Dynamical discrete/continuum linear response shells theory of solvation: Convergence test for NH4+ and OH- ions in water solution using DFT and DFTB methods

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 48, 2010, Pages 15941-15947

  De Lima, Guilherme Ferreira ^a   Duarte, Hélio Anderson ^a   Pliego Jr , Josefredo R ^b  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF MINAS GERAIS   (Brazil)

^b FEDERAL UNIVERSITY OF SÃO JOÃO DEL REI   (Brazil)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONTINUUM MECHANICS; MOLECULAR DYNAMICS; SOLID STATE PHYSICS; SOLVATION; SOLVENTS;

BORN MODEL; CONTINUUM MODEL; CONTINUUM SOLVATION MODELS; CONVERGENCE TEST; DFT LEVELS; EXPLICIT SOLVENTS; EXPLICIT WATER; INNER SHELL; INTERACTION ENERGIES; LINEAR RESPONSE; LINEAR RESPONSE APPROXIMATION; LONG-RANGE CORRECTIONS; MOLECULAR DYNAMICS CALCULATION; SOLUTE-SOLVENT INTERACTION; SOLVATION MODELS; SOLVATION SHELL; VARIABLE NUMBER; WATER MOLECULE; WATER SOLUTIONS; WATER SOLVENTS;

MOLECULES;

EID: 84962438814     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp110202e     Document Type: Article

References (77)

1. Oliveira, A. F.; Seifert, G.; Heine, T.; Duarte, H. A. J. Braz. Chem. Soc. 2009, 20, 1193
2. Hummer, G.; Pratt, L. R.; Garcia, A. E. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1206
3. Almerindo, G. I.; Tondo, D. W.; Pliego, J. R. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 166
4. Pliego, J. R., Jr.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7241
5. Pliego, J. R., Jr.; Riveros, J. M. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 543
6. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Ashbaugh, H. S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 2702
7. Bandyopadhyay, P.; Gordon, M. S.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5023
8. Boes, E. S.; Livotto, P. R.; Stassen, H. Chem. Phys. 2006, 331, 142
9. Brancato, G.; Di Nola, A.; Barone, V.; Amadei, A. J. Chem. Phys. 2005, 122
10. Brancato, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2006, 124
11. Cossi, M.; Barone, V.; Cammi, R.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 327
12. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 1999, 99, 2161
13. Curutchet, C.; Bidon-Chanal, A.; Soteras, I.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3565
14. Curutchet, C.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G.; Ruiz-Lopez, M. F.; Rinaldi, D.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2003, 24, 284
15. Curutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1180
16. Curutchet, C.; Orozco, M.; Luque, F. J.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1769
17. da Silva, E. F.; Svendsen, H. F.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6404
18. Gao, J. Acc. Chem. Res. 1996, 29, 298
19. Grossfield, A.; Ren, P. Y.; Ponder, J. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15671
20. Hofinger, S.; Zerbetto, F. Chem.-Eur. J. 2003, 9, 566
21. Im, W.; Berneche, S.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 114, 2924
22. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 1133
23. Luque, F. J.; Curutchet, C.; Munoz-Muriedas, J.; Bidon-Chanal, A.; Soteras, I.; Morreale, A.; Gelpi, J. L.; Orozco, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 3827
24. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378
25. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999
26. Tse, J. S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 249
27. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027
28. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi J. Chem. Phys. 1981, 55, 117
29. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8305
30. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Science 1992, 256, 213
31. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput. Aided Mol. Des. 1992, 6, 629
32. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1089
33. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 16066
34. Pliego, J. R., Jr.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 7434
35. Asthagiri, D.; Pratt, L. R. Chem. Phys. Lett. 2003, 371, 613
36. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D.; Gomez, M. A. Chem. Phys. Lett. 2003, 380, 530
37. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Paulaitis, M. E.; Rempe, S. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1285
38. Rempe, S. B.; Asthagiri, D.; Pratt, L. R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1966
39. Westphal, E.; Pliego, J. R. J. Chem. Phys. 2005, 123
40. da Silva, C. O.; Barbosa, A. G. H.; da Silva, E. T.; da Silva, E. L. L.; Nascimento, M. A. C. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 231
41. de Abreu, H. A.; Guimaraes, L.; Duarte, H. A. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 7713
42. de Abreu, H. A.; Guimaraes, L.; Duarte, H. A. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 2467
43. Guimaraes, L.; de Abreu, H. A.; Duarte, H. A. Chem. Phys. 2007, 333, 10
44. Kelly, C. P.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2493
45. Li, J.; Fisher, C. L.; Chen, J. L.; Bashford, D.; Noodleman, L. Inorg. Chem. 1996, 35, 4694
46. Zhao, Y. L.; Meot-Ner, M.; Gonzalez, C. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 2967
47. Almlof, M.; Carlsson, J.; Aqvist, J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 2162
48. Aqvist, J.; Hansson, T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9512
49. Ben-Amotz, D.; Underwood, R. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 957
50. Carlson, H. A.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 10667
51. Pliego, Jr., J. R. Theor. Chem. Acc., in press.
52. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S. T. J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Revision D.01.; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
53. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396
54. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098
55. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
56. Elstner, M. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 316
57. Zhechkov, L.; Heine, T.; Patchkovskii, S.; Seifert, G.; Duarte, H. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 841
58. Aradi, B.; Hourahine, B.; Frauenheim, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5678
59. Koster, A. M.; Flores, R.; Gludtner, G.; Goursot, A.; Heine, T.; Patchkovskii, S.; Reveles, J. U.; Vela, A.; Salahub, D. R. deMon. NRC: Ottawa, Canadá, 2004.
60. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
61. Cances, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032
62. Miertus, S.; Tomasi J. Chem. Phys. 1982, 65, 239
63. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347
64. Intharathep, P.; Tongraar, A.; Sagarik, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1329
65. Pliego, J. R.; Riveros, J. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5155
66. Pliego, J. R.; Riveros, J. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 4045
67. Bruge, F.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10883
68. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D.; Gomez, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7229
69. Tuckerman, M. E.; Marx, D.; Parrinello, M. Nature 2002, 417, 925
70. Tissandier, M. D.; Cowen, K. A.; Feng, W. Y.; Gundlach, E.; Cohen, M. H.; Earhart, A. D.; Coe, J. V.; Tuttle, T. R. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7787
71. Marcus, Y. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1987, 83, 2985
72. Marcus, Y. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1991, 87, 2995
73. Warren, G. L.; Patel, S. J. Chem. Phys. 2007, 127.
74. Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3308
75. Marcus, Y. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1991, 87, 2995
76. Warren, G. L.; Patel, S. J. Chem. Phys. 2007, 127.
77. Lamoureux G. Roux B. J. Phys. Chem. B 2006 110, 3308.