Deep-Dive Targeted Quantification for Ultrasensitive Analysis of Proteins in Nondepleted Human Blood Plasma/Serum and Tissues

Analytical Chemistry

Volumn 89, Issue 17, 2017, Pages 9139-9146

  Nie, Song ^a   Shi, Tujin ^a   Fillmore, Thomas L ^a   Schepmoes, Athena A ^a   Brewer, Heather ^a   Gao, Yuqian ^a   Song, Ehwang ^a   Wang, Hui ^a   Rodland, Karin D ^a   Qian, Wei Jun ^a   Smith, Richard D ^a   Liu, Tao ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIBODIES; BLOOD; BODY FLUIDS; CHROMATOGRAPHY; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES; TISSUE;

HUMAN BLOOD PLASMAS; LOW-ABUNDANCE PROTEINS; ORDERS OF MAGNITUDE; PROTEIN MODIFICATIONS; PROTEIN QUANTIFICATION; REVERSED-PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SELECTED REACTION MONITORING; TARGETED PROTEOMICS;

PROTEINS;

ANTIBODY; PLASMA PROTEIN; PROSTATE SPECIFIC ANTIGEN;

BLOOD; CHEMISTRY; HUMAN; IMMUNOASSAY; MASS SPECTROMETRY; PLASMA; PROCEDURES; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

ANTIBODIES; BLOOD PROTEINS; CHROMATOGRAPHY, REVERSE-PHASE; HUMANS; IMMUNOASSAY; MASS SPECTROMETRY; PLASMA; PROSTATE-SPECIFIC ANTIGEN; PROTEOMICS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 85028939983     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.7b01878     Document Type: Article

References (33)

1. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Kuhn, E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2212-2229 10.1074/mcp.M700354-MCP200
2. Picotti, P.; Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Domon, B.; Aebersold, R. Cell 2009, 138, 795-806 10.1016/j.cell.2009.05.051
3. Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, L.; Paulovich, A. G. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 184-196 10.1074/mcp.M900254-MCP200
4. Shi, T.; Su, D.; Liu, T.; Tang, K.; Camp, D. G., 2nd; Qian, W. J.; Smith, R. D. Proteomics 2012, 12, 1074-1092 10.1002/pmic.201100436
5. He, J.; Schepmoes, A. A.; Shi, T.; Wu, C.; Fillmore, T. L.; Gao, Y.; Smith, R. D.; Qian, W. J.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Camp, D. G.; Rastogi, A.; Tan, S. H.; Yan, W.; Mohamed, A. A.; Huang, W.; Banerjee, S.; Kagan, J.; Srivastava, S.; McLeod, D. G.; Srivastava, S.; Petrovics, G.; Dobi, A.; Srinivasan, A. J. Transl. Med. 2015, 13, 54 10.1186/s12967-015-0418-z
6. Kim, Y. J.; Sertamo, K.; Pierrard, M. A.; Mesmin, C.; Kim, S. Y.; Schlesser, M.; Berchem, G.; Domon, B. J. Proteome Res. 2015, 14, 1412-1419 10.1021/pr5010828
7. Domon, B.; Gallien, S. Proteomics: Clin. Appl. 2015, 9, 423-431 10.1002/prca.201400136
8. Shi, T.; Fillmore, T. L.; Gao, Y.; Zhao, R.; He, J.; Schepmoes, A. A.; Nicora, C. D.; Wu, C.; Chambers, J. L.; Moore, R. J.; Kagan, J.; Srivastava, S.; Liu, A. Y.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D.; Qian, W. J. Anal. Chem. 2013, 85, 9196-9203 10.1021/ac402105s
9. Overgaard, M.; Cangemi, C.; Jensen, M. L.; Argraves, W. S.; Rasmussen, L. M. Proteomics: Clin. Appl. 2015, 9, 767-775 10.1002/prca.201400070
10. Cho, C. K.; Drabovich, A. P.; Batruch, I.; Diamandis, E. P. J. Proteomics 2011, 74, 2052-2059 10.1016/j.jprot.2011.05.025
11. Lesur, A.; Ancheva, L.; Kim, Y. J.; Berchem, G.; van Oostrum, J.; Domon, B. Proteomics: Clin. Appl. 2015, 9, 695-705 10.1002/prca.201400158
12. Nie, S.; Yin, H.; Tan, Z.; Anderson, M. A.; Ruffin, M. T.; Simeone, D. M.; Lubman, D. M. J. Proteome Res. 2014, 13, 6058-6066 10.1021/pr500934u
13. Lange, V.; Picotti, P.; Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2008, 4, 222 10.1038/msb.2008.61
14. Anderson, L.; Hunter, C. L. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 573-588 10.1074/mcp.M500331-MCP200
15. Shi, T.; Fillmore, T. L.; Sun, X.; Zhao, R.; Schepmoes, A. A.; Hossain, M.; Xie, F.; Wu, S.; Kim, J. S.; Jones, N.; Moore, R. J.; Pasa-Tolic, L.; Kagan, J.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Tang, K.; Camp, D. G.; Smith, R. D.; Qian, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 15395-15400 10.1073/pnas.1204366109
16. Percy, A. J.; Simon, R.; Chambers, A. G.; Borchers, C. H. J. Proteomics 2014, 106, 113-124 10.1016/j.jprot.2014.04.024
17. Nie, S.; Lo, A.; Wu, J.; Zhu, J.; Tan, Z.; Simeone, D. M.; Anderson, M. A.; Shedden, K. A.; Ruffin, M. T.; Lubman, D. M. J. Proteome Res. 2014, 13, 1873-1884 10.1021/pr400967x
18. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Mani, D. R.; Shi, X.; Kuhn, E.; Sabatine, M. S.; Gerszten, R. E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2339-2349 10.1074/mcp.M900140-MCP200
19. Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Zhang, H. Y.; Feng, L. C.; Piening, B. D.; Anderson, L.; Paulovich, A. G. Anal. Biochem. 2007, 362, 44-54 10.1016/j.ab.2006.12.023
20. Shi, T.; Gao, Y.; Quek, S. I.; Fillmore, T. L.; Nicora, C. D.; Su, D.; Zhao, R.; Kagan, J.; Srivastava, S.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Smith, R. D.; Chan, D. W.; Camp, D. G., 2nd; Liu, A. Y.; Qian, W. J. J. Proteome Res. 2014, 13, 875-882 10.1021/pr400912c
21. Shi, T.; Sun, X.; Gao, Y.; Fillmore, T. L.; Schepmoes, A. A.; Zhao, R.; He, J.; Moore, R. J.; Kagan, J.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Liu, A. Y.; Smith, R. D.; Tang, K.; Camp, D. G.; Qian, W. J. J. Proteome Res. 2013, 12, 3353-3361 10.1021/pr400178v
22. He, J.; Sun, X.; Shi, T.; Schepmoes, A. A.; Fillmore, T. L.; Petyuk, V. A.; Xie, F.; Zhao, R.; Gritsenko, M. A.; Yang, F.; Kitabayashi, N.; Chae, S. S.; Rubin, M. A.; Siddiqui, J.; Wei, J. T.; Chinnaiyan, A. M.; Qian, W. J.; Smith, R. D.; Kagan, J.; Srivastava, S.; Rodland, K. D.; Liu, T.; Camp, D. G., 2nd Mol. Oncol. 2014, 8, 1169-1180 10.1016/j.molonc.2014.02.004
23. MacLean, B.; Tomazela, D. M.; Shulman, N.; Chambers, M.; Finney, G. L.; Frewen, B.; Kern, R.; Tabb, D. L.; Liebler, D. C.; MacCoss, M. J. Bioinformatics 2010, 26, 966-968 10.1093/bioinformatics/btq054
24. Wang, Y.; Yang, F.; Gritsenko, M. A.; Wang, Y.; Clauss, T.; Liu, T.; Shen, Y.; Monroe, M. E.; Lopez-Ferrer, D.; Reno, T.; Moore, R. J.; Klemke, R. L.; Camp, D. G.; Smith, R. D. Proteomics 2011, 11, 2019-2026 10.1002/pmic.201000722
25. Fortin, T.; Salvador, A.; Charrier, J. P.; Lenz, C.; Lacoux, X.; Morla, A.; Choquet-Kastylevsky, G.; Lemoine, J. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1006-1015 10.1074/mcp.M800238-MCP200
26. Robak, T.; Gladalska, A.; Stepien, H.; Robak, E. Mediators Inflammation 1998, 7, 347-353 10.1080/09629359890875
27. Polyak, S. J.; Khabar, K. S.; Rezeiq, M.; Gretch, D. R. J. Virol. 2001, 75, 6209-6211 10.1128/JVI.75.13.6209-6211.2001
28. Kleiner, G.; Marcuzzi, A.; Zanin, V.; Monasta, L.; Zauli, G. Mediators Inflammation 2013, 2013, 434010 10.1155/2013/434010
29. Ebhardt, H. A.; Sabido, E.; Huttenhain, R.; Collins, B.; Aebersold, R. Proteomics 2012, 12, 1185-1193 10.1002/pmic.201100543
30. Kaiser, S. E.; Riley, B. E.; Shaler, T. A.; Trevino, R. S.; Becker, C. H.; Schulman, H.; Kopito, R. R. Nat. Methods 2011, 8, 691-696 10.1038/nmeth.1649
31. Gilar, M.; Olivova, P.; Daly, A. E.; Gebler, J. C. J. Sep. Sci. 2005, 28, 1694-1703 10.1002/jssc.200500116
32. Dowell, J. A.; Frost, D. C.; Zhang, J.; Li, L. Anal. Chem. 2008, 80, 6715-6723 10.1021/ac8007994
33. Parker, S. J.; Rost, H.; Rosenberger, G.; Collins, B. C.; Malmstrom, L.; Amodei, D.; Venkatraman, V.; Raedschelders, K.; Van Eyk, J. E.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2015, 14, 2800-2813 10.1074/mcp.O114.042267