An efficient deformation-based global optimization method for off-lattice polymer chains: Self-consistent basin-to-deformed-basin mapping (SCBDBM). Application to united-residue polypeptide chains

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 34, 1999, Pages 7353-7366

  Pillardy, Jaroslaw ^a   Liwo, Adam ^b   Groth, Malgorzata ^b   Scheraga, Harold A ^a  

^a Cornell University ^*  (United States)

^b UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001756405     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp991014y     Document Type: Article

References (34)

1. Scheraga, H. A. Int. J. Quant. Chem. 1992, 42, 1529-1536.
2. Vásquez, M.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Chem. Rev. 1994, 94, 2183-2239.
3. Scheraga, H. A. Biophys. Chem. 1996, 59, 329-339.
4. Lee, J.; Scheraga, H. A.; Rackovsky, S. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1222-1232.
5. Lee, J.; Scheraga, H. A.; Rackovsky, S. Biopolymers 1998, 46, 103-115.
6. Lee, J.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2025-2030.
7. Piela, L.; Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 3339-3346.
8. Kostrowicki, J.; Piela, L.; Cherayil, B. J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 4113-4119.
9. Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7442-7449.
10. Pillardy, J.; Olszewski, K. A.; Piela, L. J. Phys. Chem. 1992, 96, 4337-4341.
11. Pillardy, J.; Olszewski, K. A.; Piela, L. J. Mol. Struct. (Theochem) 1992, 270, 277-285.
12. Amara, P.; Hsu, D.; Straub, J. E. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6715-6721.
13. Orešič, M.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 1994, 101, 9844-9857.
14. Pillardy, J.; Piela, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11805-11812.
15. Pappu, R. V.; Hart, R. K.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 9725-9742.
16. Wawak, R. J.; Gibson, K. D.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1743-1746.
17. Wawak, R. J.; Pillardy, J.; Liwo, A.; Gibson, K. D.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1998, 102, 2904-2918.
18. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Science 1993, 2, 1697-1714.
19. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. Protein Science 1993, 2, 1715-1731.
20. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873.
21. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874-887.
22. Liwo, A.; Kaźmierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oldziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259-276.
23. Liwo, A.; Pillardy, J.; Kaźmierkiewicz, R.; Wawak, R. J.; Groth, M.; Czaplewski, C.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 16-20.
24. Liwo, A.; Oldziej, S.; Ciarkowski, J.; Kupryszewski, G.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Prot. Chem. 1994, 13, 375-380.
25. Crippen, G. M.; Scheraga, H. A. Arch. Biochem. Biophys. 1971, 144, 462-466.
26. Cerjan, C. J.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1981, 75, 2800-2806.
27. Wales, D. J. J. Chem. Phys. 1989, 91, 7002-7010.
28. Wales, D. J. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1990, 56, 3505-3517.
29. Tsai, C. J.; Jordan, K. D. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11227-11237.
30. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611-6615.
31. Li, Z.; Scheraga, H. A. J. Molec. Struct. (Theochem) 1988, 179, '333-352.
32. Godzik, A.; Koliński, A.; Skolnick, J. J. Comput.-Aided Mol. Design 1993, 7, 397-438.
33. Piela, L.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1987, 26, S33-S58.
34. Silverman, D. N.; Scheraga, H. A. Arch. Biochem. Biophys. 1972, 153, 449-456.