Large-scale prediction of collision cross-section values for metabolites in ion mobility-mass spectrometry

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 22, 2016, Pages 11084-11091

  Zhou, Zhiwei ^a   Shen, Xiaotao ^a   Tu, Jia ^a   Zhu, Zheng Jiang ^a  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; DATABASE SYSTEMS; FORECASTING; ION MOBILITY SPECTROMETERS; IONS; LEARNING ALGORITHMS; MACHINE LEARNING; MASS SPECTROMETRY; NITROGEN; SUPPORT VECTOR REGRESSION;

COLLISION CROSS SECTIONS; IDENTIFICATION ACCURACY; ION MOBILITY-MASS SPECTROMETRY; LARGE-SCALE PREDICTION; METABOLITE IDENTIFICATION; MOLECULAR DESCRIPTORS; SUPPORT VECTOR REGRESSION (SVR); THEORETICAL CALCULATIONS;

METABOLITES;

ALGORITHM; CROSS-SECTIONAL STUDY; HUMAN; ION MOBILITY SPECTROMETRY; MACHINE LEARNING; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS;

ALGORITHMS; CROSS-SECTIONAL STUDIES; HUMANS; ION MOBILITY SPECTROMETRY; MACHINE LEARNING; MASS SPECTROMETRY; METABOLOMICS;

EID: 85016501386     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b03091     Document Type: Article

References (43)

1. May, J. C.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2015, 87, 1422-1436.
2. Lanucara, F.; Holman, S. W.; Gray, C. J.; Eyers, C. E. Nat. Chem. 2014, 6, 281-294.
3. Bush, M. F.; Hall, Z.; Giles, K.; Hoyes, J.; Robinson, C. V.; Ruotolo, B. T. Anal. Chem. 2010, 82, 9557-9565.
4. Lapthorn, C.; Pullen, F.; Chowdhry, B. Z. Mass Spectrom. Rev. 2013, 32, 43-71.
5. Cajka, T.; Fiehn, O. Anal. Chem. 2016, 88, 524-545.
6. Jia, C.; Wu, Z.; Lietz, C. B.; Liang, Z.; Cui, Q.; Li, L. Anal. Chem. 2014, 86, 2917-2924.
7. Lietz, C. B.; Yu, Q.; Li, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, 25, 2009-2019.
8. Baker, E. S.; Burnum-Johnson, K. E.; Ibrahim, Y. M.; Orton, D. J.; Monroe, M. E.; Kelly, R. T.; Moore, R. J.; Zhang, X.; Theberge, R.; Costello, C. E.; Smith, R. D. Proteomics 2015, 15, 2766-2776.
9. Paglia, G.; Angel, P.; Williams, J. P.; Richardson, K.; Olivos, H. J.; Thompson, J. W.; Menikarachchi, L.; Lai, S.; Walsh, C.; Moseley, A.; Plumb, R. S.; Grant, D. F.; Palsson, B. O.; Langridge, J.; Geromanos, S.; Astarita, G. Anal. Chem. 2015, 87, 1137-1144.
10. Paglia, G.; Kliman, M.; Claude, E.; Geromanos, S.; Astarita, G. Anal. Bioanal. Chem. 2015, 407, 4995-5007.
11. Kyle, J. E.; Zhang, X.; Weitz, K. K.; Monroe, M. E.; Ibrahim, Y. M.; Moore, R. J.; Cha, J.; Sun, X.; Lovelace, E. S.; Wagoner, J.; Polyak, S. J.; Metz, T. O.; Dey, S. K.; Smith, R. D.; Burnum-Johnson, K. E.; Baker, E. S. Analyst 2016, 141, 1649-1659.
12. Dwivedi, P.; Wu, P.; Klopsch, S. J.; Puzon, G. J.; Xun, L.; Hill, H. H., Jr Metabolomics 2008, 4, 63-80.
13. Dwivedi, P.; Schultz, A. J.; Hill, H. H. Int. J. Mass Spectrom. 2010, 298, 78-90.
14. Hines, K. M.; Ashfaq, S.; Davidson, J. M.; Opalenik, S. R.; Wikswo, J. P.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2013, 85, 3651-3659.
15. Paglia, G.; Williams, J. P.; Menikarachchi, L.; Thompson, J. W.; Tyldesley-Worster, R.; Halldorsson, S.; Rolfsson, O.; Moseley, A.; Grant, D.; Langridge, J.; Palsson, B. O.; Astarita, G. Anal. Chem. 2014, 86, 3985-3993.
16. Chouinard, C. D.; Wei, M. S.; Beekman, C. R.; Kemperman, R. H.; Yost, R. A. Clin. Chem. 2016, 62, 124-133.
17. Patti, G. J.; Yanes, O.; Siuzdak, G. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 263-269.
18. Wishart, D. S. Nat. Rev. Drug Discovery 2016, 15, 473-484.
19. Zhu, Z. J.; Schultz, A. W.; Wang, J.; Johnson, C. H.; Yannone, S. M.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Protoc. 2013, 8, 451-460.
20. Tautenhahn, R.; Cho, K.; Uritboonthai, W.; Zhu, Z.; Patti, G. J.; Siuzdak, G. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 826-828.
21. Smith, C. A.; O'Maille, G.; Want, E. J.; Qin, C.; Trauger, S. A.; Brandon, T. R.; Custodio, D. E.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Ther. Drug Monit. 2005, 27, 747-751.
22. Horai, H.; Arita, M.; Kanaya, S.; Nihei, Y.; Ikeda, T.; Suwa, K.; Ojima, Y.; Tanaka, K.; Tanaka, S.; Aoshima, K.; Oda, Y.; Kakazu, Y.; Kusano, M.; Tohge, T.; Matsuda, F.; Sawada, Y.; Hirai, M. Y.; Nakanishi, H.; Ikeda, K.; Akimoto, N.; Maoka, T.; Takahashi, H.; Ara, T.; Sakurai, N.; Suzuki, H.; Shibata, D.; Neumann, S.; Iida, T.; Tanaka, K.; Funatsu, K.; Matsuura, F.; Soga, T.; Taguchi, R.; Saito, K.; Nishioka, T. J. Mass Spectrom. 2010, 45, 703-714.
23. METLIN, https://metlin.scripps.edu/index, accessed on August 8, 2016.
24. May, J. C.; Goodwin, C. R.; Lareau, N. M.; Leaptrot, K. L.; Morris, C. B.; Kurulugama, R. T.; Mordehai, A.; Klein, C.; Barry, W.; Darland, E.; Overney, G.; Imatani, K.; Stafford, G. C.; Fjeldsted, J. C.; McLean, J. A. Anal. Chem. 2014, 86, 2107-2116.
25. Stephan, S.; Jakob, C.; Hippler, J.; Schmitz, O. J. Anal. Bioanal. Chem. 2016, 408, 3751-3759.
26. Stephan, S.; Hippler, J.; Kohler, T.; Deeb, A. A.; Schmidt, T. C.; Schmitz, O. J. Anal. Bioanal. Chem. 2016, 408, 6545-6555.
27. Campuzano, I.; Bush, M. F.; Robinson, C. V.; Beaumont, C.; Richardson, K.; Kim, H.; Kim, H. I. Anal. Chem. 2012, 84, 1026-1033.
28. Lapthorn, C.; Pullen, F. S.; Chowdhry, B. Z.; Wright, P.; Perkins, G. L.; Heredia, Y. Analyst 2015, 140, 6814-6823.
29. Boschmans, J.; Jacobs, S.; Williams, J. P.; Palmer, M.; Richardson, K.; Giles, K.; Lapthorn, C.; Herrebout, W. A.; Lemiere, F.; Sobott, F. Analyst 2016, 141, 4044-4054.
30. Mesleh, M.; Hunter, J.; Shvartsburg, A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082-16086.
31. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86-91.
32. Lapthorn, C.; Dines, T. J.; Chowdhry, B. Z.; Perkins, G. L.; Pullen, F. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013, 27, 2399-2410.
33. Poyer, S.; Loutelier-Bourhis, C.; Coadou, G.; Mondeguer, F.; Enche, J.; Bossee, A.; Hess, P.; Afonso, C. J. Mass Spectrom. 2015, 50, 175-181.
34. Shah, A. R.; Agarwal, K.; Baker, E. S.; Singhal, M.; Mayampurath, A. M.; Ibrahim, Y. M.; Kangas, L. J.; Monroe, M. E.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Bioinformatics 2010, 26, 1601-1607.
35. Wang, B.; Valentine, S.; Plasencia, M.; Raghuraman, S.; Zhang, X. BMC Bioinf. 2010, 11, 182.
36. Wishart, D. S.; Jewison, T.; Guo, A. C.; Wilson, M.; Knox, C.; Liu, Y.; Djoumbou, Y.; Mandal, R.; Aziat, F.; Dong, E.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Arndt, D.; Xia, J.; Liu, P.; Yallou, F.; Bjorndahl, T.; Perez-Pineiro, R.; Eisner, R.; Allen, F.; Neveu, V.; Greiner, R.; Scalbert, A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D801-807.
37. Cai, Y.; Weng, K.; Guo, Y.; Peng, J.; Zhu, Z.-J. Metabolomics 2015, 11, 1575-1586.
38. Kurulugama, R. T.; Darland, E.; Kuhlmann, F.; Stafford, G.; Fjeldsted, J. Analyst 2015, 140, 6834-6844.
39. Mordehai, A.; Kurulugama, R.; Darland, E.; Stafford, G.; Fjeldsted, J. Proceedings of the 63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, MO, May 31-June 4, 2015; MP 126.
40. Steinwart, I.; Christmann, A. Support Vector Machines; Springer Science & Business Media: New York, 2008.
41. Ren, S.; Hinzman, A. A.; Kang, E. L.; Szczesniak, R. D.; Lu, L. J. Metabolomics 2015, 11, 1492-1513.
42. Shen, X.; Gong, X.; Cai, Y.; Guo, Y.; Tu, J.; Li, H.; Zhang, T.; Wang, J.; Xue, F.; Zhu, Z.-J. Metabolomics 2016, 12, 89.
43. Brereton, R. G.; Lloyd, G. R. Analyst 2010, 135, 230-267.