Mass spectrometry-based visualization of molecules associated with human habitats

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 22, 2016, Pages 10775-10784

  Petras, Daniel ^a,b   Nothias, Louis Félix ^a,b   Quinn, Robert A ^a,b   Alexandrov, Theodore ^b,j   Bandeira, Nuno ^b,k   Bouslimani, Amina ^b   Castro Falcón, Gabriel ^c   Chen, Liangyu ^a   Dang, Tam ^b,f   Floros, Dimitrios J ^a   Hook, Vivian ^b   Garg, Neha ^c   Hoffner, Nicole ^d   Jiang, Yike ^a   Kapono, Clifford A ^a   Koester, Irina ^a   Knight, Rob ^k,l,m   Leber, Christopher A ^c   Ling, Tie Jun ^g,h   Luzzatto Knaan, Tal ^g   McCall, Laura Isobel ^b   McGrath, Aaron P ^b   Meehan, Michael J ^g   Merritt, Jonathan K ^d   Mills, Robert H ^a,j   Morton, Jamie ^k   Podvin, Sonia ^a,b   Protsyuk, Ivan ^a   Purdy, Trevor ^c,i   Satterfield, Kendall ^a   Searles, Stephen ^a,b   Shah, Sahil ^a,d   Shires, Sarah ^a,g   Steffen, Dana ^a,f   White, Margot ^c   Todoric, Jelena ^e   Tuttle, Robert ^c   Wojnicz, Aneta ^g   Sapp, Valerie ^a   Vargas, Fernando ^a   Yang, Jin ^b   Zhang, Chao ^a   Dorrestein, Pieter C ^a,b,m   more..

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^d UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^e UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^f TECHNISCHE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^g AUTONOMOUS UNIVERSITY OF MADRID   (Spain)

^h ANHUI AGRICULTURAL UNIVERSITY   (China)

ⁱ EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^j UNIVERSITY OF BREMEN   (Germany)

^k UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^l UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^m UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

more..

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADDITIVES; DIGITAL STORAGE; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULES; SOLVENTS; SPACE RESEARCH;

CHEMICAL DIVERSITY; CLEANING SUPPLIES; ENVIRONMENTAL APPLICATIONS; LIQUID CHROMATOGRAPHY TANDEM MASS SPECTROMETRY (LC MS/MS); MOLECULAR DISTRIBUTION; MOLECULAR FINGERPRINT; PERSONAL CARE PRODUCTS; SPACE EXPLORATIONS;

ECOSYSTEMS;

ION; ORGANIC COMPOUND;

CHEMISTRY; ECOSYSTEM; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; ECOSYSTEM; HUMANS; IONS; MASS SPECTROMETRY; ORGANIC CHEMICALS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 85044508304     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b03456     Document Type: Review

References (43)

1. Use of Metabolomics to Advance Research on Environmental Exposures and the Human Exposome, Workshop in Brief, Washington, DC, 2016.
2. Nieuwenhuijsen, M. J. Environ. Health 2016, 15 (Suppl 1), 38.
3. Putignani, L.; Dallapiccola, B. J. Proteomics 2016, 147, 3-20.
4. Siroux, V.; Agier, L.; Slama, R. Eur. Respir Rev. 2016, 25, 124-129.
5. Kuriyama, S. N.; Talsness, C. E.; Grote, K.; Chahoud, I. Environ. Health Perspect 2005, 113, 149-154.
6. Whyatt, R. M.; Liu, X.; Rauh, V. A.; Calafat, A. M.; Just, A. C.; Hoepner, L.; Diaz, D.; Quinn, J.; Adibi, J.; Perera, F. P.; Factor-Litvak, P. Environ. Health Perspect 2011, 120, 290-295.
7. Stoker, T. E.; Gibson, E. K.; Zorrilla, L. M. Toxicol. Sci. 2010, 117, 45-53.
8. Locard, E. American journal of police science 1930, 1, 276-298.
9. Zhou, L.; Hiltscher, M.; Gruber, D.; Puttmann, W. Environ. Sci. Pollut. Res. Int. 2016, DOI: 10.1007/s11356-016-6902-z.
10. Fu, M.; Fernandez, E.; Martinez-Sanchez, J. M.; San Emeterio, N.; Quiros, N.; Sureda, X.; Ballbe, M.; Munoz, G.; Riccobene, A.; Centrich, F.; Salto, E.; Lopez, M. J. Environ. Res. 2016, 148, 421-428.
11. Singh, A.; Kamal, R.; Mudiam, M. K.; Gupta, M. K.; Satyanarayana, G. N.; Bihari, V.; Shukla, N.; Khan, A. H.; Kesavachandran, C. N. PLoS One 2016, 11, e0148641.
12. Tao, S.; Lu, X.; Levac, N.; Bateman, A. P.; Nguyen, T. B.; Bones, D. L.; Nizkorodov, S. A.; Laskin, J.; Laskin, A.; Yang, X. Environ. Sci. Technol. 2014, 48, 10993-11001.
13. Yoshimura, Y.; Goto-Inoue, N.; Moriyama, T.; Zaima, N. Food Chem. 2016, 210, 200-211.
14. Rivas, D.; Ginebreda, A.; Perez, S.; Quero, C.; Barcelo, D. Sci. Total Environ. 2016, 566-567, 27-33.
15. Spengler, B. Anal. Chem. 2015, 87, 64-82.
16. Touboul, D.; Brunelle, A. Bioanalysis 2016, 8, 367-369.
17. Palmer, A. D.; Alexandrov, T. Anal. Chem. 2015, 87, 4055-4062.
18. Caprioli, R. M. Proteomics 2016, 16, 1607-1612.
19. Bouslimani, A.; Porto, C.; Rath, C. M.; Wang, M.; Guo, Y.; Gonzalez, A.; Berg-Lyon, D.; Ackermann, G.; Moeller Christensen, G. J.; Nakatsuji, T.; Zhang, L.; Borkowski, A. W.; Meehan, M. J.; Dorrestein, K.; Gallo, R. L.; Bandeira, N.; Knight, R.; Alexandrov, T.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, E2120-2129.
20. Mahieu, N. G.; Spalding, J. L.; Patti, G. J. Bioinformatics 2016, 32, 268-275.
21. Gowda, H.; Ivanisevic, J.; Johnson, C. H.; Kurczy, M. E.; Benton, H. P.; Rinehart, D.; Nguyen, T.; Ray, J.; Kuehl, J.; Arevalo, B.; Westenskow, P. D.; Wang, J.; Arkin, A. P.; Deutschbauer, A. M.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2014, 86, 6931-6939.
22. Grapov, D.; Wanichthanarak, K.; Fiehn, O. Bioinformatics 2015, 31, 2757-2760.
23. Barupal, D. K.; Haldiya, P. K.; Wohlgemuth, G.; Kind, T.; Kothari, S. L.; Pinkerton, K. E.; Fiehn, O. BMC Bioinf. 2012, 13, 99.
24. Watrous, J.; Roach, P.; Alexandrov, T.; Heath, B. S.; Yang, J. Y.; Kersten, R. D.; van der Voort, M.; Pogliano, K.; Gross, H.; Raaijmakers, J. M.; Moore, B. S.; Laskin, J.; Bandeira, N.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, E1743-1752.
25. Wang, M.; Carver, J. J.; Phelan, V. V.; Sanchez, L. M.; Garg, N.; Peng, Y.; Nguyen, D. D.; Watrous, J.; Kapono, C. A.; Luzzatto-Knaan, T.; Porto, C.; Bouslimani, A.; Melnik, A. V.; Meehan, M. J.; Liu, W. T.; Crusemann, M.; Boudreau, P. D.; Esquenazi, E.; Sandoval-Calderon, M.; Kersten, R. D.; Pace, L. A.; Quinn, R. A.; Duncan, K. R.; Hsu, C. C.; Floros, D. J.; Gavilan, R. G.; Kleigrewe, K.; Northen, T.; Dutton, R. J.; Parrot, D.; Carlson, E. E.; Aigle, B.; Michelsen, C. F.; Jelsbak, L.; Sohlenkamp, C.; Pevzner, P.; Edlund, A.; McLean, J.; Piel, J.; Murphy, B. T.; Gerwick, L.; Liaw, C. C.; Yang, Y. L.; Humpf, H. U.; Maansson, M.; Keyzers, R. A.; Sims, A. C.; Johnson, A. R.; Sidebottom, A. M.; Sedio, B. E.; Klitgaard, A.; Larson, C. B.; Boya, P. C.; Torres-Mendoza, D.; Gonzalez, D. J.; Silva, D. B.; Marques, L. M.; Demarque, D. P.; Pociute, E.; O'Neill, E. C.; Briand, E.; Helfrich, E. J.; Granatosky, E. A.; Glukhov, E.; Ryffel, F.; Houson, H.; Mohimani, H.; Kharbush, J. J.; Zeng, Y.; Vorholt, J. A.; Kurita, K. L.; Charusanti, P.; McPhail, K. L.; Nielsen, K. F.; Vuong, L.; Elfeki, M.; Traxler, M. F.; Engene, N.; Koyama, N.; Vining, O. B.; Baric, R.; Silva, R. R.; Mascuch, S. J.; Tomasi, S.; Jenkins, S.; Macherla, V.; Hoffman, T.; Agarwal, V.; Williams, P. G.; Dai, J.; Neupane, R.; Gurr, J.; Rodriguez, A. M.; Lamsa, A.; Zhang, C.; Dorrestein, K.; Duggan, B. M.; Almaliti, J.; Allard, P. M.; Phapale, P.; Nothias, L. F.; Alexandrov, T.; Litaudon, M.; Wolfender, J. L.; Kyle, J. E.; Metz, T. O.; Peryea, T.; Nguyen, D. T.; VanLeer, D.; Shinn, P.; Jadhav, A.; Muller, R.; Waters, K. M.; Shi, W.; Liu, X.; Zhang, L.; Knight, R.; Jensen, P. R.; Palsson, B. O.; Pogliano, K.; Linington, R. G.; Gutierrez, M.; Lopes, N. P.; Gerwick, W. H.; Moore, B. S.; Dorrestein, P. C.; Bandeira, N. Nat. Biotechnol. 2016, 34, 828-837.
26. Chambers, M. C.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, D. L.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; Pratt, B.; Egertson, J.; Hoff, K.; Kessner, D.; Tasman, N.; Shulman, N.; Frewen, B.; Baker, T. A.; Brusniak, M. Y.; Paulse, C.; Creasy, D.; Flashner, L.; Kani, K.; Moulding, C.; Seymour, S. L.; Nuwaysir, L. M.; Lefebvre, B.; Kuhlmann, F.; Roark, J.; Rainer, P.; Detlev, S.; Hemenway, T.; Huhmer, A.; Langridge, J.; Connolly, B.; Chadick, T.; Holly, K.; Eckels, J.; Deutsch, E. W.; Moritz, R. L.; Katz, J. E.; Agus, D. B.; MacCoss, M.; Tabb, D. L.; Mallick, P. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 918-920.
27. Sturm, M.; Bertsch, A.; Gropl, C.; Hildebrandt, A.; Hussong, R.; Lange, E.; Pfeifer, N.; Schulz-Trieglaff, O.; Zerck, A.; Reinert, K.; Kohlbacher, O. BMC Bioinf. 2008, 9, 163.
28. Vazquez-Baeza, Y.; Pirrung, M.; Gonzalez, A.; Knight, R. GigaScience 2013, 2, 16.
29. Nguyen, D. D.; Wu, C. H.; Moree, W. J.; Lamsa, A.; Medema, M. H.; Zhao, X.; Gavilan, R. G.; Aparicio, M.; Atencio, L.; Jackson, C.; Ballesteros, J.; Sanchez, J.; Watrous, J. D.; Phelan, V. V.; van de Wiel, C.; Kersten, R. D.; Mehnaz, S.; De Mot, R.; Shank, E. A.; Charusanti, P.; Nagarajan, H.; Duggan, B. M.; Moore, B. S.; Bandeira, N.; Palsson, B. O.; Pogliano, K.; Gutierrez, M.; Dorrestein, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, E2611-2620.
30. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714.
31. Sawada, Y.; Nakabayashi, R.; Yamada, Y.; Suzuki, M.; Sato, M.; Sakata, A.; Akiyama, K.; Sakurai, T.; Matsuda, F.; Aoki, T. Phytochemistry 2012, 82, 38-45.
32. Forsythe, I. J.; Wishart, D. S. Curr. Protoc Bioinformatics 2009, 25, 14.8.1-14.8.45, DOI: 10.1002/0471250953.bi1408s25.
33. Mohimani, H. G.; Alexey; Mikheenko; Alla; Garg; Neha; Nothias; Louis-Felix; Ninomiya; Akihiro; Takada; Kentaro; Dorrestein; Pieter, C.; Pevzner, P. A. Nat. Chem. Biol. 2016, accepted.
34. Nishioka, T.; Kasama, T.; Kinumi, T.; Makabe, H.; Matsuda, F.; Miura, D.; Miyashita, M.; Nakamura, T.; Tanaka, K.; Yamamoto, A. Mass Spectrom. 2014, 3, S0039.
35. Sumner, L. W.; Amberg, A.; Barrett, D.; Beale, M. H.; Beger, R.; Daykin, C. A.; Fan, T. W.; Fiehn, O.; Goodacre, R.; Griffin, J. L.; Hankemeier, T.; Hardy, N.; Harnly, J.; Higashi, R.; Kopka, J.; Lane, A. N.; Lindon, J. C.; Marriott, P.; Nicholls, A. W.; Reily, M. D.; Thaden, J. J.; Viant, M. R. Metabolomics 2007, 3, 211-221.
36. Jourdan, T. H.; Veitenheimer, A. M.; Murray, C. K.; Wagner, J. R. J. Forensic Sci. 2013, 58, 616-624.
37. Zuo, Y.; Zhang, K.; Wu, J.; Rego, C.; Fritz, J. J. Sep. Sci. 2008, 31, 2444-2450.
38. Dixon, S. J.; Brereton, R. G.; Carter, J. F.; Sleeman, R. Anal. Chim. Acta 2006, 559, 54-63.
39. Armenta, S.; De la Guardia, M. TrAC, Trends Anal. Chem. 2008, 27, 344-351.
40. Castiglioni, S.; Bagnati, R.; Melis, M.; Panawennage, D.; Chiarelli, P.; Fanelli, R.; Zuccato, E. Water Res. 2011, 45, 5141-5150.
41. Wishart, D. S.; Jewison, T.; Guo, A. C.; Wilson, M.; Knox, C.; Liu, Y.; Djoumbou, Y.; Mandal, R.; Aziat, F.; Dong, E.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Arndt, D.; Xia, J.; Liu, P.; Yallou, F.; Bjorndahl, T.; Perez-Pineiro, R.; Eisner, R.; Allen, F.; Neveu, V.; Greiner, R.; Scalbert, A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D801-807.
42. Wishart, D. S.; Knox, C.; Guo, A. C.; Shrivastava, S.; Hassanali, M.; Stothard, P.; Chang, Z.; Woolsey, J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D668-672.
43. Lax, S.; Hampton-Marcell, J. T.; Gibbons, S. M.; Colares, G. B.; Smith, D.; Eisen, J. A.; Gilbert, J. A. Microbiome 2015, 3, 21.