Structure and dynamics of hydrated NH4+: An ab initio QM/MM molecular dynamics simulation

Journal of Computational Chemistry

Volumn 26, Issue 13, 2005, Pages 1329-1338

  Intharathep, Pathumwadee ^a   Tongraar, Anan ^a   Sagarik, Kritsana ^a  

^a SURANAREE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Thailand)

Author keywords

Mean residence time; NH4+; QM MM; Water exchange

Indexed keywords

AMMONIUM COMPOUNDS; COMPUTER SIMULATION; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; WATER;

AMMONIUM ION; SOLVATION SHELL;

QUANTUM THEORY;

EID: 26844481999     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20265     Document Type: Article

References (63)

1. Frank, H. S. Chemical Physics of Ionic Solutions; John Wiley & Sons: New York, 1956, p. 60.
2. Robinson, R. A.; Stokes, R. H. Electrolyte Solutions; Butterworth: London, 1959, 2nd ed.
3. William, R. J. P. Bio-inorganics Chemistry; Gould, R. F., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 1971.
4. Hille, B. Ionic Channels of Excitable Membranes; Sinauer: Sunderland, MA, 1992, 2nd ed.
5. Perrin, C. L.; Gipe, R. K. J Am Chem Soc 1984, 96, 5631.
6. Perrin, C. L.; Gipe, R. K. J Am Chem Soc 1986, 108, 1088.
7. Wang, Y.; Lu, M.; Draper, D. E. Biochemistry 1993, 32, 12279.
8. Perrin, C. L.; Gipe, R. K. Science 1987, 238, 1393.
9. Hewish, N. A.; Neilson, G. W. Chem Phys Lett 1981, 84, 425.
10. Pálinkás, G.; Radnai, T.; Szász, G. I.; Heinzinger, K. J Chem Phys 1981, 74, 3522.
11. Jiang, J. C.; Chang, H.; Lee, Y. T.; Lin, S. H. J Phys Chem A 1999, 103, 3123.
12. Brugé, F.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J Chem Phys 1999, 110, 4734.
13. Kassab, E.; Evleth, E. M.; Hamou-Tahra, Z. D. J Am Chem Soc 1990, 112, 103.
14. Jorgensen, W. L.; Gao, J. J Phys Chem 1986, 90, 2174.
15. Karim, O. A.; Haymet, A. D. J. J Chem Phys 1990, 93, 5961.
16. Dang, L. X. Chem Phys Lett 1993, 213, 541.
17. Chang, T.; Dang, L. X. J Chem Phys 2003, 118, 8813.
18. Brugé, F.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. J Am Chem Soc 1999, 121, 10883.
19. Szász, G. I.; Heinzinger, K. Z Naturforsch 1979, 34a, 840.
20. Bohm, H.; McDonald, I. R. Mol Phys 1984, 80, 887.
21. Jungwirth, P.; Tobias, D. J. J Phys Chem A 2002, 106, 379.
22. Tobias, D. J.; Jungwirth, P.; Parrinello, M. J Chem Phys 2001, 114, 7036.
23. Coker, H. J Phys Chem 1976, 80, 2078.
24. Pyper, N. C.; Pike, C. G.; Edwards, P. P. Mol Phys 1992, 76, 353.
25. Schwenk, C. F.; Loeffler, H. H.; Rode, B. M. Chem Phys 2001, 115, 10808.
26. Rode, B. M.; Schwenk, C. F.; Tongraar, A. J Mol Liq 2004, 110, 105.
27. Kerdcharoen, T.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. Chem Phys 1996, 211, 313.
28. Tongraar, A.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. J Phys Chem A 1997, 101, 6299.
29. Tongraar, A.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. J Phys Chem A 1998, 102, 10340.
30. Marini, G. W.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. J Phys Chem A 1999, 103, 11387.
31. Tongraar, A.; Rode, B. M. J Phys Chem A 2001, 105, 506.
32. Tongraar, A.; Sagarik, K.; Rode, B. M. J Phys Chem B 2001, 105, 10559.
33. Tongraar, A.; Sagarik, K.; Rode, B. M. Phys Chem Chem Phys 2002, 4, 628.
34. Tongraar, A.; Rode, B. M. Phys Chem Chem Phys 2003, 5, 357.
35. Schwenk, C. F.; Hofer, T. S.; Rode, B. M. J Phys Chem A 2004, 108, 1509.
36. Schwenk, C. F.; Rode, B. M. J Chem Phys 2003, 119, 9523.
37. Hofer, T. S.; Rode, B. M. J Chem Phys 2004, 121, 6406.
38. Schwenk, C. F.; Loeffler, H. H.; Rode, B. M. J Chem Phys 2001, 115, 10808.
39. Schwenk, C. F.; Loeffler, H. H.; Rode, B. M. J Am Chem Soc 2003, 125, 1618.
40. Tongraar, A.; Rode, B. M. Phys Chem Chem Phys 2004, 6, 411.
41. Tongraar, A.; Rode, B. M. Chem Phys Lett 2004, 385, 378.
42. Dunning, T. H., Jr.; Hay, P. J. Modern Theoretical Chemistry; Schaefer, H. F., Ed.; Plenum: New York, 1976.
43. Brooks, B. R; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J Comput Chem 1983, 4, 187.
44. Bopp, P.; Jancsó, G.; Heinzinger, K. Chem Phys Lett 1983, 98, 129.
45. Stillinger, F. H.; Rahman, A. J Chem Phys 1978, 68, 666.
46. Dunning, T. H., Jr. J Chem Phys 1989, 90, 1007.
47. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J Chem Phys 1992, 96, 6769.
48. Woon, D. E.; Dunning, T. H., Jr. J Chem Phys 1993, 98, 1358.
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Peterson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. GAUSSIAN 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
50. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J Phys Chem 1984, 81, 3684.
51. Adams, D. J.; Adams, E. H.; Hills, G. J. Mol Phys 1979, 38, 387.
52. Arnett, E. M.; Jones, F. M.; Taagepera, M.; Henderson, W. G.; Beauchamp, J. L.; Holta, D.; Taft, R. W. J Am Chem Soc 1972, 94, 4724.
53. Aue, D. H.; Webb, H. M.; Bowers, M. T. J Am Chem Soc 1976, 98, 318.
54. Klots, C. E. J Phys Chem 1981, 85, 3585.
55. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; Harper & Row: New York, 1976.
56. Wishaw, B. F.; Stokes, R. H. J Am Chem Soc 1954, 76, 2065.
57. Gillen, K. T.; Douglass, D. C.; Hoch, M. J. R. J Chem Phys 1972, 57, 5117.
58. Woolf, L. A. J Chem Soc Faraday Trans 1 1975, 71, 784.
59. Sceats, M. G.; Rice, S. A. J Chem Phys 1980, 72, 3236.
60. Bopp, P. Chem Phys 1986, 106, 205.
61. Brown, R. J. C. J Mol Struct 1995, 345, 77.
62. Langford, C. H.; Gray, H. B. Ligand Substitution Processes; Benjamin, W. A. Inc. Press, New York, 1966.
63. Hofer, T. S.; Tran, H. T.; Schwenk, C. F.; Rode, B. M. J Comput Chem 2004, 25, 211.