Toward structure prediction of cyclic peptides

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 17, Issue 6, 2015, Pages 4210-4219

  Yu, Hongtao ^a   Lin, Yu Shan ^a  

^a TUFTS UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYCLOPEPTIDE;

CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN CONFORMATION;

CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PEPTIDES, CYCLIC; PROTEIN CONFORMATION;

EID: 84964284179     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c4cp04580g     Document Type: Article

References (82)

1. D. P. Ryan J. M. Matthews Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 441 446
2. S. Jones J. M. Thornton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 13 20
3. L. L. Conte C. Chothia J. Janin J. Mol. Biol. 1999 285 2177 2198
4. J. A. Wells C. L. McClendon Nature 2007 450 1001 1009
5. E. Biron J. Chatterjee O. Ovadia D. Langenegger J. Brueggen D. Hoyer H. A. Schmid R. Jelinek C. Gilon A. Hoffman H. Kessler Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 2595 2599
6. T. R. White C. M. Renzelman A. C. Rand T. Rezai C. M. McEwen V. M. Gelev R. A. Turner R. G. Linington S. S. F. Leung A. S. Kalgutkar J. N. Bauman Y. Zhang S. Liras D. A. Price A. M. Mathiowetz M. P. Jacobson R. S. Lokey Nat. Chem. Biol. 2011 7 810 817
7. J. G. Beck J. Chatterjee B. Laufer M. U. Kiran A. O. Frank S. Neubauer O. Ovadia S. Greenberg C. Gilon A. Hoffman H. Kessler J. Am. Chem. Soc. 2012 134 12125 12133
8. D. S. Nielsen H. N. Hoang R. J. Lohman T. A. Hill A. J. Lucke D. J. Craik D. J. Edmonds D. A. Griffith C. J. Rotter R. B. Ruggeri D. A. Price S. Liras D. P. Fairlie Angew. Chem., Int. Ed. 2014 53 12059 12063
9. L. Jin S. C. Harrison Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 13522 13526
10. G. F. Gause M. G. Brazhnikova Nature 1944 154 703
11. P. J. Loll P. H. Axelsen Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000 29 265 289
12. P. Sandhu X. Xu P. J. Bondiskey S. K. Balani M. L. Morris Y. S. Tang A. R. Miller P. G. Pearson Antimicrob. Agents Chemother. 2004 48 1272 1280
13. V. Dewan T. Liu K. M. Chen Z. Qian Y. Xiao L. Kleiman K. V. Mahasenan C. Li H. Matsuo D. Pei K. Musier-Forsyth ACS Chem. Biol. 2012 7 761 769
14. S. Liu W. Gu D. Lo X. Z. Ding M. Ujiki T. E. Adrian G. A. Soff R. B. Silverman J. Med. Chem. 2005 48 3630 3638
15. E. M. Driggers S. P. Hale J. Lee N. K. Terrett Nat. Rev. Drug Discovery 2008 7 608 624
16. J. Chatterjee D. Mierke H. Kessler J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15164 15172
17. C. Baysal H. Meirovitch Biopolymers 2000 53 423 433
18. T. Rezai J. E. Bock M. V. Zhou C. Kalyanaraman R. S. Lokey M. P. Jacobson J. Am. Chem. Soc. 2006 128 14073 14080
19. C. Baysal H. Meirovitch Biopolymers 2000 54 416 428
20. J. Beaufays L. Lins A. Thomas R. Brasseur J. Pept. Sci. 2012 18 17 24
21. J. M. Damas L. C. S. Filipe S. R. R. Campos D. Lousa B. L. Victor A. M. Baptista C. M. Soares J. Chem. Theory Comput. 2013 9 5148 5157
22. A. M. Razavi W. M. Wuest V. A. Voelz J. Chem. Inf. Model. 2014 54 1425 1432
23. R. N. Riemann M. Zacharias J. Pept. Res. 2004 63 354 364
24. D. J. Earl M. W. Deem Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 3910 3916
25. J. Kästner Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2011 1 932 942
26. A. Mitsutake Y. Sugita Y. Okamoto Biopolymers 2001 60 96 123
27. R. Faller Q. Yan J. J. de Pablo J. Chem. Phys. 2002 116 5419 5423
28. M. K. Fenwick F. A. Escobedo J. Chem. Phys. 2003 119 11998 12010
29. S. W. Rick J. Chem. Phys. 2007 126 054102
30. L. Zheng M. Chen W. Yang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 20227 20232
31. A. J. Ballard C. Jarzynski Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 12224 12229
32. A. J. Lee S. W. Rick J. Chem. Phys. 2009 131 174113
33. J. D. Chodera M. R. Shirts J. Chem. Phys. 2011 135 194110
34. P. Liu B. Kim R. A. Friesner B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13749 13754
35. S. Piana A. Laio J. Phys. Chem. B 2007 111 4553 4559
36. Y. Sugita Y. Okamoto Chem. Phys. Lett. 1999 314 141 151
37. A. Patriksson D. van der Spoel Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2073 2077
38. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
39. N. Todorova F. Marinelli S. Piana I. Yarovsky J. Phys. Chem. B 2009 113 3556 3564
40. F. Baftizadeh P. Cossio F. Pietrucci A. Laio Curr. Phys. Chem. 2012 2 79 91
41. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz, Jr. D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
42. P. A. Kollman Acc. Chem. Res. 1996 29 461 469
43. J. Wang P. Cieplak P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2000 21 1049 1074
44. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. Wang P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
45. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins 2006 65 712 725
46. K. Lindorff-Larsen S. Piana K. Palmo P. Maragakis J. L. Klepeis R. O. Dror D. E. Shaw Proteins 2010 78 1950 1958
47. G. A. Kaminski R. A. Friesner J. Phys. Chem. B 2001 105 6474 6487
48. L. D. Schuler X. Daura W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2001 22 1205 1218
49. C. Oostenbrink A. Villa A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2004 25 1656 1676
50. N. Schmid A. P. Eichenberger A. Choutko S. Riniker M. Winger A. E. Mark W. F. van Gunsteren Eur. Biophys. J. 2011 40 843 856
51. A. J. Kamens R. J. Eisert T. Corlin J. D. Baleja J. A. Kritzer Biochemistry 2014 53 4758 4760
52. E. F. Pettersen T. D. Goddard C. C. Huang G. S. Couch D. M. Greenblatt E. C. Meng T. E. Ferrin J. Comput. Chem. 2004 25 1605 1612
53. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
54. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 014101
55. A. Cheng K. M. J. Merz, Jr. J. Phys. Chem. 1996 100 1927 1937
56. M. Lingenheil R. Denschlag R. Reichold P. Tavan J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1293 1306
57. A. Mor G. Ziv Y. Levy J. Comput. Chem. 2008 29 1992 1998
58. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
59. R. W. Hockney S. P. Goel J. W. Eastwood J. Comput. Phys. 1974 14 148 158
60. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. G. E. M. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463 1472
61. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
62. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer simulation of liquids, Clarendon press, Oxford, 1987
63. G. A. Tribello M. Bonomi D. Branduardi C. Camilloni G. Bussi Comput. Phys. Commun. 2014 185 604 613
64. F. Marinelli F. Pietrucci A. Laio S. Piana PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000452
65. T. Ichiye M. Karplus Proteins 1991 11 205 217
66. A. E. García Phys. Rev. Lett. 1992 68 2696 2699
67. A. Amadei A. B. M. Linssen H. J. C. Berendsen Proteins 1993 17 412 425
68. A. Kitao N. Go Curr. Opin. Struct. Biol. 1999 9 164 169
69. B. L. de Groot X. Daura A. E. Mark H. Grubmüller J. Mol. Biol. 2001 309 299 313
70. Y. Mu P. H. Nguyen G. Stock Proteins 2005 58 45 52
71. A. Jain R. Hegger G. Stock J. Phys. Chem. Lett. 2010 1 2769 2773
72. S. R. R. Campos M. Machuqueiro A. M. Baptista J. Phys. Chem. B 2010 114 12692 12700
73. S. R. R. Campos A. M. Baptista J. Phys. Chem. B 2009 113 15989 16001
74. F. Sittel A. Jain G. Stock J. Chem. Phys. 2014 141 014111
75. A. Rodriguez A. Laio Science 2014 344 1492 1496
76. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
77. W. L. Jorgensen J. D. Madura Mol. Phys. 1985 56 1381 1392
78. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren and J. Hermans, in Intermolecular forces, ed., B. Pullman, 1981, p. 331
79. F. Jiang C. Y. Zhou Y. D. Wu J. Phys. Chem. B 2014 118 6983 6998
80. H. W. Horn W. C. Swope J. W. Pitera J. D. Madura T. J. Dick G. L. Hura T. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2004 120 9665 9678
81. G. L. Butterfoss B. Yoo J. N. Jaworski I. Chorny K. A. Dill R. N. Zuckermann R. Bonneau K. Kirshenbaum V. A. Voelz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 14320 14325
82. V. A. Voelz G. Zhou J. Comput. Chem. 2014 35 2215 2224