Improved Identification and Analysis of Small Open Reading Frame Encoded Polypeptides

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 7, 2016, Pages 3967-3975

  Ma, Jiao ^a,b   Diedrich, Jolene K ^b,c   Jungreis, Irwin ^d,e   Donaldson, Cynthia ^b   Vaughan, Joan ^b   Kellis, Manolis ^d,e   Yates, John R ^b,c   Saghatelian, Alan ^b  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

^b SALK INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STUDIES   (United States)

^c SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^d MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^e BROAD INSTITUTE OF MIT AND HARVARD   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR BIOLOGY;

CELLULAR CONDITIONS; HUMAN GENES; ISOLATION AND IDENTIFICATION; OPEN READING FRAME; PROTEIN-CODING; PROTEOMIC; PROTEOMIC APPROACHES; PROTEOMICS;

PROTEINS;

PEPTIDE;

GENETICS; HEK293 CELL LINE; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; K-562 CELL LINE; OPEN READING FRAME; TUMOR CELL CULTURE;

HEK293 CELLS; HUMANS; K562 CELLS; OPEN READING FRAMES; PEPTIDES; TUMOR CELLS, CULTURED;

EID: 84963893825     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b00191     Document Type: Article

References (44)

1. Hashimoto, Y.; Niikura, T.; Tajima, H.; Yasukawa, T.; Sudo, H.; Ito, Y.; Kita, Y.; Kawasumi, M.; Kouyama, K.; Doyu, M.; Sobue, G.; Koide, T.; Tsuji, S.; Lang, J.; Kurokawa, K.; Nishimoto, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 6336-6341 10.1073/pnas.101133498
2. Guo, B.; Zhai, D.; Cabezas, E.; Welsh, K.; Nouraini, S.; Satterthwait, A. C.; Reed, J. C. Nature 2003, 423, 456-461 10.1038/nature01627
3. Zhai, D.; Luciano, F.; Zhu, X.; Guo, B.; Satterthwait, A. C.; Reed, J. C. J. Biol. Chem. 2005, 280, 15815-15824 10.1074/jbc.M411902200
4. Bliss, M. The Discovery of Insulin; University of Chicago Press: Chicago, 2013.
5. Bliss, M.; Purkis, R. The Discovery of Insulin; University of Chicago Press: Chicago, 1982.
6. De Lecea, L.; Kilduff, T.; Peyron, C.; Gao, X.-B.; Foye, P.; Danielson, P.; Fukuhara, C.; Battenberg, E.; Gautvik, V.; Bartlett, F. n. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998, 95, 322-327 10.1073/pnas.95.1.322
7. Sakurai, T.; Amemiya, A.; Ishii, M.; Matsuzaki, I.; Chemelli, R. M.; Tanaka, H.; Williams, S. C.; Richardson, J. A.; Kozlowski, G. P.; Wilson, S. Cell 1998, 92, 573-585 10.1016/S0092-8674(00)80949-6
8. Vale, W.; Spiess, J.; Rivier, C.; Rivier, J. Science 1981, 213, 1394-1397 10.1126/science.6267699
9. Ladoukakis, E.; Pereira, V.; Magny, E. G.; Eyre-Walker, A.; Couso, J. P. Genome Biol. 2011, 12, R118 10.1186/gb-2011-12-11-r118
10. Lee, C.; Zeng, J.; Drew, B. G.; Sallam, T.; Martin-Montalvo, A.; Wan, J.; Kim, S. J.; Mehta, H.; Hevener, A. L.; de Cabo, R.; Cohen, P. Cell Metab. 2015, 21, 443-454 10.1016/j.cmet.2015.02.009
11. Slavoff, S. A.; Heo, J.; Budnik, B. A.; Hanakahi, L. A.; Saghatelian, A. J. Biol. Chem. 2014, 289, 10950-10957 10.1074/jbc.C113.533968
12. Galindo, M. I.; Pueyo, J. I.; Fouix, S.; Bishop, S. A.; Couso, J. P. PLoS Biol. 2007, 5, e106 10.1371/journal.pbio.0050106
13. Kondo, T.; Hashimoto, Y.; Kato, K.; Inagaki, S.; Hayashi, S.; Kageyama, Y. Nat. Cell Biol. 2007, 9, 660-665 10.1038/ncb1595
14. Hemm, M. R.; Paul, B. J.; Miranda-Ríos, J.; Zhang, A.; Soltanzad, N.; Storz, G. J. Bacteriol. 2010, 192, 46-58 10.1128/JB.00872-09
15. Hemm, M. R.; Paul, B. J.; Schneider, T. D.; Storz, G.; Rudd, K. E. Mol. Microbiol. 2008, 70, 1487-1501 10.1111/j.1365-2958.2008.06495.x
16. Wadler, C. S.; Vanderpool, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 20454-20459 10.1073/pnas.0708102104
17. Hanada, K.; Higuchi-Takeuchi, M.; Okamoto, M.; Yoshizumi, T.; Shimizu, M.; Nakaminami, K.; Nishi, R.; Ohashi, C.; Iida, K.; Tanaka, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013, 110, 2395-2400 10.1073/pnas.1213958110
18. Aspden, J. L.; Eyre-Walker, Y. C.; Phillips, R. J.; Amin, U.; Mumtaz, M. A. S.; Brocard, M.; Couso, J.-P. eLife 2014, 3, e03528 10.7554/eLife.03528
19. Frith, M. C.; Forrest, A. R.; Nourbakhsh, E.; Pang, K. C.; Kai, C.; Kawai, J.; Carninci, P.; Hayashizaki, Y.; Bailey, T. L.; Grimmond, S. M. PLoS Genet. 2006, 2, e52 10.1371/journal.pgen.0020052
20. Kastenmayer, J. P.; Ni, L.; Chu, A.; Kitchen, L. E.; Au, W. C.; Yang, H.; Carter, C. D.; Wheeler, D.; Davis, R. W.; Boeke, J. D.; Snyder, M. A.; Basrai, M. A. Genome Res. 2006, 16, 365-373 10.1101/gr.4355406
21. Ma, J.; Ward, C. C.; Jungreis, I.; Slavoff, S. A.; Schwaid, A. G.; Neveu, J.; Budnik, B. A.; Kellis, M.; Saghatelian, A. J. Proteome. Res. 2014, 13, 1757-1765 10.1021/pr401280w
22. Oyama, M.; Kozuka-Hata, H.; Suzuki, Y.; Semba, K.; Yamamoto, T.; Sugano, S. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1000-1006 10.1074/mcp.M600297-MCP200
23. Slavoff, S. A.; Mitchell, A. J.; Schwaid, A. G.; Cabili, M. N.; Ma, J.; Levin, J. Z.; Karger, A. D.; Budnik, B. A.; Rinn, J. L.; Saghatelian, A. Nat. Chem. Biol. 2012, 9, 59-64 10.1038/nchembio.1120
24. Vanderperre, B.; Lucier, J. F.; Bissonnette, C.; Motard, J.; Tremblay, G.; Vanderperre, S.; Wisztorski, M.; Salzet, M.; Boisvert, F. M.; Roucou, X. PLoS One 2013, 8, e70698 10.1371/journal.pone.0070698
25. Vanderperre, B.; Lucier, J. F.; Roucou, X. Database 2012, 2012, bas025 10.1093/database/bas025
26. Bazzini, A. A.; Johnstone, T. G.; Christiano, R.; Mackowiak, S. D.; Obermayer, B.; Fleming, E. S.; Vejnar, C. E.; Lee, M. T.; Rajewsky, N.; Walther, T. C.; Giraldez, A. J. EMBO J. 2014, 33, 981-993 10.1002/embj.201488411
27. Ingolia, N. T.; Lareau, L. F.; Weissman, J. S. Cell 2011, 147, 789-802 10.1016/j.cell.2011.10.002
28. Branca, R. M.; Orre, L. M.; Johansson, H. J.; Granholm, V.; Huss, M.; Pérez-Bercoff, Å.; Forshed, J.; Käll, L.; Lehtiö, J. Nat. Methods 2013, 11, 59-62 10.1038/nmeth.2732
29. Castellana, N.; Bafna, V. J. Proteomics 2010, 73, 2124-2135 10.1016/j.jprot.2010.06.007
30. Xu, T.; Park, S. K.; Venable, J. D.; Wohlschlegel, J. A.; Diedrich, J. K.; Cociorva, D.; Lu, B.; Liao, L.; Hewel, J.; Han, X.; Wong, C. C.; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y.; Shah, H.; Yates, J. R., 3rd J. Proteomics 2015, 129, 16-24 10.1016/j.jprot.2015.07.001
31. Cociorva, D.; Tabb, D. L.; Yates, J. R. Curr. Protoc. Bioinformatics 2007, 16.
32. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., 3rd J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26 10.1021/pr015504q
33. Kozak, M. Cell 1986, 44, 283-292 10.1016/0092-8674(86)90762-2
34. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R., 3rd Anal. Chem. 2004, 76, 4193-4201 10.1021/ac0498563
35. Vale, W.; Vaughan, J.; Jolley, D.; Yamamoto, G.; Bruhn, T.; Seifert, H.; Perrin, M.; Thorner, M.; Rivier, J. Methods Enzymol. 1986, 124, 389-401 10.1016/0076-6879(86)24030-6
36. Vale, W.; Vaughan, J.; Yamamoto, G.; Bruhn, T.; Douglas, C.; Dalton, D.; Rivier, C.; Rivier, J. Methods Enzymol. 1983, 103, 565-577 10.1016/S0076-6879(83)03040-2
37. Diedrich, J. K.; Pinto, A. F.; Yates, J. R., 3rd J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2013, 24, 1690-1699 10.1007/s13361-013-0709-7
38. Andreev, D. E.; O'Connor, P. B.; Fahey, C.; Kenny, E. M.; Terenin, I. M.; Dmitriev, S. E.; Cormican, P.; Morris, D. W.; Shatsky, I. N.; Baranov, P. V. eLife 2015, 4, e03971 10.7554/eLife.03971
39. Lau, A. T.; He, Q. Y.; Chiu, J. F. Biochem. J. 2004, 382, 641-650 10.1042/BJ20040224
40. MacLean, B.; Tomazela, D. M.; Shulman, N.; Chambers, M.; Finney, G. L.; Frewen, B.; Kern, R.; Tabb, D. L.; Liebler, D. C.; MacCoss, M. J. Bioinformatics 2010, 26, 966-968 10.1093/bioinformatics/btq054
41. Schilling, B.; Rardin, M. J.; MacLean, B. X.; Zawadzka, A. M.; Frewen, B. E.; Cusack, M. P.; Sorensen, D. J.; Bereman, M. S.; Jing, E.; Wu, C. C.; Verdin, E.; Kahn, C. R.; Maccoss, M. J.; Gibson, B. W. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 202-214 10.1074/mcp.M112.017707
42. Dahl, L. D.; Corydon, T. J.; Ränkel, L.; Nielsen, K. M.; Füchtbauer, E.-M.; Knudsen, C. R. Cancer Cell Int. 2014, 14, 17 10.1186/1475-2867-14-17
43. Rho, S. B.; Park, Y. G.; Park, K.; Lee, S.-H.; Lee, J.-H. FEBS Lett. 2006, 580, 4073-4080 10.1016/j.febslet.2006.06.047
44. Anderson, D. M.; Anderson, K. M.; Chang, C. L.; Makarewich, C. A.; Nelson, B. R.; McAnally, J. R.; Kasaragod, P.; Shelton, J. M.; Liou, J.; Bassel-Duby, R.; Olson, E. N. Cell 2015, 160, 595-606 10.1016/j.cell.2015.01.009