Combining density functional theory (DFT) and collision cross-section (CCS) calculations to analyze the gas-phase behaviour of small molecules and their protonation site isomers

Analyst

Volumn 141, Issue 13, 2016, Pages 4044-4054

  Boschmans, Jasper ^a   Jacobs, Sam ^a   Williams, Jonathan P ^b   Palmer, Martin ^b   Richardson, Keith ^b   Giles, Kevin ^b   Lapthorn, Cris ^c   Herrebout, Wouter A ^a   Lemière, Filip ^a   Sobott, Frank ^a,d  

^a UNIVERSITY OF ANTWERP   (Belgium)

^b WATERS CORPORATION   (United States)

^c UNIVERSITY OF GREENWICH   (United Kingdom)

^d UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84976361843     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5an02456k     Document Type: Article

References (52)

1. K. Giles S. D. Pringle K. R. Worthington D. Little J. L. Wildgoose R. H. Bateman Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004 18 2401 2414
2. K. Thalassinos S. E. Slade K. R. Jennings J. H. Scrivens K. Giles J. Wildgoose J. Hoyes R. H. Bateman M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2004 236 55 63
3. H. A. Sawyer J. T. Marini E. G. Stone B. T. Ruotolo K. J. Gillig D. H. Russell J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005 16 893 905
4. S. D. Pringle K. Giles J. L. Wildgoose J. P. Williams S. E. Slade K. Thalassinos R. H. Bateman M. T. Bowers J. H. Scrivens Int. J. Mass Spectrom. 2007 261 1 12
5. C. A. Scarff K. Thalassinos G. R. Hilton J. H. Scrivens Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008 22 3297 3304
6. D. P. Smith T. W. Knapman I. Campuzano R. W. Malham J. T. Berryman S. E. Radford A. E. Ashcroft Eur. J. Mass Spectrom. 2009 15 113 130
7. C. W. N. Damen W. Chen A. B. Chakraborty M. van Oosterhout J. R. Mazzeo J. C. Gebler J. H. M. Schellens H. Rosing J. H. Beijnen J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 2021 2033
8. C. Atmanene S. Petiot-Bécard D. Zeyer A. Van Dorsselaer V. Vivat Hannah S. Sanglier-Cianférani Anal. Chem. 2012 84 4703 4710
9. A. Konijnenberg A. Butterer F. Sobott Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2013 1834 1239 1256
10. B. T. Ruotolo J. L. P. Benesch A. M. Sandercock S.-J. Hyung C. V. Robinson Nat. Protoc. 2008 3 1139 1152
11. C. Uetrecht R. J. Rose E. Van Duijn K. Lorenzen A. J. R. Heck Chem. Soc. Rev. 2010 39 1633 1655
12. M. F. Bush I. D. G. Campuzano C. V. Robinson Anal. Chem. 2012 84 7124 7130
13. J. L. Benesch B. T. Ruotolo Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 641 649
14. J. Snijder R. J. Rose D. Veesler J. E. Johnson A. J. R. Heck Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 4020 4023
15. L. Han B. T. Ruotolo Int. J. Ion Mobility Spectrom. 2013 16 41 50
16. M. Benassi Y. E. Corilo D. Uria R. Augusti M. N. Eberlin J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 269 277
17. J. P. Williams T. Bugarcic A. Habtemariam K. Giles I. Campuzano P. M. Rodger P. J. Sadler J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009 20 1119 1122
18. M. Zhu B. Bendiak B. Clowers H. H. Hill Anal. Bioanal. Chem. 2009 394 1853 1867
19. G. J. Dear J. Munoz-Muriedas C. Beaumont A. Roberts J. Kirk J. P. Williams I. Campuzano Rapid Commun. Mass Spectrom. 2010 24 3157 3162
20. M. Fasciotti A. F. Gomes F. C. Gozzo B. A. Iglesias G. F. de Sá R. J. Daroda M. Toganoh H. Furuta K. Araki M. N. Eberlin Org. Biomol. Chem. 2012 10 8396 8402
21. L. Ahonen M. Fasciotti G. B. A. Gennäs T. Kotiaho R. J. Daroda R. M. Eberlin R. Kostiainen J. Chromatogr., A 2013 1310 133 137
22. V. E. Wright F. Castro-Gómez E. Jurneczko J. C. Reynolds A. Poulton S. D. R. Christie P. Barran C. Bo C. S. Creaser Int. J. Ion Mobility Spectrom. 2013 16 61 67
23. J. P. Williams J. M. Brown I. Campuzano P. J. Sadler Chem. Commun. 2010 46 5458 5460
24. J. Hofmann H. S. Hahm P. H. Seeberger K. Pagel Nature 2015 526 241 244
25. P. M. Lalli B. A. Iglesias H. E. Toma G. F. Sa R. J. Daroda J. C. Silva Filho J. E. Szulejko K. Araki M. N. Eberlin J. Mass Spectrom. 2012 47 712 719
26. A. Kaufmann P. Butcher K. Maden M. Widmer K. Giles D. Uria Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009 23 985 998
27. C. Lapthorn T. J. Dines B. Z. Chowdhry G. L. Perkins F. S. Pullen Rapid Commun. Mass Spectrom. 2013 27 2399 2410
28. S. Warnke J. Seo J. Boschmans F. Sobott J. H. Scrivens C. Bleiholder M. T. Bowers S. Gewinner W. Schöllkopf K. Pagel G. von Helden J. Am. Chem. Soc. 2015 137 4236 4242
29. R. S. Galaverna G. A. Bataglion G. Heerdt G. F. de Sa R. Daroda V. S. Cunha N. H. Morgon M. N. Eberlin Eur. J. Org. Chem. 2015 2189 2196
30. P. M. Lalli Y. E. Corilo M. Fasciotti M. F. Riccio G. F. de Sá R. J. Daroda G. H. M. F. Souza M. McCullagh M. D. Bartberger M. N. Eberlin I. D. G. Campuzano J. Mass Spectrom. 2013 48 989 997
31. T. G. Flick I. D. G. Campuzano M. D. Bartberger Anal. Chem. 2015 87 3300 3307
32. M. F. Mesleh J. M. Hunter A. A. Shvartsburg G. C. Schatz M. F. Jarrold J. Phys. Chem. 1996 100 16082 16086
33. A. A. Shvartsburg M. F. Jarrold Chem. Phys. Lett. 1996 261 86 91
34. T. W. Knapman J. T. Berryman I. Campuzano S. A. Harris A. E. Ashcroft Int. J. Mass Spectrom. 2010 298 17 23
35. C. Bleiholder T. Wyttenbach M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2011 308 1 10
36. S. E. Anderson C. Bleiholder E. R. Brocker P. J. Stang M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2012 330-332 78 84
37. C. Bleiholder S. Contreras T. D. Do M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2013 345-347 89 96
38. C. Bleiholder S. Contreras M. T. Bowers Int. J. Mass Spectrom. 2013 354-355 275 280
39. E. G. Marklund, M. T. Degiacomi, C. V. Robinson, A. J. Baldwin and J. L. P. Benesch, Collision Cross Sections for Structural Proteomics, Structure, http://impact.chem.ox.ac.uk (accessed May 2015)
40. D. Guillarme H. Kim J. Ruta H. I. Kim S. Rudaz P. V. Johnson J.-L. Veuthey L. W. Beegle J. L. Beauchamp W. A. Goddard I. Kanik Anal. Chem. 2008 80 1928 1936
41. I. Campuzano M. F. Bush C. V. Robinson C. Beaumont K. Richardson H. Kim H. I. Kim Anal. Chem. 2012 84 1026 1033
42. C. Lapthorn F. S. Pullen B. Z. Chowdhry P. Wright G. L. Perkins Y. Heredia Analyst 2015 140 6814 6823
43. H. Lavanant V. Tognetti C. Afonso J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014 25 572 580
44. S. A. Stout C. M. Riley Int. J. Pharm. 1985 24 193 208
45. TINKER-Software Tools for Molecular Design, http://dasher.wustl.edu/tinker (accessed January 2015)
46. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Revision D.01, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2009
47. Avogadro-An Open-source Molecular Builder and Visualization Tool, http://avogadro.cc/wiki/Main-Page (accessed May 2015)
48. VMD-Visual Molecular Dynamics, http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd (accessed January 2015)
49. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten VMD-Visual Molecular Dynamics J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
50. MobCal-A Program to Calculate Mobilities, http://www.indiana.edu/~nano/software.html (accessed May 2015)
51. MobCalPARSER, http://sourceforge.net/projects/mobcalparser (accessed May 2015)
52. Collision Cross Section Database, http://depts.washington.edu/bushlab/ccsdatabase (accessed February 2015)