.; Pilkington, S.; Papaefthymiou, G. C.; Dalton, H.; Hodgson, K. O.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 9219.
74. Hedman, B.; Co, M. S.; Armstrong, W. H.; Hodgson, K. O.; Lippard, S. J. Inorg. Chem. 1986, 25, 3708-3711.
75. Scott, R. A.; Eidsness, M. K. Comments Inorg. Chem. 1988, 7, 235-267.
76. Tong, W.-H.; Burdi, D.; Riggs-Gelasco, P.; Chen, S.; Han, S.; Edmondson, D. E.; Huynh, B. H.; Tainer, J.; Stubbe, J. Submitted to Biochemistry.
77. Zang, Y.; Pan, G.; Que, L., Jr.; Fox, B. G.; Münck, E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3653-3654.
78. Drüeke, S.; Chaudhuri, P.; Pohl, K.; Wieghardt, K.; Ding, X.-Q.; Bill, E.; Sawaryn, A.; Trautwein, A. X.; Winkler, H.; Gurman, S. J. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1989, 59-62.
79. Gamelin, D. R.; Bominaar, E. L.; Kirk, M. L.; Wieghardt, K.; Solomon, E. I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8085-8097.
80. Shu, L.; Dong, Y.; Que, L., Jr. Unpublished results.
81. Gohdes, J. W.; Armstrong, W. H. Inorg. Chem. 1992, 31, 368-373.
82. Larson, E. J.; Pecoraro, V. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3810-3818.
83. Plaskin, P. M.; Stoufer, R. C.; Mathew, M.; Palemik, G. J. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2121.
84. Bossek, U.; Weyhermüller, K.; Wieghardt, K.; Nuber, B.; Weiss, J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6387.
85. Haselhorst, G.; Wieghardt, K. J. Inorg. Biochem. 1995, 59, 624.
86. Pal, S.; K., C. M.; Armstrong, W. H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 6398-6406.
87. Dave, B. C.; Czernuszewicz, R. S.; Bond, M. R.; Carrano, C. J. Inorg. Chem. 1993, 32, 3593-3594.
88. Wieghardt, K.; Bossek, U.; Nuber, B.; Weiss, J.; Bonvoisin, J.; Corbella, M.; Vitols, S. E.; Girerd, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7398-7411.